********************************************************************* * LD Score Regression (LDSC) * Version 1.0.0 * (C) 2014-2015 Brendan Bulik-Sullivan and Hilary Finucane * Broad Institute of MIT and Harvard / MIT Department of Mathematics * GNU General Public License v3 ********************************************************************* Call: ./ldsc.py \ --print-snps hapmap3_snps/hm.12.snp \ --ld-wind-cm 1.0 \ --out 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.12 \ --bfile 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.12 \ --annot 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.12.annot.gz \ --l2 Beginning analysis at Tue Oct 17 16:41:15 2017 Read list of 480110 SNPs from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.12.bim Read 53 annotations for 480110 SNPs from 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.12.annot.gz Read list of 489 individuals from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.12.fam Reading genotypes from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.12.bed Estimating LD Score. Reading list of 68635 SNPs for which to print LD Scores from hapmap3_snps/hm.12.snp After merging with --print-snps, LD Scores for 58127 SNPs will be printed. Writing LD Scores for 58127 SNPs to 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.12.l2.ldscore.gz Summary of LD Scores in 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.12.l2.ldscore.gz MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 Promoter_UCSC.bedL2 \ mean 0.2320 127.6318 1.9361 9.0161 2.7702 38.0056 2.5825 7.6980 14.9746 62.0708 11.9605 18.1751 56.2033 0.3797 1.7357 4.5831 9.9100 8.7194 30.2987 41.5695 45.4992 29.3967 37.0227 18.1714 47.4131 69.5055 5.4203 18.1304 33.6767 3.9164 13.2268 24.8387 48.5260 49.7517 1.1564 4.2104 5.3214 std 0.1438 177.6474 3.2738 13.8131 3.0343 33.9790 2.7853 7.7056 13.3616 52.8879 9.6955 14.5741 46.1045 0.6909 2.4669 6.3062 12.6335 7.1153 23.5234 39.8383 42.2579 31.6846 39.0082 16.6023 41.3913 58.5301 13.5190 47.1614 72.8940 5.4893 16.3968 28.9483 59.9177 60.9217 1.8193 5.7275 8.1792 min 0.0051 -2.8037 -0.2078 -0.7584 -0.0919 -1.3080 -0.1898 -0.3253 -0.5476 -1.1971 -0.4380 -0.7044 -0.8874 -0.0544 -0.1865 -0.3680 -0.7037 -0.4986 -0.6286 -1.2520 -1.3109 -1.3048 -1.4681 -0.8269 -1.8589 -1.4256 -0.2619 -0.7551 -0.6463 -0.3170 -0.9626 -0.8454 -2.3093 -2.3710 -0.1853 -0.3705 -0.4286 25% 0.1063 48.8380 0.1172 0.6568 0.5653 13.5426 0.7407 2.6666 6.2677 27.6847 5.3055 8.2961 25.9473 0.0247 0.2413 0.7094 1.9864 3.7718 14.1051 14.4302 16.9081 9.8634 13.0864 7.3789 20.2602 31.0268 1.2755 4.7441 10.6652 0.8270 3.3583 7.3921 7.2162 7.5095 0.1059 0.6525 0.5217 50% 0.2198 86.3960 0.5690 3.4315 1.8572 29.9690 1.7339 5.4717 11.4875 47.9166 9.4425 14.4070 43.6238 0.1147 0.8410 2.3128 5.5654 6.7896 23.8146 29.8343 33.1008 20.1146 25.7148 13.5428 36.1912 53.3159 2.8472 9.6585 20.0825 2.0550 7.6975 15.5717 28.2834 29.2156 0.4250 2.0089 2.1068 75% 0.3548 152.3712 2.3393 11.7819 3.9111 53.2136 3.4852 10.2396 19.4135 80.7399 15.6880 23.7901 72.9800 0.4132 2.2503 5.9785 12.9315 11.4520 39.1916 54.7939 60.0043 37.6570 47.5948 23.1985 60.5427 89.8109 5.7254 19.0444 37.3753 4.6505 16.4365 30.6341 67.5301 69.5851 1.4041 5.3542 6.6593 max 0.5000 2913.3788 33.2337 148.9941 23.8751 355.0984 31.8188 83.3029 169.3148 581.0688 114.0984 172.2089 477.4099 10.1993 36.3395 91.9892 174.0303 96.0856 303.0198 598.1441 616.5251 419.7760 505.9343 222.3117 563.1527 676.9064 262.2060 939.6267 1413.1757 88.2019 253.7605 442.2736 533.7840 535.0843 23.9087 57.5371 81.3342 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 mean 6.5899 55.8496 87.3810 16.2471 16.5891 14.0166 37.7245 50.0912 103.0570 1.8894 3.5790 1.5901 3.6216 0.6338 3.3670 2.2287 10.0631 std 10.0587 76.4363 113.3579 25.8075 26.1840 12.8641 32.1546 56.5934 110.9514 3.3677 5.9000 4.1352 6.8907 1.4744 6.1983 2.4276 10.1394 min -0.5482 -1.9941 -3.0044 -0.8862 -0.8917 -0.6894 -0.7010 -1.8212 -1.8138 -0.1599 -0.2859 -0.5522 -0.3686 -0.1227 -0.3853 -0.1201 -0.3065 25% 0.6537 15.2645 27.5707 0.7058 0.7340 5.5021 16.4184 16.0309 39.9247 0.1056 0.2912 0.0767 0.2244 0.0206 0.2281 0.5625 3.2661 50% 2.6490 33.0020 54.2668 4.9548 5.1508 10.3519 28.8904 32.0650 71.8888 0.5332 1.2997 0.3816 1.0968 0.1119 0.9906 1.4531 6.9487 75% 8.2599 65.7692 103.9166 21.5135 22.0580 18.2347 49.1241 63.8644 128.2418 2.1450 4.2266 1.6977 4.1623 0.5696 3.6703 3.0318 13.3645 max 96.1028 878.0177 1351.7931 394.8056 401.2402 169.7193 410.4472 517.8931 1324.1757 44.3065 91.2266 93.4479 113.0475 25.1956 78.7845 25.8271 122.1921 MAF/LD Score Correlation Matrix MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 \ MAF 1.0000 0.1443 0.0781 0.0613 0.1101 0.1568 0.1467 0.1576 0.1457 0.1713 0.1676 0.1708 0.1804 0.0510 0.0771 0.0903 0.0974 0.1549 0.1803 0.1179 0.1262 0.1241 0.1289 0.1224 0.1316 0.1552 0.0989 0.1021 0.1113 0.0662 0.0815 0.0945 0.0754 0.0768 0.0711 0.0926 baseL2 0.1443 1.0000 0.3893 0.3300 0.3644 0.6561 0.7001 0.7397 0.6796 0.8183 0.6832 0.7260 0.8197 0.0993 0.1587 0.3111 0.4107 0.5354 0.6536 0.3992 0.4697 0.6563 0.6815 0.4743 0.5502 0.6942 0.8866 0.8993 0.9198 0.2926 0.3336 0.4186 0.4244 0.4271 0.3898 0.5302 Coding_UCSC.bedL2 0.0781 0.3893 1.0000 0.8558 0.4018 0.4572 0.5160 0.5629 0.6050 0.5738 0.5181 0.5135 0.5120 0.1859 0.2705 0.4899 0.5553 0.4985 0.5001 0.5962 0.6082 0.6210 0.6220 0.6232 0.6408 0.6112 0.4275 0.4068 0.4264 0.6642 0.6661 0.6875 0.5232 0.5419 0.5846 0.6309 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.0613 0.3300 0.8558 1.0000 0.3896 0.4850 0.5335 0.5767 0.6908 0.6234 0.5904 0.5698 0.5544 0.2185 0.3129 0.5725 0.6376 0.5792 0.5737 0.7040 0.7084 0.6764 0.6760 0.7158 0.7533 0.6968 0.3547 0.3283 0.3537 0.7933 0.7870 0.8136 0.6420 0.6597 0.6455 0.7022 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.1101 0.3644 0.4018 0.3896 1.0000 0.8014 0.3996 0.4261 0.4696 0.5115 0.5282 0.5364 0.5304 0.1758 0.2366 0.3227 0.3495 0.5212 0.5409 0.4145 0.4347 0.4086 0.4130 0.4642 0.4989 0.5161 0.2171 0.2154 0.2443 0.3604 0.4074 0.4144 0.3872 0.3956 0.3785 0.4126 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.1568 0.6561 0.4572 0.4850 0.8014 1.0000 0.5772 0.6175 0.7010 0.7830 0.7649 0.7825 0.8019 0.2343 0.3108 0.4491 0.5085 0.7021 0.7671 0.5948 0.6337 0.6493 0.6633 0.6497 0.7028 0.7583 0.4857 0.4874 0.5246 0.4491 0.5158 0.5510 0.5659 0.5709 0.5345 0.6011 CTCF_Hoffman.bedL2 0.1467 0.7001 0.5160 0.5335 0.3996 0.5772 1.0000 0.9465 0.7560 0.7825 0.7331 0.7406 0.7660 0.1956 0.2831 0.5167 0.5882 0.6698 0.7216 0.5889 0.6282 0.6963 0.7062 0.6412 0.6753 0.7307 0.6322 0.6219 0.6493 0.5395 0.5792 0.6333 0.4584 0.4680 0.4549 0.5892 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1576 0.7397 0.5629 0.5767 0.4261 0.6175 0.9465 1.0000 0.8084 0.8401 0.7813 0.7918 0.8213 0.2185 0.3092 0.5683 0.6426 0.7104 0.7720 0.6461 0.6872 0.7499 0.7606 0.6965 0.7372 0.7932 0.6588 0.6498 0.6803 0.5813 0.6237 0.6864 0.4919 0.5021 0.5155 0.6441 DGF_ENCODE.bedL2 0.1457 0.6796 0.6050 0.6908 0.4696 0.7010 0.7560 0.8084 1.0000 0.9503 0.9448 0.9383 0.9161 0.3692 0.4785 0.7475 0.8224 0.8849 0.9100 0.8625 0.8949 0.9111 0.9215 0.9175 0.9443 0.9507 0.6275 0.6066 0.6473 0.7715 0.8218 0.8787 0.6570 0.6659 0.6593 0.7924 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1713 0.8183 0.5738 0.6234 0.5115 0.7830 0.7825 0.8401 0.9503 1.0000 0.9434 0.9585 0.9817 0.2754 0.3821 0.6345 0.7224 0.8562 0.9253 0.7733 0.8224 0.8627 0.8836 0.8448 0.9041 0.9638 0.6869 0.6779 0.7222 0.6423 0.7018 0.7762 0.6719 0.6783 0.6272 0.7563 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.1676 0.6832 0.5181 0.5904 0.5282 0.7649 0.7331 0.7813 0.9448 0.9434 1.0000 0.9873 0.9527 0.3305 0.4358 0.6791 0.7472 0.9437 0.9621 0.8166 0.8534 0.8482 0.8626 0.8813 0.9194 0.9449 0.5719 0.5556 0.5999 0.6785 0.7440 0.7993 0.6492 0.6550 0.6129 0.7290 DHS_Trynka.bedL2 0.1708 0.7260 0.5135 0.5698 0.5364 0.7825 0.7406 0.7918 0.9383 0.9585 0.9873 1.0000 0.9725 0.3203 0.4240 0.6581 0.7287 0.9317 0.9651 0.7979 0.8387 0.8432 0.8596 0.8637 0.9083 0.9476 0.5981 0.5854 0.6306 0.6476 0.7185 0.7767 0.6511 0.6563 0.5970 0.7150 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1804 0.8197 0.5120 0.5544 0.5304 0.8019 0.7660 0.8213 0.9161 0.9817 0.9527 0.9725 1.0000 0.2564 0.3570 0.5939 0.6786 0.8708 0.9481 0.7382 0.7895 0.8225 0.8450 0.8146 0.8775 0.9497 0.6599 0.6538 0.6990 0.5863 0.6517 0.7265 0.6619 0.6663 0.5902 0.7098 Enhancer_Andersson.bedL2 0.0510 0.0993 0.1859 0.2185 0.1758 0.2343 0.1956 0.2185 0.3692 0.2754 0.3305 0.3203 0.2564 1.0000 0.8505 0.4691 0.4357 0.3737 0.3335 0.4317 0.4162 0.4019 0.3846 0.4052 0.3605 0.2985 0.1655 0.1461 0.1553 0.3668 0.3903 0.3664 0.1823 0.1861 0.2415 0.2902 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.0771 0.1587 0.2705 0.3129 0.2366 0.3108 0.2831 0.3092 0.4785 0.3821 0.4358 0.4240 0.3570 0.8505 1.0000 0.5823 0.5584 0.4672 0.4372 0.5470 0.5336 0.5207 0.5034 0.5161 0.4763 0.4105 0.2191 0.1967 0.2135 0.4707 0.4965 0.4776 0.2597 0.2647 0.3353 0.3903 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.0903 0.3111 0.4899 0.5725 0.3227 0.4491 0.5167 0.5683 0.7475 0.6345 0.6791 0.6581 0.5939 0.4691 0.5823 1.0000 0.9674 0.6934 0.6736 0.8105 0.8057 0.7876 0.7728 0.8086 0.7584 0.6820 0.3783 0.3425 0.3702 0.7757 0.8039 0.8100 0.4590 0.4674 0.5801 0.6764 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0974 0.4107 0.5553 0.6376 0.3495 0.5085 0.5882 0.6426 0.8224 0.7224 0.7472 0.7287 0.6786 0.4357 0.5584 0.9674 1.0000 0.7466 0.7405 0.8606 0.8638 0.8603 0.8508 0.8648 0.8285 0.7663 0.4728 0.4387 0.4684 0.8180 0.8467 0.8690 0.5207 0.5299 0.6490 0.7617 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.1549 0.5354 0.4985 0.5792 0.5212 0.7021 0.6698 0.7104 0.8849 0.8562 0.9437 0.9317 0.8708 0.3737 0.4672 0.6934 0.7466 1.0000 0.9536 0.8177 0.8416 0.7939 0.8022 0.8795 0.8967 0.8933 0.4447 0.4193 0.4639 0.7080 0.7625 0.7994 0.6388 0.6444 0.5922 0.6970 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1803 0.6536 0.5001 0.5737 0.5409 0.7671 0.7216 0.7720 0.9100 0.9253 0.9621 0.9651 0.9481 0.3335 0.4372 0.6736 0.7405 0.9536 1.0000 0.8134 0.8471 0.8230 0.8371 0.8739 0.9111 0.9367 0.5274 0.5117 0.5584 0.6635 0.7300 0.7856 0.6607 0.6656 0.5937 0.7100 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.1179 0.3992 0.5962 0.7040 0.4145 0.5948 0.5889 0.6461 0.8625 0.7733 0.8166 0.7979 0.7382 0.4317 0.5470 0.8105 0.8606 0.8177 0.8134 1.0000 0.9951 0.8932 0.8900 0.9226 0.9115 0.8427 0.4276 0.3994 0.4367 0.8247 0.8780 0.9037 0.5943 0.6040 0.6753 0.7656 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.1262 0.4697 0.6082 0.7084 0.4347 0.6337 0.6282 0.6872 0.8949 0.8224 0.8534 0.8387 0.7895 0.4162 0.5336 0.8057 0.8638 0.8416 0.8471 0.9951 1.0000 0.9151 0.9161 0.9351 0.9334 0.8819 0.4818 0.4557 0.4944 0.8187 0.8735 0.9079 0.6176 0.6270 0.6882 0.7871 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.1241 0.6563 0.6210 0.6764 0.4086 0.6493 0.6963 0.7499 0.9111 0.8627 0.8482 0.8432 0.8225 0.4019 0.5207 0.7876 0.8603 0.7939 0.8230 0.8932 0.9151 1.0000 0.9957 0.8973 0.8966 0.8775 0.7177 0.6957 0.7234 0.7933 0.8364 0.8794 0.6008 0.6100 0.6733 0.8052 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.1289 0.6815 0.6220 0.6760 0.4130 0.6633 0.7062 0.7606 0.9215 0.8836 0.8626 0.8596 0.8450 0.3846 0.5034 0.7728 0.8508 0.8022 0.8371 0.8900 0.9161 0.9957 1.0000 0.8989 0.9061 0.8973 0.7277 0.7072 0.7369 0.7771 0.8217 0.8732 0.6212 0.6299 0.6796 0.8121 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.1224 0.4743 0.6232 0.7158 0.4642 0.6497 0.6412 0.6965 0.9175 0.8448 0.8813 0.8637 0.8146 0.4052 0.5161 0.8086 0.8648 0.8795 0.8739 0.9226 0.9351 0.8973 0.8989 1.0000 0.9699 0.9181 0.4608 0.4300 0.4715 0.8517 0.8919 0.9236 0.6888 0.6967 0.7220 0.8073 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.1316 0.5502 0.6408 0.7533 0.4989 0.7028 0.6753 0.7372 0.9443 0.9041 0.9194 0.9083 0.8775 0.3605 0.4763 0.7584 0.8285 0.8967 0.9111 0.9115 0.9334 0.8966 0.9061 0.9699 1.0000 0.9721 0.4924 0.4678 0.5134 0.8156 0.8667 0.9176 0.7320 0.7401 0.7156 0.8097 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.1552 0.6942 0.6112 0.6968 0.5161 0.7583 0.7307 0.7932 0.9507 0.9638 0.9449 0.9476 0.9497 0.2985 0.4105 0.6820 0.7663 0.8933 0.9367 0.8427 0.8819 0.8775 0.8973 0.9181 0.9721 1.0000 0.5830 0.5668 0.6140 0.7216 0.7762 0.8472 0.7449 0.7513 0.6877 0.7919 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.0989 0.8866 0.4275 0.3547 0.2171 0.4857 0.6322 0.6588 0.6275 0.6869 0.5719 0.5981 0.6599 0.1655 0.2191 0.3783 0.4728 0.4447 0.5274 0.4276 0.4818 0.7177 0.7277 0.4608 0.4924 0.5830 1.0000 0.9929 0.9899 0.3928 0.4070 0.4661 0.2993 0.3056 0.3830 0.5465 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.1021 0.8993 0.4068 0.3283 0.2154 0.4874 0.6219 0.6498 0.6066 0.6779 0.5556 0.5854 0.6538 0.1461 0.1967 0.3425 0.4387 0.4193 0.5117 0.3994 0.4557 0.6957 0.7072 0.4300 0.4678 0.5668 0.9929 1.0000 0.9962 0.3488 0.3709 0.4334 0.2847 0.2906 0.3573 0.5187 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.1113 0.9198 0.4264 0.3537 0.2443 0.5246 0.6493 0.6803 0.6473 0.7222 0.5999 0.6306 0.6990 0.1553 0.2135 0.3702 0.4684 0.4639 0.5584 0.4367 0.4944 0.7234 0.7369 0.4715 0.5134 0.6140 0.9899 0.9962 1.0000 0.3726 0.4001 0.4678 0.3288 0.3345 0.3828 0.5463 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.0662 0.2926 0.6642 0.7933 0.3604 0.4491 0.5395 0.5813 0.7715 0.6423 0.6785 0.6476 0.5863 0.3668 0.4707 0.7757 0.8180 0.7080 0.6635 0.8247 0.8187 0.7933 0.7771 0.8517 0.8156 0.7216 0.3928 0.3488 0.3726 1.0000 0.9599 0.9413 0.5409 0.5545 0.6860 0.7674 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.0815 0.3336 0.6661 0.7870 0.4074 0.5158 0.5792 0.6237 0.8218 0.7018 0.7440 0.7185 0.6517 0.3903 0.4965 0.8039 0.8467 0.7625 0.7300 0.8780 0.8735 0.8364 0.8217 0.8919 0.8667 0.7762 0.4070 0.3709 0.4001 0.9599 1.0000 0.9771 0.5653 0.5784 0.6852 0.7789 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.0945 0.4186 0.6875 0.8136 0.4144 0.5510 0.6333 0.6864 0.8787 0.7762 0.7993 0.7767 0.7265 0.3664 0.4776 0.8100 0.8690 0.7994 0.7856 0.9037 0.9079 0.8794 0.8732 0.9236 0.9176 0.8472 0.4661 0.4334 0.4678 0.9413 0.9771 1.0000 0.6242 0.6371 0.7116 0.8157 Intron_UCSC.bedL2 0.0754 0.4244 0.5232 0.6420 0.3872 0.5659 0.4584 0.4919 0.6570 0.6719 0.6492 0.6511 0.6619 0.1823 0.2597 0.4590 0.5207 0.6388 0.6607 0.5943 0.6176 0.6008 0.6212 0.6888 0.7320 0.7449 0.2993 0.2847 0.3288 0.5409 0.5653 0.6242 1.0000 0.9995 0.5380 0.5945 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.0768 0.4271 0.5419 0.6597 0.3956 0.5709 0.4680 0.5021 0.6659 0.6783 0.6550 0.6563 0.6663 0.1861 0.2647 0.4674 0.5299 0.6444 0.6656 0.6040 0.6270 0.6100 0.6299 0.6967 0.7401 0.7513 0.3056 0.2906 0.3345 0.5545 0.5784 0.6371 0.9995 1.0000 0.5471 0.6053 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.0711 0.3898 0.5846 0.6455 0.3785 0.5345 0.4549 0.5155 0.6593 0.6272 0.6129 0.5970 0.5902 0.2415 0.3353 0.5801 0.6490 0.5922 0.5937 0.6753 0.6882 0.6733 0.6796 0.7220 0.7156 0.6877 0.3830 0.3573 0.3828 0.6860 0.6852 0.7116 0.5380 0.5471 1.0000 0.8910 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0926 0.5302 0.6309 0.7022 0.4126 0.6011 0.5892 0.6441 0.7924 0.7563 0.7290 0.7150 0.7098 0.2902 0.3903 0.6764 0.7617 0.6970 0.7100 0.7656 0.7871 0.8052 0.8121 0.8073 0.8097 0.7919 0.5465 0.5187 0.5463 0.7674 0.7789 0.8157 0.5945 0.6053 0.8910 1.0000 Promoter_UCSC.bedL2 0.0693 0.2927 0.8052 0.8281 0.4198 0.4588 0.4754 0.5135 0.6174 0.5593 0.5240 0.5102 0.4915 0.2246 0.2988 0.5463 0.6018 0.5387 0.5185 0.6372 0.6408 0.6076 0.6052 0.6639 0.6786 0.6266 0.3084 0.2822 0.3067 0.7419 0.7356 0.7428 0.5529 0.5695 0.6391 0.6941 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.0702 0.2972 0.8087 0.8314 0.4257 0.4640 0.4824 0.5215 0.6263 0.5689 0.5330 0.5193 0.5005 0.2270 0.3054 0.5531 0.6083 0.5467 0.5265 0.6441 0.6485 0.6144 0.6124 0.6747 0.6893 0.6379 0.3089 0.2824 0.3075 0.7457 0.7396 0.7489 0.5652 0.5819 0.6522 0.7033 Repressed_Hoffman.bedL2 0.1521 0.8768 0.1489 0.0849 0.3762 0.5918 0.5498 0.5750 0.4383 0.6367 0.5092 0.5638 0.6733 -0.0161 0.0126 0.0364 0.1085 0.3764 0.5020 0.1281 0.1976 0.3361 0.3623 0.2073 0.3062 0.4824 0.6201 0.6469 0.6701 0.0080 0.0564 0.1262 0.2567 0.2557 0.1509 0.2544 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1527 0.9084 0.1842 0.1183 0.3842 0.6242 0.5846 0.6139 0.4982 0.6915 0.5649 0.6189 0.7235 0.0008 0.0387 0.0905 0.1683 0.4270 0.5528 0.1888 0.2600 0.3988 0.4271 0.2691 0.3674 0.5416 0.6602 0.6850 0.7106 0.0533 0.1071 0.1806 0.3093 0.3084 0.1956 0.3105 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.0378 0.1024 0.4506 0.5492 0.2390 0.3085 0.3643 0.3902 0.5760 0.4357 0.4939 0.4697 0.3919 0.4781 0.5562 0.7166 0.7129 0.5343 0.4970 0.7780 0.7428 0.6698 0.6379 0.6940 0.6323 0.5114 0.2029 0.1700 0.1882 0.7361 0.7572 0.7274 0.3658 0.3750 0.4625 0.5128 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.0383 0.1042 0.4538 0.5524 0.2434 0.3134 0.3668 0.3932 0.5802 0.4401 0.4985 0.4743 0.3960 0.4781 0.5569 0.7200 0.7168 0.5385 0.5013 0.7826 0.7476 0.6729 0.6415 0.6981 0.6370 0.5161 0.2038 0.1711 0.1895 0.7385 0.7608 0.7315 0.3684 0.3777 0.4664 0.5178 TFBS_ENCODE.bedL2 0.1458 0.6287 0.6215 0.7047 0.4848 0.6808 0.7575 0.8111 0.9502 0.9028 0.9058 0.9003 0.8712 0.4049 0.5116 0.7936 0.8534 0.8623 0.8784 0.8622 0.8877 0.8913 0.8963 0.9012 0.9163 0.9085 0.5989 0.5737 0.6106 0.7977 0.8411 0.8834 0.6033 0.6144 0.6711 0.8055 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1640 0.7336 0.5946 0.6593 0.5196 0.7585 0.7884 0.8485 0.9592 0.9668 0.9425 0.9493 0.9503 0.3339 0.4451 0.7229 0.8015 0.8777 0.9269 0.8331 0.8713 0.8840 0.8976 0.8875 0.9259 0.9552 0.6348 0.6186 0.6620 0.7189 0.7756 0.8357 0.6536 0.6618 0.6636 0.7946 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.1222 0.7685 0.6134 0.6464 0.4106 0.6827 0.6707 0.7335 0.8620 0.9058 0.8281 0.8414 0.8820 0.2126 0.3056 0.5872 0.6814 0.7413 0.8040 0.6967 0.7444 0.8050 0.8294 0.7974 0.8467 0.9017 0.6547 0.6426 0.6843 0.6311 0.6626 0.7420 0.7331 0.7372 0.6651 0.7596 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1554 0.9538 0.4291 0.4123 0.4464 0.7336 0.7100 0.7600 0.7623 0.8963 0.7813 0.8196 0.9026 0.1259 0.1996 0.3867 0.4825 0.6543 0.7616 0.4915 0.5586 0.6776 0.7061 0.5896 0.6715 0.8027 0.7541 0.7613 0.7980 0.3799 0.4270 0.5117 0.5660 0.5677 0.4771 0.5979 TSS_Hoffman.bedL2 0.0457 0.2822 0.6347 0.7163 0.3209 0.3787 0.4482 0.4927 0.6669 0.5472 0.5618 0.5301 0.4831 0.3566 0.4330 0.7000 0.7466 0.5955 0.5351 0.6945 0.6916 0.6961 0.6816 0.7075 0.6827 0.6074 0.4025 0.3599 0.3739 0.8316 0.8076 0.7986 0.4267 0.4423 0.6728 0.7666 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0561 0.3385 0.6451 0.7400 0.3339 0.4152 0.5122 0.5540 0.7249 0.6072 0.6104 0.5823 0.5410 0.3754 0.4683 0.7530 0.8058 0.6334 0.5896 0.7505 0.7496 0.7624 0.7484 0.7616 0.7368 0.6644 0.4562 0.4156 0.4324 0.8678 0.8506 0.8495 0.4684 0.4833 0.7014 0.8133 UTR_3_UCSC.bedL2 0.0318 0.2252 0.4812 0.4267 0.3212 0.3095 0.2501 0.2891 0.3352 0.3310 0.3085 0.3116 0.3045 0.0939 0.1420 0.2618 0.3021 0.2800 0.2814 0.3397 0.3479 0.3541 0.3560 0.3323 0.3506 0.3467 0.2396 0.2219 0.2343 0.3464 0.3520 0.3621 0.3139 0.3232 0.3464 0.3637 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.0410 0.2549 0.6024 0.6232 0.3632 0.4045 0.3508 0.3901 0.4875 0.4607 0.4360 0.4305 0.4170 0.1435 0.2149 0.3891 0.4409 0.4152 0.4153 0.5020 0.5083 0.4827 0.4857 0.5003 0.5223 0.4985 0.2625 0.2388 0.2583 0.5247 0.5247 0.5387 0.4767 0.4907 0.5012 0.5319 UTR_5_UCSC.bedL2 0.0527 0.2538 0.5788 0.6443 0.2737 0.3423 0.3992 0.4141 0.5117 0.4498 0.4455 0.4319 0.4063 0.1612 0.2329 0.4417 0.4902 0.4463 0.4256 0.5154 0.5212 0.5057 0.5011 0.5341 0.5415 0.4965 0.3068 0.2882 0.3006 0.6169 0.6116 0.6162 0.4019 0.4157 0.4557 0.5231 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.0614 0.2751 0.6962 0.8151 0.3620 0.4416 0.4390 0.4717 0.6291 0.5463 0.5364 0.5132 0.4843 0.2260 0.2943 0.5244 0.5824 0.5467 0.5131 0.6374 0.6414 0.6018 0.5993 0.6526 0.6709 0.6127 0.3259 0.3000 0.3207 0.7342 0.7311 0.7437 0.5242 0.5399 0.5984 0.6641 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.1014 0.4203 0.4233 0.4990 0.2983 0.4688 0.5988 0.6328 0.7648 0.6847 0.7276 0.7075 0.6572 0.3592 0.4643 0.7171 0.7709 0.7182 0.7066 0.7346 0.7461 0.7514 0.7451 0.7801 0.7413 0.7049 0.4440 0.4147 0.4436 0.6984 0.7274 0.7398 0.4687 0.4745 0.5171 0.6459 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1179 0.4854 0.5092 0.5855 0.3676 0.5567 0.6699 0.7143 0.8551 0.7876 0.8158 0.7994 0.7602 0.3795 0.5023 0.8050 0.8647 0.8016 0.8071 0.8307 0.8452 0.8380 0.8375 0.8752 0.8490 0.8178 0.4819 0.4525 0.4895 0.7638 0.7975 0.8301 0.5681 0.5752 0.6318 0.7443 Promoter_UCSC.bedL2 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 MAF 0.0693 0.0702 0.1521 0.1527 0.0378 0.0383 0.1458 0.1640 0.1222 0.1554 0.0457 0.0561 0.0318 0.0410 0.0527 0.0614 0.1014 0.1179 baseL2 0.2927 0.2972 0.8768 0.9084 0.1024 0.1042 0.6287 0.7336 0.7685 0.9538 0.2822 0.3385 0.2252 0.2549 0.2538 0.2751 0.4203 0.4854 Coding_UCSC.bedL2 0.8052 0.8087 0.1489 0.1842 0.4506 0.4538 0.6215 0.5946 0.6134 0.4291 0.6347 0.6451 0.4812 0.6024 0.5788 0.6962 0.4233 0.5092 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.8281 0.8314 0.0849 0.1183 0.5492 0.5524 0.7047 0.6593 0.6464 0.4123 0.7163 0.7400 0.4267 0.6232 0.6443 0.8151 0.4990 0.5855 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.4198 0.4257 0.3762 0.3842 0.2390 0.2434 0.4848 0.5196 0.4106 0.4464 0.3209 0.3339 0.3212 0.3632 0.2737 0.3620 0.2983 0.3676 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.4588 0.4640 0.5918 0.6242 0.3085 0.3134 0.6808 0.7585 0.6827 0.7336 0.3787 0.4152 0.3095 0.4045 0.3423 0.4416 0.4688 0.5567 CTCF_Hoffman.bedL2 0.4754 0.4824 0.5498 0.5846 0.3643 0.3668 0.7575 0.7884 0.6707 0.7100 0.4482 0.5122 0.2501 0.3508 0.3992 0.4390 0.5988 0.6699 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5135 0.5215 0.5750 0.6139 0.3902 0.3932 0.8111 0.8485 0.7335 0.7600 0.4927 0.5540 0.2891 0.3901 0.4141 0.4717 0.6328 0.7143 DGF_ENCODE.bedL2 0.6174 0.6263 0.4383 0.4982 0.5760 0.5802 0.9502 0.9592 0.8620 0.7623 0.6669 0.7249 0.3352 0.4875 0.5117 0.6291 0.7648 0.8551 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.5593 0.5689 0.6367 0.6915 0.4357 0.4401 0.9028 0.9668 0.9058 0.8963 0.5472 0.6072 0.3310 0.4607 0.4498 0.5463 0.6847 0.7876 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.5240 0.5330 0.5092 0.5649 0.4939 0.4985 0.9058 0.9425 0.8281 0.7813 0.5618 0.6104 0.3085 0.4360 0.4455 0.5364 0.7276 0.8158 DHS_Trynka.bedL2 0.5102 0.5193 0.5638 0.6189 0.4697 0.4743 0.9003 0.9493 0.8414 0.8196 0.5301 0.5823 0.3116 0.4305 0.4319 0.5132 0.7075 0.7994 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.4915 0.5005 0.6733 0.7235 0.3919 0.3960 0.8712 0.9503 0.8820 0.9026 0.4831 0.5410 0.3045 0.4170 0.4063 0.4843 0.6572 0.7602 Enhancer_Andersson.bedL2 0.2246 0.2270 -0.0161 0.0008 0.4781 0.4781 0.4049 0.3339 0.2126 0.1259 0.3566 0.3754 0.0939 0.1435 0.1612 0.2260 0.3592 0.3795 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.2988 0.3054 0.0126 0.0387 0.5562 0.5569 0.5116 0.4451 0.3056 0.1996 0.4330 0.4683 0.1420 0.2149 0.2329 0.2943 0.4643 0.5023 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.5463 0.5531 0.0364 0.0905 0.7166 0.7200 0.7936 0.7229 0.5872 0.3867 0.7000 0.7530 0.2618 0.3891 0.4417 0.5244 0.7171 0.8050 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6018 0.6083 0.1085 0.1683 0.7129 0.7168 0.8534 0.8015 0.6814 0.4825 0.7466 0.8058 0.3021 0.4409 0.4902 0.5824 0.7709 0.8647 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.5387 0.5467 0.3764 0.4270 0.5343 0.5385 0.8623 0.8777 0.7413 0.6543 0.5955 0.6334 0.2800 0.4152 0.4463 0.5467 0.7182 0.8016 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.5185 0.5265 0.5020 0.5528 0.4970 0.5013 0.8784 0.9269 0.8040 0.7616 0.5351 0.5896 0.2814 0.4153 0.4256 0.5131 0.7066 0.8071 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.6372 0.6441 0.1281 0.1888 0.7780 0.7826 0.8622 0.8331 0.6967 0.4915 0.6945 0.7505 0.3397 0.5020 0.5154 0.6374 0.7346 0.8307 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.6408 0.6485 0.1976 0.2600 0.7428 0.7476 0.8877 0.8713 0.7444 0.5586 0.6916 0.7496 0.3479 0.5083 0.5212 0.6414 0.7461 0.8452 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.6076 0.6144 0.3361 0.3988 0.6698 0.6729 0.8913 0.8840 0.8050 0.6776 0.6961 0.7624 0.3541 0.4827 0.5057 0.6018 0.7514 0.8380 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.6052 0.6124 0.3623 0.4271 0.6379 0.6415 0.8963 0.8976 0.8294 0.7061 0.6816 0.7484 0.3560 0.4857 0.5011 0.5993 0.7451 0.8375 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.6639 0.6747 0.2073 0.2691 0.6940 0.6981 0.9012 0.8875 0.7974 0.5896 0.7075 0.7616 0.3323 0.5003 0.5341 0.6526 0.7801 0.8752 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.6786 0.6893 0.3062 0.3674 0.6323 0.6370 0.9163 0.9259 0.8467 0.6715 0.6827 0.7368 0.3506 0.5223 0.5415 0.6709 0.7413 0.8490 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.6266 0.6379 0.4824 0.5416 0.5114 0.5161 0.9085 0.9552 0.9017 0.8027 0.6074 0.6644 0.3467 0.4985 0.4965 0.6127 0.7049 0.8178 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.3084 0.3089 0.6201 0.6602 0.2029 0.2038 0.5989 0.6348 0.6547 0.7541 0.4025 0.4562 0.2396 0.2625 0.3068 0.3259 0.4440 0.4819 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.2822 0.2824 0.6469 0.6850 0.1700 0.1711 0.5737 0.6186 0.6426 0.7613 0.3599 0.4156 0.2219 0.2388 0.2882 0.3000 0.4147 0.4525 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.3067 0.3075 0.6701 0.7106 0.1882 0.1895 0.6106 0.6620 0.6843 0.7980 0.3739 0.4324 0.2343 0.2583 0.3006 0.3207 0.4436 0.4895 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.7419 0.7457 0.0080 0.0533 0.7361 0.7385 0.7977 0.7189 0.6311 0.3799 0.8316 0.8678 0.3464 0.5247 0.6169 0.7342 0.6984 0.7638 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.7356 0.7396 0.0564 0.1071 0.7572 0.7608 0.8411 0.7756 0.6626 0.4270 0.8076 0.8506 0.3520 0.5247 0.6116 0.7311 0.7274 0.7975 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.7428 0.7489 0.1262 0.1806 0.7274 0.7315 0.8834 0.8357 0.7420 0.5117 0.7986 0.8495 0.3621 0.5387 0.6162 0.7437 0.7398 0.8301 Intron_UCSC.bedL2 0.5529 0.5652 0.2567 0.3093 0.3658 0.3684 0.6033 0.6536 0.7331 0.5660 0.4267 0.4684 0.3139 0.4767 0.4019 0.5242 0.4687 0.5681 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.5695 0.5819 0.2557 0.3084 0.3750 0.3777 0.6144 0.6618 0.7372 0.5677 0.4423 0.4833 0.3232 0.4907 0.4157 0.5399 0.4745 0.5752 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.6391 0.6522 0.1509 0.1956 0.4625 0.4664 0.6711 0.6636 0.6651 0.4771 0.6728 0.7014 0.3464 0.5012 0.4557 0.5984 0.5171 0.6318 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6941 0.7033 0.2544 0.3105 0.5128 0.5178 0.8055 0.7946 0.7596 0.5979 0.7666 0.8133 0.3637 0.5319 0.5231 0.6641 0.6459 0.7443 Promoter_UCSC.bedL2 1.0000 0.9961 0.0792 0.1132 0.5117 0.5149 0.6390 0.5962 0.5912 0.3766 0.7170 0.7250 0.3795 0.5781 0.6213 0.7917 0.4760 0.5520 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.9961 1.0000 0.0823 0.1169 0.5153 0.5188 0.6478 0.6055 0.6010 0.3838 0.7180 0.7279 0.3817 0.5842 0.6241 0.7914 0.4806 0.5607 Repressed_Hoffman.bedL2 0.0792 0.0823 1.0000 0.9917 -0.1158 -0.1150 0.3889 0.5323 0.5074 0.8599 0.0011 0.0402 0.0796 0.0732 0.0652 0.0474 0.1975 0.2409 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1132 0.1169 0.9917 1.0000 -0.0820 -0.0804 0.4458 0.5894 0.5740 0.8992 0.0417 0.0844 0.1090 0.1125 0.0935 0.0808 0.2504 0.3010 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.5117 0.5153 -0.1158 -0.0820 1.0000 0.9997 0.6056 0.5232 0.3916 0.1749 0.5922 0.6400 0.2440 0.3758 0.4118 0.4941 0.5954 0.6379 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.5149 0.5188 -0.1150 -0.0804 0.9997 1.0000 0.6102 0.5279 0.3953 0.1775 0.5952 0.6432 0.2447 0.3782 0.4149 0.4977 0.5976 0.6412 TFBS_ENCODE.bedL2 0.6390 0.6478 0.3889 0.4458 0.6056 0.6102 1.0000 0.9633 0.8115 0.7069 0.7277 0.7767 0.3525 0.5100 0.5276 0.6332 0.7728 0.8608 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.5962 0.6055 0.5323 0.5894 0.5232 0.5279 0.9633 1.0000 0.8715 0.8205 0.6251 0.6852 0.3457 0.4906 0.4853 0.5826 0.7422 0.8454 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.5912 0.6010 0.5074 0.5740 0.3916 0.3953 0.8115 0.8715 1.0000 0.8697 0.5638 0.6120 0.3752 0.4920 0.4571 0.5692 0.5968 0.7032 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.3766 0.3838 0.8599 0.8992 0.1749 0.1775 0.7069 0.8205 0.8697 1.0000 0.3412 0.3940 0.2617 0.3253 0.3034 0.3525 0.4825 0.5682 TSS_Hoffman.bedL2 0.7170 0.7180 0.0011 0.0417 0.5922 0.5952 0.7277 0.6251 0.5638 0.3412 1.0000 0.9680 0.3376 0.4847 0.5457 0.6842 0.5749 0.6374 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.7250 0.7279 0.0402 0.0844 0.6400 0.6432 0.7767 0.6852 0.6120 0.3940 0.9680 1.0000 0.3440 0.5039 0.5545 0.6917 0.6365 0.7042 UTR_3_UCSC.bedL2 0.3795 0.3817 0.0796 0.1090 0.2440 0.2447 0.3525 0.3457 0.3752 0.2617 0.3376 0.3440 1.0000 0.8463 0.3020 0.3581 0.2374 0.2927 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.5781 0.5842 0.0732 0.1125 0.3758 0.3782 0.5100 0.4906 0.4920 0.3253 0.4847 0.5039 0.8463 1.0000 0.4367 0.5239 0.3713 0.4410 UTR_5_UCSC.bedL2 0.6213 0.6241 0.0652 0.0935 0.4118 0.4149 0.5276 0.4853 0.4571 0.3034 0.5457 0.5545 0.3020 0.4367 1.0000 0.8310 0.3820 0.4408 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.7917 0.7914 0.0474 0.0808 0.4941 0.4977 0.6332 0.5826 0.5692 0.3525 0.6842 0.6917 0.3581 0.5239 0.8310 1.0000 0.4598 0.5290 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.4760 0.4806 0.1975 0.2504 0.5954 0.5976 0.7728 0.7422 0.5968 0.4825 0.5749 0.6365 0.2374 0.3713 0.3820 0.4598 1.0000 0.9117 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5520 0.5607 0.2409 0.3010 0.6379 0.6412 0.8608 0.8454 0.7032 0.5682 0.6374 0.7042 0.2927 0.4410 0.4408 0.5290 0.9117 1.0000 LD Score Matrix Condition Number 1145.5001 Annotation Correlation Matrix base Coding_UCSC.bed Coding_UCSC.extend.500.bed Conserved_LindbladToh.bed Conserved_LindbladToh.extend.500.bed CTCF_Hoffman.bed CTCF_Hoffman.extend.500.bed DGF_ENCODE.bed DGF_ENCODE.extend.500.bed DHS_peaks_Trynka.bed DHS_Trynka.bed DHS_Trynka.extend.500.bed Enhancer_Andersson.bed Enhancer_Andersson.extend.500.bed Enhancer_Hoffman.bed Enhancer_Hoffman.extend.500.bed FetalDHS_Trynka.bed FetalDHS_Trynka.extend.500.bed H3K27ac_Hnisz.bed H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed H3K27ac_PGC2.bed H3K27ac_PGC2.extend.500.bed H3K4me1_peaks_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.extend.500.bed H3K4me3_peaks_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.extend.500.bed H3K9ac_peaks_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.extend.500.bed Intron_UCSC.bed Intron_UCSC.extend.500.bed PromoterFlanking_Hoffman.bed PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed Promoter_UCSC.bed Promoter_UCSC.extend.500.bed Repressed_Hoffman.bed \ base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed NaN 1.0000 0.4645 0.2790 0.1383 0.0169 0.0285 0.0606 0.0550 0.0478 0.0487 0.0437 -0.0090 -0.0177 0.0297 0.0376 0.0508 0.0414 0.0612 0.0590 0.0616 0.0601 0.0478 0.0785 0.0681 0.0669 0.0815 0.0673 0.0704 0.1013 0.0938 -0.0817 0.0473 0.0123 0.0219 0.1282 0.1253 -0.0765 Coding_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4645 1.0000 0.1578 0.3258 0.0236 0.0342 0.0724 0.0903 0.0626 0.0659 0.0725 -0.0170 -0.0298 0.0407 0.0539 0.0727 0.0635 0.0998 0.0976 0.1000 0.1007 0.0661 0.1389 0.1375 0.0926 0.1211 0.1083 0.1133 0.1654 0.1723 0.1808 0.2522 0.0183 0.0510 0.2463 0.2377 -0.1529 Conserved_LindbladToh.bed NaN 0.2790 0.1578 1.0000 0.2344 0.0130 0.0122 0.0874 0.0613 0.1223 0.1262 0.0791 0.0194 0.0147 0.0469 0.0411 0.1320 0.0928 0.0483 0.0464 0.0618 0.0567 0.0721 0.0906 0.0737 0.0626 0.0842 0.0643 0.0574 0.0916 0.0760 -0.0182 0.0420 0.0165 0.0278 0.0738 0.0720 -0.0343 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed NaN 0.1383 0.3258 0.2344 1.0000 0.0397 0.0380 0.1077 0.1724 0.1518 0.1828 0.2337 0.0272 0.0482 0.1017 0.1130 0.1735 0.2444 0.1614 0.1625 0.1789 0.1741 0.1647 0.2379 0.2322 0.0955 0.1356 0.1316 0.1178 0.1918 0.1923 0.1297 0.1540 0.0428 0.0701 0.1206 0.1200 -0.0961 CTCF_Hoffman.bed NaN 0.0169 0.0236 0.0130 0.0397 1.0000 0.5650 0.1150 0.1142 0.1275 0.1332 0.1111 0.0124 0.0134 0.0404 0.0660 0.1323 0.1251 0.0467 0.0480 0.0483 0.0469 0.0744 0.0805 0.0713 0.0402 0.0575 0.0642 0.0587 0.0891 0.0987 -0.0023 0.0012 -0.0004 0.0321 0.0145 0.0167 -0.1361 CTCF_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0285 0.0342 0.0122 0.0380 0.5650 1.0000 0.0872 0.1604 0.0938 0.1020 0.1573 0.0117 0.0253 0.0631 0.0988 0.1004 0.1614 0.0784 0.0826 0.0800 0.0796 0.0853 0.1054 0.1116 0.0480 0.0709 0.0924 0.0769 0.1215 0.1467 -0.0028 0.0025 0.0122 0.0506 0.0323 0.0340 -0.1139 DGF_ENCODE.bed NaN 0.0606 0.0724 0.0874 0.1077 0.1150 0.0872 1.0000 0.3631 0.5242 0.5064 0.2667 0.0925 0.0860 0.2008 0.1958 0.3569 0.2279 0.1993 0.1936 0.2286 0.2116 0.2814 0.2841 0.2117 0.1853 0.2380 0.2041 0.1663 0.2456 0.2269 0.0322 0.0476 0.0621 0.1046 0.1009 0.1016 -0.1714 DGF_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0550 0.0903 0.0613 0.1724 0.1142 0.1604 0.3631 1.0000 0.2633 0.3284 0.5666 0.0500 0.0978 0.1902 0.2526 0.2228 0.3787 0.3313 0.3348 0.3425 0.3399 0.3059 0.4536 0.4458 0.1441 0.2434 0.2970 0.1540 0.2790 0.3287 0.0710 0.0816 0.0768 0.1433 0.1071 0.1114 -0.2313 DHS_peaks_Trynka.bed NaN 0.0478 0.0626 0.1223 0.1518 0.1275 0.0938 0.5242 0.2633 1.0000 0.7739 0.3541 0.1016 0.0912 0.2151 0.2000 0.6510 0.3669 0.1872 0.1803 0.2251 0.2007 0.2987 0.2903 0.2132 0.2152 0.2513 0.2071 0.1987 0.2653 0.2300 0.0255 0.0402 0.0415 0.0919 0.0979 0.0898 -0.1455 DHS_Trynka.bed NaN 0.0487 0.0659 0.1262 0.1828 0.1332 0.1020 0.5064 0.3284 0.7739 1.0000 0.4486 0.1030 0.1114 0.2520 0.2360 0.6783 0.4296 0.2251 0.2176 0.2688 0.2401 0.3472 0.3553 0.2637 0.2334 0.2824 0.2389 0.2180 0.2999 0.2638 0.0310 0.0457 0.0473 0.1010 0.0998 0.0917 -0.1693 DHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0437 0.0725 0.0791 0.2337 0.1111 0.1573 0.2667 0.5666 0.3541 0.4486 1.0000 0.0541 0.1055 0.2021 0.2661 0.3043 0.6315 0.3131 0.3184 0.3427 0.3282 0.3190 0.4745 0.4688 0.1409 0.2257 0.2794 0.1556 0.2783 0.3230 0.0738 0.0828 0.0560 0.1160 0.0905 0.0858 -0.1942 Enhancer_Andersson.bed NaN -0.0090 -0.0170 0.0194 0.0272 0.0124 0.0117 0.0925 0.0500 0.1016 0.1030 0.0541 1.0000 0.4785 0.1099 0.0988 0.1183 0.0749 0.0654 0.0616 0.0818 0.0727 0.0762 0.0632 0.0441 0.0735 0.0914 0.0731 0.0530 0.0844 0.0735 0.0084 0.0067 0.0084 0.0345 0.0124 0.0155 -0.0426 Enhancer_Andersson.extend.500.bed NaN -0.0177 -0.0298 0.0147 0.0482 0.0134 0.0253 0.0860 0.0978 0.0912 0.1114 0.1055 0.4785 1.0000 0.1856 0.1862 0.1121 0.1437 0.1290 0.1234 0.1596 0.1426 0.1248 0.1199 0.0894 0.1125 0.1511 0.1348 0.1042 0.1536 0.1392 0.0152 0.0122 0.0295 0.0630 0.0231 0.0287 -0.0767 Enhancer_Hoffman.bed NaN 0.0297 0.0407 0.0469 0.1017 0.0404 0.0631 0.2008 0.1902 0.2151 0.2520 0.2021 0.1099 0.1856 1.0000 0.6708 0.2240 0.2393 0.2424 0.2304 0.3291 0.2872 0.2724 0.2336 0.1671 0.2372 0.2950 0.2574 0.2377 0.3247 0.2821 0.0253 0.0332 0.0537 0.1404 0.1112 0.1084 -0.1934 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0376 0.0539 0.0411 0.1130 0.0660 0.0988 0.1958 0.2526 0.2000 0.2360 0.2661 0.0988 0.1862 0.6708 1.0000 0.2120 0.2912 0.3327 0.3278 0.4441 0.4073 0.2828 0.3089 0.2430 0.2197 0.3273 0.3409 0.2255 0.3663 0.3802 0.0399 0.0509 0.1017 0.2341 0.1659 0.1636 -0.2680 FetalDHS_Trynka.bed NaN 0.0508 0.0727 0.1320 0.1735 0.1323 0.1004 0.3569 0.2228 0.6510 0.6783 0.3043 0.1183 0.1121 0.2240 0.2120 1.0000 0.4818 0.1910 0.1836 0.2339 0.2055 0.2933 0.2758 0.2015 0.2574 0.2830 0.2284 0.2324 0.2936 0.2465 0.0233 0.0411 0.0385 0.1049 0.1224 0.1103 -0.1315 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0414 0.0635 0.0928 0.2444 0.1251 0.1614 0.2279 0.3787 0.3669 0.4296 0.6315 0.0749 0.1437 0.2393 0.2912 0.4818 1.0000 0.3062 0.3074 0.3463 0.3245 0.3300 0.4296 0.3751 0.1886 0.2770 0.3136 0.1989 0.3279 0.3485 0.0585 0.0691 0.0562 0.1313 0.1146 0.1056 -0.1727 H3K27ac_Hnisz.bed NaN 0.0612 0.0998 0.0483 0.1614 0.0467 0.0784 0.1993 0.3313 0.1872 0.2251 0.3131 0.0654 0.1290 0.2424 0.3327 0.1910 0.3062 1.0000 0.9367 0.5465 0.5797 0.3142 0.4686 0.4424 0.1599 0.2779 0.3430 0.1879 0.3510 0.4278 0.1425 0.1529 0.0822 0.1511 0.1317 0.1437 -0.2704 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0590 0.0976 0.0464 0.1625 0.0480 0.0826 0.1936 0.3348 0.1803 0.2176 0.3184 0.0616 0.1234 0.2304 0.3278 0.1836 0.3074 0.9367 1.0000 0.5541 0.5982 0.3047 0.4711 0.4655 0.1509 0.2657 0.3411 0.1790 0.3379 0.4281 0.1411 0.1508 0.0813 0.1544 0.1286 0.1415 -0.2684 H3K27ac_PGC2.bed NaN 0.0616 0.1000 0.0618 0.1789 0.0483 0.0800 0.2286 0.3425 0.2251 0.2688 0.3427 0.0818 0.1596 0.3291 0.4441 0.2339 0.3463 0.5465 0.5541 1.0000 0.8508 0.3596 0.4946 0.4180 0.2268 0.3869 0.4535 0.2470 0.4503 0.5163 0.1325 0.1447 0.1141 0.2094 0.1745 0.1829 -0.2848 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed NaN 0.0601 0.1007 0.0567 0.1741 0.0469 0.0796 0.2116 0.3399 0.2007 0.2401 0.3282 0.0727 0.1426 0.2872 0.4073 0.2055 0.3245 0.5797 0.5982 0.8508 1.0000 0.3391 0.5011 0.4519 0.1974 0.3467 0.4279 0.2195 0.4105 0.4999 0.1426 0.1539 0.1081 0.1997 0.1689 0.1795 -0.2910 H3K4me1_peaks_Trynka.bed NaN 0.0478 0.0661 0.0721 0.1647 0.0744 0.0853 0.2814 0.3059 0.2987 0.3472 0.3190 0.0762 0.1248 0.2724 0.2828 0.2933 0.3300 0.3142 0.3047 0.3596 0.3391 1.0000 0.5170 0.3571 0.2663 0.3590 0.3210 0.2858 0.3956 0.3602 0.1068 0.1155 0.1331 0.1846 0.1259 0.1289 -0.2229 H3K4me1_Trynka.bed NaN 0.0785 0.1389 0.0906 0.2379 0.0805 0.1054 0.2841 0.4536 0.2903 0.3553 0.4745 0.0632 0.1199 0.2336 0.3089 0.2758 0.4296 0.4686 0.4711 0.4946 0.5011 0.5170 1.0000 0.6844 0.1867 0.3215 0.3974 0.2075 0.3896 0.4694 0.1722 0.1853 0.1022 0.1795 0.1401 0.1493 -0.3016 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0681 0.1375 0.0737 0.2322 0.0713 0.1116 0.2117 0.4458 0.2132 0.2637 0.4688 0.0441 0.0894 0.1671 0.2430 0.2015 0.3751 0.4424 0.4655 0.4180 0.4519 0.3571 0.6844 1.0000 0.1231 0.2188 0.3059 0.1471 0.2817 0.3901 0.1880 0.1988 0.0731 0.1410 0.1221 0.1306 -0.2701 H3K4me3_peaks_Trynka.bed NaN 0.0669 0.0926 0.0626 0.0955 0.0402 0.0480 0.1853 0.1441 0.2152 0.2334 0.1409 0.0735 0.1125 0.2372 0.2197 0.2574 0.1886 0.1599 0.1509 0.2268 0.1974 0.2663 0.1867 0.1231 1.0000 0.5223 0.3540 0.3716 0.3497 0.2621 0.0338 0.0505 0.1129 0.1717 0.1697 0.1644 -0.1377 H3K4me3_Trynka.bed NaN 0.0815 0.1211 0.0842 0.1356 0.0575 0.0709 0.2380 0.2434 0.2513 0.2824 0.2257 0.0914 0.1511 0.2950 0.3273 0.2830 0.2770 0.2779 0.2657 0.3869 0.3467 0.3590 0.3215 0.2188 0.5223 1.0000 0.6715 0.3294 0.5217 0.4431 0.0658 0.0867 0.1892 0.2879 0.2429 0.2488 -0.2250 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0673 0.1083 0.0643 0.1316 0.0642 0.0924 0.2041 0.2970 0.2071 0.2389 0.2794 0.0731 0.1348 0.2574 0.3409 0.2284 0.3136 0.3430 0.3411 0.4535 0.4279 0.3210 0.3974 0.3059 0.3540 0.6715 1.0000 0.2513 0.4592 0.5203 0.0742 0.0895 0.1410 0.2617 0.1970 0.2053 -0.2497 H3K9ac_peaks_Trynka.bed NaN 0.0704 0.1133 0.0574 0.1178 0.0587 0.0769 0.1663 0.1540 0.1987 0.2180 0.1556 0.0530 0.1042 0.2377 0.2255 0.2324 0.1989 0.1879 0.1790 0.2470 0.2195 0.2858 0.2075 0.1471 0.3716 0.3294 0.2513 1.0000 0.5182 0.3613 0.0640 0.0800 0.1020 0.1591 0.1712 0.1680 -0.1416 H3K9ac_Trynka.bed NaN 0.1013 0.1654 0.0916 0.1918 0.0891 0.1215 0.2456 0.2790 0.2653 0.2999 0.2783 0.0844 0.1536 0.3247 0.3663 0.2936 0.3279 0.3510 0.3379 0.4503 0.4105 0.3956 0.3896 0.2817 0.3497 0.5217 0.4592 0.5182 1.0000 0.6915 0.1141 0.1373 0.1652 0.2655 0.2485 0.2519 -0.2445 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0938 0.1723 0.0760 0.1923 0.0987 0.1467 0.2269 0.3287 0.2300 0.2638 0.3230 0.0735 0.1392 0.2821 0.3802 0.2465 0.3485 0.4278 0.4281 0.5163 0.4999 0.3602 0.4694 0.3901 0.2621 0.4431 0.5203 0.3613 0.6915 1.0000 0.1464 0.1653 0.1413 0.2626 0.2249 0.2344 -0.2902 Intron_UCSC.bed NaN -0.0817 0.1808 -0.0182 0.1297 -0.0023 -0.0028 0.0322 0.0710 0.0255 0.0310 0.0738 0.0084 0.0152 0.0253 0.0399 0.0233 0.0585 0.1425 0.1411 0.1325 0.1426 0.1068 0.1722 0.1880 0.0338 0.0658 0.0742 0.0640 0.1141 0.1464 1.0000 0.9763 0.0392 0.0413 0.0749 0.0863 -0.2287 Intron_UCSC.extend.500.bed NaN 0.0473 0.2522 0.0420 0.1540 0.0012 0.0025 0.0476 0.0816 0.0402 0.0457 0.0828 0.0067 0.0122 0.0332 0.0509 0.0411 0.0691 0.1529 0.1508 0.1447 0.1539 0.1155 0.1853 0.1988 0.0505 0.0867 0.0895 0.0800 0.1373 0.1653 0.9763 1.0000 0.0406 0.0499 0.1144 0.1234 -0.2406 PromoterFlanking_Hoffman.bed NaN 0.0123 0.0183 0.0165 0.0428 -0.0004 0.0122 0.0621 0.0768 0.0415 0.0473 0.0560 0.0084 0.0295 0.0537 0.1017 0.0385 0.0562 0.0822 0.0813 0.1141 0.1081 0.1331 0.1022 0.0731 0.1129 0.1892 0.1410 0.1020 0.1652 0.1413 0.0392 0.0406 1.0000 0.5064 0.1374 0.1521 -0.0876 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0219 0.0510 0.0278 0.0701 0.0321 0.0506 0.1046 0.1433 0.0919 0.1010 0.1160 0.0345 0.0630 0.1404 0.2341 0.1049 0.1313 0.1511 0.1544 0.2094 0.1997 0.1846 0.1795 0.1410 0.1717 0.2879 0.2617 0.1591 0.2655 0.2626 0.0413 0.0499 0.5064 1.0000 0.2419 0.2521 -0.1480 Promoter_UCSC.bed NaN 0.1282 0.2463 0.0738 0.1206 0.0145 0.0323 0.1009 0.1071 0.0979 0.0998 0.0905 0.0124 0.0231 0.1112 0.1659 0.1224 0.1146 0.1317 0.1286 0.1745 0.1689 0.1259 0.1401 0.1221 0.1697 0.2429 0.1970 0.1712 0.2485 0.2249 0.0749 0.1144 0.1374 0.2419 1.0000 0.8962 -0.1148 Promoter_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1253 0.2377 0.0720 0.1200 0.0167 0.0340 0.1016 0.1114 0.0898 0.0917 0.0858 0.0155 0.0287 0.1084 0.1636 0.1103 0.1056 0.1437 0.1415 0.1829 0.1795 0.1289 0.1493 0.1306 0.1644 0.2488 0.2053 0.1680 0.2519 0.2344 0.0863 0.1234 0.1521 0.2521 0.8962 1.0000 -0.1210 Repressed_Hoffman.bed NaN -0.0765 -0.1529 -0.0343 -0.0961 -0.1361 -0.1139 -0.1714 -0.2313 -0.1455 -0.1693 -0.1942 -0.0426 -0.0767 -0.1934 -0.2680 -0.1315 -0.1727 -0.2704 -0.2684 -0.2848 -0.2910 -0.2229 -0.3016 -0.2701 -0.1377 -0.2250 -0.2497 -0.1416 -0.2445 -0.2902 -0.2287 -0.2406 -0.0876 -0.1480 -0.1148 -0.1210 1.0000 Repressed_Hoffman.extend.500.bed NaN -0.1212 -0.2500 -0.0528 -0.1479 -0.0552 -0.0720 -0.1764 -0.2393 -0.1444 -0.1656 -0.1985 -0.0588 -0.1068 -0.2969 -0.3726 -0.1442 -0.1918 -0.3403 -0.3351 -0.3763 -0.3770 -0.2560 -0.3508 -0.3148 -0.1845 -0.2983 -0.3210 -0.1981 -0.3321 -0.3825 -0.3312 -0.3503 -0.1110 -0.1857 -0.1735 -0.1818 0.5884 SuperEnhancer_Hnisz.bed NaN 0.0508 0.0829 0.0351 0.1217 0.0282 0.0492 0.1506 0.2175 0.1194 0.1407 0.1876 0.0793 0.1448 0.2222 0.2826 0.1230 0.1919 0.5539 0.5189 0.4125 0.4150 0.2412 0.3220 0.2791 0.1407 0.2390 0.2693 0.1720 0.3092 0.3408 0.1391 0.1465 0.0563 0.1031 0.1100 0.1205 -0.2171 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0512 0.0830 0.0349 0.1214 0.0293 0.0506 0.1499 0.2187 0.1177 0.1388 0.1875 0.0782 0.1440 0.2211 0.2844 0.1214 0.1914 0.5535 0.5248 0.4158 0.4197 0.2399 0.3231 0.2824 0.1397 0.2385 0.2710 0.1711 0.3088 0.3431 0.1380 0.1454 0.0565 0.1061 0.1114 0.1227 -0.2180 TFBS_ENCODE.bed NaN 0.0703 0.0987 0.0815 0.1314 0.2389 0.1758 0.3787 0.2872 0.3799 0.4320 0.2834 0.1117 0.1389 0.3295 0.3263 0.3478 0.2858 0.2303 0.2228 0.2844 0.2567 0.2856 0.2818 0.2121 0.2531 0.3192 0.2758 0.2293 0.3148 0.2842 0.0275 0.0463 0.0686 0.1496 0.1586 0.1545 -0.2196 TFBS_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0576 0.0842 0.0582 0.1516 0.1814 0.2744 0.2482 0.4222 0.2468 0.3001 0.4298 0.0681 0.1309 0.2784 0.3644 0.2301 0.3646 0.3137 0.3146 0.3613 0.3424 0.2900 0.3737 0.3320 0.1820 0.2852 0.3248 0.1878 0.3165 0.3445 0.0477 0.0598 0.0852 0.1709 0.1342 0.1353 -0.2470 Transcribed_Hoffman.bed NaN 0.0629 0.1359 0.0054 0.0421 -0.0448 -0.0232 0.0160 0.0585 -0.0193 -0.0191 0.0237 -0.0072 -0.0123 -0.0238 -0.0131 -0.0338 -0.0090 0.1085 0.1085 0.0690 0.0886 0.0537 0.1175 0.1331 -0.0145 0.0041 0.0319 0.0156 0.0452 0.0916 0.2932 0.2961 -0.0092 -0.0212 -0.0152 -0.0069 -0.7120 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed NaN -0.0080 -0.0022 -0.0272 -0.0174 -0.0391 -0.0393 -0.0424 -0.0031 -0.0641 -0.0641 -0.0212 -0.0234 -0.0399 -0.0888 -0.0899 -0.0791 -0.0604 -0.0011 0.0017 -0.0463 -0.0292 -0.0376 -0.0110 0.0261 -0.0950 -0.1142 -0.0865 -0.0637 -0.0751 -0.0447 0.1355 0.1259 -0.0236 -0.0578 -0.0989 -0.0908 -0.1502 TSS_Hoffman.bed NaN 0.0961 0.1587 0.0726 0.1072 0.0228 0.0369 0.1881 0.1248 0.2091 0.2082 0.1287 0.0989 0.1225 0.1693 0.2315 0.2529 0.1825 0.1497 0.1406 0.2213 0.1899 0.1769 0.1446 0.1063 0.3101 0.3095 0.2164 0.2817 0.3182 0.2341 0.0330 0.0692 0.1049 0.2459 0.3463 0.3276 -0.1220 TSS_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0830 0.1421 0.0645 0.1121 0.0460 0.0705 0.1763 0.1657 0.1846 0.1917 0.1627 0.0933 0.1474 0.2668 0.3593 0.2224 0.2166 0.1987 0.1914 0.2889 0.2536 0.2178 0.1950 0.1455 0.2920 0.3726 0.2890 0.2733 0.3738 0.3082 0.0398 0.0696 0.2086 0.3750 0.3706 0.3586 -0.1668 UTR_3_UCSC.bed NaN 0.6074 0.2958 0.0886 0.0847 0.0107 0.0191 0.0313 0.0345 0.0211 0.0224 0.0276 -0.0066 -0.0143 0.0112 0.0182 0.0197 0.0245 0.0418 0.0405 0.0402 0.0388 0.0311 0.0494 0.0423 0.0246 0.0381 0.0358 0.0366 0.0600 0.0599 -0.0544 -0.0104 0.0066 0.0083 0.0532 0.0578 -0.0553 UTR_3_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4444 0.4504 0.0882 0.1503 0.0181 0.0245 0.0422 0.0516 0.0288 0.0310 0.0384 -0.0091 -0.0175 0.0165 0.0252 0.0307 0.0339 0.0619 0.0599 0.0553 0.0561 0.0382 0.0741 0.0707 0.0375 0.0570 0.0516 0.0545 0.0826 0.0882 0.0208 0.0636 0.0100 0.0179 0.1269 0.1278 -0.0856 UTR_5_UCSC.bed NaN 0.3131 0.1673 0.1006 0.0610 0.0043 0.0118 0.0539 0.0378 0.0624 0.0614 0.0380 -0.0051 -0.0089 0.0421 0.0493 0.0783 0.0507 0.0414 0.0402 0.0560 0.0497 0.0370 0.0478 0.0383 0.0834 0.0871 0.0632 0.0751 0.0943 0.0766 -0.0137 0.0567 0.0172 0.0369 0.1970 0.1815 -0.0460 UTR_5_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1812 0.4471 0.0964 0.1668 0.0130 0.0244 0.0825 0.0786 0.0950 0.0971 0.0743 -0.0101 -0.0146 0.0775 0.0985 0.1219 0.0919 0.0919 0.0889 0.1139 0.1074 0.0792 0.1076 0.0925 0.1442 0.1639 0.1289 0.1455 0.1796 0.1606 0.0875 0.1479 0.0388 0.1036 0.4166 0.3853 -0.1019 WeakEnhancer_Hoffman.bed NaN 0.0037 0.0009 0.0264 0.0464 0.0330 0.0506 0.1835 0.1307 0.1894 0.2132 0.1373 0.0621 0.0685 0.1167 0.1667 0.1583 0.1370 0.1144 0.1117 0.1482 0.1358 0.2087 0.1576 0.1113 0.1217 0.1608 0.1423 0.1169 0.1621 0.1509 0.0130 0.0137 0.0226 0.0636 0.0249 0.0287 -0.1348 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0026 -0.0011 0.0221 0.0811 0.0746 0.1052 0.1668 0.2573 0.1749 0.2158 0.2722 0.0623 0.1226 0.2362 0.3343 0.1650 0.2537 0.2300 0.2297 0.2844 0.2727 0.2636 0.2895 0.2344 0.1315 0.2214 0.2627 0.1481 0.2523 0.2843 0.0240 0.0243 0.0634 0.1409 0.0554 0.0622 -0.2246 Repressed_Hoffman.extend.500.bed SuperEnhancer_Hnisz.bed SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed TFBS_ENCODE.bed TFBS_ENCODE.extend.500.bed Transcribed_Hoffman.bed Transcribed_Hoffman.extend.500.bed TSS_Hoffman.bed TSS_Hoffman.extend.500.bed UTR_3_UCSC.bed UTR_3_UCSC.extend.500.bed UTR_5_UCSC.bed UTR_5_UCSC.extend.500.bed WeakEnhancer_Hoffman.bed WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed -0.1212 0.0508 0.0512 0.0703 0.0576 0.0629 -0.0080 0.0961 0.0830 0.6074 0.4444 0.3131 0.1812 0.0037 0.0026 Coding_UCSC.extend.500.bed -0.2500 0.0829 0.0830 0.0987 0.0842 0.1359 -0.0022 0.1587 0.1421 0.2958 0.4504 0.1673 0.4471 0.0009 -0.0011 Conserved_LindbladToh.bed -0.0528 0.0351 0.0349 0.0815 0.0582 0.0054 -0.0272 0.0726 0.0645 0.0886 0.0882 0.1006 0.0964 0.0264 0.0221 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed -0.1479 0.1217 0.1214 0.1314 0.1516 0.0421 -0.0174 0.1072 0.1121 0.0847 0.1503 0.0610 0.1668 0.0464 0.0811 CTCF_Hoffman.bed -0.0552 0.0282 0.0293 0.2389 0.1814 -0.0448 -0.0391 0.0228 0.0460 0.0107 0.0181 0.0043 0.0130 0.0330 0.0746 CTCF_Hoffman.extend.500.bed -0.0720 0.0492 0.0506 0.1758 0.2744 -0.0232 -0.0393 0.0369 0.0705 0.0191 0.0245 0.0118 0.0244 0.0506 0.1052 DGF_ENCODE.bed -0.1764 0.1506 0.1499 0.3787 0.2482 0.0160 -0.0424 0.1881 0.1763 0.0313 0.0422 0.0539 0.0825 0.1835 0.1668 DGF_ENCODE.extend.500.bed -0.2393 0.2175 0.2187 0.2872 0.4222 0.0585 -0.0031 0.1248 0.1657 0.0345 0.0516 0.0378 0.0786 0.1307 0.2573 DHS_peaks_Trynka.bed -0.1444 0.1194 0.1177 0.3799 0.2468 -0.0193 -0.0641 0.2091 0.1846 0.0211 0.0288 0.0624 0.0950 0.1894 0.1749 DHS_Trynka.bed -0.1656 0.1407 0.1388 0.4320 0.3001 -0.0191 -0.0641 0.2082 0.1917 0.0224 0.0310 0.0614 0.0971 0.2132 0.2158 DHS_Trynka.extend.500.bed -0.1985 0.1876 0.1875 0.2834 0.4298 0.0237 -0.0212 0.1287 0.1627 0.0276 0.0384 0.0380 0.0743 0.1373 0.2722 Enhancer_Andersson.bed -0.0588 0.0793 0.0782 0.1117 0.0681 -0.0072 -0.0234 0.0989 0.0933 -0.0066 -0.0091 -0.0051 -0.0101 0.0621 0.0623 Enhancer_Andersson.extend.500.bed -0.1068 0.1448 0.1440 0.1389 0.1309 -0.0123 -0.0399 0.1225 0.1474 -0.0143 -0.0175 -0.0089 -0.0146 0.0685 0.1226 Enhancer_Hoffman.bed -0.2969 0.2222 0.2211 0.3295 0.2784 -0.0238 -0.0888 0.1693 0.2668 0.0112 0.0165 0.0421 0.0775 0.1167 0.2362 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.3726 0.2826 0.2844 0.3263 0.3644 -0.0131 -0.0899 0.2315 0.3593 0.0182 0.0252 0.0493 0.0985 0.1667 0.3343 FetalDHS_Trynka.bed -0.1442 0.1230 0.1214 0.3478 0.2301 -0.0338 -0.0791 0.2529 0.2224 0.0197 0.0307 0.0783 0.1219 0.1583 0.1650 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed -0.1918 0.1919 0.1914 0.2858 0.3646 -0.0090 -0.0604 0.1825 0.2166 0.0245 0.0339 0.0507 0.0919 0.1370 0.2537 H3K27ac_Hnisz.bed -0.3403 0.5539 0.5535 0.2303 0.3137 0.1085 -0.0011 0.1497 0.1987 0.0418 0.0619 0.0414 0.0919 0.1144 0.2300 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed -0.3351 0.5189 0.5248 0.2228 0.3146 0.1085 0.0017 0.1406 0.1914 0.0405 0.0599 0.0402 0.0889 0.1117 0.2297 H3K27ac_PGC2.bed -0.3763 0.4125 0.4158 0.2844 0.3613 0.0690 -0.0463 0.2213 0.2889 0.0402 0.0553 0.0560 0.1139 0.1482 0.2844 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed -0.3770 0.4150 0.4197 0.2567 0.3424 0.0886 -0.0292 0.1899 0.2536 0.0388 0.0561 0.0497 0.1074 0.1358 0.2727 H3K4me1_peaks_Trynka.bed -0.2560 0.2412 0.2399 0.2856 0.2900 0.0537 -0.0376 0.1769 0.2178 0.0311 0.0382 0.0370 0.0792 0.2087 0.2636 H3K4me1_Trynka.bed -0.3508 0.3220 0.3231 0.2818 0.3737 0.1175 -0.0110 0.1446 0.1950 0.0494 0.0741 0.0478 0.1076 0.1576 0.2895 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed -0.3148 0.2791 0.2824 0.2121 0.3320 0.1331 0.0261 0.1063 0.1455 0.0423 0.0707 0.0383 0.0925 0.1113 0.2344 H3K4me3_peaks_Trynka.bed -0.1845 0.1407 0.1397 0.2531 0.1820 -0.0145 -0.0950 0.3101 0.2920 0.0246 0.0375 0.0834 0.1442 0.1217 0.1315 H3K4me3_Trynka.bed -0.2983 0.2390 0.2385 0.3192 0.2852 0.0041 -0.1142 0.3095 0.3726 0.0381 0.0570 0.0871 0.1639 0.1608 0.2214 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed -0.3210 0.2693 0.2710 0.2758 0.3248 0.0319 -0.0865 0.2164 0.2890 0.0358 0.0516 0.0632 0.1289 0.1423 0.2627 H3K9ac_peaks_Trynka.bed -0.1981 0.1720 0.1711 0.2293 0.1878 0.0156 -0.0637 0.2817 0.2733 0.0366 0.0545 0.0751 0.1455 0.1169 0.1481 H3K9ac_Trynka.bed -0.3321 0.3092 0.3088 0.3148 0.3165 0.0452 -0.0751 0.3182 0.3738 0.0600 0.0826 0.0943 0.1796 0.1621 0.2523 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed -0.3825 0.3408 0.3431 0.2842 0.3445 0.0916 -0.0447 0.2341 0.3082 0.0599 0.0882 0.0766 0.1606 0.1509 0.2843 Intron_UCSC.bed -0.3312 0.1391 0.1380 0.0275 0.0477 0.2932 0.1355 0.0330 0.0398 -0.0544 0.0208 -0.0137 0.0875 0.0130 0.0240 Intron_UCSC.extend.500.bed -0.3503 0.1465 0.1454 0.0463 0.0598 0.2961 0.1259 0.0692 0.0696 -0.0104 0.0636 0.0567 0.1479 0.0137 0.0243 PromoterFlanking_Hoffman.bed -0.1110 0.0563 0.0565 0.0686 0.0852 -0.0092 -0.0236 0.1049 0.2086 0.0066 0.0100 0.0172 0.0388 0.0226 0.0634 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed -0.1857 0.1031 0.1061 0.1496 0.1709 -0.0212 -0.0578 0.2459 0.3750 0.0083 0.0179 0.0369 0.1036 0.0636 0.1409 Promoter_UCSC.bed -0.1735 0.1100 0.1114 0.1586 0.1342 -0.0152 -0.0989 0.3463 0.3706 0.0532 0.1269 0.1970 0.4166 0.0249 0.0554 Promoter_UCSC.extend.500.bed -0.1818 0.1205 0.1227 0.1545 0.1353 -0.0069 -0.0908 0.3276 0.3586 0.0578 0.1278 0.1815 0.3853 0.0287 0.0622 Repressed_Hoffman.bed 0.5884 -0.2171 -0.2180 -0.2196 -0.2470 -0.7120 -0.1502 -0.1220 -0.1668 -0.0553 -0.0856 -0.0460 -0.1019 -0.1348 -0.2246 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 1.0000 -0.3065 -0.3075 -0.2469 -0.2703 -0.3872 -0.0299 -0.2033 -0.2599 -0.0835 -0.1336 -0.0720 -0.1586 -0.1405 -0.2286 SuperEnhancer_Hnisz.bed -0.3065 1.0000 0.9888 0.1880 0.2262 0.1027 0.0030 0.1529 0.1931 0.0352 0.0507 0.0353 0.0746 0.0967 0.1808 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed -0.3075 0.9888 1.0000 0.1874 0.2268 0.1030 0.0032 0.1516 0.1940 0.0355 0.0511 0.0354 0.0749 0.0961 0.1817 TFBS_ENCODE.bed -0.2469 0.1880 0.1874 1.0000 0.5405 -0.0193 -0.0852 0.3063 0.3101 0.0360 0.0525 0.0770 0.1325 0.2168 0.2417 TFBS_ENCODE.extend.500.bed -0.2703 0.2262 0.2268 0.5405 1.0000 0.0144 -0.0479 0.1896 0.2490 0.0359 0.0509 0.0518 0.0958 0.1657 0.3151 Transcribed_Hoffman.bed -0.3872 0.1027 0.1030 -0.0193 0.0144 1.0000 0.3758 -0.0581 -0.0489 0.0620 0.0892 0.0052 0.0291 -0.0123 -0.0144 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed -0.0299 0.0030 0.0032 -0.0852 -0.0479 0.3758 1.0000 -0.1463 -0.1329 0.0188 0.0199 -0.0393 -0.0624 -0.0383 -0.0496 TSS_Hoffman.bed -0.2033 0.1529 0.1516 0.3063 0.1896 -0.0581 -0.1463 1.0000 0.7217 0.0301 0.0565 0.1682 0.2734 0.0470 0.0726 TSS_Hoffman.extend.500.bed -0.2599 0.1931 0.1940 0.3101 0.2490 -0.0489 -0.1329 0.7217 1.0000 0.0292 0.0535 0.1393 0.2468 0.0685 0.1341 UTR_3_UCSC.bed -0.0835 0.0352 0.0355 0.0360 0.0359 0.0620 0.0188 0.0301 0.0292 1.0000 0.6533 0.0901 0.0503 0.0028 0.0032 UTR_3_UCSC.extend.500.bed -0.1336 0.0507 0.0511 0.0525 0.0509 0.0892 0.0199 0.0565 0.0535 0.6533 1.0000 0.0773 0.1201 0.0055 0.0072 UTR_5_UCSC.bed -0.0720 0.0353 0.0354 0.0770 0.0518 0.0052 -0.0393 0.1682 0.1393 0.0901 0.0773 1.0000 0.4399 0.0056 0.0052 UTR_5_UCSC.extend.500.bed -0.1586 0.0746 0.0749 0.1325 0.0958 0.0291 -0.0624 0.2734 0.2468 0.0503 0.1201 0.4399 1.0000 0.0109 0.0199 WeakEnhancer_Hoffman.bed -0.1405 0.0967 0.0961 0.2168 0.1657 -0.0123 -0.0383 0.0470 0.0685 0.0028 0.0055 0.0056 0.0109 1.0000 0.4639 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.2286 0.1808 0.1817 0.2417 0.3151 -0.0144 -0.0496 0.0726 0.1341 0.0032 0.0072 0.0052 0.0199 0.4639 1.0000 Annotation Matrix Column Sums base 480110.0 Coding_UCSC.bed 8364.0 Coding_UCSC.extend.500.bed 36454.0 Conserved_LindbladToh.bed 12337.0 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed 155733.0 CTCF_Hoffman.bed 11389.0 CTCF_Hoffman.extend.500.bed 33960.0 DGF_ENCODE.bed 66024.0 DGF_ENCODE.extend.500.bed 262826.0 DHS_peaks_Trynka.bed 52787.0 DHS_Trynka.bed 79445.0 DHS_Trynka.extend.500.bed 238269.0 Enhancer_Andersson.bed 2161.0 Enhancer_Andersson.extend.500.bed 9296.0 Enhancer_Hoffman.bed 22272.0 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed 46844.0 FetalDHS_Trynka.bed 40137.0 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed 135432.0 H3K27ac_Hnisz.bed 193804.0 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed 209089.0 H3K27ac_PGC2.bed 131531.0 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed 164504.0 H3K4me1_peaks_Trynka.bed 82806.0 H3K4me1_Trynka.bed 208181.0 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed 297864.0 H3K4me3_peaks_Trynka.bed 21417.0 H3K4me3_Trynka.bed 69053.0 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed 130323.0 H3K9ac_peaks_Trynka.bed 18408.0 H3K9ac_Trynka.bed 61184.0 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed 112327.0 Intron_UCSC.bed 194188.0 Intron_UCSC.extend.500.bed 199763.0 PromoterFlanking_Hoffman.bed 4751.0 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed 18013.0 Promoter_UCSC.bed 23267.0 Promoter_UCSC.extend.500.bed 28629.0 Repressed_Hoffman.bed 208635.0 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 331005.0 SuperEnhancer_Hnisz.bed 82572.0 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed 84130.0 TFBS_ENCODE.bed 62921.0 TFBS_ENCODE.extend.500.bed 163461.0 Transcribed_Hoffman.bed 192656.0 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed 396538.0 TSS_Hoffman.bed 9125.0 TSS_Hoffman.extend.500.bed 17220.0 UTR_3_UCSC.bed 6542.0 UTR_3_UCSC.extend.500.bed 15052.0 UTR_5_UCSC.bed 2749.0 UTR_5_UCSC.extend.500.bed 13877.0 WeakEnhancer_Hoffman.bed 11095.0 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed 47540.0 Summary of Annotation Matrix Row Sums count 480110.0000 mean 11.4725 std 6.8548 min 1.0000 25% 6.0000 50% 10.0000 75% 15.0000 max 42.0000 Analysis finished at Tue Oct 17 18:48:58 2017 Total time elapsed: 2.0h:7.0m:42.77s