********************************************************************* * LD Score Regression (LDSC) * Version 1.0.0 * (C) 2014-2015 Brendan Bulik-Sullivan and Hilary Finucane * Broad Institute of MIT and Harvard / MIT Department of Mathematics * GNU General Public License v3 ********************************************************************* Call: ./ldsc.py \ --print-snps hapmap3_snps/hm.18.snp \ --ld-wind-cm 1.0 \ --out 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.18 \ --bfile 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.18 \ --annot 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.18.annot.gz \ --l2 Beginning analysis at Tue Oct 17 16:41:15 2017 Read list of 285156 SNPs from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.18.bim Read 53 annotations for 285156 SNPs from 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.18.annot.gz Read list of 489 individuals from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.18.fam Reading genotypes from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.18.bed Estimating LD Score. Reading list of 40891 SNPs for which to print LD Scores from hapmap3_snps/hm.18.snp After merging with --print-snps, LD Scores for 35326 SNPs will be printed. Writing LD Scores for 35326 SNPs to 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.18.l2.ldscore.gz Summary of LD Scores in 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.18.l2.ldscore.gz MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 Promoter_UCSC.bedL2 \ mean 0.2356 101.2790 1.0277 4.7361 2.5959 29.4199 1.9096 5.8427 11.0958 48.0866 10.3097 15.5541 47.7553 0.2852 1.2838 3.0760 6.6466 7.5850 26.3125 29.9852 33.2897 20.2915 26.0625 14.1441 36.9792 55.6614 2.8830 9.4839 19.6407 2.4508 8.1662 16.0288 39.3173 39.9251 0.7626 2.8040 3.0029 std 0.1434 80.8362 2.1349 8.3741 3.2270 26.4441 2.1803 5.9680 9.6889 37.3110 8.2848 12.0579 35.8510 0.6442 2.1293 4.2871 8.5999 6.0921 20.1804 31.3583 33.1730 20.5238 25.4789 12.7481 31.4807 44.6539 3.0247 9.4460 17.3052 3.1970 9.8034 17.7386 59.6464 60.1026 1.4332 4.1038 5.3132 min 0.0051 -1.5113 -0.1395 -0.3488 -0.1812 -0.6502 -0.1234 -0.2567 -0.4008 -0.5176 -0.4631 -0.6380 -0.4921 -0.0985 -0.1899 -0.2304 -0.4049 -0.3152 -0.9686 -0.5644 -0.7137 -0.7824 -0.4722 -0.6918 -0.4014 -0.8803 -0.1489 -0.3925 -0.7401 -0.1215 -0.4804 -0.7817 -2.1912 -2.2072 -0.0777 -0.1678 -0.2325 25% 0.1094 45.2697 0.0106 0.0736 0.4507 11.1761 0.4642 1.8911 4.4985 21.9245 4.5148 7.0952 22.7510 0.0076 0.1073 0.3204 0.9334 3.2241 12.1623 7.7275 9.9881 5.9004 8.1094 5.2136 14.8967 25.0085 0.8188 3.0341 7.6185 0.3575 1.5927 4.0177 2.4513 2.5171 0.0425 0.3156 0.1521 50% 0.2249 79.8300 0.1449 0.9168 1.4599 21.7250 1.1921 4.0274 8.2604 37.9293 7.9909 12.3497 38.3876 0.0481 0.4639 1.3406 3.2270 5.9424 21.0473 19.0756 22.2473 13.6326 17.9418 10.0038 27.0429 42.3432 1.8868 6.4035 14.1991 1.2343 4.5019 9.7456 17.5508 18.0302 0.1998 1.2134 0.8384 75% 0.3569 131.4111 1.0658 5.4304 3.5592 39.5050 2.5397 7.7519 14.6665 62.3814 13.6063 20.3889 61.5838 0.2247 1.5961 4.1904 9.1935 10.1301 34.6295 41.1495 44.9477 27.9007 35.6787 19.1299 48.7176 72.8356 3.9427 12.5462 25.7813 3.1991 10.9660 21.2697 53.2381 54.1683 0.8454 3.4447 3.7065 max 0.5000 603.7230 29.0938 67.2511 36.1900 237.2816 26.2932 74.4227 86.1808 293.7770 66.2033 98.3464 293.2289 11.1422 28.8813 35.1189 61.7902 41.2875 167.4952 223.4393 230.2346 171.3653 205.0498 108.0274 252.6469 377.8071 24.8355 68.7996 117.2064 26.9466 73.9512 141.1707 588.8277 589.8753 23.9301 41.1859 64.8762 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 mean 3.6791 52.1560 80.6601 9.5080 9.6842 10.1438 28.9289 37.8062 86.1369 1.0303 1.9921 0.8612 1.8865 0.4288 1.9012 1.6913 7.4208 std 6.5300 51.1696 74.0985 18.5852 18.7823 9.1182 23.4312 37.5442 70.0342 2.0428 3.5388 2.0586 4.1297 1.0710 3.7123 2.1437 8.1070 min -0.3084 -1.4412 -1.9715 -0.7516 -0.7574 -0.5304 -1.2234 -0.6894 -0.9052 -0.0990 -0.1380 -0.1567 -0.2015 -0.0848 -0.2232 -0.0768 -0.3028 25% 0.1916 17.1804 30.2627 0.0220 0.0247 3.9242 12.6468 14.1454 37.6771 0.0200 0.0735 0.0078 0.0339 0.0048 0.0717 0.2818 2.0337 50% 1.0620 37.0068 59.4294 1.0370 1.0675 7.4006 22.2688 26.5215 67.2996 0.1644 0.4396 0.1034 0.2868 0.0535 0.4244 0.9502 4.6838 75% 4.5454 71.2902 109.0847 10.1673 10.6235 13.2809 37.7304 46.5928 112.8220 1.0325 2.1945 0.7051 1.7501 0.3256 2.0271 2.2280 9.9265 max 81.7483 405.5903 600.1551 190.6054 192.6489 62.6134 163.7118 431.2990 518.0841 21.4313 34.4912 28.7899 38.4754 16.4962 38.7087 18.6015 69.6813 MAF/LD Score Correlation Matrix MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 \ MAF 1.0000 0.1706 0.0668 0.0764 0.1029 0.1488 0.1067 0.1290 0.1432 0.1640 0.1544 0.1700 0.1715 0.0107 0.0321 0.0804 0.0807 0.1446 0.1584 0.0979 0.1048 0.0976 0.1020 0.1126 0.1287 0.1444 0.0933 0.0999 0.1205 0.0628 0.0668 0.0892 0.0515 0.0522 0.0406 0.0741 baseL2 0.1706 1.0000 0.2807 0.4147 0.6011 0.8443 0.5502 0.6517 0.7104 0.8510 0.7670 0.8021 0.8956 0.1922 0.2237 0.3421 0.3809 0.7005 0.8061 0.4677 0.5169 0.4961 0.5319 0.5985 0.6881 0.8060 0.4741 0.5364 0.6477 0.3509 0.3826 0.4577 0.5860 0.5886 0.3449 0.4399 Coding_UCSC.bedL2 0.0668 0.2807 1.0000 0.7916 0.1185 0.2760 0.4492 0.4491 0.4974 0.4431 0.4111 0.4004 0.3848 0.2853 0.3617 0.4127 0.4565 0.3882 0.3688 0.4533 0.4571 0.4695 0.4799 0.4856 0.4889 0.4583 0.5018 0.5295 0.5148 0.4690 0.4908 0.5120 0.3148 0.3279 0.3984 0.4800 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.0764 0.4147 0.7916 1.0000 0.1598 0.4397 0.5379 0.5584 0.6590 0.6090 0.5701 0.5628 0.5526 0.3341 0.4243 0.5275 0.5908 0.5409 0.5370 0.6127 0.6238 0.6450 0.6597 0.6441 0.6750 0.6503 0.5986 0.6441 0.6367 0.5677 0.6139 0.6540 0.5400 0.5534 0.5253 0.6113 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.1029 0.6011 0.1185 0.1598 1.0000 0.8019 0.2723 0.3394 0.4149 0.5034 0.5332 0.5539 0.5882 0.0898 0.1083 0.1308 0.1385 0.5288 0.5637 0.2042 0.2422 0.2320 0.2525 0.3446 0.4011 0.4823 0.2030 0.2414 0.3026 0.1214 0.1346 0.1850 0.3618 0.3615 0.0962 0.1541 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.1488 0.8443 0.2760 0.4397 0.8019 1.0000 0.4835 0.5611 0.6672 0.7748 0.7695 0.7918 0.8448 0.1663 0.2163 0.3542 0.3802 0.7486 0.8229 0.4746 0.5169 0.5052 0.5335 0.6271 0.6979 0.7809 0.4498 0.5081 0.6026 0.3413 0.3847 0.4562 0.6335 0.6348 0.2851 0.3860 CTCF_Hoffman.bedL2 0.1067 0.5502 0.4492 0.5379 0.2723 0.4835 1.0000 0.9146 0.6493 0.6631 0.6202 0.6339 0.6402 0.2719 0.3346 0.4344 0.4916 0.5750 0.6122 0.5788 0.5979 0.5582 0.5800 0.6122 0.6383 0.6503 0.5096 0.5540 0.6085 0.4730 0.5214 0.5856 0.4594 0.4661 0.4203 0.4946 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1290 0.6517 0.4491 0.5584 0.3394 0.5611 0.9146 1.0000 0.7361 0.7614 0.7031 0.7171 0.7371 0.2775 0.3480 0.5022 0.5537 0.6339 0.6840 0.6202 0.6458 0.6155 0.6385 0.6771 0.7075 0.7337 0.5709 0.6160 0.6792 0.5229 0.5691 0.6386 0.5205 0.5272 0.4513 0.5432 DGF_ENCODE.bedL2 0.1432 0.7104 0.4974 0.6590 0.4149 0.6672 0.6493 0.7361 1.0000 0.9474 0.9381 0.9292 0.8973 0.4255 0.5029 0.6994 0.7555 0.8701 0.8762 0.8178 0.8467 0.8414 0.8621 0.9129 0.9328 0.9276 0.7995 0.8420 0.8849 0.7492 0.7906 0.8432 0.5780 0.5860 0.5611 0.6946 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1640 0.8510 0.4431 0.6090 0.5034 0.7748 0.6631 0.7614 0.9474 1.0000 0.9375 0.9511 0.9692 0.3544 0.4283 0.6162 0.6763 0.8617 0.9131 0.7660 0.8055 0.7851 0.8160 0.8722 0.9265 0.9653 0.7228 0.7837 0.8612 0.6454 0.6967 0.7660 0.5911 0.5977 0.5237 0.6476 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.1544 0.7670 0.4111 0.5701 0.5332 0.7695 0.6202 0.7031 0.9381 0.9375 1.0000 0.9822 0.9441 0.3819 0.4510 0.6112 0.6652 0.9446 0.9438 0.7669 0.8020 0.7844 0.8081 0.8897 0.9228 0.9338 0.7317 0.7830 0.8464 0.6692 0.7134 0.7705 0.5945 0.6002 0.4844 0.6130 DHS_Trynka.bedL2 0.1700 0.8021 0.4004 0.5628 0.5539 0.7918 0.6339 0.7171 0.9292 0.9511 0.9822 1.0000 0.9662 0.3680 0.4341 0.6034 0.6571 0.9361 0.9531 0.7614 0.7988 0.7787 0.8024 0.8789 0.9190 0.9394 0.7137 0.7724 0.8419 0.6393 0.6938 0.7538 0.5846 0.5902 0.4714 0.5968 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1715 0.8956 0.3848 0.5526 0.5882 0.8448 0.6402 0.7371 0.8973 0.9692 0.9441 0.9662 1.0000 0.3247 0.3855 0.5457 0.6009 0.8838 0.9517 0.6986 0.7431 0.7194 0.7508 0.8312 0.8942 0.9511 0.6598 0.7230 0.8100 0.5732 0.6220 0.6959 0.6252 0.6301 0.4572 0.5816 Enhancer_Andersson.bedL2 0.0107 0.1922 0.2853 0.3341 0.0898 0.1663 0.2719 0.2775 0.4255 0.3544 0.3819 0.3680 0.3247 1.0000 0.8527 0.3820 0.4079 0.3606 0.3547 0.4485 0.4449 0.4666 0.4637 0.4210 0.3993 0.3562 0.4312 0.4432 0.4253 0.4319 0.4517 0.4505 0.2894 0.2938 0.3268 0.3283 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.0321 0.2237 0.3617 0.4243 0.1083 0.2163 0.3346 0.3480 0.5029 0.4283 0.4510 0.4341 0.3855 0.8527 1.0000 0.4741 0.5044 0.4310 0.4190 0.5481 0.5429 0.5694 0.5657 0.5089 0.4860 0.4312 0.4968 0.5241 0.5105 0.5028 0.5169 0.5235 0.3143 0.3203 0.3637 0.4000 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.0804 0.3421 0.4127 0.5275 0.1308 0.3542 0.4344 0.5022 0.6994 0.6162 0.6112 0.6034 0.5457 0.3820 0.4741 1.0000 0.9607 0.5869 0.5643 0.7543 0.7516 0.7956 0.7806 0.7322 0.6866 0.6240 0.7171 0.7282 0.7051 0.7076 0.7522 0.7569 0.3618 0.3693 0.4766 0.6542 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0807 0.3809 0.4565 0.5908 0.1385 0.3802 0.4916 0.5537 0.7555 0.6763 0.6652 0.6571 0.6009 0.4079 0.5044 0.9607 1.0000 0.6386 0.6208 0.8117 0.8114 0.8493 0.8399 0.7878 0.7496 0.6860 0.7563 0.7857 0.7658 0.7520 0.8037 0.8186 0.3883 0.3969 0.5606 0.7334 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.1446 0.7005 0.3882 0.5409 0.5288 0.7486 0.5750 0.6339 0.8701 0.8617 0.9446 0.9361 0.8838 0.3606 0.4310 0.5869 0.6386 1.0000 0.9506 0.7460 0.7756 0.7575 0.7750 0.8651 0.8853 0.8824 0.7218 0.7676 0.8187 0.6693 0.7141 0.7587 0.5949 0.6000 0.4538 0.5770 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1584 0.8061 0.3688 0.5370 0.5637 0.8229 0.6122 0.6840 0.8762 0.9131 0.9438 0.9531 0.9517 0.3547 0.4190 0.5643 0.6208 0.9506 1.0000 0.7410 0.7763 0.7520 0.7762 0.8604 0.9013 0.9290 0.6851 0.7416 0.8194 0.6238 0.6753 0.7393 0.6532 0.6573 0.4364 0.5670 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.0979 0.4677 0.4533 0.6127 0.2042 0.4746 0.5788 0.6202 0.8178 0.7660 0.7669 0.7614 0.6986 0.4485 0.5481 0.7543 0.8117 0.7460 0.7410 1.0000 0.9958 0.9171 0.9236 0.8691 0.8644 0.7957 0.7550 0.8111 0.8352 0.7646 0.8293 0.8595 0.4518 0.4602 0.5545 0.6755 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.1048 0.5169 0.4571 0.6238 0.2422 0.5169 0.5979 0.6458 0.8467 0.8055 0.8020 0.7988 0.7431 0.4449 0.5429 0.7516 0.8114 0.7756 0.7763 0.9958 1.0000 0.9217 0.9323 0.8871 0.8910 0.8338 0.7644 0.8235 0.8548 0.7633 0.8288 0.8655 0.4783 0.4866 0.5647 0.6866 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.0976 0.4961 0.4695 0.6450 0.2320 0.5052 0.5582 0.6155 0.8414 0.7851 0.7844 0.7787 0.7194 0.4666 0.5694 0.7956 0.8493 0.7575 0.7520 0.9171 0.9217 1.0000 0.9932 0.8929 0.8835 0.8182 0.7993 0.8552 0.8657 0.7899 0.8443 0.8687 0.5088 0.5174 0.5923 0.7225 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.1020 0.5319 0.4799 0.6597 0.2525 0.5335 0.5800 0.6385 0.8621 0.8160 0.8081 0.8024 0.7508 0.4637 0.5657 0.7806 0.8399 0.7750 0.7762 0.9236 0.9323 0.9932 1.0000 0.9058 0.9066 0.8500 0.8007 0.8595 0.8796 0.7876 0.8416 0.8760 0.5300 0.5385 0.5957 0.7248 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.1126 0.5985 0.4856 0.6441 0.3446 0.6271 0.6122 0.6771 0.9129 0.8722 0.8897 0.8789 0.8312 0.4210 0.5089 0.7322 0.7878 0.8651 0.8604 0.8691 0.8871 0.8929 0.9058 1.0000 0.9693 0.9193 0.8476 0.8847 0.9120 0.8211 0.8698 0.9071 0.6088 0.6157 0.5917 0.7202 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.1287 0.6881 0.4889 0.6750 0.4011 0.6979 0.6383 0.7075 0.9328 0.9265 0.9228 0.9190 0.8942 0.3993 0.4860 0.6866 0.7496 0.8853 0.9013 0.8644 0.8910 0.8835 0.9066 0.9693 1.0000 0.9734 0.8041 0.8633 0.9145 0.7620 0.8235 0.8778 0.6425 0.6495 0.5733 0.7014 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.1444 0.8060 0.4583 0.6503 0.4823 0.7809 0.6503 0.7337 0.9276 0.9653 0.9338 0.9394 0.9511 0.3562 0.4312 0.6240 0.6860 0.8824 0.9290 0.7957 0.8338 0.8182 0.8500 0.9193 0.9734 1.0000 0.7460 0.8096 0.8817 0.6828 0.7364 0.8075 0.6752 0.6814 0.5434 0.6667 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.0933 0.4741 0.5018 0.5986 0.2030 0.4498 0.5096 0.5709 0.7995 0.7228 0.7317 0.7137 0.6598 0.4312 0.4968 0.7171 0.7563 0.7218 0.6851 0.7550 0.7644 0.7993 0.8007 0.8476 0.8041 0.7460 1.0000 0.9271 0.8915 0.8697 0.8718 0.8718 0.4764 0.4845 0.6042 0.7265 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.0999 0.5364 0.5295 0.6441 0.2414 0.5081 0.5540 0.6160 0.8420 0.7837 0.7830 0.7724 0.7230 0.4432 0.5241 0.7282 0.7857 0.7676 0.7416 0.8111 0.8235 0.8552 0.8595 0.8847 0.8633 0.8096 0.9271 1.0000 0.9653 0.8546 0.8931 0.8995 0.4921 0.5012 0.6531 0.7748 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.1205 0.6477 0.5148 0.6367 0.3026 0.6026 0.6085 0.6792 0.8849 0.8612 0.8464 0.8419 0.8100 0.4253 0.5105 0.7051 0.7658 0.8187 0.8194 0.8352 0.8548 0.8657 0.8796 0.9120 0.9145 0.8817 0.8915 0.9653 1.0000 0.8117 0.8621 0.8948 0.5481 0.5563 0.6142 0.7443 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.0628 0.3509 0.4690 0.5677 0.1214 0.3413 0.4730 0.5229 0.7492 0.6454 0.6692 0.6393 0.5732 0.4319 0.5028 0.7076 0.7520 0.6693 0.6238 0.7646 0.7633 0.7899 0.7876 0.8211 0.7620 0.6828 0.8697 0.8546 0.8117 1.0000 0.9365 0.9134 0.4362 0.4443 0.6275 0.7314 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.0668 0.3826 0.4908 0.6139 0.1346 0.3847 0.5214 0.5691 0.7906 0.6967 0.7134 0.6938 0.6220 0.4517 0.5169 0.7522 0.8037 0.7141 0.6753 0.8293 0.8288 0.8443 0.8416 0.8698 0.8235 0.7364 0.8718 0.8931 0.8621 0.9365 1.0000 0.9745 0.4610 0.4696 0.6221 0.7372 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.0892 0.4577 0.5120 0.6540 0.1850 0.4562 0.5856 0.6386 0.8432 0.7660 0.7705 0.7538 0.6959 0.4505 0.5235 0.7569 0.8186 0.7587 0.7393 0.8595 0.8655 0.8687 0.8760 0.9071 0.8778 0.8075 0.8718 0.8995 0.8948 0.9134 0.9745 1.0000 0.5138 0.5222 0.6157 0.7421 Intron_UCSC.bedL2 0.0515 0.5860 0.3148 0.5400 0.3618 0.6335 0.4594 0.5205 0.5780 0.5911 0.5945 0.5846 0.6252 0.2894 0.3143 0.3618 0.3883 0.5949 0.6532 0.4518 0.4783 0.5088 0.5300 0.6088 0.6425 0.6752 0.4764 0.4921 0.5481 0.4362 0.4610 0.5138 1.0000 0.9998 0.3098 0.3694 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.0522 0.5886 0.3279 0.5534 0.3615 0.6348 0.4661 0.5272 0.5860 0.5977 0.6002 0.5902 0.6301 0.2938 0.3203 0.3693 0.3969 0.6000 0.6573 0.4602 0.4866 0.5174 0.5385 0.6157 0.6495 0.6814 0.4845 0.5012 0.5563 0.4443 0.4696 0.5222 0.9998 1.0000 0.3185 0.3793 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.0406 0.3449 0.3984 0.5253 0.0962 0.2851 0.4203 0.4513 0.5611 0.5237 0.4844 0.4714 0.4572 0.3268 0.3637 0.4766 0.5606 0.4538 0.4364 0.5545 0.5647 0.5923 0.5957 0.5917 0.5733 0.5434 0.6042 0.6531 0.6142 0.6275 0.6221 0.6157 0.3098 0.3185 1.0000 0.8819 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0741 0.4399 0.4800 0.6113 0.1541 0.3860 0.4946 0.5432 0.6946 0.6476 0.6130 0.5968 0.5816 0.3283 0.4000 0.6542 0.7334 0.5770 0.5670 0.6755 0.6866 0.7225 0.7248 0.7202 0.7014 0.6667 0.7265 0.7748 0.7443 0.7314 0.7372 0.7421 0.3694 0.3793 0.8819 1.0000 Promoter_UCSC.bedL2 0.0661 0.3698 0.6239 0.7650 0.1496 0.3385 0.5057 0.5230 0.6262 0.5714 0.5456 0.5261 0.5071 0.4019 0.4843 0.4938 0.5651 0.5018 0.4816 0.6034 0.6096 0.6470 0.6565 0.6182 0.6381 0.6009 0.6106 0.6684 0.6452 0.5984 0.6106 0.6296 0.4299 0.4428 0.5960 0.6562 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.0672 0.3751 0.6269 0.7697 0.1508 0.3419 0.5158 0.5307 0.6273 0.5745 0.5468 0.5290 0.5123 0.3982 0.4803 0.4868 0.5599 0.5043 0.4857 0.6027 0.6091 0.6456 0.6557 0.6188 0.6407 0.6046 0.6066 0.6641 0.6443 0.5908 0.6046 0.6252 0.4381 0.4509 0.5921 0.6505 Repressed_Hoffman.bedL2 0.1581 0.8675 0.0326 0.0736 0.5591 0.6901 0.3239 0.4036 0.3545 0.5508 0.4664 0.5201 0.6354 -0.0153 -0.0106 -0.0065 0.0060 0.4186 0.5326 0.1266 0.1712 0.1322 0.1624 0.2174 0.3258 0.4733 0.1172 0.1768 0.3074 -0.0234 0.0020 0.0620 0.3132 0.3121 0.0677 0.1089 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1605 0.9174 0.0782 0.1419 0.5996 0.7565 0.3980 0.4816 0.4475 0.6356 0.5610 0.6086 0.7200 0.0354 0.0460 0.0632 0.0820 0.5056 0.6226 0.2026 0.2507 0.2146 0.2486 0.3150 0.4238 0.5686 0.1948 0.2563 0.3904 0.0530 0.0827 0.1509 0.4113 0.4105 0.1130 0.1703 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.0668 0.0884 0.3299 0.4294 -0.0159 0.1439 0.2535 0.2482 0.4436 0.3480 0.3839 0.3750 0.2885 0.3871 0.5021 0.5658 0.5894 0.4109 0.3757 0.6835 0.6475 0.6605 0.6364 0.5196 0.4781 0.3675 0.4955 0.5308 0.4970 0.5509 0.6005 0.5793 0.1603 0.1676 0.3070 0.4212 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.0674 0.0904 0.3305 0.4313 -0.0156 0.1459 0.2562 0.2506 0.4465 0.3510 0.3865 0.3779 0.2913 0.3864 0.5024 0.5676 0.5914 0.4134 0.3783 0.6867 0.6509 0.6635 0.6395 0.5227 0.4816 0.3711 0.4975 0.5338 0.5001 0.5529 0.6028 0.5820 0.1620 0.1693 0.3093 0.4239 TFBS_ENCODE.bedL2 0.1427 0.6804 0.5465 0.6866 0.3752 0.6409 0.6962 0.7714 0.9153 0.8914 0.8679 0.8730 0.8468 0.4470 0.5311 0.7483 0.7965 0.8067 0.8184 0.8235 0.8443 0.8484 0.8611 0.8746 0.8861 0.8770 0.7759 0.8326 0.8685 0.7255 0.7697 0.8163 0.5695 0.5783 0.5799 0.7191 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1583 0.7926 0.4946 0.6522 0.4565 0.7310 0.7105 0.8034 0.9301 0.9508 0.9083 0.9213 0.9264 0.3952 0.4737 0.6846 0.7437 0.8388 0.8801 0.7971 0.8280 0.8167 0.8396 0.8729 0.9088 0.9283 0.7386 0.8052 0.8662 0.6694 0.7218 0.7851 0.6018 0.6092 0.5542 0.6892 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.1109 0.7985 0.4235 0.6308 0.4571 0.7282 0.5357 0.6283 0.8148 0.8510 0.8003 0.7991 0.8484 0.3335 0.3693 0.5304 0.5827 0.7406 0.8054 0.6069 0.6476 0.6618 0.6939 0.7689 0.8089 0.8656 0.6598 0.6970 0.7451 0.6040 0.6178 0.6829 0.7147 0.7190 0.4887 0.5964 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1632 0.9906 0.2687 0.4142 0.6103 0.8507 0.5246 0.6236 0.7081 0.8442 0.7707 0.8015 0.8958 0.2038 0.2292 0.3335 0.3717 0.7077 0.8133 0.4525 0.5030 0.4896 0.5262 0.6015 0.6895 0.8074 0.4716 0.5318 0.6384 0.3539 0.3823 0.4567 0.6176 0.6195 0.3318 0.4265 TSS_Hoffman.bedL2 0.0506 0.2446 0.5072 0.5777 0.0388 0.2108 0.3379 0.3817 0.5935 0.4860 0.4806 0.4443 0.4018 0.3832 0.4549 0.6109 0.6687 0.4816 0.4174 0.5646 0.5637 0.6352 0.6252 0.6049 0.5594 0.5013 0.7217 0.7099 0.6372 0.7472 0.7005 0.6776 0.3087 0.3191 0.6693 0.7543 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0563 0.2892 0.5213 0.6072 0.0455 0.2457 0.3964 0.4482 0.6538 0.5498 0.5324 0.5018 0.4593 0.3968 0.4635 0.6949 0.7580 0.5226 0.4714 0.6409 0.6396 0.7042 0.6937 0.6736 0.6240 0.5608 0.7640 0.7702 0.7030 0.7816 0.7603 0.7431 0.3203 0.3309 0.7191 0.8283 UTR_3_UCSC.bedL2 0.0691 0.2356 0.7965 0.5564 0.0839 0.1874 0.3532 0.3546 0.4046 0.3570 0.3380 0.3182 0.3049 0.2818 0.2909 0.2577 0.2955 0.3138 0.2951 0.3257 0.3322 0.3364 0.3504 0.3843 0.3871 0.3671 0.3971 0.4148 0.4086 0.4273 0.4215 0.4290 0.3066 0.3148 0.3566 0.3766 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.0727 0.2879 0.6892 0.6402 0.1007 0.2208 0.3637 0.3885 0.4775 0.4307 0.3975 0.3727 0.3626 0.3074 0.3307 0.2899 0.3424 0.3479 0.3337 0.4129 0.4224 0.4248 0.4430 0.4402 0.4688 0.4516 0.4352 0.4687 0.4597 0.4819 0.4709 0.4846 0.3751 0.3850 0.4353 0.4482 UTR_5_UCSC.bedL2 0.0414 0.2085 0.5126 0.5201 0.0721 0.2046 0.2943 0.2940 0.3859 0.3401 0.3252 0.3103 0.2886 0.2751 0.2942 0.3061 0.3551 0.3243 0.2933 0.3749 0.3772 0.3874 0.3980 0.3902 0.3914 0.3598 0.4015 0.4405 0.4187 0.4337 0.4486 0.4455 0.2619 0.2706 0.3884 0.4152 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.0409 0.3452 0.5874 0.7593 0.1411 0.3435 0.4334 0.4453 0.5614 0.5211 0.4806 0.4677 0.4592 0.3919 0.4457 0.4347 0.5047 0.4500 0.4479 0.5310 0.5414 0.5686 0.5844 0.5481 0.5785 0.5593 0.5263 0.5717 0.5534 0.5107 0.5452 0.5712 0.4370 0.4475 0.5049 0.5363 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.1045 0.3821 0.3865 0.4534 0.1898 0.3905 0.4898 0.5579 0.7030 0.6372 0.6686 0.6591 0.5956 0.3232 0.4006 0.6655 0.7073 0.6232 0.6060 0.6688 0.6794 0.6835 0.6903 0.7432 0.7005 0.6480 0.6710 0.6930 0.7040 0.6673 0.6856 0.7175 0.3684 0.3740 0.4234 0.5745 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1098 0.4495 0.4165 0.5225 0.1967 0.4421 0.5572 0.6249 0.7734 0.7231 0.7284 0.7282 0.6762 0.3328 0.4156 0.7499 0.8046 0.6769 0.6760 0.7528 0.7659 0.7653 0.7745 0.8189 0.7861 0.7350 0.7147 0.7480 0.7683 0.7078 0.7513 0.7887 0.4187 0.4249 0.5049 0.6646 Promoter_UCSC.bedL2 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 MAF 0.0661 0.0672 0.1581 0.1605 0.0668 0.0674 0.1427 0.1583 0.1109 0.1632 0.0506 0.0563 0.0691 0.0727 0.0414 0.0409 0.1045 0.1098 baseL2 0.3698 0.3751 0.8675 0.9174 0.0884 0.0904 0.6804 0.7926 0.7985 0.9906 0.2446 0.2892 0.2356 0.2879 0.2085 0.3452 0.3821 0.4495 Coding_UCSC.bedL2 0.6239 0.6269 0.0326 0.0782 0.3299 0.3305 0.5465 0.4946 0.4235 0.2687 0.5072 0.5213 0.7965 0.6892 0.5126 0.5874 0.3865 0.4165 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.7650 0.7697 0.0736 0.1419 0.4294 0.4313 0.6866 0.6522 0.6308 0.4142 0.5777 0.6072 0.5564 0.6402 0.5201 0.7593 0.4534 0.5225 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.1496 0.1508 0.5591 0.5996 -0.0159 -0.0156 0.3752 0.4565 0.4571 0.6103 0.0388 0.0455 0.0839 0.1007 0.0721 0.1411 0.1898 0.1967 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.3385 0.3419 0.6901 0.7565 0.1439 0.1459 0.6409 0.7310 0.7282 0.8507 0.2108 0.2457 0.1874 0.2208 0.2046 0.3435 0.3905 0.4421 CTCF_Hoffman.bedL2 0.5057 0.5158 0.3239 0.3980 0.2535 0.2562 0.6962 0.7105 0.5357 0.5246 0.3379 0.3964 0.3532 0.3637 0.2943 0.4334 0.4898 0.5572 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5230 0.5307 0.4036 0.4816 0.2482 0.2506 0.7714 0.8034 0.6283 0.6236 0.3817 0.4482 0.3546 0.3885 0.2940 0.4453 0.5579 0.6249 DGF_ENCODE.bedL2 0.6262 0.6273 0.3545 0.4475 0.4436 0.4465 0.9153 0.9301 0.8148 0.7081 0.5935 0.6538 0.4046 0.4775 0.3859 0.5614 0.7030 0.7734 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.5714 0.5745 0.5508 0.6356 0.3480 0.3510 0.8914 0.9508 0.8510 0.8442 0.4860 0.5498 0.3570 0.4307 0.3401 0.5211 0.6372 0.7231 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.5456 0.5468 0.4664 0.5610 0.3839 0.3865 0.8679 0.9083 0.8003 0.7707 0.4806 0.5324 0.3380 0.3975 0.3252 0.4806 0.6686 0.7284 DHS_Trynka.bedL2 0.5261 0.5290 0.5201 0.6086 0.3750 0.3779 0.8730 0.9213 0.7991 0.8015 0.4443 0.5018 0.3182 0.3727 0.3103 0.4677 0.6591 0.7282 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.5071 0.5123 0.6354 0.7200 0.2885 0.2913 0.8468 0.9264 0.8484 0.8958 0.4018 0.4593 0.3049 0.3626 0.2886 0.4592 0.5956 0.6762 Enhancer_Andersson.bedL2 0.4019 0.3982 -0.0153 0.0354 0.3871 0.3864 0.4470 0.3952 0.3335 0.2038 0.3832 0.3968 0.2818 0.3074 0.2751 0.3919 0.3232 0.3328 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.4843 0.4803 -0.0106 0.0460 0.5021 0.5024 0.5311 0.4737 0.3693 0.2292 0.4549 0.4635 0.2909 0.3307 0.2942 0.4457 0.4006 0.4156 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.4938 0.4868 -0.0065 0.0632 0.5658 0.5676 0.7483 0.6846 0.5304 0.3335 0.6109 0.6949 0.2577 0.2899 0.3061 0.4347 0.6655 0.7499 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5651 0.5599 0.0060 0.0820 0.5894 0.5914 0.7965 0.7437 0.5827 0.3717 0.6687 0.7580 0.2955 0.3424 0.3551 0.5047 0.7073 0.8046 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.5018 0.5043 0.4186 0.5056 0.4109 0.4134 0.8067 0.8388 0.7406 0.7077 0.4816 0.5226 0.3138 0.3479 0.3243 0.4500 0.6232 0.6769 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.4816 0.4857 0.5326 0.6226 0.3757 0.3783 0.8184 0.8801 0.8054 0.8133 0.4174 0.4714 0.2951 0.3337 0.2933 0.4479 0.6060 0.6760 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.6034 0.6027 0.1266 0.2026 0.6835 0.6867 0.8235 0.7971 0.6069 0.4525 0.5646 0.6409 0.3257 0.4129 0.3749 0.5310 0.6688 0.7528 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.6096 0.6091 0.1712 0.2507 0.6475 0.6509 0.8443 0.8280 0.6476 0.5030 0.5637 0.6396 0.3322 0.4224 0.3772 0.5414 0.6794 0.7659 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.6470 0.6456 0.1322 0.2146 0.6605 0.6635 0.8484 0.8167 0.6618 0.4896 0.6352 0.7042 0.3364 0.4248 0.3874 0.5686 0.6835 0.7653 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.6565 0.6557 0.1624 0.2486 0.6364 0.6395 0.8611 0.8396 0.6939 0.5262 0.6252 0.6937 0.3504 0.4430 0.3980 0.5844 0.6903 0.7745 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.6182 0.6188 0.2174 0.3150 0.5196 0.5227 0.8746 0.8729 0.7689 0.6015 0.6049 0.6736 0.3843 0.4402 0.3902 0.5481 0.7432 0.8189 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.6381 0.6407 0.3258 0.4238 0.4781 0.4816 0.8861 0.9088 0.8089 0.6895 0.5594 0.6240 0.3871 0.4688 0.3914 0.5785 0.7005 0.7861 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.6009 0.6046 0.4733 0.5686 0.3675 0.3711 0.8770 0.9283 0.8656 0.8074 0.5013 0.5608 0.3671 0.4516 0.3598 0.5593 0.6480 0.7350 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.6106 0.6066 0.1172 0.1948 0.4955 0.4975 0.7759 0.7386 0.6598 0.4716 0.7217 0.7640 0.3971 0.4352 0.4015 0.5263 0.6710 0.7147 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.6684 0.6641 0.1768 0.2563 0.5308 0.5338 0.8326 0.8052 0.6970 0.5318 0.7099 0.7702 0.4148 0.4687 0.4405 0.5717 0.6930 0.7480 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.6452 0.6443 0.3074 0.3904 0.4970 0.5001 0.8685 0.8662 0.7451 0.6384 0.6372 0.7030 0.4086 0.4597 0.4187 0.5534 0.7040 0.7683 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.5984 0.5908 -0.0234 0.0530 0.5509 0.5529 0.7255 0.6694 0.6040 0.3539 0.7472 0.7816 0.4273 0.4819 0.4337 0.5107 0.6673 0.7078 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.6106 0.6046 0.0020 0.0827 0.6005 0.6028 0.7697 0.7218 0.6178 0.3823 0.7005 0.7603 0.4215 0.4709 0.4486 0.5452 0.6856 0.7513 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.6296 0.6252 0.0620 0.1509 0.5793 0.5820 0.8163 0.7851 0.6829 0.4567 0.6776 0.7431 0.4290 0.4846 0.4455 0.5712 0.7175 0.7887 Intron_UCSC.bedL2 0.4299 0.4381 0.3132 0.4113 0.1603 0.1620 0.5695 0.6018 0.7147 0.6176 0.3087 0.3203 0.3066 0.3751 0.2619 0.4370 0.3684 0.4187 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.4428 0.4509 0.3121 0.4105 0.1676 0.1693 0.5783 0.6092 0.7190 0.6195 0.3191 0.3309 0.3148 0.3850 0.2706 0.4475 0.3740 0.4249 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.5960 0.5921 0.0677 0.1130 0.3070 0.3093 0.5799 0.5542 0.4887 0.3318 0.6693 0.7191 0.3566 0.4353 0.3884 0.5049 0.4234 0.5049 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6562 0.6505 0.1089 0.1703 0.4212 0.4239 0.7191 0.6892 0.5964 0.4265 0.7543 0.8283 0.3766 0.4482 0.4152 0.5363 0.5745 0.6646 Promoter_UCSC.bedL2 1.0000 0.9942 0.0666 0.1360 0.4338 0.4359 0.6659 0.6184 0.5322 0.3596 0.6644 0.6688 0.4643 0.5633 0.5435 0.7665 0.4442 0.5068 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.9942 1.0000 0.0749 0.1452 0.4330 0.4354 0.6685 0.6240 0.5317 0.3652 0.6517 0.6591 0.4583 0.5509 0.5263 0.7631 0.4423 0.5077 Repressed_Hoffman.bedL2 0.0666 0.0749 1.0000 0.9832 -0.1260 -0.1252 0.3332 0.4732 0.4125 0.8330 -0.0877 -0.0623 0.0303 0.0357 0.0046 0.0359 0.0725 0.1022 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1360 0.1452 0.9832 1.0000 -0.0948 -0.0936 0.4237 0.5640 0.5195 0.8952 -0.0334 -0.0043 0.0678 0.0785 0.0400 0.1007 0.1562 0.1934 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.4338 0.4330 -0.1260 -0.0948 1.0000 0.9998 0.4898 0.4144 0.2366 0.0792 0.4316 0.4705 0.1776 0.2373 0.2437 0.3761 0.3946 0.4572 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.4359 0.4354 -0.1252 -0.0936 0.9998 1.0000 0.4928 0.4175 0.2386 0.0811 0.4328 0.4721 0.1772 0.2377 0.2438 0.3771 0.3969 0.4605 TFBS_ENCODE.bedL2 0.6659 0.6685 0.3332 0.4237 0.4898 0.4928 1.0000 0.9637 0.7600 0.6693 0.6277 0.6864 0.4259 0.4802 0.4172 0.5939 0.7305 0.7979 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.6184 0.6240 0.4732 0.5640 0.4144 0.4175 0.9637 1.0000 0.8131 0.7827 0.5397 0.6073 0.3825 0.4398 0.3675 0.5529 0.6961 0.7798 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.5322 0.5317 0.4125 0.5195 0.2366 0.2386 0.7600 0.8131 1.0000 0.8387 0.4903 0.5281 0.3671 0.4606 0.3495 0.5603 0.5156 0.5948 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.3596 0.3652 0.8330 0.8952 0.0792 0.0811 0.6693 0.7827 0.8387 1.0000 0.2453 0.2845 0.2362 0.2900 0.2105 0.3536 0.3723 0.4423 TSS_Hoffman.bedL2 0.6644 0.6517 -0.0877 -0.0334 0.4316 0.4328 0.6277 0.5397 0.4903 0.2453 1.0000 0.9474 0.4019 0.4669 0.4576 0.5487 0.4687 0.5181 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6688 0.6591 -0.0623 -0.0043 0.4705 0.4721 0.6864 0.6073 0.5281 0.2845 0.9474 1.0000 0.4192 0.4665 0.4692 0.5629 0.5467 0.6063 UTR_3_UCSC.bedL2 0.4643 0.4583 0.0303 0.0678 0.1776 0.1772 0.4259 0.3825 0.3671 0.2362 0.4019 0.4192 1.0000 0.8657 0.5149 0.4598 0.3102 0.3373 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.5633 0.5509 0.0357 0.0785 0.2373 0.2377 0.4802 0.4398 0.4606 0.2900 0.4669 0.4665 0.8657 1.0000 0.5048 0.5115 0.3211 0.3550 UTR_5_UCSC.bedL2 0.5435 0.5263 0.0046 0.0400 0.2437 0.2438 0.4172 0.3675 0.3495 0.2105 0.4576 0.4692 0.5149 0.5048 1.0000 0.7389 0.2770 0.3047 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.7665 0.7631 0.0359 0.1007 0.3761 0.3771 0.5939 0.5529 0.5603 0.3536 0.5487 0.5629 0.4598 0.5115 0.7389 1.0000 0.3502 0.4110 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.4442 0.4423 0.0725 0.1562 0.3946 0.3969 0.7305 0.6961 0.5156 0.3723 0.4687 0.5467 0.3102 0.3211 0.2770 0.3502 1.0000 0.9057 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5068 0.5077 0.1022 0.1934 0.4572 0.4605 0.7979 0.7798 0.5948 0.4423 0.5181 0.6063 0.3373 0.3550 0.3047 0.4110 0.9057 1.0000 LD Score Matrix Condition Number 1068.7575 Annotation Correlation Matrix base Coding_UCSC.bed Coding_UCSC.extend.500.bed Conserved_LindbladToh.bed Conserved_LindbladToh.extend.500.bed CTCF_Hoffman.bed CTCF_Hoffman.extend.500.bed DGF_ENCODE.bed DGF_ENCODE.extend.500.bed DHS_peaks_Trynka.bed DHS_Trynka.bed DHS_Trynka.extend.500.bed Enhancer_Andersson.bed Enhancer_Andersson.extend.500.bed Enhancer_Hoffman.bed Enhancer_Hoffman.extend.500.bed FetalDHS_Trynka.bed FetalDHS_Trynka.extend.500.bed H3K27ac_Hnisz.bed H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed H3K27ac_PGC2.bed H3K27ac_PGC2.extend.500.bed H3K4me1_peaks_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.extend.500.bed H3K4me3_peaks_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.extend.500.bed H3K9ac_peaks_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.extend.500.bed Intron_UCSC.bed Intron_UCSC.extend.500.bed PromoterFlanking_Hoffman.bed PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed Promoter_UCSC.bed Promoter_UCSC.extend.500.bed Repressed_Hoffman.bed \ base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed NaN 1.0000 4.7594e-01 0.1925 0.1272 0.0041 0.0084 0.0464 0.0405 0.0378 0.0405 0.0336 -0.0063 -0.0115 0.0237 0.0297 0.0421 0.0372 0.0379 0.0365 0.0405 0.0421 0.0286 0.0509 0.0495 0.0512 0.0511 0.0369 0.0500 0.0597 0.0518 -0.0521 0.0370 0.0038 0.0150 0.1153 0.1108 -0.0673 Coding_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4759 1.0000e+00 0.1022 0.3030 0.0105 0.0191 0.0608 0.0715 0.0569 0.0601 0.0610 -0.0105 -0.0113 0.0499 0.0656 0.0676 0.0617 0.0862 0.0856 0.0873 0.0886 0.0519 0.1079 0.1104 0.0846 0.0938 0.0735 0.0878 0.1104 0.1102 0.1597 0.2110 0.0221 0.0517 0.2309 0.2210 -0.1421 Conserved_LindbladToh.bed NaN 0.1925 1.0218e-01 1.0000 0.2562 0.0064 0.0040 0.0712 0.0524 0.1234 0.1282 0.0837 0.0125 0.0148 0.0275 0.0276 0.1381 0.1030 0.0214 0.0208 0.0366 0.0318 0.0603 0.0794 0.0670 0.0456 0.0632 0.0475 0.0334 0.0570 0.0471 -0.0090 0.0222 0.0141 0.0191 0.0416 0.0403 -0.0212 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed NaN 0.1272 3.0304e-01 0.2562 1.0000 0.0477 0.0496 0.0992 0.1574 0.1629 0.1921 0.2334 0.0191 0.0424 0.0904 0.0997 0.1928 0.2639 0.1224 0.1211 0.1487 0.1412 0.1553 0.2210 0.2113 0.0989 0.1369 0.1329 0.1056 0.1647 0.1664 0.1101 0.1258 0.0333 0.0570 0.1004 0.0992 -0.0838 CTCF_Hoffman.bed NaN 0.0041 1.0536e-02 0.0064 0.0477 1.0000 0.5648 0.1116 0.1132 0.1147 0.1228 0.1008 0.0087 0.0131 0.0338 0.0516 0.1171 0.1116 0.0442 0.0471 0.0409 0.0393 0.0688 0.0749 0.0667 0.0396 0.0535 0.0600 0.0522 0.0766 0.0875 0.0113 0.0129 0.0047 0.0337 0.0165 0.0151 -0.1457 CTCF_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0084 1.9139e-02 0.0040 0.0496 0.5648 1.0000 0.0794 0.1551 0.0823 0.0931 0.1429 0.0098 0.0152 0.0482 0.0739 0.0865 0.1401 0.0713 0.0763 0.0676 0.0688 0.0758 0.0923 0.0999 0.0418 0.0587 0.0832 0.0570 0.0917 0.1221 0.0155 0.0173 0.0137 0.0477 0.0225 0.0222 -0.1175 DGF_ENCODE.bed NaN 0.0464 6.0765e-02 0.0712 0.0992 0.1116 0.0794 1.0000 0.3680 0.5184 0.4956 0.2568 0.0937 0.0855 0.1969 0.1867 0.3380 0.2169 0.2038 0.1968 0.2279 0.2125 0.2790 0.2830 0.2135 0.1842 0.2417 0.2119 0.1592 0.2389 0.2301 0.0625 0.0719 0.0683 0.1053 0.0909 0.0910 -0.1742 DGF_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0405 7.1453e-02 0.0524 0.1574 0.1132 0.1551 0.3680 1.0000 0.2720 0.3359 0.5643 0.0491 0.0971 0.1877 0.2464 0.2215 0.3726 0.3346 0.3393 0.3429 0.3440 0.3134 0.4652 0.4525 0.1525 0.2594 0.3176 0.1518 0.2717 0.3301 0.1133 0.1194 0.0751 0.1396 0.0897 0.0950 -0.2437 DHS_peaks_Trynka.bed NaN 0.0378 5.6860e-02 0.1234 0.1629 0.1147 0.0823 0.5184 0.2720 1.0000 0.7742 0.3561 0.0942 0.0886 0.2092 0.1937 0.6534 0.3692 0.1944 0.1882 0.2284 0.2055 0.3077 0.3043 0.2282 0.2200 0.2671 0.2269 0.1943 0.2700 0.2440 0.0534 0.0627 0.0554 0.0974 0.0874 0.0826 -0.1547 DHS_Trynka.bed NaN 0.0405 6.0068e-02 0.1282 0.1921 0.1228 0.0931 0.4956 0.3359 0.7742 1.0000 0.4500 0.0942 0.1060 0.2407 0.2236 0.6792 0.4286 0.2324 0.2250 0.2709 0.2442 0.3515 0.3669 0.2758 0.2305 0.2989 0.2605 0.2137 0.3041 0.2776 0.0600 0.0692 0.0577 0.1026 0.0876 0.0825 -0.1795 DHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0336 6.1016e-02 0.0837 0.2334 0.1008 0.1429 0.2568 0.5643 0.3561 0.4500 1.0000 0.0515 0.1011 0.1832 0.2393 0.3057 0.6355 0.3018 0.3096 0.3260 0.3188 0.3147 0.4815 0.4778 0.1456 0.2374 0.2954 0.1479 0.2653 0.3199 0.1051 0.1103 0.0529 0.1166 0.0753 0.0745 -0.1991 Enhancer_Andersson.bed NaN -0.0063 -1.0510e-02 0.0125 0.0191 0.0087 0.0098 0.0937 0.0491 0.0942 0.0942 0.0515 1.0000 0.4718 0.1151 0.1000 0.1051 0.0679 0.0668 0.0629 0.0803 0.0714 0.0732 0.0611 0.0439 0.0888 0.1034 0.0795 0.0632 0.0939 0.0825 0.0355 0.0346 0.0267 0.0335 0.0241 0.0264 -0.0482 Enhancer_Andersson.extend.500.bed NaN -0.0115 -1.1315e-02 0.0148 0.0424 0.0131 0.0152 0.0855 0.0971 0.0886 0.1060 0.1011 0.4718 1.0000 0.1784 0.1744 0.1051 0.1317 0.1282 0.1221 0.1550 0.1387 0.1214 0.1179 0.0889 0.1230 0.1646 0.1437 0.1114 0.1660 0.1525 0.0593 0.0579 0.0390 0.0584 0.0348 0.0386 -0.0834 Enhancer_Hoffman.bed NaN 0.0237 4.9871e-02 0.0275 0.0904 0.0338 0.0482 0.1969 0.1877 0.2092 0.2407 0.1832 0.1151 0.1784 1.0000 0.6748 0.2086 0.2125 0.2519 0.2380 0.3352 0.2923 0.2584 0.2230 0.1611 0.2365 0.2984 0.2552 0.2345 0.3328 0.2869 0.0596 0.0660 0.0577 0.1512 0.1159 0.1121 -0.1994 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0297 6.5627e-02 0.0276 0.0997 0.0516 0.0739 0.1867 0.2464 0.1937 0.2236 0.2393 0.1000 0.1744 0.6748 1.0000 0.1972 0.2596 0.3442 0.3352 0.4508 0.4136 0.2693 0.2924 0.2339 0.2233 0.3325 0.3339 0.2231 0.3661 0.3788 0.0839 0.0917 0.1034 0.2282 0.1524 0.1516 -0.2744 FetalDHS_Trynka.bed NaN 0.0421 6.7551e-02 0.1381 0.1928 0.1171 0.0865 0.3380 0.2215 0.6534 0.6792 0.3057 0.1051 0.1051 0.2086 0.1972 1.0000 0.4810 0.1942 0.1866 0.2251 0.2008 0.2927 0.2862 0.2111 0.2519 0.2918 0.2427 0.2238 0.2973 0.2581 0.0519 0.0623 0.0491 0.1016 0.1070 0.1000 -0.1341 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0372 6.1675e-02 0.1030 0.2639 0.1116 0.1401 0.2169 0.3726 0.3692 0.4286 0.6355 0.0679 0.1317 0.2125 0.2596 0.4810 1.0000 0.2970 0.2967 0.3240 0.3044 0.3243 0.4365 0.3873 0.1896 0.2843 0.3256 0.1904 0.3213 0.3570 0.0981 0.1044 0.0573 0.1226 0.0994 0.0960 -0.1712 H3K27ac_Hnisz.bed NaN 0.0379 8.6235e-02 0.0214 0.1224 0.0442 0.0713 0.2038 0.3346 0.1944 0.2324 0.3018 0.0668 0.1282 0.2519 0.3442 0.1942 0.2970 1.0000 0.9323 0.5468 0.5753 0.3122 0.4628 0.4256 0.1701 0.2900 0.3453 0.1855 0.3462 0.4263 0.2024 0.2079 0.0802 0.1473 0.1132 0.1231 -0.2627 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0365 8.5569e-02 0.0208 0.1211 0.0471 0.0763 0.1968 0.3393 0.1882 0.2250 0.3096 0.0629 0.1221 0.2380 0.3352 0.1866 0.2967 0.9323 1.0000 0.5543 0.5946 0.3037 0.4660 0.4485 0.1615 0.2786 0.3457 0.1763 0.3314 0.4250 0.2009 0.2063 0.0781 0.1476 0.1115 0.1225 -0.2626 H3K27ac_PGC2.bed NaN 0.0405 8.7263e-02 0.0366 0.1487 0.0409 0.0676 0.2279 0.3429 0.2284 0.2709 0.3260 0.0803 0.1550 0.3352 0.4508 0.2251 0.3240 0.5468 0.5543 1.0000 0.8525 0.3517 0.4774 0.4040 0.2264 0.3839 0.4439 0.2411 0.4418 0.5154 0.1896 0.1971 0.1108 0.1977 0.1493 0.1557 -0.2784 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed NaN 0.0421 8.8650e-02 0.0318 0.1412 0.0393 0.0688 0.2125 0.3440 0.2055 0.2442 0.3188 0.0714 0.1387 0.2923 0.4136 0.2008 0.3044 0.5753 0.5946 0.8525 1.0000 0.3348 0.4855 0.4380 0.1995 0.3469 0.4231 0.2136 0.3994 0.4990 0.2042 0.2115 0.1037 0.1910 0.1440 0.1522 -0.2814 H3K4me1_peaks_Trynka.bed NaN 0.0286 5.1876e-02 0.0603 0.1553 0.0688 0.0758 0.2790 0.3134 0.3077 0.3515 0.3147 0.0732 0.1214 0.2584 0.2693 0.2927 0.3243 0.3122 0.3037 0.3517 0.3348 1.0000 0.5284 0.3678 0.2664 0.3637 0.3297 0.2787 0.3944 0.3689 0.1457 0.1495 0.1314 0.1739 0.1051 0.1097 -0.2293 H3K4me1_Trynka.bed NaN 0.0509 1.0794e-01 0.0794 0.2210 0.0749 0.0923 0.2830 0.4652 0.3043 0.3669 0.4815 0.0611 0.1179 0.2230 0.2924 0.2862 0.4365 0.4628 0.4660 0.4774 0.4855 0.5284 1.0000 0.6895 0.1941 0.3321 0.4052 0.2011 0.3717 0.4613 0.2251 0.2318 0.0977 0.1692 0.1132 0.1208 -0.2975 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0495 1.1043e-01 0.0670 0.2113 0.0667 0.0999 0.2135 0.4525 0.2282 0.2758 0.4778 0.0439 0.0889 0.1611 0.2339 0.2111 0.3873 0.4256 0.4485 0.4040 0.4380 0.3678 0.6895 1.0000 0.1357 0.2383 0.3265 0.1427 0.2670 0.3767 0.2332 0.2391 0.0696 0.1338 0.1029 0.1090 -0.2660 H3K4me3_peaks_Trynka.bed NaN 0.0512 8.4620e-02 0.0456 0.0989 0.0396 0.0418 0.1842 0.1525 0.2200 0.2305 0.1456 0.0888 0.1230 0.2365 0.2233 0.2519 0.1896 0.1701 0.1615 0.2264 0.1995 0.2664 0.1941 0.1357 1.0000 0.5382 0.3589 0.3870 0.3704 0.2830 0.0561 0.0668 0.1165 0.1720 0.1623 0.1577 -0.1312 H3K4me3_Trynka.bed NaN 0.0511 9.3808e-02 0.0632 0.1369 0.0535 0.0587 0.2417 0.2594 0.2671 0.2989 0.2374 0.1034 0.1646 0.2984 0.3325 0.2918 0.2843 0.2900 0.2786 0.3839 0.3469 0.3637 0.3321 0.2383 0.5382 1.0000 0.6590 0.3434 0.5423 0.4671 0.1027 0.1144 0.1944 0.2839 0.2154 0.2212 -0.2064 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0369 7.3498e-02 0.0475 0.1329 0.0600 0.0832 0.2119 0.3176 0.2269 0.2605 0.2954 0.0795 0.1437 0.2552 0.3339 0.2427 0.3256 0.3453 0.3457 0.4439 0.4231 0.3297 0.4052 0.3265 0.3589 0.6590 1.0000 0.2553 0.4642 0.5373 0.1098 0.1175 0.1415 0.2555 0.1690 0.1749 -0.2203 H3K9ac_peaks_Trynka.bed NaN 0.0500 8.7813e-02 0.0334 0.1056 0.0522 0.0570 0.1592 0.1518 0.1943 0.2137 0.1479 0.0632 0.1114 0.2345 0.2231 0.2238 0.1904 0.1855 0.1763 0.2411 0.2136 0.2787 0.2011 0.1427 0.3870 0.3434 0.2553 1.0000 0.5306 0.3671 0.0790 0.0885 0.1064 0.1631 0.1546 0.1518 -0.1366 H3K9ac_Trynka.bed NaN 0.0597 1.1041e-01 0.0570 0.1647 0.0766 0.0917 0.2389 0.2717 0.2700 0.3041 0.2653 0.0939 0.1660 0.3328 0.3661 0.2973 0.3213 0.3462 0.3314 0.4418 0.3994 0.3944 0.3717 0.2670 0.3704 0.5423 0.4642 0.5306 1.0000 0.6875 0.1356 0.1486 0.1679 0.2511 0.2124 0.2141 -0.2299 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0518 1.1022e-01 0.0471 0.1664 0.0875 0.1221 0.2301 0.3301 0.2440 0.2776 0.3199 0.0825 0.1525 0.2869 0.3788 0.2581 0.3570 0.4263 0.4250 0.5154 0.4990 0.3689 0.4613 0.3767 0.2830 0.4671 0.5373 0.3671 0.6875 1.0000 0.1734 0.1831 0.1420 0.2497 0.1849 0.1909 -0.2685 Intron_UCSC.bed NaN -0.0521 1.5967e-01 -0.0090 0.1101 0.0113 0.0155 0.0625 0.1133 0.0534 0.0600 0.1051 0.0355 0.0593 0.0596 0.0839 0.0519 0.0981 0.2024 0.2009 0.1896 0.2042 0.1457 0.2251 0.2332 0.0561 0.1027 0.1098 0.0790 0.1356 0.1734 1.0000 0.9869 0.0400 0.0415 0.0766 0.0885 -0.2636 Intron_UCSC.extend.500.bed NaN 0.0370 2.1101e-01 0.0222 0.1258 0.0129 0.0173 0.0719 0.1194 0.0627 0.0692 0.1103 0.0346 0.0579 0.0660 0.0917 0.0623 0.1044 0.2079 0.2063 0.1971 0.2115 0.1495 0.2318 0.2391 0.0668 0.1144 0.1175 0.0885 0.1486 0.1831 0.9869 1.0000 0.0420 0.0483 0.1051 0.1150 -0.2709 PromoterFlanking_Hoffman.bed NaN 0.0038 2.2119e-02 0.0141 0.0333 0.0047 0.0137 0.0683 0.0751 0.0554 0.0577 0.0529 0.0267 0.0390 0.0577 0.1034 0.0491 0.0573 0.0802 0.0781 0.1108 0.1037 0.1314 0.0977 0.0696 0.1165 0.1944 0.1415 0.1064 0.1679 0.1420 0.0400 0.0420 1.0000 0.5042 0.1292 0.1415 -0.0885 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0150 5.1730e-02 0.0191 0.0570 0.0337 0.0477 0.1053 0.1396 0.0974 0.1026 0.1166 0.0335 0.0584 0.1512 0.2282 0.1016 0.1226 0.1473 0.1476 0.1977 0.1910 0.1739 0.1692 0.1338 0.1720 0.2839 0.2555 0.1631 0.2511 0.2497 0.0415 0.0483 0.5042 1.0000 0.2084 0.2171 -0.1456 Promoter_UCSC.bed NaN 0.1153 2.3091e-01 0.0416 0.1004 0.0165 0.0225 0.0909 0.0897 0.0874 0.0876 0.0753 0.0241 0.0348 0.1159 0.1524 0.1070 0.0994 0.1132 0.1115 0.1493 0.1440 0.1051 0.1132 0.1029 0.1623 0.2154 0.1690 0.1546 0.2124 0.1849 0.0766 0.1051 0.1292 0.2084 1.0000 0.9031 -0.0966 Promoter_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1108 2.2095e-01 0.0403 0.0992 0.0151 0.0222 0.0910 0.0950 0.0826 0.0825 0.0745 0.0264 0.0386 0.1121 0.1516 0.1000 0.0960 0.1231 0.1225 0.1557 0.1522 0.1097 0.1208 0.1090 0.1577 0.2212 0.1749 0.1518 0.2141 0.1909 0.0885 0.1150 0.1415 0.2171 0.9031 1.0000 -0.1022 Repressed_Hoffman.bed NaN -0.0673 -1.4213e-01 -0.0212 -0.0838 -0.1457 -0.1175 -0.1742 -0.2437 -0.1547 -0.1795 -0.1991 -0.0482 -0.0834 -0.1994 -0.2744 -0.1341 -0.1712 -0.2627 -0.2626 -0.2784 -0.2814 -0.2293 -0.2975 -0.2660 -0.1312 -0.2064 -0.2203 -0.1366 -0.2299 -0.2685 -0.2636 -0.2709 -0.0885 -0.1456 -0.0966 -0.1022 1.0000 Repressed_Hoffman.extend.500.bed NaN -0.1150 -2.4699e-01 -0.0293 -0.1194 -0.0577 -0.0730 -0.1900 -0.2712 -0.1599 -0.1819 -0.2141 -0.0728 -0.1263 -0.3394 -0.4209 -0.1514 -0.2011 -0.3663 -0.3606 -0.3979 -0.3953 -0.2696 -0.3582 -0.3264 -0.1825 -0.2823 -0.2907 -0.1984 -0.3299 -0.3748 -0.3633 -0.3761 -0.1186 -0.1905 -0.1575 -0.1647 0.5344 SuperEnhancer_Hnisz.bed NaN 0.0376 7.1012e-02 0.0073 0.0763 0.0265 0.0420 0.1524 0.2210 0.1240 0.1408 0.1823 0.0851 0.1549 0.2299 0.2903 0.1275 0.1909 0.5340 0.4978 0.4024 0.4086 0.2352 0.3110 0.2654 0.1463 0.2362 0.2581 0.1705 0.3008 0.3420 0.1913 0.1959 0.0565 0.1121 0.0879 0.0958 -0.2135 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0371 6.9888e-02 0.0069 0.0760 0.0265 0.0430 0.1525 0.2220 0.1238 0.1408 0.1838 0.0840 0.1541 0.2289 0.2915 0.1275 0.1926 0.5342 0.5028 0.4058 0.4129 0.2355 0.3125 0.2683 0.1451 0.2356 0.2599 0.1690 0.3004 0.3438 0.1903 0.1948 0.0569 0.1133 0.0890 0.0972 -0.2144 TFBS_ENCODE.bed NaN 0.0507 7.8272e-02 0.0559 0.1163 0.2459 0.1682 0.3573 0.2735 0.3565 0.4081 0.2556 0.1027 0.1287 0.3270 0.3139 0.3156 0.2541 0.2252 0.2156 0.2725 0.2451 0.2629 0.2624 0.1997 0.2314 0.2982 0.2602 0.2004 0.2861 0.2646 0.0643 0.0752 0.0799 0.1511 0.1436 0.1389 -0.2212 TFBS_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0391 6.5167e-02 0.0383 0.1358 0.1833 0.2750 0.2300 0.4129 0.2371 0.2881 0.4062 0.0679 0.1260 0.2707 0.3508 0.2137 0.3371 0.3098 0.3093 0.3503 0.3337 0.2733 0.3526 0.3192 0.1758 0.2814 0.3192 0.1726 0.2934 0.3297 0.0915 0.0977 0.0887 0.1723 0.1106 0.1125 -0.2518 Transcribed_Hoffman.bed NaN 0.0581 1.2733e-01 -0.0001 0.0220 -0.0399 -0.0216 0.0191 0.0579 -0.0025 -0.0015 0.0306 -0.0002 0.0027 -0.0186 -0.0060 -0.0152 0.0042 0.0808 0.0819 0.0631 0.0772 0.0615 0.1105 0.1129 -0.0042 0.0173 0.0286 0.0119 0.0287 0.0596 0.2843 0.2862 -0.0048 -0.0111 -0.0103 -0.0023 -0.7583 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed NaN -0.0023 4.8053e-03 -0.0143 -0.0215 -0.0327 -0.0341 -0.0383 -0.0174 -0.0492 -0.0548 -0.0215 -0.0194 -0.0270 -0.0924 -0.0942 -0.0639 -0.0544 -0.0338 -0.0303 -0.0470 -0.0365 -0.0361 -0.0202 -0.0007 -0.0739 -0.0769 -0.0573 -0.0636 -0.0808 -0.0598 0.1313 0.1253 -0.0250 -0.0626 -0.0863 -0.0797 -0.1761 TSS_Hoffman.bed NaN 0.0866 1.5709e-01 0.0384 0.0896 0.0276 0.0326 0.1681 0.1098 0.1733 0.1705 0.1042 0.0887 0.1233 0.1750 0.2336 0.2064 0.1456 0.1413 0.1320 0.1967 0.1699 0.1466 0.1205 0.0899 0.2912 0.2884 0.1999 0.2693 0.2901 0.2164 0.0436 0.0697 0.1010 0.2402 0.3352 0.3174 -0.1117 TSS_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0653 1.3504e-01 0.0314 0.0934 0.0358 0.0516 0.1589 0.1473 0.1576 0.1629 0.1317 0.0877 0.1484 0.2686 0.3469 0.1881 0.1785 0.1887 0.1818 0.2625 0.2314 0.1857 0.1652 0.1230 0.2757 0.3523 0.2707 0.2602 0.3481 0.2881 0.0582 0.0783 0.2071 0.3724 0.3436 0.3346 -0.1539 UTR_3_UCSC.bed NaN 0.6188 3.0809e-01 0.0567 0.0746 0.0059 0.0068 0.0211 0.0290 0.0168 0.0206 0.0242 -0.0057 -0.0114 0.0109 0.0135 0.0168 0.0234 0.0306 0.0293 0.0276 0.0319 0.0217 0.0412 0.0416 0.0127 0.0175 0.0156 0.0219 0.0290 0.0332 -0.0169 0.0133 0.0040 0.0036 0.0566 0.0554 -0.0524 UTR_3_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4614 4.3427e-01 0.0545 0.1163 0.0055 0.0064 0.0288 0.0384 0.0241 0.0261 0.0289 -0.0084 -0.0139 0.0129 0.0167 0.0240 0.0268 0.0443 0.0439 0.0398 0.0453 0.0254 0.0577 0.0591 0.0225 0.0297 0.0241 0.0293 0.0438 0.0467 0.0397 0.0692 0.0073 0.0153 0.1249 0.1208 -0.0775 UTR_5_UCSC.bed NaN 0.3010 1.6144e-01 0.0581 0.0546 0.0061 0.0070 0.0457 0.0365 0.0530 0.0514 0.0329 -0.0040 -0.0067 0.0389 0.0481 0.0652 0.0419 0.0385 0.0369 0.0463 0.0448 0.0262 0.0393 0.0364 0.0699 0.0696 0.0515 0.0671 0.0776 0.0600 -0.0073 0.0419 0.0177 0.0366 0.2090 0.1962 -0.0356 UTR_5_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1754 4.3626e-01 0.0575 0.1402 0.0113 0.0168 0.0701 0.0649 0.0802 0.0788 0.0584 -0.0064 -0.0032 0.0804 0.1012 0.0981 0.0733 0.0718 0.0703 0.0964 0.0903 0.0579 0.0827 0.0761 0.1310 0.1361 0.1029 0.1277 0.1460 0.1202 0.0799 0.1221 0.0451 0.0919 0.4181 0.3877 -0.0826 WeakEnhancer_Hoffman.bed NaN 0.0056 6.6830e-05 0.0245 0.0519 0.0174 0.0311 0.1817 0.1333 0.1959 0.2115 0.1311 0.0562 0.0681 0.1082 0.1576 0.1548 0.1270 0.1207 0.1168 0.1616 0.1473 0.2120 0.1591 0.1136 0.1305 0.1742 0.1554 0.1277 0.1771 0.1677 0.0325 0.0333 0.0270 0.0797 0.0127 0.0149 -0.1431 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0041 7.7202e-03 0.0228 0.0869 0.0502 0.0698 0.1638 0.2625 0.1818 0.2198 0.2589 0.0608 0.1107 0.2208 0.3192 0.1620 0.2360 0.2425 0.2415 0.2973 0.2864 0.2655 0.2916 0.2370 0.1409 0.2358 0.2766 0.1517 0.2630 0.3011 0.0636 0.0644 0.0739 0.1541 0.0339 0.0381 -0.2362 Repressed_Hoffman.extend.500.bed SuperEnhancer_Hnisz.bed SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed TFBS_ENCODE.bed TFBS_ENCODE.extend.500.bed Transcribed_Hoffman.bed Transcribed_Hoffman.extend.500.bed TSS_Hoffman.bed TSS_Hoffman.extend.500.bed UTR_3_UCSC.bed UTR_3_UCSC.extend.500.bed UTR_5_UCSC.bed UTR_5_UCSC.extend.500.bed WeakEnhancer_Hoffman.bed WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed -0.1150 0.0376 0.0371 0.0507 0.0391 0.0581 -0.0023 0.0866 0.0653 0.6188 0.4614 0.3010 0.1754 5.5518e-03 0.0041 Coding_UCSC.extend.500.bed -0.2470 0.0710 0.0699 0.0783 0.0652 0.1273 0.0048 0.1571 0.1350 0.3081 0.4343 0.1614 0.4363 6.6830e-05 0.0077 Conserved_LindbladToh.bed -0.0293 0.0073 0.0069 0.0559 0.0383 -0.0001 -0.0143 0.0384 0.0314 0.0567 0.0545 0.0581 0.0575 2.4454e-02 0.0228 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed -0.1194 0.0763 0.0760 0.1163 0.1358 0.0220 -0.0215 0.0896 0.0934 0.0746 0.1163 0.0546 0.1402 5.1948e-02 0.0869 CTCF_Hoffman.bed -0.0577 0.0265 0.0265 0.2459 0.1833 -0.0399 -0.0327 0.0276 0.0358 0.0059 0.0055 0.0061 0.0113 1.7432e-02 0.0502 CTCF_Hoffman.extend.500.bed -0.0730 0.0420 0.0430 0.1682 0.2750 -0.0216 -0.0341 0.0326 0.0516 0.0068 0.0064 0.0070 0.0168 3.1103e-02 0.0698 DGF_ENCODE.bed -0.1900 0.1524 0.1525 0.3573 0.2300 0.0191 -0.0383 0.1681 0.1589 0.0211 0.0288 0.0457 0.0701 1.8170e-01 0.1638 DGF_ENCODE.extend.500.bed -0.2712 0.2210 0.2220 0.2735 0.4129 0.0579 -0.0174 0.1098 0.1473 0.0290 0.0384 0.0365 0.0649 1.3328e-01 0.2625 DHS_peaks_Trynka.bed -0.1599 0.1240 0.1238 0.3565 0.2371 -0.0025 -0.0492 0.1733 0.1576 0.0168 0.0241 0.0530 0.0802 1.9590e-01 0.1818 DHS_Trynka.bed -0.1819 0.1408 0.1408 0.4081 0.2881 -0.0015 -0.0548 0.1705 0.1629 0.0206 0.0261 0.0514 0.0788 2.1151e-01 0.2198 DHS_Trynka.extend.500.bed -0.2141 0.1823 0.1838 0.2556 0.4062 0.0306 -0.0215 0.1042 0.1317 0.0242 0.0289 0.0329 0.0584 1.3106e-01 0.2589 Enhancer_Andersson.bed -0.0728 0.0851 0.0840 0.1027 0.0679 -0.0002 -0.0194 0.0887 0.0877 -0.0057 -0.0084 -0.0040 -0.0064 5.6164e-02 0.0608 Enhancer_Andersson.extend.500.bed -0.1263 0.1549 0.1541 0.1287 0.1260 0.0027 -0.0270 0.1233 0.1484 -0.0114 -0.0139 -0.0067 -0.0032 6.8090e-02 0.1107 Enhancer_Hoffman.bed -0.3394 0.2299 0.2289 0.3270 0.2707 -0.0186 -0.0924 0.1750 0.2686 0.0109 0.0129 0.0389 0.0804 1.0822e-01 0.2208 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.4209 0.2903 0.2915 0.3139 0.3508 -0.0060 -0.0942 0.2336 0.3469 0.0135 0.0167 0.0481 0.1012 1.5764e-01 0.3192 FetalDHS_Trynka.bed -0.1514 0.1275 0.1275 0.3156 0.2137 -0.0152 -0.0639 0.2064 0.1881 0.0168 0.0240 0.0652 0.0981 1.5477e-01 0.1620 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed -0.2011 0.1909 0.1926 0.2541 0.3371 0.0042 -0.0544 0.1456 0.1785 0.0234 0.0268 0.0419 0.0733 1.2701e-01 0.2360 H3K27ac_Hnisz.bed -0.3663 0.5340 0.5342 0.2252 0.3098 0.0808 -0.0338 0.1413 0.1887 0.0306 0.0443 0.0385 0.0718 1.2070e-01 0.2425 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed -0.3606 0.4978 0.5028 0.2156 0.3093 0.0819 -0.0303 0.1320 0.1818 0.0293 0.0439 0.0369 0.0703 1.1677e-01 0.2415 H3K27ac_PGC2.bed -0.3979 0.4024 0.4058 0.2725 0.3503 0.0631 -0.0470 0.1967 0.2625 0.0276 0.0398 0.0463 0.0964 1.6165e-01 0.2973 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed -0.3953 0.4086 0.4129 0.2451 0.3337 0.0772 -0.0365 0.1699 0.2314 0.0319 0.0453 0.0448 0.0903 1.4729e-01 0.2864 H3K4me1_peaks_Trynka.bed -0.2696 0.2352 0.2355 0.2629 0.2733 0.0615 -0.0361 0.1466 0.1857 0.0217 0.0254 0.0262 0.0579 2.1197e-01 0.2655 H3K4me1_Trynka.bed -0.3582 0.3110 0.3125 0.2624 0.3526 0.1105 -0.0202 0.1205 0.1652 0.0412 0.0577 0.0393 0.0827 1.5905e-01 0.2916 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed -0.3264 0.2654 0.2683 0.1997 0.3192 0.1129 -0.0007 0.0899 0.1230 0.0416 0.0591 0.0364 0.0761 1.1356e-01 0.2370 H3K4me3_peaks_Trynka.bed -0.1825 0.1463 0.1451 0.2314 0.1758 -0.0042 -0.0739 0.2912 0.2757 0.0127 0.0225 0.0699 0.1310 1.3048e-01 0.1409 H3K4me3_Trynka.bed -0.2823 0.2362 0.2356 0.2982 0.2814 0.0173 -0.0769 0.2884 0.3523 0.0175 0.0297 0.0696 0.1361 1.7424e-01 0.2358 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed -0.2907 0.2581 0.2599 0.2602 0.3192 0.0286 -0.0573 0.1999 0.2707 0.0156 0.0241 0.0515 0.1029 1.5542e-01 0.2766 H3K9ac_peaks_Trynka.bed -0.1984 0.1705 0.1690 0.2004 0.1726 0.0119 -0.0636 0.2693 0.2602 0.0219 0.0293 0.0671 0.1277 1.2773e-01 0.1517 H3K9ac_Trynka.bed -0.3299 0.3008 0.3004 0.2861 0.2934 0.0287 -0.0808 0.2901 0.3481 0.0290 0.0438 0.0776 0.1460 1.7706e-01 0.2630 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed -0.3748 0.3420 0.3438 0.2646 0.3297 0.0596 -0.0598 0.2164 0.2881 0.0332 0.0467 0.0600 0.1202 1.6768e-01 0.3011 Intron_UCSC.bed -0.3633 0.1913 0.1903 0.0643 0.0915 0.2843 0.1313 0.0436 0.0582 -0.0169 0.0397 -0.0073 0.0799 3.2524e-02 0.0636 Intron_UCSC.extend.500.bed -0.3761 0.1959 0.1948 0.0752 0.0977 0.2862 0.1253 0.0697 0.0783 0.0133 0.0692 0.0419 0.1221 3.3284e-02 0.0644 PromoterFlanking_Hoffman.bed -0.1186 0.0565 0.0569 0.0799 0.0887 -0.0048 -0.0250 0.1010 0.2071 0.0040 0.0073 0.0177 0.0451 2.6975e-02 0.0739 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed -0.1905 0.1121 0.1133 0.1511 0.1723 -0.0111 -0.0626 0.2402 0.3724 0.0036 0.0153 0.0366 0.0919 7.9708e-02 0.1541 Promoter_UCSC.bed -0.1575 0.0879 0.0890 0.1436 0.1106 -0.0103 -0.0863 0.3352 0.3436 0.0566 0.1249 0.2090 0.4181 1.2736e-02 0.0339 Promoter_UCSC.extend.500.bed -0.1647 0.0958 0.0972 0.1389 0.1125 -0.0023 -0.0797 0.3174 0.3346 0.0554 0.1208 0.1962 0.3877 1.4914e-02 0.0381 Repressed_Hoffman.bed 0.5344 -0.2135 -0.2144 -0.2212 -0.2518 -0.7583 -0.1761 -0.1117 -0.1539 -0.0524 -0.0775 -0.0356 -0.0826 -1.4305e-01 -0.2362 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 1.0000 -0.3284 -0.3288 -0.2522 -0.2854 -0.3518 -0.0442 -0.2045 -0.2634 -0.0880 -0.1272 -0.0614 -0.1415 -1.6101e-01 -0.2646 SuperEnhancer_Hnisz.bed -0.3284 1.0000 0.9901 0.1739 0.2151 0.0960 -0.0118 0.1514 0.1879 0.0244 0.0323 0.0251 0.0578 9.0408e-02 0.1830 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed -0.3288 0.9901 1.0000 0.1740 0.2166 0.0955 -0.0131 0.1501 0.1877 0.0241 0.0320 0.0246 0.0568 9.1535e-02 0.1849 TFBS_ENCODE.bed -0.2522 0.1739 0.1740 1.0000 0.5291 -0.0109 -0.0744 0.2699 0.2742 0.0199 0.0300 0.0644 0.1109 2.1190e-01 0.2310 TFBS_ENCODE.extend.500.bed -0.2854 0.2151 0.2166 0.5291 1.0000 0.0178 -0.0470 0.1647 0.2188 0.0233 0.0310 0.0406 0.0778 1.6260e-01 0.3118 Transcribed_Hoffman.bed -0.3518 0.0960 0.0955 -0.0109 0.0178 1.0000 0.3301 -0.0394 -0.0315 0.0575 0.0804 0.0054 0.0237 -2.8427e-03 0.0025 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed -0.0442 -0.0118 -0.0131 -0.0744 -0.0470 0.3301 1.0000 -0.1210 -0.1164 0.0136 0.0170 -0.0323 -0.0523 -3.7148e-02 -0.0497 TSS_Hoffman.bed -0.2045 0.1514 0.1501 0.2699 0.1647 -0.0394 -0.1210 1.0000 0.7166 0.0108 0.0391 0.1463 0.2633 3.7736e-02 0.0577 TSS_Hoffman.extend.500.bed -0.2634 0.1879 0.1877 0.2742 0.2188 -0.0315 -0.1164 0.7166 1.0000 0.0126 0.0351 0.1187 0.2304 5.9073e-02 0.1156 UTR_3_UCSC.bed -0.0880 0.0244 0.0241 0.0199 0.0233 0.0575 0.0136 0.0108 0.0126 1.0000 0.6754 0.1086 0.0592 4.6232e-03 0.0030 UTR_3_UCSC.extend.500.bed -0.1272 0.0323 0.0320 0.0300 0.0310 0.0804 0.0170 0.0391 0.0351 0.6754 1.0000 0.0879 0.1108 2.3261e-03 0.0019 UTR_5_UCSC.bed -0.0614 0.0251 0.0246 0.0644 0.0406 0.0054 -0.0323 0.1463 0.1187 0.1086 0.0879 1.0000 0.4662 1.1421e-02 0.0097 UTR_5_UCSC.extend.500.bed -0.1415 0.0578 0.0568 0.1109 0.0778 0.0237 -0.0523 0.2633 0.2304 0.0592 0.1108 0.4662 1.0000 6.9934e-03 0.0157 WeakEnhancer_Hoffman.bed -0.1610 0.0904 0.0915 0.2119 0.1626 -0.0028 -0.0371 0.0377 0.0591 0.0046 0.0023 0.0114 0.0070 1.0000e+00 0.4652 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.2646 0.1830 0.1849 0.2310 0.3118 0.0025 -0.0497 0.0577 0.1156 0.0030 0.0019 0.0097 0.0157 4.6524e-01 1.0000 Annotation Matrix Column Sums base 285156.0 Coding_UCSC.bed 2950.0 Coding_UCSC.extend.500.bed 12579.0 Conserved_LindbladToh.bed 7244.0 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed 81049.0 CTCF_Hoffman.bed 5840.0 CTCF_Hoffman.extend.500.bed 17540.0 DGF_ENCODE.bed 33730.0 DGF_ENCODE.extend.500.bed 141910.0 DHS_peaks_Trynka.bed 30900.0 DHS_Trynka.bed 46344.0 DHS_Trynka.extend.500.bed 139529.0 Enhancer_Andersson.bed 1086.0 Enhancer_Andersson.extend.500.bed 4814.0 Enhancer_Hoffman.bed 10657.0 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed 22400.0 FetalDHS_Trynka.bed 23433.0 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed 79553.0 H3K27ac_Hnisz.bed 95601.0 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed 104703.0 H3K27ac_PGC2.bed 64984.0 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed 82365.0 H3K4me1_peaks_Trynka.bed 44456.0 H3K4me1_Trynka.bed 112236.0 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed 164595.0 H3K4me3_peaks_Trynka.bed 9778.0 H3K4me3_Trynka.bed 30484.0 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed 61610.0 H3K9ac_peaks_Trynka.bed 8210.0 H3K9ac_Trynka.bed 26855.0 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed 51412.0 Intron_UCSC.bed 103886.0 Intron_UCSC.extend.500.bed 105638.0 PromoterFlanking_Hoffman.bed 2166.0 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed 8336.0 Promoter_UCSC.bed 8699.0 Promoter_UCSC.extend.500.bed 10592.0 Repressed_Hoffman.bed 144269.0 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 222974.0 SuperEnhancer_Hnisz.bed 35850.0 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed 36478.0 TFBS_ENCODE.bed 30625.0 TFBS_ENCODE.extend.500.bed 85720.0 Transcribed_Hoffman.bed 103714.0 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed 239496.0 TSS_Hoffman.bed 3435.0 TSS_Hoffman.extend.500.bed 6614.0 UTR_3_UCSC.bed 2369.0 UTR_3_UCSC.extend.500.bed 5143.0 UTR_5_UCSC.bed 1177.0 UTR_5_UCSC.extend.500.bed 5336.0 WeakEnhancer_Hoffman.bed 5587.0 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed 24103.0 Summary of Annotation Matrix Row Sums count 285156.0000 mean 10.5073 std 6.4178 min 1.0000 25% 6.0000 50% 9.0000 75% 14.0000 max 43.0000 Analysis finished at Tue Oct 17 17:14:11 2017 Total time elapsed: 32.0m:56.24s