********************************************************************* * LD Score Regression (LDSC) * Version 1.0.0 * (C) 2014-2015 Brendan Bulik-Sullivan and Hilary Finucane * Broad Institute of MIT and Harvard / MIT Department of Mathematics * GNU General Public License v3 ********************************************************************* Call: ./ldsc.py \ --print-snps hapmap3_snps/hm.13.snp \ --ld-wind-cm 1.0 \ --out 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.13 \ --bfile 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.13 \ --annot 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.13.annot.gz \ --l2 Beginning analysis at Tue Oct 17 16:41:15 2017 Read list of 366200 SNPs from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.13.bim Read 53 annotations for 366200 SNPs from 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.13.annot.gz Read list of 489 individuals from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.13.fam Reading genotypes from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.13.bed Estimating LD Score. Reading list of 52010 SNPs for which to print LD Scores from hapmap3_snps/hm.13.snp After merging with --print-snps, LD Scores for 45136 SNPs will be printed. Writing LD Scores for 45136 SNPs to 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.13.l2.ldscore.gz Summary of LD Scores in 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.13.l2.ldscore.gz MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 Promoter_UCSC.bedL2 \ mean 0.2329 114.1483 0.7996 4.3704 2.6354 31.5735 1.8208 5.7160 11.8445 51.5560 10.6608 16.2311 50.4253 0.2645 1.2796 2.8287 6.3835 7.6919 26.6967 30.1195 33.4900 21.2622 27.2883 14.1327 37.0282 57.2365 3.2078 10.6986 21.8899 2.5141 8.5835 16.5654 37.8900 38.4924 0.8584 3.0056 2.9212 std 0.1436 95.6970 1.7803 9.0517 3.1080 25.8781 2.0010 5.6283 9.9235 37.4093 8.0156 11.7969 35.4443 0.5977 2.0648 4.3123 8.8833 6.1599 19.0906 33.1495 34.8004 22.7965 28.2109 13.4363 31.3963 44.3715 3.9384 11.8998 20.3403 3.7653 11.4288 19.8471 51.6109 52.3166 1.7682 5.2241 5.1173 min 0.0051 -5.3398 -0.1476 -0.4775 -0.1843 -0.7932 -0.1201 -0.3171 -0.4143 -1.6700 -0.3959 -0.4705 -1.1637 -0.0525 -0.0918 -0.1768 -0.3547 -0.2726 -0.9555 -0.7247 -0.7097 -0.6214 -0.7689 -0.3230 -0.5811 -0.9401 -0.2232 -0.4327 -0.4953 -0.2148 -0.4234 -0.6308 -1.6692 -1.7478 -0.1023 -0.2276 -0.2920 25% 0.1063 49.4017 0.0121 0.0561 0.6576 13.9936 0.4866 1.9577 5.1398 25.2110 5.0315 7.8662 25.1717 0.0078 0.1161 0.2951 0.9859 3.3964 12.9456 7.8547 10.2649 6.3282 8.7769 5.4957 16.1609 27.2920 0.9072 3.5716 8.7377 0.3617 1.7190 4.2933 2.4002 2.5271 0.0561 0.3785 0.1864 50% 0.2198 88.2351 0.1198 0.7187 1.6490 24.8289 1.1930 4.0177 9.1416 41.9878 8.7272 13.3535 41.9673 0.0462 0.4882 1.1714 3.1113 6.0771 22.0319 19.0052 22.2808 14.0309 18.7149 10.0472 27.8752 45.5996 1.9895 7.0789 16.0622 1.2010 4.6220 10.0594 16.0728 16.4542 0.2321 1.2792 0.8527 75% 0.3548 148.6262 0.7588 4.3863 3.4058 41.6044 2.4032 7.4586 15.4966 67.9853 14.0108 21.3286 66.3716 0.2305 1.5976 3.5762 8.2756 10.2196 35.4999 41.4479 45.4944 28.6634 36.7087 18.3449 48.5535 74.8933 4.0124 13.5747 28.3816 3.0865 11.1139 21.4609 55.4412 56.3580 0.9410 3.5351 3.3094 max 0.5000 840.8707 21.8117 99.4023 23.8280 213.7241 23.4479 52.0980 96.8557 338.6140 59.3422 83.5154 235.1082 6.5593 20.9326 35.8365 78.5528 49.9147 136.9853 336.4305 371.5884 222.3657 308.3992 127.1281 303.1872 467.0905 42.9612 121.7212 173.0343 39.6383 130.1856 206.0692 377.2871 381.4808 31.1131 87.5438 53.2263 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 mean 3.6153 61.6440 91.4024 10.0512 10.2696 10.7865 30.9545 40.4558 95.7938 1.0138 2.0354 0.6976 1.8392 0.3829 1.9296 1.5080 6.7576 std 6.2808 63.7976 89.5085 20.5394 20.8102 9.6485 24.4219 40.4744 82.8446 2.4195 4.2493 1.4750 4.1486 1.3093 4.4211 2.0428 7.3749 min -0.3082 -3.5372 -4.7065 -0.9105 -0.9248 -0.3808 -0.9337 -1.7414 -5.2548 -0.1994 -0.2301 -0.1221 -0.3064 -0.1932 -0.2563 -0.1604 -0.2609 25% 0.2354 19.7236 32.9121 0.0974 0.1068 4.3758 14.3264 14.2469 39.7059 0.0186 0.0722 0.0207 0.0589 0.0032 0.0622 0.2818 1.9579 50% 1.0930 41.6324 64.5615 1.2431 1.2903 8.0409 24.6374 28.1449 71.9535 0.1535 0.4187 0.1185 0.3403 0.0424 0.3667 0.8645 4.5907 75% 4.1432 81.3850 120.0662 10.1493 10.5157 14.1125 40.5765 51.8658 126.6207 0.9308 2.1079 0.6295 1.7045 0.2228 1.7275 1.9573 8.9143 max 65.6361 506.0600 742.1213 202.8838 203.0127 92.2558 215.5658 415.3711 710.9707 36.1454 56.8315 19.4236 52.9183 100.3687 102.1345 35.4161 94.6278 MAF/LD Score Correlation Matrix MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 \ MAF 1.0000 0.1749 0.0550 0.0709 0.1179 0.1897 0.1595 0.1746 0.1589 0.2027 0.1821 0.1891 0.2082 0.0686 0.0831 0.0864 0.0981 0.1692 0.2024 0.1183 0.1268 0.1313 0.1356 0.1323 0.1591 0.1779 0.0957 0.1165 0.1504 0.0666 0.0835 0.0974 0.1165 0.1161 0.0306 0.0488 baseL2 0.1749 1.0000 0.2175 0.2755 0.5447 0.7222 0.4751 0.5677 0.5935 0.8031 0.6689 0.7175 0.8653 0.0915 0.2284 0.1923 0.2660 0.5305 0.6688 0.3744 0.4242 0.4179 0.4475 0.4646 0.5683 0.7324 0.4568 0.5378 0.6295 0.3096 0.3538 0.3997 0.3284 0.3323 0.4397 0.4960 Coding_UCSC.bedL2 0.0550 0.2175 1.0000 0.8357 0.1543 0.3819 0.3987 0.4118 0.5084 0.4367 0.4177 0.4084 0.3552 0.1768 0.2104 0.4118 0.5027 0.4280 0.3956 0.5537 0.5637 0.5447 0.5728 0.5475 0.5552 0.5217 0.4941 0.5033 0.4892 0.5592 0.5384 0.5785 0.4828 0.4955 0.5497 0.5371 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.0709 0.2755 0.8357 1.0000 0.1598 0.4592 0.4337 0.4622 0.6254 0.5385 0.5217 0.5110 0.4427 0.2638 0.3170 0.5160 0.6068 0.5300 0.4931 0.6631 0.6728 0.6461 0.6756 0.6505 0.6665 0.6237 0.5703 0.5811 0.5862 0.6587 0.6486 0.7000 0.6262 0.6376 0.5895 0.5858 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.1179 0.5447 0.1543 0.1598 1.0000 0.8210 0.2700 0.3410 0.3568 0.5021 0.4698 0.4970 0.5525 0.0327 0.1335 0.1242 0.1594 0.4274 0.5180 0.2230 0.2539 0.2481 0.2679 0.3490 0.4282 0.5311 0.2478 0.3119 0.3548 0.1638 0.1798 0.2114 0.3355 0.3355 0.2494 0.2675 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.1897 0.7222 0.3819 0.4592 0.8210 1.0000 0.4797 0.5660 0.6771 0.7977 0.7554 0.7805 0.8143 0.1720 0.3056 0.3807 0.4456 0.6967 0.7896 0.5483 0.5863 0.5790 0.6067 0.6582 0.7437 0.8298 0.5197 0.5841 0.6499 0.4247 0.4590 0.5152 0.5743 0.5770 0.4882 0.5154 CTCF_Hoffman.bedL2 0.1595 0.4751 0.3987 0.4337 0.2700 0.4797 1.0000 0.9235 0.6461 0.6611 0.5601 0.5639 0.5686 0.2511 0.3164 0.3976 0.4620 0.5360 0.5638 0.5283 0.5516 0.5159 0.5380 0.5393 0.5672 0.5965 0.5040 0.5296 0.5692 0.4762 0.4914 0.5413 0.4075 0.4128 0.4265 0.4536 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1746 0.5677 0.4118 0.4622 0.3410 0.5660 0.9235 1.0000 0.7198 0.7572 0.6391 0.6464 0.6644 0.2750 0.3531 0.4479 0.5203 0.6039 0.6447 0.5780 0.6070 0.5784 0.6031 0.6117 0.6478 0.6890 0.5710 0.6087 0.6468 0.5311 0.5523 0.6017 0.4586 0.4638 0.4900 0.5269 DGF_ENCODE.bedL2 0.1589 0.5935 0.5084 0.6254 0.3568 0.6771 0.6461 0.7198 1.0000 0.9183 0.9118 0.9048 0.8322 0.4315 0.5386 0.7141 0.7764 0.8592 0.8519 0.8466 0.8657 0.8549 0.8702 0.8958 0.9096 0.8890 0.8112 0.8171 0.8537 0.7715 0.7980 0.8375 0.5964 0.6018 0.6003 0.6466 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.2027 0.8031 0.4367 0.5385 0.5021 0.7977 0.6611 0.7572 0.9183 1.0000 0.9055 0.9274 0.9498 0.3095 0.4430 0.5515 0.6299 0.8192 0.8907 0.7451 0.7815 0.7598 0.7880 0.8127 0.8835 0.9421 0.7167 0.7712 0.8388 0.6272 0.6778 0.7337 0.5778 0.5823 0.5826 0.6324 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.1821 0.6689 0.4177 0.5217 0.4698 0.7554 0.5601 0.6391 0.9118 0.9055 1.0000 0.9805 0.9158 0.3864 0.5063 0.6458 0.6954 0.9320 0.9407 0.7916 0.8140 0.8023 0.8164 0.8688 0.9008 0.9051 0.7477 0.7666 0.8198 0.6898 0.7283 0.7685 0.5655 0.5685 0.5138 0.5699 DHS_Trynka.bedL2 0.1891 0.7175 0.4084 0.5110 0.4970 0.7805 0.5639 0.6464 0.9048 0.9274 0.9805 1.0000 0.9470 0.3604 0.4877 0.6131 0.6675 0.9170 0.9481 0.7791 0.8051 0.7896 0.8062 0.8531 0.8998 0.9205 0.7297 0.7638 0.8231 0.6632 0.7068 0.7505 0.5575 0.5606 0.5186 0.5733 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.2082 0.8653 0.3552 0.4427 0.5525 0.8143 0.5686 0.6644 0.8322 0.9498 0.9158 0.9470 1.0000 0.2716 0.4024 0.4687 0.5380 0.8145 0.9166 0.6623 0.6999 0.6811 0.7069 0.7498 0.8333 0.9162 0.6429 0.7033 0.7822 0.5413 0.5977 0.6509 0.5103 0.5131 0.4843 0.5429 Enhancer_Andersson.bedL2 0.0686 0.0915 0.1768 0.2638 0.0327 0.1720 0.2511 0.2750 0.4315 0.3095 0.3864 0.3604 0.2716 1.0000 0.8056 0.5013 0.4908 0.4118 0.3677 0.4377 0.4239 0.4425 0.4196 0.4402 0.3937 0.3149 0.4653 0.4328 0.4075 0.4624 0.4635 0.4449 0.2254 0.2267 0.1598 0.2039 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.0831 0.2284 0.2104 0.3170 0.1335 0.3056 0.3164 0.3531 0.5386 0.4430 0.5063 0.4877 0.4024 0.8056 1.0000 0.6102 0.5969 0.5224 0.4881 0.5711 0.5606 0.5893 0.5637 0.5750 0.5336 0.4627 0.5987 0.5860 0.5493 0.5794 0.5966 0.5757 0.2695 0.2716 0.2936 0.3678 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.0864 0.1923 0.4118 0.5160 0.1242 0.3807 0.3976 0.4479 0.7141 0.5515 0.6458 0.6131 0.4687 0.5013 0.6102 1.0000 0.9601 0.6673 0.5969 0.7783 0.7653 0.8110 0.7903 0.7823 0.7025 0.5883 0.7217 0.6851 0.6503 0.7383 0.7409 0.7414 0.4555 0.4593 0.4724 0.5234 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0981 0.2660 0.5027 0.6068 0.1594 0.4456 0.4620 0.5203 0.7764 0.6299 0.6954 0.6675 0.5380 0.4908 0.5969 0.9601 1.0000 0.7111 0.6508 0.8384 0.8324 0.8655 0.8575 0.8376 0.7766 0.6762 0.7636 0.7422 0.7177 0.7851 0.7921 0.8093 0.5069 0.5126 0.5641 0.6174 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.1692 0.5305 0.4280 0.5300 0.4274 0.6967 0.5360 0.6039 0.8592 0.8192 0.9320 0.9170 0.8145 0.4118 0.5224 0.6673 0.7111 1.0000 0.9417 0.8011 0.8150 0.7874 0.7970 0.8658 0.8795 0.8477 0.7421 0.7416 0.7778 0.7144 0.7398 0.7747 0.5456 0.5491 0.4830 0.5328 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.2024 0.6688 0.3956 0.4931 0.5180 0.7896 0.5638 0.6447 0.8519 0.8907 0.9407 0.9481 0.9166 0.3677 0.4881 0.5969 0.6508 0.9417 1.0000 0.7637 0.7870 0.7612 0.7780 0.8436 0.8915 0.9048 0.6939 0.7298 0.7876 0.6368 0.6826 0.7328 0.5494 0.5520 0.4640 0.5185 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.1183 0.3744 0.5537 0.6631 0.2230 0.5483 0.5283 0.5780 0.8466 0.7451 0.7916 0.7791 0.6623 0.4377 0.5711 0.7783 0.8384 0.8011 0.7637 1.0000 0.9963 0.9222 0.9304 0.9106 0.8990 0.8133 0.8110 0.8058 0.8133 0.8299 0.8609 0.8963 0.5581 0.5644 0.5972 0.6509 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.1268 0.4242 0.5637 0.6728 0.2539 0.5863 0.5516 0.6070 0.8657 0.7815 0.8140 0.8051 0.6999 0.4239 0.5606 0.7653 0.8324 0.8150 0.7870 0.9963 1.0000 0.9264 0.9388 0.9187 0.9175 0.8461 0.8170 0.8183 0.8331 0.8250 0.8579 0.8988 0.5762 0.5827 0.6222 0.6759 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.1313 0.4179 0.5447 0.6461 0.2481 0.5790 0.5159 0.5784 0.8549 0.7598 0.8023 0.7896 0.6811 0.4425 0.5893 0.8110 0.8655 0.7874 0.7612 0.9222 0.9264 1.0000 0.9925 0.9184 0.8974 0.8188 0.8479 0.8524 0.8430 0.8475 0.8819 0.9057 0.5585 0.5645 0.6498 0.7024 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.1356 0.4475 0.5728 0.6756 0.2679 0.6067 0.5380 0.6031 0.8702 0.7880 0.8164 0.8062 0.7069 0.4196 0.5637 0.7903 0.8575 0.7970 0.7780 0.9304 0.9388 0.9925 1.0000 0.9242 0.9166 0.8485 0.8392 0.8465 0.8485 0.8392 0.8737 0.9076 0.5798 0.5864 0.6761 0.7235 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.1323 0.4646 0.5475 0.6505 0.3490 0.6582 0.5393 0.6117 0.8958 0.8127 0.8688 0.8531 0.7498 0.4402 0.5750 0.7823 0.8376 0.8658 0.8436 0.9106 0.9187 0.9184 0.9242 1.0000 0.9631 0.8935 0.8672 0.8697 0.8691 0.8601 0.8793 0.9120 0.6208 0.6259 0.6351 0.6867 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.1591 0.5683 0.5552 0.6665 0.4282 0.7437 0.5672 0.6478 0.9096 0.8835 0.9008 0.8998 0.8333 0.3937 0.5336 0.7025 0.7766 0.8795 0.8915 0.8990 0.9175 0.8974 0.9166 0.9631 1.0000 0.9635 0.8227 0.8531 0.8818 0.7972 0.8399 0.8923 0.6517 0.6569 0.6280 0.6771 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.1779 0.7324 0.5217 0.6237 0.5311 0.8298 0.5965 0.6890 0.8890 0.9421 0.9051 0.9205 0.9162 0.3149 0.4627 0.5883 0.6762 0.8477 0.9048 0.8133 0.8461 0.8188 0.8485 0.8935 0.9635 1.0000 0.7633 0.8188 0.8670 0.7041 0.7508 0.8124 0.6415 0.6465 0.6354 0.6875 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.0957 0.4568 0.4941 0.5703 0.2478 0.5197 0.5040 0.5710 0.8112 0.7167 0.7477 0.7297 0.6429 0.4653 0.5987 0.7217 0.7636 0.7421 0.6939 0.8110 0.8170 0.8479 0.8392 0.8672 0.8227 0.7633 1.0000 0.9434 0.9050 0.8812 0.8769 0.8719 0.5080 0.5141 0.6372 0.7022 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.1165 0.5378 0.5033 0.5811 0.3119 0.5841 0.5296 0.6087 0.8171 0.7712 0.7666 0.7638 0.7033 0.4328 0.5860 0.6851 0.7422 0.7416 0.7298 0.8058 0.8183 0.8524 0.8465 0.8697 0.8531 0.8188 0.9434 1.0000 0.9595 0.8560 0.8821 0.8842 0.5257 0.5318 0.6540 0.7239 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.1504 0.6295 0.4892 0.5862 0.3548 0.6499 0.5692 0.6468 0.8537 0.8388 0.8198 0.8231 0.7822 0.4075 0.5493 0.6503 0.7177 0.7778 0.7876 0.8133 0.8331 0.8430 0.8485 0.8691 0.8818 0.8670 0.9050 0.9595 1.0000 0.8019 0.8401 0.8649 0.5672 0.5734 0.6335 0.6997 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.0666 0.3096 0.5592 0.6587 0.1638 0.4247 0.4762 0.5311 0.7715 0.6272 0.6898 0.6632 0.5413 0.4624 0.5794 0.7383 0.7851 0.7144 0.6368 0.8299 0.8250 0.8475 0.8392 0.8601 0.7972 0.7041 0.8812 0.8560 0.8019 1.0000 0.9520 0.9354 0.4961 0.5031 0.6174 0.6864 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.0835 0.3538 0.5384 0.6486 0.1798 0.4590 0.4914 0.5523 0.7980 0.6778 0.7283 0.7068 0.5977 0.4635 0.5966 0.7409 0.7921 0.7398 0.6826 0.8609 0.8579 0.8819 0.8737 0.8793 0.8399 0.7508 0.8769 0.8821 0.8401 0.9520 1.0000 0.9780 0.5041 0.5106 0.6026 0.6721 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.0974 0.3997 0.5785 0.7000 0.2114 0.5152 0.5413 0.6017 0.8375 0.7337 0.7685 0.7505 0.6509 0.4449 0.5757 0.7414 0.8093 0.7747 0.7328 0.8963 0.8988 0.9057 0.9076 0.9120 0.8923 0.8124 0.8719 0.8842 0.8649 0.9354 0.9780 1.0000 0.5566 0.5636 0.6380 0.7021 Intron_UCSC.bedL2 0.1165 0.3284 0.4828 0.6262 0.3355 0.5743 0.4075 0.4586 0.5964 0.5778 0.5655 0.5575 0.5103 0.2254 0.2695 0.4555 0.5069 0.5456 0.5494 0.5581 0.5762 0.5585 0.5798 0.6208 0.6517 0.6415 0.5080 0.5257 0.5672 0.4961 0.5041 0.5566 1.0000 0.9998 0.4217 0.4198 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.1161 0.3323 0.4955 0.6376 0.3355 0.5770 0.4128 0.4638 0.6018 0.5823 0.5685 0.5606 0.5131 0.2267 0.2716 0.4593 0.5126 0.5491 0.5520 0.5644 0.5827 0.5645 0.5864 0.6259 0.6569 0.6465 0.5141 0.5318 0.5734 0.5031 0.5106 0.5636 0.9998 1.0000 0.4313 0.4287 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.0306 0.4397 0.5497 0.5895 0.2494 0.4882 0.4265 0.4900 0.6003 0.5826 0.5138 0.5186 0.4843 0.1598 0.2936 0.4724 0.5641 0.4830 0.4640 0.5972 0.6222 0.6498 0.6761 0.6351 0.6280 0.6354 0.6372 0.6540 0.6335 0.6174 0.6026 0.6380 0.4217 0.4313 1.0000 0.9367 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0488 0.4960 0.5371 0.5858 0.2675 0.5154 0.4536 0.5269 0.6466 0.6324 0.5699 0.5733 0.5429 0.2039 0.3678 0.5234 0.6174 0.5328 0.5185 0.6509 0.6759 0.7024 0.7235 0.6867 0.6771 0.6875 0.7022 0.7239 0.6997 0.6864 0.6721 0.7021 0.4198 0.4287 0.9367 1.0000 Promoter_UCSC.bedL2 0.0593 0.3445 0.6575 0.7232 0.2010 0.4745 0.4373 0.4724 0.6347 0.5679 0.5365 0.5230 0.4638 0.2656 0.3355 0.5285 0.6038 0.5327 0.4982 0.6455 0.6588 0.6606 0.6810 0.6570 0.6675 0.6308 0.6403 0.6376 0.6382 0.6438 0.6238 0.6673 0.5710 0.5825 0.6738 0.6606 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.0597 0.3464 0.6477 0.7190 0.2028 0.4774 0.4411 0.4776 0.6385 0.5725 0.5392 0.5268 0.4682 0.2694 0.3392 0.5290 0.6052 0.5357 0.5035 0.6492 0.6627 0.6624 0.6834 0.6630 0.6750 0.6383 0.6441 0.6436 0.6443 0.6452 0.6281 0.6728 0.5780 0.5893 0.6733 0.6580 Repressed_Hoffman.bedL2 0.1437 0.8899 -0.0579 -0.0647 0.4588 0.5084 0.2182 0.2807 0.2416 0.5039 0.3919 0.4507 0.6438 -0.0591 0.0371 -0.1178 -0.0794 0.2513 0.4100 0.0414 0.0875 0.0756 0.0988 0.1182 0.2332 0.4268 0.1484 0.2287 0.3274 -0.0216 0.0233 0.0520 0.0358 0.0370 0.1535 0.2013 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1524 0.9191 -0.0308 -0.0331 0.4938 0.5615 0.2661 0.3360 0.3024 0.5650 0.4483 0.5059 0.6956 -0.0395 0.0632 -0.0754 -0.0309 0.2996 0.4628 0.0891 0.1377 0.1290 0.1542 0.1752 0.2914 0.4846 0.1913 0.2758 0.3780 0.0176 0.0671 0.1007 0.0947 0.0956 0.1953 0.2453 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.0760 0.1323 0.2961 0.3727 0.1152 0.3036 0.2793 0.3082 0.5739 0.4293 0.5399 0.5177 0.3807 0.4788 0.5835 0.7222 0.7013 0.5860 0.5286 0.7190 0.6909 0.7153 0.6740 0.6950 0.6077 0.4807 0.6751 0.6547 0.5949 0.6776 0.6818 0.6639 0.3190 0.3216 0.3187 0.3706 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.0760 0.1367 0.2999 0.3758 0.1185 0.3076 0.2819 0.3116 0.5767 0.4335 0.5424 0.5204 0.3843 0.4774 0.5842 0.7220 0.7025 0.5880 0.5314 0.7221 0.6944 0.7178 0.6771 0.6977 0.6116 0.4856 0.6780 0.6589 0.5989 0.6800 0.6844 0.6672 0.3219 0.3246 0.3234 0.3758 TFBS_ENCODE.bedL2 0.1654 0.6755 0.4244 0.5082 0.3714 0.6354 0.6445 0.7113 0.8550 0.8553 0.8265 0.8400 0.8236 0.3606 0.4819 0.6226 0.6843 0.7678 0.7899 0.7007 0.7243 0.7419 0.7540 0.7656 0.7832 0.8050 0.7223 0.7402 0.7772 0.6625 0.6796 0.7142 0.4872 0.4930 0.5751 0.6260 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1902 0.7864 0.3999 0.4880 0.4452 0.7136 0.6559 0.7411 0.8590 0.9203 0.8554 0.8804 0.9053 0.3085 0.4291 0.5529 0.6260 0.7717 0.8346 0.6781 0.7109 0.7138 0.7351 0.7503 0.7994 0.8561 0.6797 0.7167 0.7797 0.5986 0.6345 0.6826 0.4983 0.5035 0.5651 0.6137 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.1396 0.8006 0.5214 0.6560 0.4654 0.7441 0.5530 0.6528 0.7979 0.8683 0.7793 0.7985 0.8415 0.2332 0.3672 0.5073 0.6016 0.6841 0.7503 0.6568 0.6926 0.7014 0.7287 0.7438 0.7982 0.8679 0.6838 0.7352 0.7881 0.6261 0.6522 0.7065 0.6151 0.6212 0.6399 0.6852 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1687 0.9938 0.2273 0.2920 0.5438 0.7253 0.4724 0.5701 0.6075 0.8092 0.6781 0.7257 0.8697 0.0998 0.2350 0.2101 0.2852 0.5370 0.6735 0.3837 0.4327 0.4293 0.4583 0.4768 0.5775 0.7381 0.4628 0.5445 0.6355 0.3221 0.3666 0.4124 0.3557 0.3593 0.4420 0.4992 TSS_Hoffman.bedL2 0.0334 0.3859 0.4925 0.5224 0.2135 0.4126 0.4120 0.4818 0.6126 0.5487 0.5396 0.5240 0.4647 0.3323 0.5092 0.5877 0.6536 0.5338 0.4847 0.6436 0.6533 0.7070 0.7031 0.6725 0.6296 0.6081 0.7680 0.7714 0.6822 0.7652 0.7348 0.7248 0.3548 0.3624 0.7400 0.8174 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0479 0.3888 0.5098 0.5495 0.1988 0.4200 0.4520 0.5190 0.6477 0.5766 0.5655 0.5513 0.4863 0.3360 0.5034 0.6370 0.7125 0.5611 0.5127 0.6811 0.6902 0.7458 0.7407 0.7096 0.6622 0.6317 0.7940 0.8016 0.7206 0.7841 0.7594 0.7568 0.3835 0.3914 0.7581 0.8322 UTR_3_UCSC.bedL2 0.0814 0.2124 0.8170 0.7072 0.1548 0.3594 0.3380 0.3577 0.4650 0.4066 0.3885 0.3837 0.3391 0.1624 0.1874 0.3696 0.4406 0.3928 0.3770 0.4822 0.4908 0.4917 0.5099 0.5012 0.5057 0.4746 0.4446 0.4758 0.4655 0.4871 0.4772 0.5177 0.4435 0.4546 0.4830 0.4586 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.0781 0.2468 0.7077 0.7278 0.1679 0.3902 0.3318 0.3660 0.4803 0.4374 0.3957 0.3977 0.3562 0.1528 0.1810 0.3547 0.4358 0.3934 0.3843 0.4887 0.5016 0.4818 0.5108 0.5027 0.5183 0.5019 0.4372 0.4520 0.4599 0.4724 0.4596 0.5082 0.4893 0.5001 0.5166 0.4949 UTR_5_UCSC.bedL2 0.0309 0.2003 0.4073 0.3949 0.0831 0.2350 0.2510 0.2740 0.3502 0.3066 0.2684 0.2596 0.2298 0.1459 0.1753 0.2678 0.3254 0.2546 0.2329 0.3396 0.3484 0.3471 0.3645 0.3376 0.3376 0.3230 0.3390 0.3302 0.3301 0.3483 0.3269 0.3434 0.3154 0.3237 0.3604 0.3536 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.0476 0.3311 0.6120 0.7046 0.1637 0.4247 0.4150 0.4488 0.5930 0.5170 0.4686 0.4498 0.3988 0.2617 0.3115 0.4881 0.5623 0.4607 0.4198 0.5976 0.6097 0.6007 0.6233 0.5817 0.5822 0.5559 0.5755 0.5587 0.5715 0.5883 0.5586 0.5929 0.5361 0.5481 0.6224 0.6104 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.1053 0.3003 0.3245 0.4283 0.1818 0.3763 0.4053 0.4464 0.6831 0.5626 0.6428 0.6233 0.5209 0.4658 0.5471 0.6440 0.6690 0.6299 0.5863 0.6778 0.6738 0.6806 0.6710 0.7171 0.6609 0.5873 0.6762 0.6596 0.6647 0.7098 0.7107 0.7023 0.4010 0.4035 0.3380 0.4267 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1264 0.3908 0.4032 0.5162 0.2491 0.4903 0.4920 0.5463 0.7868 0.6916 0.7495 0.7338 0.6410 0.4788 0.5810 0.7463 0.7928 0.7356 0.7115 0.7775 0.7787 0.7903 0.7875 0.8318 0.7875 0.7219 0.7504 0.7457 0.7551 0.7667 0.7828 0.7964 0.4950 0.4983 0.4601 0.5441 Promoter_UCSC.bedL2 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 MAF 0.0593 0.0597 0.1437 0.1524 0.0760 0.0760 0.1654 0.1902 0.1396 0.1687 0.0334 0.0479 0.0814 0.0781 0.0309 0.0476 0.1053 0.1264 baseL2 0.3445 0.3464 0.8899 0.9191 0.1323 0.1367 0.6755 0.7864 0.8006 0.9938 0.3859 0.3888 0.2124 0.2468 0.2003 0.3311 0.3003 0.3908 Coding_UCSC.bedL2 0.6575 0.6477 -0.0579 -0.0308 0.2961 0.2999 0.4244 0.3999 0.5214 0.2273 0.4925 0.5098 0.8170 0.7077 0.4073 0.6120 0.3245 0.4032 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.7232 0.7190 -0.0647 -0.0331 0.3727 0.3758 0.5082 0.4880 0.6560 0.2920 0.5224 0.5495 0.7072 0.7278 0.3949 0.7046 0.4283 0.5162 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.2010 0.2028 0.4588 0.4938 0.1152 0.1185 0.3714 0.4452 0.4654 0.5438 0.2135 0.1988 0.1548 0.1679 0.0831 0.1637 0.1818 0.2491 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.4745 0.4774 0.5084 0.5615 0.3036 0.3076 0.6354 0.7136 0.7441 0.7253 0.4126 0.4200 0.3594 0.3902 0.2350 0.4247 0.3763 0.4903 CTCF_Hoffman.bedL2 0.4373 0.4411 0.2182 0.2661 0.2793 0.2819 0.6445 0.6559 0.5530 0.4724 0.4120 0.4520 0.3380 0.3318 0.2510 0.4150 0.4053 0.4920 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.4724 0.4776 0.2807 0.3360 0.3082 0.3116 0.7113 0.7411 0.6528 0.5701 0.4818 0.5190 0.3577 0.3660 0.2740 0.4488 0.4464 0.5463 DGF_ENCODE.bedL2 0.6347 0.6385 0.2416 0.3024 0.5739 0.5767 0.8550 0.8590 0.7979 0.6075 0.6126 0.6477 0.4650 0.4803 0.3502 0.5930 0.6831 0.7868 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.5679 0.5725 0.5039 0.5650 0.4293 0.4335 0.8553 0.9203 0.8683 0.8092 0.5487 0.5766 0.4066 0.4374 0.3066 0.5170 0.5626 0.6916 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.5365 0.5392 0.3919 0.4483 0.5399 0.5424 0.8265 0.8554 0.7793 0.6781 0.5396 0.5655 0.3885 0.3957 0.2684 0.4686 0.6428 0.7495 DHS_Trynka.bedL2 0.5230 0.5268 0.4507 0.5059 0.5177 0.5204 0.8400 0.8804 0.7985 0.7257 0.5240 0.5513 0.3837 0.3977 0.2596 0.4498 0.6233 0.7338 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.4638 0.4682 0.6438 0.6956 0.3807 0.3843 0.8236 0.9053 0.8415 0.8697 0.4647 0.4863 0.3391 0.3562 0.2298 0.3988 0.5209 0.6410 Enhancer_Andersson.bedL2 0.2656 0.2694 -0.0591 -0.0395 0.4788 0.4774 0.3606 0.3085 0.2332 0.0998 0.3323 0.3360 0.1624 0.1528 0.1459 0.2617 0.4658 0.4788 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.3355 0.3392 0.0371 0.0632 0.5835 0.5842 0.4819 0.4291 0.3672 0.2350 0.5092 0.5034 0.1874 0.1810 0.1753 0.3115 0.5471 0.5810 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.5285 0.5290 -0.1178 -0.0754 0.7222 0.7220 0.6226 0.5529 0.5073 0.2101 0.5877 0.6370 0.3696 0.3547 0.2678 0.4881 0.6440 0.7463 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6038 0.6052 -0.0794 -0.0309 0.7013 0.7025 0.6843 0.6260 0.6016 0.2852 0.6536 0.7125 0.4406 0.4358 0.3254 0.5623 0.6690 0.7928 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.5327 0.5357 0.2513 0.2996 0.5860 0.5880 0.7678 0.7717 0.6841 0.5370 0.5338 0.5611 0.3928 0.3934 0.2546 0.4607 0.6299 0.7356 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.4982 0.5035 0.4100 0.4628 0.5286 0.5314 0.7899 0.8346 0.7503 0.6735 0.4847 0.5127 0.3770 0.3843 0.2329 0.4198 0.5863 0.7115 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.6455 0.6492 0.0414 0.0891 0.7190 0.7221 0.7007 0.6781 0.6568 0.3837 0.6436 0.6811 0.4822 0.4887 0.3396 0.5976 0.6778 0.7775 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.6588 0.6627 0.0875 0.1377 0.6909 0.6944 0.7243 0.7109 0.6926 0.4327 0.6533 0.6902 0.4908 0.5016 0.3484 0.6097 0.6738 0.7787 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.6606 0.6624 0.0756 0.1290 0.7153 0.7178 0.7419 0.7138 0.7014 0.4293 0.7070 0.7458 0.4917 0.4818 0.3471 0.6007 0.6806 0.7903 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.6810 0.6834 0.0988 0.1542 0.6740 0.6771 0.7540 0.7351 0.7287 0.4583 0.7031 0.7407 0.5099 0.5108 0.3645 0.6233 0.6710 0.7875 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.6570 0.6630 0.1182 0.1752 0.6950 0.6977 0.7656 0.7503 0.7438 0.4768 0.6725 0.7096 0.5012 0.5027 0.3376 0.5817 0.7171 0.8318 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.6675 0.6750 0.2332 0.2914 0.6077 0.6116 0.7832 0.7994 0.7982 0.5775 0.6296 0.6622 0.5057 0.5183 0.3376 0.5822 0.6609 0.7875 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.6308 0.6383 0.4268 0.4846 0.4807 0.4856 0.8050 0.8561 0.8679 0.7381 0.6081 0.6317 0.4746 0.5019 0.3230 0.5559 0.5873 0.7219 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.6403 0.6441 0.1484 0.1913 0.6751 0.6780 0.7223 0.6797 0.6838 0.4628 0.7680 0.7940 0.4446 0.4372 0.3390 0.5755 0.6762 0.7504 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.6376 0.6436 0.2287 0.2758 0.6547 0.6589 0.7402 0.7167 0.7352 0.5445 0.7714 0.8016 0.4758 0.4520 0.3302 0.5587 0.6596 0.7457 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.6382 0.6443 0.3274 0.3780 0.5949 0.5989 0.7772 0.7797 0.7881 0.6355 0.6822 0.7206 0.4655 0.4599 0.3301 0.5715 0.6647 0.7551 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.6438 0.6452 -0.0216 0.0176 0.6776 0.6800 0.6625 0.5986 0.6261 0.3221 0.7652 0.7841 0.4871 0.4724 0.3483 0.5883 0.7098 0.7667 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.6238 0.6281 0.0233 0.0671 0.6818 0.6844 0.6796 0.6345 0.6522 0.3666 0.7348 0.7594 0.4772 0.4596 0.3269 0.5586 0.7107 0.7828 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.6673 0.6728 0.0520 0.1007 0.6639 0.6672 0.7142 0.6826 0.7065 0.4124 0.7248 0.7568 0.5177 0.5082 0.3434 0.5929 0.7023 0.7964 Intron_UCSC.bedL2 0.5710 0.5780 0.0358 0.0947 0.3190 0.3219 0.4872 0.4983 0.6151 0.3557 0.3548 0.3835 0.4435 0.4893 0.3154 0.5361 0.4010 0.4950 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.5825 0.5893 0.0370 0.0956 0.3216 0.3246 0.4930 0.5035 0.6212 0.3593 0.3624 0.3914 0.4546 0.5001 0.3237 0.5481 0.4035 0.4983 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.6738 0.6733 0.1535 0.1953 0.3187 0.3234 0.5751 0.5651 0.6399 0.4420 0.7400 0.7581 0.4830 0.5166 0.3604 0.6224 0.3380 0.4601 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6606 0.6580 0.2013 0.2453 0.3706 0.3758 0.6260 0.6137 0.6852 0.4992 0.8174 0.8322 0.4586 0.4949 0.3536 0.6104 0.4267 0.5441 Promoter_UCSC.bedL2 1.0000 0.9948 0.0549 0.0921 0.4221 0.4261 0.5381 0.5135 0.6008 0.3472 0.6091 0.6304 0.6681 0.6794 0.5323 0.8181 0.4117 0.5042 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.9948 1.0000 0.0558 0.0934 0.4268 0.4311 0.5403 0.5161 0.6043 0.3496 0.6035 0.6264 0.6679 0.6811 0.5281 0.8101 0.4135 0.5080 Repressed_Hoffman.bedL2 0.0549 0.0558 1.0000 0.9921 -0.0884 -0.0852 0.3889 0.5150 0.4634 0.8618 0.1041 0.0891 -0.0249 -0.0084 0.0416 0.0561 0.0463 0.0830 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0921 0.0934 0.9921 1.0000 -0.0620 -0.0584 0.4369 0.5668 0.5249 0.8977 0.1383 0.1261 0.0021 0.0220 0.0618 0.0854 0.0866 0.1356 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.4221 0.4268 -0.0884 -0.0620 1.0000 0.9998 0.4773 0.4127 0.3645 0.1443 0.5115 0.5479 0.3057 0.2562 0.1912 0.3616 0.5832 0.6292 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.4261 0.4311 -0.0852 -0.0584 0.9998 1.0000 0.4799 0.4157 0.3688 0.1487 0.5159 0.5524 0.3092 0.2599 0.1934 0.3642 0.5840 0.6310 TFBS_ENCODE.bedL2 0.5381 0.5403 0.3889 0.4369 0.4773 0.4799 1.0000 0.9607 0.7661 0.6843 0.5969 0.6367 0.3894 0.3887 0.3060 0.5066 0.5744 0.6940 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.5135 0.5161 0.5150 0.5668 0.4127 0.4157 0.9607 1.0000 0.8208 0.7936 0.5360 0.5725 0.3714 0.3846 0.2875 0.4838 0.5378 0.6722 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.6008 0.6043 0.4634 0.5249 0.3645 0.3688 0.7661 0.8208 1.0000 0.8317 0.5989 0.6209 0.4710 0.5168 0.3220 0.5637 0.5103 0.6334 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.3472 0.3496 0.8618 0.8977 0.1443 0.1487 0.6843 0.7936 0.8317 1.0000 0.3919 0.3961 0.2197 0.2541 0.1991 0.3339 0.3124 0.4067 TSS_Hoffman.bedL2 0.6091 0.6035 0.1041 0.1383 0.5115 0.5159 0.5969 0.5360 0.5989 0.3919 1.0000 0.9599 0.4087 0.4006 0.3263 0.5495 0.4862 0.5754 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6304 0.6264 0.0891 0.1261 0.5479 0.5524 0.6367 0.5725 0.6209 0.3961 0.9599 1.0000 0.4378 0.4199 0.3445 0.5703 0.5133 0.6155 UTR_3_UCSC.bedL2 0.6681 0.6679 -0.0249 0.0021 0.3057 0.3092 0.3894 0.3714 0.4710 0.2197 0.4087 0.4378 1.0000 0.8353 0.3707 0.5586 0.2741 0.3644 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.6794 0.6811 -0.0084 0.0220 0.2562 0.2599 0.3887 0.3846 0.5168 0.2541 0.4006 0.4199 0.8353 1.0000 0.3917 0.5684 0.2802 0.3700 UTR_5_UCSC.bedL2 0.5323 0.5281 0.0416 0.0618 0.1912 0.1934 0.3060 0.2875 0.3220 0.1991 0.3263 0.3445 0.3707 0.3917 1.0000 0.7307 0.2362 0.2717 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.8181 0.8101 0.0561 0.0854 0.3616 0.3642 0.5066 0.4838 0.5637 0.3339 0.5495 0.5703 0.5586 0.5684 0.7307 1.0000 0.3990 0.4685 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.4117 0.4135 0.0463 0.0866 0.5832 0.5840 0.5744 0.5378 0.5103 0.3124 0.4862 0.5133 0.2741 0.2802 0.2362 0.3990 1.0000 0.8987 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5042 0.5080 0.0830 0.1356 0.6292 0.6310 0.6940 0.6722 0.6334 0.4067 0.5754 0.6155 0.3644 0.3700 0.2717 0.4685 0.8987 1.0000 LD Score Matrix Condition Number 1096.752 Annotation Correlation Matrix base Coding_UCSC.bed Coding_UCSC.extend.500.bed Conserved_LindbladToh.bed Conserved_LindbladToh.extend.500.bed CTCF_Hoffman.bed CTCF_Hoffman.extend.500.bed DGF_ENCODE.bed DGF_ENCODE.extend.500.bed DHS_peaks_Trynka.bed DHS_Trynka.bed DHS_Trynka.extend.500.bed Enhancer_Andersson.bed Enhancer_Andersson.extend.500.bed Enhancer_Hoffman.bed Enhancer_Hoffman.extend.500.bed FetalDHS_Trynka.bed FetalDHS_Trynka.extend.500.bed H3K27ac_Hnisz.bed H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed H3K27ac_PGC2.bed H3K27ac_PGC2.extend.500.bed H3K4me1_peaks_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.extend.500.bed H3K4me3_peaks_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.extend.500.bed H3K9ac_peaks_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.extend.500.bed Intron_UCSC.bed Intron_UCSC.extend.500.bed PromoterFlanking_Hoffman.bed PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed Promoter_UCSC.bed Promoter_UCSC.extend.500.bed Repressed_Hoffman.bed \ base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed NaN 1.0000 0.4509 0.1982 0.1161 0.0108 0.0144 0.0387 0.0342 0.0410 0.0394 0.0351 -0.0048 -0.0081 0.0313 0.0361 0.0413 0.0328 0.0451 0.0447 0.0537 0.0551 0.0350 0.0576 0.0538 0.0539 0.0610 0.0472 0.0560 0.0705 0.0655 -0.0377 0.0415 0.0107 0.0228 0.1046 0.1019 -0.0631 Coding_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4509 1.0000 0.0997 0.2823 0.0116 0.0205 0.0574 0.0671 0.0574 0.0582 0.0637 -0.0056 -0.0064 0.0495 0.0608 0.0646 0.0612 0.1087 0.1071 0.1016 0.1094 0.0599 0.1100 0.1123 0.0822 0.0944 0.0803 0.0949 0.1246 0.1331 0.1700 0.2123 0.0203 0.0513 0.1940 0.1830 -0.1476 Conserved_LindbladToh.bed NaN 0.1982 0.0997 1.0000 0.2497 0.0048 0.0021 0.0732 0.0497 0.1241 0.1299 0.0858 0.0137 0.0118 0.0408 0.0343 0.1379 0.1057 0.0331 0.0327 0.0422 0.0374 0.0659 0.0864 0.0701 0.0481 0.0611 0.0483 0.0375 0.0548 0.0490 -0.0039 0.0215 0.0149 0.0223 0.0327 0.0324 -0.0194 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed NaN 0.1161 0.2823 0.2497 1.0000 0.0333 0.0348 0.0959 0.1629 0.1605 0.1907 0.2450 0.0190 0.0435 0.0995 0.1093 0.1894 0.2735 0.1463 0.1474 0.1549 0.1533 0.1565 0.2327 0.2274 0.0904 0.1237 0.1240 0.1011 0.1534 0.1630 0.1202 0.1328 0.0299 0.0567 0.0793 0.0780 -0.0827 CTCF_Hoffman.bed NaN 0.0108 0.0116 0.0048 0.0333 1.0000 0.5564 0.1105 0.1088 0.1170 0.1190 0.0953 0.0166 0.0252 0.0418 0.0621 0.1111 0.0998 0.0456 0.0461 0.0447 0.0432 0.0692 0.0709 0.0587 0.0405 0.0552 0.0587 0.0514 0.0787 0.0869 0.0089 0.0114 0.0038 0.0385 0.0134 0.0136 -0.1446 CTCF_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0144 0.0205 0.0021 0.0348 0.5564 1.0000 0.0834 0.1586 0.0871 0.0913 0.1399 0.0176 0.0346 0.0548 0.0888 0.0852 0.1360 0.0774 0.0793 0.0740 0.0749 0.0789 0.0949 0.0974 0.0520 0.0675 0.0888 0.0649 0.1036 0.1282 0.0211 0.0237 0.0170 0.0562 0.0213 0.0229 -0.1260 DGF_ENCODE.bed NaN 0.0387 0.0574 0.0732 0.0959 0.1105 0.0834 1.0000 0.3719 0.5184 0.4942 0.2586 0.0831 0.0805 0.1847 0.1799 0.3378 0.2171 0.2013 0.1947 0.2202 0.2075 0.2828 0.2871 0.2150 0.1785 0.2311 0.2002 0.1533 0.2286 0.2161 0.0681 0.0751 0.0700 0.1008 0.0831 0.0823 -0.1787 DGF_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0342 0.0671 0.0497 0.1629 0.1088 0.1586 0.3719 1.0000 0.2730 0.3401 0.5602 0.0429 0.0901 0.1722 0.2293 0.2247 0.3729 0.3242 0.3266 0.3285 0.3303 0.3057 0.4526 0.4456 0.1490 0.2505 0.3055 0.1456 0.2606 0.3105 0.1237 0.1281 0.0707 0.1278 0.0843 0.0880 -0.2405 DHS_peaks_Trynka.bed NaN 0.0410 0.0574 0.1241 0.1605 0.1170 0.0871 0.5184 0.2730 1.0000 0.7723 0.3607 0.0881 0.0888 0.2093 0.1967 0.6409 0.3664 0.1981 0.1900 0.2237 0.2031 0.3093 0.3124 0.2331 0.2138 0.2561 0.2151 0.1922 0.2605 0.2331 0.0574 0.0649 0.0547 0.0985 0.0784 0.0719 -0.1531 DHS_Trynka.bed NaN 0.0394 0.0582 0.1299 0.1907 0.1190 0.0913 0.4942 0.3401 0.7723 1.0000 0.4569 0.0818 0.0987 0.2356 0.2219 0.6706 0.4268 0.2358 0.2266 0.2649 0.2399 0.3495 0.3770 0.2840 0.2253 0.2874 0.2490 0.2053 0.2887 0.2640 0.0653 0.0727 0.0573 0.1037 0.0773 0.0711 -0.1764 DHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0351 0.0637 0.0858 0.2450 0.0953 0.1399 0.2586 0.5602 0.3607 0.4569 1.0000 0.0421 0.0895 0.1746 0.2325 0.3064 0.6300 0.3087 0.3145 0.3185 0.3133 0.3078 0.4766 0.4788 0.1398 0.2274 0.2883 0.1407 0.2531 0.3067 0.1091 0.1133 0.0523 0.1098 0.0652 0.0619 -0.1886 Enhancer_Andersson.bed NaN -0.0048 -0.0056 0.0137 0.0190 0.0166 0.0176 0.0831 0.0429 0.0881 0.0818 0.0421 1.0000 0.4599 0.0998 0.0885 0.0997 0.0583 0.0598 0.0564 0.0708 0.0611 0.0606 0.0520 0.0373 0.0737 0.0867 0.0646 0.0623 0.0876 0.0726 0.0156 0.0151 0.0235 0.0481 0.0213 0.0258 -0.0382 Enhancer_Andersson.extend.500.bed NaN -0.0081 -0.0064 0.0118 0.0435 0.0252 0.0346 0.0805 0.0901 0.0888 0.0987 0.0895 0.4599 1.0000 0.1675 0.1696 0.1077 0.1196 0.1223 0.1162 0.1439 0.1282 0.1146 0.1070 0.0805 0.1137 0.1521 0.1274 0.1091 0.1639 0.1464 0.0285 0.0276 0.0406 0.0741 0.0263 0.0327 -0.0738 Enhancer_Hoffman.bed NaN 0.0313 0.0495 0.0408 0.0995 0.0418 0.0548 0.1847 0.1722 0.2093 0.2356 0.1746 0.0998 0.1675 1.0000 0.6610 0.2190 0.2122 0.2384 0.2240 0.3095 0.2703 0.2547 0.2180 0.1553 0.2384 0.2879 0.2420 0.2361 0.3182 0.2719 0.0693 0.0746 0.0530 0.1389 0.1004 0.0964 -0.1858 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0361 0.0608 0.0343 0.1093 0.0621 0.0888 0.1799 0.2293 0.1967 0.2219 0.2325 0.0885 0.1696 0.6610 1.0000 0.2042 0.2615 0.3330 0.3250 0.4259 0.3895 0.2690 0.2918 0.2301 0.2202 0.3206 0.3268 0.2250 0.3641 0.3754 0.0948 0.1013 0.1045 0.2279 0.1380 0.1361 -0.2577 FetalDHS_Trynka.bed NaN 0.0413 0.0646 0.1379 0.1894 0.1111 0.0852 0.3378 0.2247 0.6409 0.6706 0.3064 0.0997 0.1077 0.2190 0.2042 1.0000 0.4863 0.1989 0.1904 0.2241 0.2005 0.2958 0.2950 0.2193 0.2478 0.2816 0.2311 0.2252 0.2854 0.2483 0.0518 0.0604 0.0474 0.1071 0.0960 0.0872 -0.1322 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0328 0.0612 0.1057 0.2735 0.0998 0.1360 0.2171 0.3729 0.3664 0.4268 0.6300 0.0583 0.1196 0.2122 0.2615 0.4863 1.0000 0.2997 0.2993 0.3180 0.3011 0.3201 0.4363 0.3941 0.1806 0.2707 0.3132 0.1848 0.3054 0.3379 0.0898 0.0945 0.0577 0.1246 0.0834 0.0771 -0.1631 H3K27ac_Hnisz.bed NaN 0.0451 0.1087 0.0331 0.1463 0.0456 0.0774 0.2013 0.3242 0.1981 0.2358 0.3087 0.0598 0.1223 0.2384 0.3330 0.1989 0.2997 1.0000 0.9325 0.5576 0.5872 0.3229 0.4654 0.4274 0.1775 0.2936 0.3512 0.1950 0.3608 0.4450 0.2165 0.2216 0.0817 0.1497 0.1034 0.1126 -0.2525 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0447 0.1071 0.0327 0.1474 0.0461 0.0793 0.1947 0.3266 0.1900 0.2266 0.3145 0.0564 0.1162 0.2240 0.3250 0.1904 0.2993 0.9325 1.0000 0.5662 0.6067 0.3136 0.4690 0.4508 0.1689 0.2831 0.3526 0.1847 0.3450 0.4432 0.2124 0.2171 0.0808 0.1519 0.1002 0.1111 -0.2496 H3K27ac_PGC2.bed NaN 0.0537 0.1016 0.0422 0.1549 0.0447 0.0740 0.2202 0.3285 0.2237 0.2649 0.3185 0.0708 0.1439 0.3095 0.4259 0.2241 0.3180 0.5576 0.5662 1.0000 0.8554 0.3547 0.4821 0.4105 0.2283 0.3835 0.4403 0.2453 0.4541 0.5292 0.1751 0.1817 0.1097 0.1964 0.1408 0.1463 -0.2666 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed NaN 0.0551 0.1094 0.0374 0.1533 0.0432 0.0749 0.2075 0.3303 0.2031 0.2399 0.3133 0.0611 0.1282 0.2703 0.3895 0.2005 0.3011 0.5872 0.6067 0.8554 1.0000 0.3387 0.4882 0.4449 0.2027 0.3459 0.4171 0.2169 0.4102 0.5066 0.1907 0.1969 0.1031 0.1874 0.1369 0.1450 -0.2720 H3K4me1_peaks_Trynka.bed NaN 0.0350 0.0599 0.0659 0.1565 0.0692 0.0789 0.2828 0.3057 0.3093 0.3495 0.3078 0.0606 0.1146 0.2547 0.2690 0.2958 0.3201 0.3229 0.3136 0.3547 0.3387 1.0000 0.5378 0.3747 0.2708 0.3598 0.3234 0.2732 0.3828 0.3621 0.1381 0.1429 0.1291 0.1722 0.0976 0.1021 -0.2220 H3K4me1_Trynka.bed NaN 0.0576 0.1100 0.0864 0.2327 0.0709 0.0949 0.2871 0.4526 0.3124 0.3770 0.4766 0.0520 0.1070 0.2180 0.2918 0.2950 0.4363 0.4654 0.4690 0.4821 0.4882 0.5378 1.0000 0.6901 0.1972 0.3335 0.4074 0.2031 0.3762 0.4642 0.2045 0.2105 0.0986 0.1696 0.1068 0.1121 -0.2765 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0538 0.1123 0.0701 0.2274 0.0587 0.0974 0.2150 0.4456 0.2331 0.2840 0.4788 0.0373 0.0805 0.1553 0.2301 0.2193 0.3941 0.4274 0.4508 0.4105 0.4449 0.3747 0.6901 1.0000 0.1368 0.2392 0.3312 0.1433 0.2695 0.3805 0.2117 0.2166 0.0686 0.1334 0.0914 0.0978 -0.2411 H3K4me3_peaks_Trynka.bed NaN 0.0539 0.0822 0.0481 0.0904 0.0405 0.0520 0.1785 0.1490 0.2138 0.2253 0.1398 0.0737 0.1137 0.2384 0.2202 0.2478 0.1806 0.1775 0.1689 0.2283 0.2027 0.2708 0.1972 0.1368 1.0000 0.5307 0.3547 0.3802 0.3679 0.2833 0.0599 0.0693 0.1211 0.1736 0.1429 0.1395 -0.1304 H3K4me3_Trynka.bed NaN 0.0610 0.0944 0.0611 0.1237 0.0552 0.0675 0.2311 0.2505 0.2561 0.2874 0.2274 0.0867 0.1521 0.2879 0.3206 0.2816 0.2707 0.2936 0.2831 0.3835 0.3459 0.3598 0.3335 0.2392 0.5307 1.0000 0.6594 0.3397 0.5387 0.4673 0.1061 0.1167 0.1796 0.2695 0.1974 0.2006 -0.2045 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0472 0.0803 0.0483 0.1240 0.0587 0.0888 0.2002 0.3055 0.2151 0.2490 0.2883 0.0646 0.1274 0.2420 0.3268 0.2311 0.3132 0.3512 0.3526 0.4403 0.4171 0.3234 0.4074 0.3312 0.3547 0.6594 1.0000 0.2515 0.4597 0.5343 0.1219 0.1295 0.1353 0.2483 0.1557 0.1615 -0.2127 H3K9ac_peaks_Trynka.bed NaN 0.0560 0.0949 0.0375 0.1011 0.0514 0.0649 0.1533 0.1456 0.1922 0.2053 0.1407 0.0623 0.1091 0.2361 0.2250 0.2252 0.1848 0.1950 0.1847 0.2453 0.2169 0.2732 0.2031 0.1433 0.3802 0.3397 0.2515 1.0000 0.5249 0.3667 0.0763 0.0843 0.1081 0.1653 0.1451 0.1421 -0.1332 H3K9ac_Trynka.bed NaN 0.0705 0.1246 0.0548 0.1534 0.0787 0.1036 0.2286 0.2606 0.2605 0.2887 0.2531 0.0876 0.1639 0.3182 0.3641 0.2854 0.3054 0.3608 0.3450 0.4541 0.4102 0.3828 0.3762 0.2695 0.3679 0.5387 0.4597 0.5249 1.0000 0.6930 0.1327 0.1433 0.1680 0.2543 0.1975 0.1979 -0.2247 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0655 0.1331 0.0490 0.1630 0.0869 0.1282 0.2161 0.3105 0.2331 0.2640 0.3067 0.0726 0.1464 0.2719 0.3754 0.2483 0.3379 0.4450 0.4432 0.5292 0.5066 0.3621 0.4642 0.3805 0.2833 0.4673 0.5343 0.3667 0.6930 1.0000 0.1671 0.1762 0.1415 0.2551 0.1754 0.1822 -0.2594 Intron_UCSC.bed NaN -0.0377 0.1700 -0.0039 0.1202 0.0089 0.0211 0.0681 0.1237 0.0574 0.0653 0.1091 0.0156 0.0285 0.0693 0.0948 0.0518 0.0898 0.2165 0.2124 0.1751 0.1907 0.1381 0.2045 0.2117 0.0599 0.1061 0.1219 0.0763 0.1327 0.1671 1.0000 0.9877 0.0369 0.0422 0.0776 0.0883 -0.2404 Intron_UCSC.extend.500.bed NaN 0.0415 0.2123 0.0215 0.1328 0.0114 0.0237 0.0751 0.1281 0.0649 0.0727 0.1133 0.0151 0.0276 0.0746 0.1013 0.0604 0.0945 0.2216 0.2171 0.1817 0.1969 0.1429 0.2105 0.2166 0.0693 0.1167 0.1295 0.0843 0.1433 0.1762 0.9877 1.0000 0.0388 0.0481 0.1017 0.1102 -0.2470 PromoterFlanking_Hoffman.bed NaN 0.0107 0.0203 0.0149 0.0299 0.0038 0.0170 0.0700 0.0707 0.0547 0.0573 0.0523 0.0235 0.0406 0.0530 0.1045 0.0474 0.0577 0.0817 0.0808 0.1097 0.1031 0.1291 0.0986 0.0686 0.1211 0.1796 0.1353 0.1081 0.1680 0.1415 0.0369 0.0388 1.0000 0.5156 0.1225 0.1329 -0.0928 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0228 0.0513 0.0223 0.0567 0.0385 0.0562 0.1008 0.1278 0.0985 0.1037 0.1098 0.0481 0.0741 0.1389 0.2279 0.1071 0.1246 0.1497 0.1519 0.1964 0.1874 0.1722 0.1696 0.1334 0.1736 0.2695 0.2483 0.1653 0.2543 0.2551 0.0422 0.0481 0.5156 1.0000 0.1975 0.2024 -0.1481 Promoter_UCSC.bed NaN 0.1046 0.1940 0.0327 0.0793 0.0134 0.0213 0.0831 0.0843 0.0784 0.0773 0.0652 0.0213 0.0263 0.1004 0.1380 0.0960 0.0834 0.1034 0.1002 0.1408 0.1369 0.0976 0.1068 0.0914 0.1429 0.1974 0.1557 0.1451 0.1975 0.1754 0.0776 0.1017 0.1225 0.1975 1.0000 0.8963 -0.0958 Promoter_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1019 0.1830 0.0324 0.0780 0.0136 0.0229 0.0823 0.0880 0.0719 0.0711 0.0619 0.0258 0.0327 0.0964 0.1361 0.0872 0.0771 0.1126 0.1111 0.1463 0.1450 0.1021 0.1121 0.0978 0.1395 0.2006 0.1615 0.1421 0.1979 0.1822 0.0883 0.1102 0.1329 0.2024 0.8963 1.0000 -0.1010 Repressed_Hoffman.bed NaN -0.0631 -0.1476 -0.0194 -0.0827 -0.1446 -0.1260 -0.1787 -0.2405 -0.1531 -0.1764 -0.1886 -0.0382 -0.0738 -0.1858 -0.2577 -0.1322 -0.1631 -0.2525 -0.2496 -0.2666 -0.2720 -0.2220 -0.2765 -0.2411 -0.1304 -0.2045 -0.2127 -0.1332 -0.2247 -0.2594 -0.2404 -0.2470 -0.0928 -0.1481 -0.0958 -0.1010 1.0000 Repressed_Hoffman.extend.500.bed NaN -0.1085 -0.2564 -0.0235 -0.1217 -0.0567 -0.0902 -0.1842 -0.2590 -0.1540 -0.1738 -0.1994 -0.0578 -0.1110 -0.3019 -0.3751 -0.1481 -0.1897 -0.3494 -0.3406 -0.3716 -0.3720 -0.2560 -0.3256 -0.2925 -0.1732 -0.2660 -0.2709 -0.1954 -0.3191 -0.3568 -0.3536 -0.3640 -0.1157 -0.1838 -0.1471 -0.1556 0.5427 SuperEnhancer_Hnisz.bed NaN 0.0347 0.0937 0.0159 0.0934 0.0256 0.0439 0.1398 0.1987 0.1179 0.1334 0.1709 0.0570 0.1160 0.1952 0.2537 0.1219 0.1798 0.5239 0.4885 0.3999 0.3986 0.2342 0.2981 0.2571 0.1485 0.2379 0.2564 0.1728 0.3092 0.3404 0.1999 0.2032 0.0587 0.0999 0.0871 0.0940 -0.2033 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0354 0.0943 0.0161 0.0937 0.0253 0.0449 0.1399 0.1995 0.1177 0.1332 0.1719 0.0563 0.1160 0.1943 0.2535 0.1216 0.1805 0.5228 0.4940 0.4031 0.4030 0.2343 0.3001 0.2601 0.1474 0.2375 0.2573 0.1720 0.3086 0.3430 0.1991 0.2025 0.0591 0.1025 0.0877 0.0958 -0.2041 TFBS_ENCODE.bed NaN 0.0485 0.0694 0.0677 0.1062 0.2313 0.1638 0.3395 0.2598 0.3465 0.3926 0.2458 0.0889 0.1141 0.2889 0.2827 0.3074 0.2378 0.2048 0.1972 0.2461 0.2235 0.2523 0.2535 0.1895 0.2247 0.2831 0.2423 0.1970 0.2682 0.2470 0.0532 0.0621 0.0716 0.1391 0.1173 0.1136 -0.2043 TFBS_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0336 0.0579 0.0504 0.1390 0.1700 0.2630 0.2210 0.3953 0.2331 0.2832 0.3921 0.0530 0.1109 0.2466 0.3229 0.2114 0.3256 0.2824 0.2820 0.3253 0.3107 0.2636 0.3431 0.3061 0.1728 0.2713 0.3063 0.1687 0.2821 0.3081 0.0825 0.0878 0.0816 0.1573 0.0987 0.0979 -0.2299 Transcribed_Hoffman.bed NaN 0.0552 0.1408 -0.0067 0.0212 -0.0292 -0.0050 0.0459 0.0741 0.0155 0.0204 0.0431 0.0012 0.0055 0.0062 0.0178 0.0017 0.0166 0.1189 0.1160 0.0984 0.1145 0.0787 0.1212 0.1172 0.0134 0.0428 0.0550 0.0231 0.0525 0.0873 0.2577 0.2600 0.0030 -0.0033 0.0092 0.0176 -0.7671 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed NaN -0.0027 0.0133 -0.0157 -0.0176 -0.0322 -0.0311 -0.0173 0.0025 -0.0345 -0.0341 -0.0058 -0.0106 -0.0206 -0.0641 -0.0688 -0.0483 -0.0359 -0.0100 -0.0089 -0.0201 -0.0115 -0.0222 -0.0063 0.0067 -0.0557 -0.0550 -0.0354 -0.0485 -0.0576 -0.0424 0.1056 0.1016 -0.0215 -0.0478 -0.0610 -0.0556 -0.2047 TSS_Hoffman.bed NaN 0.0894 0.1527 0.0390 0.0776 0.0198 0.0341 0.1531 0.0984 0.1739 0.1661 0.0961 0.0903 0.1160 0.1599 0.2175 0.2102 0.1389 0.1338 0.1253 0.1841 0.1592 0.1404 0.1166 0.0866 0.2857 0.2697 0.1835 0.2818 0.2835 0.2058 0.0391 0.0593 0.0796 0.2231 0.2990 0.2796 -0.1052 TSS_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0726 0.1297 0.0330 0.0805 0.0407 0.0604 0.1440 0.1341 0.1546 0.1547 0.1267 0.0828 0.1377 0.2510 0.3415 0.1873 0.1732 0.1836 0.1744 0.2474 0.2182 0.1801 0.1614 0.1212 0.2704 0.3386 0.2543 0.2658 0.3440 0.2821 0.0524 0.0681 0.1949 0.3480 0.3208 0.3070 -0.1481 UTR_3_UCSC.bed NaN 0.5790 0.2748 0.0647 0.0735 0.0050 0.0115 0.0184 0.0258 0.0206 0.0193 0.0237 -0.0026 -0.0072 0.0184 0.0220 0.0197 0.0219 0.0360 0.0363 0.0354 0.0364 0.0255 0.0430 0.0418 0.0218 0.0378 0.0344 0.0287 0.0451 0.0459 -0.0126 0.0220 0.0060 0.0160 0.0779 0.0812 -0.0481 UTR_3_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4079 0.4080 0.0541 0.1149 0.0088 0.0179 0.0276 0.0362 0.0262 0.0258 0.0298 -0.0046 -0.0099 0.0198 0.0241 0.0226 0.0248 0.0503 0.0495 0.0490 0.0517 0.0327 0.0553 0.0562 0.0344 0.0480 0.0425 0.0387 0.0581 0.0628 0.0484 0.0793 0.0107 0.0222 0.1397 0.1390 -0.0690 UTR_5_UCSC.bed NaN 0.2271 0.1130 0.0439 0.0306 0.0015 0.0039 0.0330 0.0236 0.0346 0.0344 0.0133 -0.0035 -0.0069 0.0341 0.0361 0.0426 0.0225 0.0277 0.0259 0.0417 0.0417 0.0232 0.0276 0.0183 0.0548 0.0555 0.0373 0.0513 0.0573 0.0448 -0.0061 0.0359 0.0182 0.0324 0.1659 0.1537 -0.0324 UTR_5_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1423 0.3722 0.0422 0.1134 0.0055 0.0127 0.0662 0.0560 0.0656 0.0652 0.0427 -0.0018 -0.0039 0.0636 0.0805 0.0847 0.0567 0.0747 0.0709 0.0962 0.0940 0.0582 0.0726 0.0627 0.1166 0.1220 0.0944 0.1123 0.1286 0.1098 0.0832 0.1214 0.0378 0.0851 0.3790 0.3520 -0.0812 WeakEnhancer_Hoffman.bed NaN 0.0058 0.0064 0.0244 0.0426 0.0219 0.0389 0.1684 0.1212 0.1864 0.1967 0.1205 0.0669 0.0726 0.1044 0.1581 0.1559 0.1246 0.1192 0.1141 0.1481 0.1365 0.1942 0.1531 0.1088 0.1280 0.1652 0.1467 0.1231 0.1654 0.1579 0.0365 0.0373 0.0177 0.0667 0.0128 0.0149 -0.1350 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0121 0.0204 0.0299 0.0823 0.0554 0.0818 0.1557 0.2371 0.1740 0.2080 0.2390 0.0567 0.1106 0.2092 0.3044 0.1641 0.2302 0.2282 0.2245 0.2759 0.2648 0.2553 0.2833 0.2296 0.1493 0.2346 0.2701 0.1596 0.2610 0.2887 0.0745 0.0755 0.0621 0.1377 0.0352 0.0379 -0.2194 Repressed_Hoffman.extend.500.bed SuperEnhancer_Hnisz.bed SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed TFBS_ENCODE.bed TFBS_ENCODE.extend.500.bed Transcribed_Hoffman.bed Transcribed_Hoffman.extend.500.bed TSS_Hoffman.bed TSS_Hoffman.extend.500.bed UTR_3_UCSC.bed UTR_3_UCSC.extend.500.bed UTR_5_UCSC.bed UTR_5_UCSC.extend.500.bed WeakEnhancer_Hoffman.bed WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed -0.1085 0.0347 0.0354 0.0485 0.0336 0.0552 -0.0027 0.0894 0.0726 0.5790 0.4079 0.2271 0.1423 0.0058 0.0121 Coding_UCSC.extend.500.bed -0.2564 0.0937 0.0943 0.0694 0.0579 0.1408 0.0133 0.1527 0.1297 0.2748 0.4080 0.1130 0.3722 0.0064 0.0204 Conserved_LindbladToh.bed -0.0235 0.0159 0.0161 0.0677 0.0504 -0.0067 -0.0157 0.0390 0.0330 0.0647 0.0541 0.0439 0.0422 0.0244 0.0299 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed -0.1217 0.0934 0.0937 0.1062 0.1390 0.0212 -0.0176 0.0776 0.0805 0.0735 0.1149 0.0306 0.1134 0.0426 0.0823 CTCF_Hoffman.bed -0.0567 0.0256 0.0253 0.2313 0.1700 -0.0292 -0.0322 0.0198 0.0407 0.0050 0.0088 0.0015 0.0055 0.0219 0.0554 CTCF_Hoffman.extend.500.bed -0.0902 0.0439 0.0449 0.1638 0.2630 -0.0050 -0.0311 0.0341 0.0604 0.0115 0.0179 0.0039 0.0127 0.0389 0.0818 DGF_ENCODE.bed -0.1842 0.1398 0.1399 0.3395 0.2210 0.0459 -0.0173 0.1531 0.1440 0.0184 0.0276 0.0330 0.0662 0.1684 0.1557 DGF_ENCODE.extend.500.bed -0.2590 0.1987 0.1995 0.2598 0.3953 0.0741 0.0025 0.0984 0.1341 0.0258 0.0362 0.0236 0.0560 0.1212 0.2371 DHS_peaks_Trynka.bed -0.1540 0.1179 0.1177 0.3465 0.2331 0.0155 -0.0345 0.1739 0.1546 0.0206 0.0262 0.0346 0.0656 0.1864 0.1740 DHS_Trynka.bed -0.1738 0.1334 0.1332 0.3926 0.2832 0.0204 -0.0341 0.1661 0.1547 0.0193 0.0258 0.0344 0.0652 0.1967 0.2080 DHS_Trynka.extend.500.bed -0.1994 0.1709 0.1719 0.2458 0.3921 0.0431 -0.0058 0.0961 0.1267 0.0237 0.0298 0.0133 0.0427 0.1205 0.2390 Enhancer_Andersson.bed -0.0578 0.0570 0.0563 0.0889 0.0530 0.0012 -0.0106 0.0903 0.0828 -0.0026 -0.0046 -0.0035 -0.0018 0.0669 0.0567 Enhancer_Andersson.extend.500.bed -0.1110 0.1160 0.1160 0.1141 0.1109 0.0055 -0.0206 0.1160 0.1377 -0.0072 -0.0099 -0.0069 -0.0039 0.0726 0.1106 Enhancer_Hoffman.bed -0.3019 0.1952 0.1943 0.2889 0.2466 0.0062 -0.0641 0.1599 0.2510 0.0184 0.0198 0.0341 0.0636 0.1044 0.2092 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.3751 0.2537 0.2535 0.2827 0.3229 0.0178 -0.0688 0.2175 0.3415 0.0220 0.0241 0.0361 0.0805 0.1581 0.3044 FetalDHS_Trynka.bed -0.1481 0.1219 0.1216 0.3074 0.2114 0.0017 -0.0483 0.2102 0.1873 0.0197 0.0226 0.0426 0.0847 0.1559 0.1641 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed -0.1897 0.1798 0.1805 0.2378 0.3256 0.0166 -0.0359 0.1389 0.1732 0.0219 0.0248 0.0225 0.0567 0.1246 0.2302 H3K27ac_Hnisz.bed -0.3494 0.5239 0.5228 0.2048 0.2824 0.1189 -0.0100 0.1338 0.1836 0.0360 0.0503 0.0277 0.0747 0.1192 0.2282 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed -0.3406 0.4885 0.4940 0.1972 0.2820 0.1160 -0.0089 0.1253 0.1744 0.0363 0.0495 0.0259 0.0709 0.1141 0.2245 H3K27ac_PGC2.bed -0.3716 0.3999 0.4031 0.2461 0.3253 0.0984 -0.0201 0.1841 0.2474 0.0354 0.0490 0.0417 0.0962 0.1481 0.2759 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed -0.3720 0.3986 0.4030 0.2235 0.3107 0.1145 -0.0115 0.1592 0.2182 0.0364 0.0517 0.0417 0.0940 0.1365 0.2648 H3K4me1_peaks_Trynka.bed -0.2560 0.2342 0.2343 0.2523 0.2636 0.0787 -0.0222 0.1404 0.1801 0.0255 0.0327 0.0232 0.0582 0.1942 0.2553 H3K4me1_Trynka.bed -0.3256 0.2981 0.3001 0.2535 0.3431 0.1212 -0.0063 0.1166 0.1614 0.0430 0.0553 0.0276 0.0726 0.1531 0.2833 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed -0.2925 0.2571 0.2601 0.1895 0.3061 0.1172 0.0067 0.0866 0.1212 0.0418 0.0562 0.0183 0.0627 0.1088 0.2296 H3K4me3_peaks_Trynka.bed -0.1732 0.1485 0.1474 0.2247 0.1728 0.0134 -0.0557 0.2857 0.2704 0.0218 0.0344 0.0548 0.1166 0.1280 0.1493 H3K4me3_Trynka.bed -0.2660 0.2379 0.2375 0.2831 0.2713 0.0428 -0.0550 0.2697 0.3386 0.0378 0.0480 0.0555 0.1220 0.1652 0.2346 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed -0.2709 0.2564 0.2573 0.2423 0.3063 0.0550 -0.0354 0.1835 0.2543 0.0344 0.0425 0.0373 0.0944 0.1467 0.2701 H3K9ac_peaks_Trynka.bed -0.1954 0.1728 0.1720 0.1970 0.1687 0.0231 -0.0485 0.2818 0.2658 0.0287 0.0387 0.0513 0.1123 0.1231 0.1596 H3K9ac_Trynka.bed -0.3191 0.3092 0.3086 0.2682 0.2821 0.0525 -0.0576 0.2835 0.3440 0.0451 0.0581 0.0573 0.1286 0.1654 0.2610 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed -0.3568 0.3404 0.3430 0.2470 0.3081 0.0873 -0.0424 0.2058 0.2821 0.0459 0.0628 0.0448 0.1098 0.1579 0.2887 Intron_UCSC.bed -0.3536 0.1999 0.1991 0.0532 0.0825 0.2577 0.1056 0.0391 0.0524 -0.0126 0.0484 -0.0061 0.0832 0.0365 0.0745 Intron_UCSC.extend.500.bed -0.3640 0.2032 0.2025 0.0621 0.0878 0.2600 0.1016 0.0593 0.0681 0.0220 0.0793 0.0359 0.1214 0.0373 0.0755 PromoterFlanking_Hoffman.bed -0.1157 0.0587 0.0591 0.0716 0.0816 0.0030 -0.0215 0.0796 0.1949 0.0060 0.0107 0.0182 0.0378 0.0177 0.0621 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed -0.1838 0.0999 0.1025 0.1391 0.1573 -0.0033 -0.0478 0.2231 0.3480 0.0160 0.0222 0.0324 0.0851 0.0667 0.1377 Promoter_UCSC.bed -0.1471 0.0871 0.0877 0.1173 0.0987 0.0092 -0.0610 0.2990 0.3208 0.0779 0.1397 0.1659 0.3790 0.0128 0.0352 Promoter_UCSC.extend.500.bed -0.1556 0.0940 0.0958 0.1136 0.0979 0.0176 -0.0556 0.2796 0.3070 0.0812 0.1390 0.1537 0.3520 0.0149 0.0379 Repressed_Hoffman.bed 0.5427 -0.2033 -0.2041 -0.2043 -0.2299 -0.7671 -0.2047 -0.1052 -0.1481 -0.0481 -0.0690 -0.0324 -0.0812 -0.1350 -0.2194 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 1.0000 -0.3240 -0.3254 -0.2255 -0.2618 -0.3639 -0.0769 -0.1897 -0.2450 -0.0827 -0.1183 -0.0509 -0.1298 -0.1474 -0.2405 SuperEnhancer_Hnisz.bed -0.3240 1.0000 0.9890 0.1435 0.1801 0.1346 0.0095 0.1347 0.1716 0.0269 0.0450 0.0224 0.0622 0.0860 0.1529 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed -0.3254 0.9890 1.0000 0.1432 0.1805 0.1349 0.0097 0.1339 0.1715 0.0278 0.0456 0.0220 0.0619 0.0861 0.1544 TFBS_ENCODE.bed -0.2255 0.1435 0.1432 1.0000 0.5300 0.0095 -0.0499 0.2438 0.2446 0.0252 0.0319 0.0430 0.0863 0.1992 0.2164 TFBS_ENCODE.extend.500.bed -0.2618 0.1801 0.1805 0.5300 1.0000 0.0277 -0.0336 0.1506 0.2039 0.0240 0.0310 0.0250 0.0612 0.1494 0.2816 Transcribed_Hoffman.bed -0.3639 0.1346 0.1349 0.0095 0.0277 1.0000 0.3317 -0.0242 -0.0178 0.0500 0.0711 0.0047 0.0309 0.0078 0.0167 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed -0.0769 0.0095 0.0097 -0.0499 -0.0336 0.3317 1.0000 -0.0968 -0.0922 0.0072 0.0072 -0.0203 -0.0354 -0.0257 -0.0360 TSS_Hoffman.bed -0.1897 0.1347 0.1339 0.2438 0.1506 -0.0242 -0.0968 1.0000 0.6977 0.0216 0.0368 0.1084 0.2312 0.0385 0.0600 TSS_Hoffman.extend.500.bed -0.2450 0.1716 0.1715 0.2446 0.2039 -0.0178 -0.0922 0.6977 1.0000 0.0240 0.0353 0.0856 0.1988 0.0543 0.1081 UTR_3_UCSC.bed -0.0827 0.0269 0.0278 0.0252 0.0240 0.0500 0.0072 0.0216 0.0240 1.0000 0.6377 0.0626 0.0417 0.0051 0.0116 UTR_3_UCSC.extend.500.bed -0.1183 0.0450 0.0456 0.0319 0.0310 0.0711 0.0072 0.0368 0.0353 0.6377 1.0000 0.0537 0.0894 0.0059 0.0107 UTR_5_UCSC.bed -0.0509 0.0224 0.0220 0.0430 0.0250 0.0047 -0.0203 0.1084 0.0856 0.0626 0.0537 1.0000 0.4822 0.0018 0.0069 UTR_5_UCSC.extend.500.bed -0.1298 0.0622 0.0619 0.0863 0.0612 0.0309 -0.0354 0.2312 0.1988 0.0417 0.0894 0.4822 1.0000 0.0080 0.0212 WeakEnhancer_Hoffman.bed -0.1474 0.0860 0.0861 0.1992 0.1494 0.0078 -0.0257 0.0385 0.0543 0.0051 0.0059 0.0018 0.0080 1.0000 0.4657 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.2405 0.1529 0.1544 0.2164 0.2816 0.0167 -0.0360 0.0600 0.1081 0.0116 0.0107 0.0069 0.0212 0.4657 1.0000 Annotation Matrix Column Sums base 366200.0 Coding_UCSC.bed 2866.0 Coding_UCSC.extend.500.bed 13678.0 Conserved_LindbladToh.bed 8941.0 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed 104900.0 CTCF_Hoffman.bed 6603.0 CTCF_Hoffman.extend.500.bed 20506.0 DGF_ENCODE.bed 42045.0 DGF_ENCODE.extend.500.bed 177219.0 DHS_peaks_Trynka.bed 37570.0 DHS_Trynka.bed 56767.0 DHS_Trynka.extend.500.bed 171278.0 Enhancer_Andersson.bed 1072.0 Enhancer_Andersson.extend.500.bed 5013.0 Enhancer_Hoffman.bed 10699.0 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed 23599.0 FetalDHS_Trynka.bed 27907.0 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed 94695.0 H3K27ac_Hnisz.bed 109646.0 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed 120678.0 H3K27ac_PGC2.bed 76624.0 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed 97262.0 H3K4me1_peaks_Trynka.bed 51280.0 H3K4me1_Trynka.bed 130296.0 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed 196643.0 H3K4me3_peaks_Trynka.bed 11785.0 H3K4me3_Trynka.bed 37743.0 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed 76548.0 H3K9ac_peaks_Trynka.bed 9524.0 H3K9ac_Trynka.bed 31883.0 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed 60674.0 Intron_UCSC.bed 126070.0 Intron_UCSC.extend.500.bed 128119.0 PromoterFlanking_Hoffman.bed 2729.0 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed 10059.0 Promoter_UCSC.bed 10331.0 Promoter_UCSC.extend.500.bed 12773.0 Repressed_Hoffman.bed 195662.0 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 291395.0 SuperEnhancer_Hnisz.bed 38449.0 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed 39214.0 TFBS_ENCODE.bed 37705.0 TFBS_ENCODE.extend.500.bed 106221.0 Transcribed_Hoffman.bed 125663.0 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed 302496.0 TSS_Hoffman.bed 3497.0 TSS_Hoffman.extend.500.bed 7113.0 UTR_3_UCSC.bed 2487.0 UTR_3_UCSC.extend.500.bed 6055.0 UTR_5_UCSC.bed 1513.0 UTR_5_UCSC.extend.500.bed 6420.0 WeakEnhancer_Hoffman.bed 5728.0 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed 25003.0 Summary of Annotation Matrix Row Sums count 366200.0000 mean 10.0132 std 6.2257 min 1.0000 25% 5.0000 50% 8.0000 75% 13.0000 max 44.0000 Analysis finished at Tue Oct 17 17:22:34 2017 Total time elapsed: 41.0m:18.39s