********************************************************************* * LD Score Regression (LDSC) * Version 1.0.0 * (C) 2014-2015 Brendan Bulik-Sullivan and Hilary Finucane * Broad Institute of MIT and Harvard / MIT Department of Mathematics * GNU General Public License v3 ********************************************************************* Call: ./ldsc.py \ --print-snps hapmap3_snps/hm.4.snp \ --ld-wind-cm 1.0 \ --out 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.4 \ --bfile 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.4 \ --annot 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.4.annot.gz \ --l2 Beginning analysis at Tue Oct 17 16:41:15 2017 Read list of 729645 SNPs from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.4.bim Read 53 annotations for 729645 SNPs from 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.4.annot.gz Read list of 489 individuals from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.4.fam Reading genotypes from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.4.bed Estimating LD Score. Reading list of 85881 SNPs for which to print LD Scores from hapmap3_snps/hm.4.snp After merging with --print-snps, LD Scores for 74259 SNPs will be printed. Writing LD Scores for 74259 SNPs to 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.4.l2.ldscore.gz Summary of LD Scores in 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.4.l2.ldscore.gz MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 Promoter_UCSC.bedL2 \ mean 0.2367 140.2957 1.3317 6.3040 3.2088 41.4716 2.1916 6.5727 14.1377 62.2970 12.2467 18.7448 59.3464 0.3340 1.3928 3.0394 6.8750 8.5890 30.0668 37.4328 41.4802 25.9312 33.0286 16.2189 43.5661 68.0769 3.8688 12.8037 25.9177 3.0293 10.4459 19.8722 46.6955 47.4740 0.8579 3.1531 3.9810 std 0.1431 116.6265 2.6094 11.3176 3.0451 33.5582 2.5875 7.1124 13.3698 52.1258 9.9771 14.9783 45.1126 0.7348 2.2838 4.9439 10.5247 7.4768 23.6124 44.7287 47.1931 30.8684 37.9378 16.4972 40.3595 58.1290 4.7102 14.3354 24.9558 4.3397 14.0172 24.4453 70.0720 70.8930 1.5858 4.7448 7.6209 min 0.0051 -1.7903 -0.1513 -0.4628 -0.1783 -0.6528 -0.1304 -0.3479 -0.4255 -1.7247 -0.3633 -0.3532 -0.9164 -0.0737 -0.1566 -0.3662 -0.4300 -0.2947 -0.5741 -1.2788 -1.3292 -1.4022 -1.5672 -0.4729 -1.2755 -1.2217 -0.2859 -0.6677 -1.2159 -0.1805 -0.6254 -0.9958 -4.0412 -4.0896 -0.1006 -0.1884 -0.3675 25% 0.1115 63.3432 0.0274 0.1826 1.1265 19.1652 0.5840 2.1712 5.8047 28.8338 5.5641 8.8496 29.1310 0.0106 0.1147 0.2884 0.8731 3.6347 14.3225 9.3961 11.9433 7.0381 9.6503 5.8286 17.5506 30.5805 1.0924 4.0915 9.9132 0.4883 2.0460 4.9260 2.4747 2.5478 0.0555 0.4152 0.2291 50% 0.2301 109.8234 0.2360 1.4361 2.3550 32.7178 1.3970 4.5606 10.2780 48.3235 9.5966 14.9062 47.7490 0.0621 0.4917 1.2023 3.0391 6.5747 24.2744 22.8516 26.5143 16.1150 21.2730 11.0348 31.4735 51.7967 2.3698 8.2271 18.5594 1.4161 5.2566 11.3398 18.7176 19.2238 0.2373 1.3460 1.1153 75% 0.3579 182.2464 1.3648 6.9761 4.2828 53.7496 2.8136 8.4103 17.7695 78.6456 15.6954 23.9701 75.7628 0.3121 1.7431 3.7411 8.4879 11.0324 38.4255 49.7068 54.8353 33.1708 42.4096 20.4834 55.6739 85.4284 4.8101 16.0325 32.8930 3.6907 13.1330 24.8809 67.4306 68.4151 0.9284 3.7860 4.3471 max 0.5000 1182.8075 28.7969 101.7270 25.0427 307.6817 26.9439 70.9635 151.9285 485.2732 85.2915 143.8909 402.9050 11.1726 38.6071 66.3380 136.1701 67.1419 209.6092 556.8156 591.4253 359.0269 472.6494 145.4273 354.7663 543.7166 65.7482 163.3816 216.3392 41.4167 152.3825 250.0181 1027.3372 1032.5598 21.4650 62.5945 96.2447 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 mean 4.8917 78.5412 113.2287 12.6878 12.9628 12.2607 35.1607 41.1510 101.6776 1.2757 2.4290 1.2241 2.6821 0.4731 2.4380 1.2844 6.0281 std 9.1474 76.5354 103.1261 24.2818 24.6377 12.6598 30.7422 47.9294 87.7382 2.7157 4.7619 3.3921 6.3791 1.4384 4.9097 1.9392 8.0221 min -0.4080 -1.1195 -0.9430 -1.3485 -1.3619 -0.4600 -1.1047 -1.1627 -2.1786 -0.2203 -0.3566 -0.1508 -0.2632 -0.0942 -0.2517 -0.1348 -0.3842 25% 0.2897 27.7750 44.6013 0.2028 0.2160 4.7331 15.7142 13.3310 42.6502 0.0281 0.0858 0.0195 0.0789 0.0043 0.0838 0.1443 1.1945 50% 1.3953 57.3052 85.8008 1.9417 2.0159 8.5414 26.7971 25.8090 78.3122 0.2100 0.5347 0.1759 0.5131 0.0560 0.5283 0.5532 3.1711 75% 5.4802 105.2924 151.7202 14.2641 14.6690 15.2045 44.2325 49.7036 133.0611 1.2006 2.4860 1.0527 2.6531 0.3464 2.5609 1.6411 7.5168 max 115.2939 903.3985 1164.2527 268.4866 274.4734 154.3549 319.3895 543.3316 841.3821 29.0656 58.7001 71.1226 122.3150 43.0756 71.8254 20.7937 81.1033 MAF/LD Score Correlation Matrix MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 \ MAF 1.0000 0.1602 0.0814 0.0877 0.1393 0.1737 0.1477 0.1440 0.1516 0.1659 0.1753 0.1772 0.1787 0.0637 0.0941 0.0900 0.0991 0.1722 0.1857 0.1228 0.1289 0.1325 0.1372 0.1377 0.1501 0.1628 0.1119 0.1277 0.1452 0.1081 0.1155 0.1252 0.1012 0.1015 0.0786 0.0990 baseL2 0.1602 1.0000 0.3741 0.4312 0.5321 0.7574 0.6649 0.7010 0.7159 0.8636 0.7585 0.7870 0.8841 0.2601 0.3012 0.3555 0.4029 0.6552 0.7471 0.5190 0.5591 0.5551 0.5815 0.5797 0.6755 0.7872 0.5364 0.5938 0.6917 0.3982 0.4559 0.5058 0.5206 0.5237 0.3734 0.4788 Coding_UCSC.bedL2 0.0814 0.3741 1.0000 0.8539 0.2824 0.4978 0.4870 0.4889 0.5603 0.5309 0.5131 0.4881 0.4696 0.2521 0.3289 0.4483 0.4967 0.5026 0.4814 0.5585 0.5698 0.5904 0.6051 0.5878 0.6067 0.5900 0.5784 0.5943 0.5977 0.6108 0.6226 0.6524 0.5291 0.5406 0.5968 0.6434 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.0877 0.4312 0.8539 1.0000 0.3363 0.5904 0.5335 0.5496 0.6320 0.6092 0.6029 0.5756 0.5513 0.2990 0.3733 0.5166 0.5679 0.5850 0.5604 0.6158 0.6315 0.6613 0.6769 0.6689 0.7037 0.6846 0.6293 0.6512 0.6587 0.6866 0.7039 0.7366 0.6521 0.6629 0.6652 0.7163 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.1393 0.5321 0.2824 0.3363 1.0000 0.8020 0.3337 0.3373 0.4298 0.5223 0.5647 0.5567 0.5808 0.1231 0.1803 0.2004 0.2334 0.5250 0.5601 0.3640 0.3854 0.3576 0.3777 0.4442 0.4811 0.5334 0.3147 0.3485 0.4219 0.2559 0.3011 0.3534 0.4235 0.4249 0.2665 0.3300 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.1737 0.7574 0.4978 0.5904 0.8020 1.0000 0.5750 0.5938 0.6750 0.7810 0.7954 0.7861 0.8168 0.2323 0.3392 0.3986 0.4431 0.7386 0.7846 0.6225 0.6513 0.6333 0.6593 0.6940 0.7474 0.7986 0.5593 0.5979 0.6841 0.4906 0.5521 0.6214 0.6854 0.6886 0.5078 0.5979 CTCF_Hoffman.bedL2 0.1477 0.6649 0.4870 0.5335 0.3337 0.5750 1.0000 0.9420 0.7572 0.7749 0.7255 0.7353 0.7389 0.3951 0.4374 0.5280 0.5839 0.6745 0.6978 0.6247 0.6461 0.6577 0.6701 0.6868 0.7219 0.7445 0.6181 0.6544 0.6968 0.6120 0.6338 0.6555 0.5366 0.5417 0.4378 0.5303 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1440 0.7010 0.4889 0.5496 0.3373 0.5938 0.9420 1.0000 0.8125 0.8263 0.7672 0.7842 0.7929 0.4400 0.4794 0.5854 0.6386 0.7125 0.7513 0.6800 0.7025 0.7158 0.7261 0.7420 0.7741 0.7942 0.6616 0.6924 0.7379 0.6540 0.6713 0.6938 0.5658 0.5707 0.4521 0.5459 DGF_ENCODE.bedL2 0.1516 0.7159 0.5603 0.6320 0.4298 0.6750 0.7572 0.8125 1.0000 0.9498 0.9357 0.9402 0.9109 0.5460 0.5913 0.7580 0.8069 0.8853 0.9046 0.8524 0.8707 0.8801 0.8854 0.9169 0.9363 0.9313 0.7882 0.8127 0.8614 0.7826 0.8178 0.8315 0.5700 0.5761 0.5312 0.6364 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1659 0.8636 0.5309 0.6092 0.5223 0.7810 0.7749 0.8263 0.9498 1.0000 0.9371 0.9519 0.9748 0.4656 0.5277 0.6499 0.7045 0.8621 0.9174 0.7978 0.8271 0.8255 0.8423 0.8616 0.9187 0.9595 0.7396 0.7808 0.8571 0.6842 0.7355 0.7704 0.6190 0.6240 0.5201 0.6296 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.1753 0.7585 0.5131 0.6029 0.5647 0.7954 0.7255 0.7672 0.9357 0.9371 1.0000 0.9853 0.9476 0.4673 0.5312 0.6870 0.7342 0.9477 0.9528 0.8222 0.8445 0.8362 0.8456 0.9031 0.9264 0.9357 0.7511 0.7813 0.8476 0.7241 0.7698 0.7995 0.6186 0.6231 0.5258 0.6350 DHS_Trynka.bedL2 0.1772 0.7870 0.4881 0.5756 0.5567 0.7861 0.7353 0.7842 0.9402 0.9519 0.9853 1.0000 0.9674 0.4804 0.5372 0.6849 0.7314 0.9373 0.9567 0.8096 0.8336 0.8278 0.8361 0.8907 0.9178 0.9354 0.7372 0.7684 0.8378 0.7056 0.7482 0.7737 0.6065 0.6107 0.4973 0.6044 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1787 0.8841 0.4696 0.5513 0.5808 0.8168 0.7389 0.7929 0.9109 0.9748 0.9476 0.9674 1.0000 0.4293 0.4922 0.6030 0.6537 0.8722 0.9384 0.7556 0.7866 0.7732 0.7889 0.8307 0.8859 0.9372 0.6939 0.7363 0.8233 0.6315 0.6806 0.7179 0.6077 0.6114 0.4754 0.5827 Enhancer_Andersson.bedL2 0.0637 0.2601 0.2521 0.2990 0.1231 0.2323 0.3951 0.4400 0.5460 0.4656 0.4673 0.4804 0.4293 1.0000 0.8488 0.6053 0.6113 0.4703 0.4644 0.4928 0.4903 0.5231 0.5109 0.5096 0.4996 0.4553 0.4109 0.3919 0.3885 0.4625 0.4541 0.4285 0.2642 0.2666 0.2143 0.2847 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.0941 0.3012 0.3289 0.3733 0.1803 0.3392 0.4374 0.4794 0.5913 0.5277 0.5312 0.5372 0.4922 0.8488 1.0000 0.6161 0.6274 0.5298 0.5280 0.5796 0.5786 0.5919 0.5853 0.5747 0.5698 0.5300 0.4720 0.4723 0.4762 0.5307 0.5359 0.5255 0.3360 0.3390 0.3011 0.3921 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.0900 0.3555 0.4483 0.5166 0.2004 0.3986 0.5280 0.5854 0.7580 0.6499 0.6870 0.6849 0.6030 0.6053 0.6161 1.0000 0.9694 0.6926 0.6691 0.7447 0.7407 0.7878 0.7698 0.7878 0.7447 0.6733 0.6740 0.6595 0.6555 0.7504 0.7316 0.7141 0.4291 0.4342 0.4104 0.5175 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0991 0.4029 0.4967 0.5679 0.2334 0.4431 0.5839 0.6386 0.8069 0.7045 0.7342 0.7314 0.6537 0.6113 0.6274 0.9694 1.0000 0.7368 0.7145 0.7877 0.7867 0.8277 0.8145 0.8349 0.7981 0.7315 0.7080 0.7080 0.7051 0.7878 0.7773 0.7668 0.4756 0.4811 0.4856 0.5878 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.1722 0.6552 0.5026 0.5850 0.5250 0.7386 0.6745 0.7125 0.8853 0.8621 0.9477 0.9373 0.8722 0.4703 0.5298 0.6926 0.7368 1.0000 0.9585 0.8245 0.8404 0.8307 0.8356 0.9001 0.9031 0.8888 0.7437 0.7609 0.8094 0.7441 0.7802 0.8006 0.5855 0.5902 0.5268 0.6264 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1857 0.7471 0.4814 0.5604 0.5601 0.7846 0.6978 0.7513 0.9046 0.9174 0.9528 0.9567 0.9384 0.4644 0.5280 0.6691 0.7145 0.9585 1.0000 0.8267 0.8480 0.8334 0.8430 0.8928 0.9200 0.9287 0.7239 0.7517 0.8205 0.7060 0.7490 0.7775 0.5907 0.5948 0.4975 0.5982 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.1228 0.5190 0.5585 0.6158 0.3640 0.6225 0.6247 0.6800 0.8524 0.7978 0.8222 0.8096 0.7556 0.4928 0.5796 0.7447 0.7877 0.8245 0.8267 1.0000 0.9973 0.9380 0.9413 0.9117 0.9046 0.8559 0.7477 0.7792 0.8074 0.7882 0.8489 0.8652 0.5428 0.5497 0.5576 0.6528 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.1289 0.5591 0.5698 0.6315 0.3854 0.6513 0.6461 0.7025 0.8707 0.8271 0.8445 0.8336 0.7866 0.4903 0.5786 0.7407 0.7867 0.8404 0.8480 0.9973 1.0000 0.9434 0.9492 0.9202 0.9213 0.8813 0.7596 0.7934 0.8264 0.7902 0.8523 0.8723 0.5625 0.5693 0.5701 0.6674 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.1325 0.5551 0.5904 0.6613 0.3576 0.6333 0.6577 0.7158 0.8801 0.8255 0.8362 0.8278 0.7732 0.5231 0.5919 0.7878 0.8277 0.8307 0.8334 0.9380 0.9434 1.0000 0.9951 0.9288 0.9301 0.8816 0.8094 0.8352 0.8546 0.8326 0.8855 0.8983 0.5713 0.5782 0.5897 0.6840 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.1372 0.5815 0.6051 0.6769 0.3777 0.6593 0.6701 0.7261 0.8854 0.8423 0.8456 0.8361 0.7889 0.5109 0.5853 0.7698 0.8145 0.8356 0.8430 0.9413 0.9492 0.9951 1.0000 0.9290 0.9398 0.8992 0.8049 0.8339 0.8607 0.8233 0.8818 0.9017 0.5848 0.5918 0.6015 0.6988 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.1377 0.5797 0.5878 0.6689 0.4442 0.6940 0.6868 0.7420 0.9169 0.8616 0.9031 0.8907 0.8307 0.5096 0.5747 0.7878 0.8349 0.9001 0.8928 0.9117 0.9202 0.9288 0.9290 1.0000 0.9658 0.9183 0.8244 0.8356 0.8649 0.8636 0.8929 0.9086 0.6163 0.6221 0.6175 0.7070 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.1501 0.6755 0.6067 0.7037 0.4811 0.7474 0.7219 0.7741 0.9363 0.9187 0.9264 0.9178 0.8859 0.4996 0.5698 0.7447 0.7981 0.9031 0.9200 0.9046 0.9213 0.9301 0.9398 0.9658 1.0000 0.9771 0.8150 0.8465 0.8916 0.8182 0.8691 0.8966 0.6418 0.6477 0.6215 0.7153 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.1628 0.7872 0.5900 0.6846 0.5334 0.7986 0.7445 0.7942 0.9313 0.9595 0.9357 0.9354 0.9372 0.4553 0.5300 0.6733 0.7315 0.8888 0.9287 0.8559 0.8813 0.8816 0.8992 0.9183 0.9771 1.0000 0.7788 0.8221 0.8855 0.7418 0.8025 0.8404 0.6470 0.6527 0.6043 0.7041 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.1119 0.5364 0.5784 0.6293 0.3147 0.5593 0.6181 0.6616 0.7882 0.7396 0.7511 0.7372 0.6939 0.4109 0.4720 0.6740 0.7080 0.7437 0.7239 0.7477 0.7596 0.8094 0.8049 0.8244 0.8150 0.7788 1.0000 0.9470 0.9199 0.8266 0.8315 0.8342 0.5238 0.5304 0.6025 0.6855 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.1277 0.5938 0.5943 0.6512 0.3485 0.5979 0.6544 0.6924 0.8127 0.7808 0.7813 0.7684 0.7363 0.3919 0.4723 0.6595 0.7080 0.7609 0.7517 0.7792 0.7934 0.8352 0.8339 0.8356 0.8465 0.8221 0.9470 1.0000 0.9695 0.8158 0.8622 0.8674 0.5496 0.5567 0.6257 0.7159 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.1452 0.6917 0.5977 0.6587 0.4219 0.6841 0.6968 0.7379 0.8614 0.8571 0.8476 0.8378 0.8233 0.3885 0.4762 0.6555 0.7051 0.8094 0.8205 0.8074 0.8264 0.8546 0.8607 0.8649 0.8916 0.8855 0.9199 0.9695 1.0000 0.7967 0.8508 0.8759 0.5835 0.5902 0.6023 0.7087 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.1081 0.3982 0.6108 0.6866 0.2559 0.4906 0.6120 0.6540 0.7826 0.6842 0.7241 0.7056 0.6315 0.4625 0.5307 0.7504 0.7878 0.7441 0.7060 0.7882 0.7902 0.8326 0.8233 0.8636 0.8182 0.7418 0.8266 0.8158 0.7967 1.0000 0.9405 0.9257 0.5160 0.5233 0.5869 0.6749 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.1155 0.4559 0.6226 0.7039 0.3011 0.5521 0.6338 0.6713 0.8178 0.7355 0.7698 0.7482 0.6806 0.4541 0.5359 0.7316 0.7773 0.7802 0.7490 0.8489 0.8523 0.8855 0.8818 0.8929 0.8691 0.8025 0.8315 0.8622 0.8508 0.9405 1.0000 0.9821 0.5458 0.5535 0.6133 0.7035 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.1252 0.5058 0.6524 0.7366 0.3534 0.6214 0.6555 0.6938 0.8315 0.7704 0.7995 0.7737 0.7179 0.4285 0.5255 0.7141 0.7668 0.8006 0.7775 0.8652 0.8723 0.8983 0.9017 0.9086 0.8966 0.8404 0.8342 0.8674 0.8759 0.9257 0.9821 1.0000 0.5946 0.6024 0.6424 0.7411 Intron_UCSC.bedL2 0.1012 0.5206 0.5291 0.6521 0.4235 0.6854 0.5366 0.5658 0.5700 0.6190 0.6186 0.6065 0.6077 0.2642 0.3360 0.4291 0.4756 0.5855 0.5907 0.5428 0.5625 0.5713 0.5848 0.6163 0.6418 0.6470 0.5238 0.5496 0.5835 0.5160 0.5458 0.5946 1.0000 0.9998 0.4799 0.5532 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.1015 0.5237 0.5406 0.6629 0.4249 0.6886 0.5417 0.5707 0.5761 0.6240 0.6231 0.6107 0.6114 0.2666 0.3390 0.4342 0.4811 0.5902 0.5948 0.5497 0.5693 0.5782 0.5918 0.6221 0.6477 0.6527 0.5304 0.5567 0.5902 0.5233 0.5535 0.6024 0.9998 1.0000 0.4866 0.5607 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.0786 0.3734 0.5968 0.6652 0.2665 0.5078 0.4378 0.4521 0.5312 0.5201 0.5258 0.4973 0.4754 0.2143 0.3011 0.4104 0.4856 0.5268 0.4975 0.5576 0.5701 0.5897 0.6015 0.6175 0.6215 0.6043 0.6025 0.6257 0.6023 0.5869 0.6133 0.6424 0.4799 0.4866 1.0000 0.8911 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0990 0.4788 0.6434 0.7163 0.3300 0.5979 0.5303 0.5459 0.6364 0.6296 0.6350 0.6044 0.5827 0.2847 0.3921 0.5175 0.5878 0.6264 0.5982 0.6528 0.6674 0.6840 0.6988 0.7070 0.7153 0.7041 0.6855 0.7159 0.7087 0.6749 0.7035 0.7411 0.5532 0.5607 0.8911 1.0000 Promoter_UCSC.bedL2 0.0915 0.4778 0.6900 0.7590 0.2494 0.5036 0.6003 0.6426 0.7278 0.6752 0.6436 0.6414 0.6093 0.4128 0.4573 0.6124 0.6561 0.6442 0.6335 0.7233 0.7329 0.7472 0.7535 0.7365 0.7407 0.7180 0.6858 0.7086 0.6972 0.7362 0.7656 0.7662 0.5083 0.5196 0.5774 0.6672 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.0920 0.4783 0.7008 0.7673 0.2556 0.5111 0.5991 0.6393 0.7250 0.6748 0.6434 0.6396 0.6080 0.4078 0.4576 0.6084 0.6520 0.6425 0.6318 0.7247 0.7343 0.7476 0.7547 0.7369 0.7435 0.7214 0.6865 0.7112 0.7015 0.7376 0.7665 0.7697 0.5114 0.5229 0.5829 0.6741 Repressed_Hoffman.bedL2 0.1361 0.8732 0.0482 0.0598 0.3899 0.5195 0.4282 0.4430 0.3731 0.5703 0.4459 0.4882 0.6239 0.0458 0.0574 -0.0006 0.0213 0.3322 0.4443 0.1458 0.1853 0.1639 0.1900 0.1839 0.2931 0.4404 0.1984 0.2607 0.3633 0.0203 0.0719 0.1120 0.2405 0.2401 0.0693 0.1501 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1428 0.9136 0.1061 0.1206 0.4358 0.5831 0.4823 0.5006 0.4465 0.6410 0.5189 0.5586 0.6901 0.0873 0.1075 0.0613 0.0908 0.4042 0.5161 0.2230 0.2636 0.2429 0.2709 0.2668 0.3773 0.5219 0.2623 0.3262 0.4327 0.0845 0.1429 0.1869 0.3012 0.3012 0.1287 0.2147 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.0745 0.2090 0.3304 0.3690 0.1647 0.2910 0.3926 0.4389 0.6191 0.4982 0.5632 0.5594 0.4715 0.5392 0.5492 0.7032 0.7193 0.5887 0.5567 0.7066 0.6859 0.6923 0.6591 0.6773 0.6170 0.5263 0.5363 0.5478 0.5243 0.6391 0.6398 0.6044 0.3512 0.3540 0.3269 0.3657 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.0750 0.2130 0.3347 0.3734 0.1671 0.2947 0.3957 0.4421 0.6229 0.5024 0.5668 0.5626 0.4752 0.5407 0.5506 0.7046 0.7215 0.5918 0.5600 0.7101 0.6897 0.6958 0.6630 0.6809 0.6210 0.5306 0.5404 0.5525 0.5290 0.6425 0.6436 0.6086 0.3535 0.3564 0.3315 0.3706 TFBS_ENCODE.bedL2 0.1523 0.6713 0.5662 0.6436 0.3961 0.6302 0.7777 0.8286 0.9424 0.8985 0.8844 0.8961 0.8619 0.5745 0.6128 0.8041 0.8572 0.8479 0.8621 0.8306 0.8461 0.8658 0.8664 0.8937 0.9007 0.8864 0.7832 0.8060 0.8317 0.7999 0.8165 0.8200 0.5747 0.5810 0.5459 0.6446 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1675 0.7919 0.5568 0.6338 0.4790 0.7308 0.7966 0.8518 0.9481 0.9589 0.9241 0.9382 0.9379 0.5172 0.5737 0.7316 0.7907 0.8647 0.9043 0.8212 0.8444 0.8515 0.8615 0.8857 0.9192 0.9357 0.7618 0.8000 0.8544 0.7447 0.7781 0.8009 0.6199 0.6253 0.5430 0.6522 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.1035 0.7321 0.6415 0.7385 0.5102 0.7535 0.6205 0.6648 0.7799 0.8221 0.7847 0.7798 0.8021 0.3427 0.4154 0.5682 0.6338 0.7390 0.7655 0.7138 0.7400 0.7512 0.7716 0.7842 0.8223 0.8514 0.6870 0.7160 0.7680 0.6631 0.7039 0.7542 0.6827 0.6888 0.6095 0.6881 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1470 0.9725 0.4123 0.4706 0.5486 0.7659 0.6217 0.6592 0.6974 0.8408 0.7439 0.7667 0.8627 0.2490 0.2996 0.3571 0.4123 0.6507 0.7366 0.5239 0.5626 0.5590 0.5869 0.5870 0.6765 0.7830 0.5333 0.5955 0.6853 0.4131 0.4740 0.5267 0.5465 0.5499 0.4094 0.5085 TSS_Hoffman.bedL2 0.0808 0.3835 0.6148 0.6518 0.1870 0.4169 0.5644 0.6032 0.7147 0.6223 0.6204 0.6105 0.5630 0.4712 0.5194 0.6937 0.7428 0.6321 0.6052 0.6967 0.7002 0.7309 0.7274 0.7348 0.7082 0.6607 0.7344 0.7153 0.6813 0.7999 0.7702 0.7587 0.4345 0.4431 0.6143 0.7006 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0921 0.3929 0.6083 0.6585 0.1929 0.4184 0.5929 0.6303 0.7346 0.6415 0.6388 0.6294 0.5795 0.4853 0.5306 0.7209 0.7811 0.6468 0.6206 0.7147 0.7177 0.7536 0.7483 0.7589 0.7320 0.6828 0.7470 0.7459 0.7058 0.8190 0.7991 0.7846 0.4430 0.4516 0.6438 0.7206 UTR_3_UCSC.bedL2 0.0707 0.3863 0.7950 0.6733 0.2170 0.4487 0.4210 0.4300 0.4914 0.4838 0.4331 0.4116 0.4143 0.1954 0.2828 0.3509 0.3812 0.4434 0.4421 0.5858 0.5938 0.5926 0.6185 0.5237 0.5541 0.5486 0.4953 0.5173 0.5325 0.5239 0.5896 0.6184 0.4066 0.4172 0.4984 0.5732 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.0806 0.4461 0.7744 0.7389 0.2268 0.4728 0.4838 0.4998 0.5628 0.5549 0.4909 0.4767 0.4765 0.2718 0.3362 0.4315 0.4667 0.5004 0.5013 0.6175 0.6285 0.6455 0.6697 0.5795 0.6230 0.6192 0.5562 0.5730 0.5857 0.5822 0.6399 0.6657 0.4452 0.4567 0.5376 0.6158 UTR_5_UCSC.bedL2 0.0634 0.2971 0.4953 0.4749 0.1655 0.3165 0.4258 0.4648 0.4918 0.4420 0.4237 0.4208 0.3999 0.2343 0.2709 0.3862 0.4289 0.4273 0.4268 0.4787 0.4853 0.4887 0.4963 0.4998 0.4889 0.4686 0.4766 0.4886 0.4872 0.5225 0.5265 0.5308 0.3240 0.3318 0.3505 0.4168 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.0777 0.4088 0.6804 0.7517 0.2709 0.4885 0.5049 0.5419 0.6277 0.5858 0.5590 0.5483 0.5283 0.3205 0.3735 0.5123 0.5584 0.5499 0.5501 0.6142 0.6245 0.6475 0.6594 0.6408 0.6609 0.6395 0.6060 0.6216 0.6246 0.6606 0.6675 0.6843 0.4985 0.5088 0.5631 0.6269 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.0974 0.3357 0.4052 0.4687 0.2596 0.4347 0.5247 0.5799 0.6860 0.5980 0.6500 0.6394 0.5650 0.4145 0.4565 0.6583 0.7048 0.6579 0.6347 0.6533 0.6539 0.6699 0.6633 0.7482 0.6902 0.6263 0.6074 0.6110 0.6205 0.6837 0.6621 0.6693 0.4182 0.4219 0.4502 0.5376 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1314 0.4241 0.4803 0.5563 0.3216 0.5341 0.6074 0.6604 0.7719 0.6952 0.7386 0.7264 0.6556 0.4600 0.5138 0.7547 0.8052 0.7397 0.7204 0.7331 0.7369 0.7688 0.7633 0.8334 0.7892 0.7306 0.6929 0.7008 0.7186 0.7557 0.7427 0.7553 0.5104 0.5149 0.5218 0.6277 Promoter_UCSC.bedL2 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 MAF 0.0915 0.0920 0.1361 0.1428 0.0745 0.0750 0.1523 0.1675 0.1035 0.1470 0.0808 0.0921 0.0707 0.0806 0.0634 0.0777 0.0974 0.1314 baseL2 0.4778 0.4783 0.8732 0.9136 0.2090 0.2130 0.6713 0.7919 0.7321 0.9725 0.3835 0.3929 0.3863 0.4461 0.2971 0.4088 0.3357 0.4241 Coding_UCSC.bedL2 0.6900 0.7008 0.0482 0.1061 0.3304 0.3347 0.5662 0.5568 0.6415 0.4123 0.6148 0.6083 0.7950 0.7744 0.4953 0.6804 0.4052 0.4803 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.7590 0.7673 0.0598 0.1206 0.3690 0.3734 0.6436 0.6338 0.7385 0.4706 0.6518 0.6585 0.6733 0.7389 0.4749 0.7517 0.4687 0.5563 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.2494 0.2556 0.3899 0.4358 0.1647 0.1671 0.3961 0.4790 0.5102 0.5486 0.1870 0.1929 0.2170 0.2268 0.1655 0.2709 0.2596 0.3216 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.5036 0.5111 0.5195 0.5831 0.2910 0.2947 0.6302 0.7308 0.7535 0.7659 0.4169 0.4184 0.4487 0.4728 0.3165 0.4885 0.4347 0.5341 CTCF_Hoffman.bedL2 0.6003 0.5991 0.4282 0.4823 0.3926 0.3957 0.7777 0.7966 0.6205 0.6217 0.5644 0.5929 0.4210 0.4838 0.4258 0.5049 0.5247 0.6074 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6426 0.6393 0.4430 0.5006 0.4389 0.4421 0.8286 0.8518 0.6648 0.6592 0.6032 0.6303 0.4300 0.4998 0.4648 0.5419 0.5799 0.6604 DGF_ENCODE.bedL2 0.7278 0.7250 0.3731 0.4465 0.6191 0.6229 0.9424 0.9481 0.7799 0.6974 0.7147 0.7346 0.4914 0.5628 0.4918 0.6277 0.6860 0.7719 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.6752 0.6748 0.5703 0.6410 0.4982 0.5024 0.8985 0.9589 0.8221 0.8408 0.6223 0.6415 0.4838 0.5549 0.4420 0.5858 0.5980 0.6952 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.6436 0.6434 0.4459 0.5189 0.5632 0.5668 0.8844 0.9241 0.7847 0.7439 0.6204 0.6388 0.4331 0.4909 0.4237 0.5590 0.6500 0.7386 DHS_Trynka.bedL2 0.6414 0.6396 0.4882 0.5586 0.5594 0.5626 0.8961 0.9382 0.7798 0.7667 0.6105 0.6294 0.4116 0.4767 0.4208 0.5483 0.6394 0.7264 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.6093 0.6080 0.6239 0.6901 0.4715 0.4752 0.8619 0.9379 0.8021 0.8627 0.5630 0.5795 0.4143 0.4765 0.3999 0.5283 0.5650 0.6556 Enhancer_Andersson.bedL2 0.4128 0.4078 0.0458 0.0873 0.5392 0.5407 0.5745 0.5172 0.3427 0.2490 0.4712 0.4853 0.1954 0.2718 0.2343 0.3205 0.4145 0.4600 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.4573 0.4576 0.0574 0.1075 0.5492 0.5506 0.6128 0.5737 0.4154 0.2996 0.5194 0.5306 0.2828 0.3362 0.2709 0.3735 0.4565 0.5138 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.6124 0.6084 -0.0006 0.0613 0.7032 0.7046 0.8041 0.7316 0.5682 0.3571 0.6937 0.7209 0.3509 0.4315 0.3862 0.5123 0.6583 0.7547 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6561 0.6520 0.0213 0.0908 0.7193 0.7215 0.8572 0.7907 0.6338 0.4123 0.7428 0.7811 0.3812 0.4667 0.4289 0.5584 0.7048 0.8052 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.6442 0.6425 0.3322 0.4042 0.5887 0.5918 0.8479 0.8647 0.7390 0.6507 0.6321 0.6468 0.4434 0.5004 0.4273 0.5499 0.6579 0.7397 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.6335 0.6318 0.4443 0.5161 0.5567 0.5600 0.8621 0.9043 0.7655 0.7366 0.6052 0.6206 0.4421 0.5013 0.4268 0.5501 0.6347 0.7204 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.7233 0.7247 0.1458 0.2230 0.7066 0.7101 0.8306 0.8212 0.7138 0.5239 0.6967 0.7147 0.5858 0.6175 0.4787 0.6142 0.6533 0.7331 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.7329 0.7343 0.1853 0.2636 0.6859 0.6897 0.8461 0.8444 0.7400 0.5626 0.7002 0.7177 0.5938 0.6285 0.4853 0.6245 0.6539 0.7369 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.7472 0.7476 0.1639 0.2429 0.6923 0.6958 0.8658 0.8515 0.7512 0.5590 0.7309 0.7536 0.5926 0.6455 0.4887 0.6475 0.6699 0.7688 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.7535 0.7547 0.1900 0.2709 0.6591 0.6630 0.8664 0.8615 0.7716 0.5869 0.7274 0.7483 0.6185 0.6697 0.4963 0.6594 0.6633 0.7633 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.7365 0.7369 0.1839 0.2668 0.6773 0.6809 0.8937 0.8857 0.7842 0.5870 0.7348 0.7589 0.5237 0.5795 0.4998 0.6408 0.7482 0.8334 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.7407 0.7435 0.2931 0.3773 0.6170 0.6210 0.9007 0.9192 0.8223 0.6765 0.7082 0.7320 0.5541 0.6230 0.4889 0.6609 0.6902 0.7892 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.7180 0.7214 0.4404 0.5219 0.5263 0.5306 0.8864 0.9357 0.8514 0.7830 0.6607 0.6828 0.5486 0.6192 0.4686 0.6395 0.6263 0.7306 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.6858 0.6865 0.1984 0.2623 0.5363 0.5404 0.7832 0.7618 0.6870 0.5333 0.7344 0.7470 0.4953 0.5562 0.4766 0.6060 0.6074 0.6929 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.7086 0.7112 0.2607 0.3262 0.5478 0.5525 0.8060 0.8000 0.7160 0.5955 0.7153 0.7459 0.5173 0.5730 0.4886 0.6216 0.6110 0.7008 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.6972 0.7015 0.3633 0.4327 0.5243 0.5290 0.8317 0.8544 0.7680 0.6853 0.6813 0.7058 0.5325 0.5857 0.4872 0.6246 0.6205 0.7186 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.7362 0.7376 0.0203 0.0845 0.6391 0.6425 0.7999 0.7447 0.6631 0.4131 0.7999 0.8190 0.5239 0.5822 0.5225 0.6606 0.6837 0.7557 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.7656 0.7665 0.0719 0.1429 0.6398 0.6436 0.8165 0.7781 0.7039 0.4740 0.7702 0.7991 0.5896 0.6399 0.5265 0.6675 0.6621 0.7427 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.7662 0.7697 0.1120 0.1869 0.6044 0.6086 0.8200 0.8009 0.7542 0.5267 0.7587 0.7846 0.6184 0.6657 0.5308 0.6843 0.6693 0.7553 Intron_UCSC.bedL2 0.5083 0.5114 0.2405 0.3012 0.3512 0.3535 0.5747 0.6199 0.6827 0.5465 0.4345 0.4430 0.4066 0.4452 0.3240 0.4985 0.4182 0.5104 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.5196 0.5229 0.2401 0.3012 0.3540 0.3564 0.5810 0.6253 0.6888 0.5499 0.4431 0.4516 0.4172 0.4567 0.3318 0.5088 0.4219 0.5149 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.5774 0.5829 0.0693 0.1287 0.3269 0.3315 0.5459 0.5430 0.6095 0.4094 0.6143 0.6438 0.4984 0.5376 0.3505 0.5631 0.4502 0.5218 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6672 0.6741 0.1501 0.2147 0.3657 0.3706 0.6446 0.6522 0.6881 0.5085 0.7006 0.7206 0.5732 0.6158 0.4168 0.6269 0.5376 0.6277 Promoter_UCSC.bedL2 1.0000 0.9962 0.1371 0.1967 0.4499 0.4539 0.7495 0.7062 0.6679 0.4862 0.7807 0.7781 0.6737 0.7631 0.6259 0.8098 0.5119 0.6006 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.9962 1.0000 0.1350 0.1958 0.4445 0.4484 0.7442 0.7044 0.6730 0.4882 0.7749 0.7735 0.6821 0.7699 0.6279 0.8143 0.5130 0.6029 Repressed_Hoffman.bedL2 0.1371 0.1350 1.0000 0.9910 -0.0679 -0.0655 0.3238 0.4694 0.3336 0.8017 0.0287 0.0335 0.1096 0.1454 0.0643 0.0874 0.0350 0.0763 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1967 0.1958 0.9910 1.0000 -0.0173 -0.0145 0.3949 0.5427 0.4166 0.8538 0.0852 0.0927 0.1594 0.1998 0.1058 0.1439 0.0933 0.1481 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.4499 0.4445 -0.0679 -0.0173 1.0000 0.9998 0.6480 0.5816 0.3975 0.2158 0.5154 0.5483 0.2152 0.2535 0.2859 0.3748 0.5479 0.6114 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.4539 0.4484 -0.0655 -0.0145 0.9998 1.0000 0.6514 0.5854 0.4020 0.2200 0.5190 0.5523 0.2195 0.2578 0.2884 0.3780 0.5500 0.6139 TFBS_ENCODE.bedL2 0.7495 0.7442 0.3238 0.3949 0.6480 0.6514 1.0000 0.9650 0.7494 0.6547 0.7665 0.7988 0.4685 0.5549 0.5094 0.6348 0.6910 0.7866 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.7062 0.7044 0.4694 0.5427 0.5816 0.5854 0.9650 1.0000 0.8053 0.7756 0.6890 0.7183 0.4735 0.5513 0.4781 0.6102 0.6565 0.7590 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.6679 0.6730 0.3336 0.4166 0.3975 0.4020 0.7494 0.8053 1.0000 0.8141 0.6303 0.6327 0.5927 0.6367 0.4449 0.6252 0.5072 0.6084 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.4862 0.4882 0.8017 0.8538 0.2158 0.2200 0.6547 0.7756 0.8141 1.0000 0.4017 0.4112 0.4222 0.4710 0.3070 0.4262 0.3292 0.4215 TSS_Hoffman.bedL2 0.7807 0.7749 0.0287 0.0852 0.5154 0.5190 0.7665 0.6890 0.6303 0.4017 1.0000 0.9668 0.5559 0.6122 0.5161 0.6627 0.5484 0.6270 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.7781 0.7735 0.0335 0.0927 0.5483 0.5523 0.7988 0.7183 0.6327 0.4112 0.9668 1.0000 0.5286 0.5952 0.5070 0.6548 0.5852 0.6664 UTR_3_UCSC.bedL2 0.6737 0.6821 0.1096 0.1594 0.2152 0.2195 0.4685 0.4735 0.5927 0.4222 0.5559 0.5286 1.0000 0.9368 0.4592 0.5885 0.3043 0.3570 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.7631 0.7699 0.1454 0.1998 0.2535 0.2578 0.5549 0.5513 0.6367 0.4710 0.6122 0.5952 0.9368 1.0000 0.4904 0.6649 0.3471 0.4210 UTR_5_UCSC.bedL2 0.6259 0.6279 0.0643 0.1058 0.2859 0.2884 0.5094 0.4781 0.4449 0.3070 0.5161 0.5070 0.4592 0.4904 1.0000 0.7954 0.3372 0.4166 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.8098 0.8143 0.0874 0.1439 0.3748 0.3780 0.6348 0.6102 0.6252 0.4262 0.6627 0.6548 0.5885 0.6649 0.7954 1.0000 0.4260 0.5227 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.5119 0.5130 0.0350 0.0933 0.5479 0.5500 0.6910 0.6565 0.5072 0.3292 0.5484 0.5852 0.3043 0.3471 0.3372 0.4260 1.0000 0.9139 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6006 0.6029 0.0763 0.1481 0.6114 0.6139 0.7866 0.7590 0.6084 0.4215 0.6270 0.6664 0.3570 0.4210 0.4166 0.5227 0.9139 1.0000 LD Score Matrix Condition Number 1131.0242 Annotation Correlation Matrix base Coding_UCSC.bed Coding_UCSC.extend.500.bed Conserved_LindbladToh.bed Conserved_LindbladToh.extend.500.bed CTCF_Hoffman.bed CTCF_Hoffman.extend.500.bed DGF_ENCODE.bed DGF_ENCODE.extend.500.bed DHS_peaks_Trynka.bed DHS_Trynka.bed DHS_Trynka.extend.500.bed Enhancer_Andersson.bed Enhancer_Andersson.extend.500.bed Enhancer_Hoffman.bed Enhancer_Hoffman.extend.500.bed FetalDHS_Trynka.bed FetalDHS_Trynka.extend.500.bed H3K27ac_Hnisz.bed H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed H3K27ac_PGC2.bed H3K27ac_PGC2.extend.500.bed H3K4me1_peaks_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.extend.500.bed H3K4me3_peaks_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.extend.500.bed H3K9ac_peaks_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.extend.500.bed Intron_UCSC.bed Intron_UCSC.extend.500.bed PromoterFlanking_Hoffman.bed PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed Promoter_UCSC.bed Promoter_UCSC.extend.500.bed Repressed_Hoffman.bed \ base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed NaN 1.0000 0.4732 0.2079 0.1204 0.0069 0.0095 0.0422 0.0419 0.0387 0.0404 0.0355 -0.0051 -0.0099 0.0343 0.0358 0.0439 0.0339 0.0505 0.0486 0.0512 0.0526 0.0405 0.0630 0.0568 0.0612 0.0606 0.0480 0.0580 0.0718 0.0684 -0.0407 0.0523 0.0084 0.0208 0.1111 0.1100 -0.0738 Coding_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4732 1.0000 0.1174 0.2804 0.0112 0.0171 0.0621 0.0767 0.0622 0.0648 0.0713 -0.0086 -0.0116 0.0613 0.0719 0.0735 0.0671 0.1013 0.1004 0.0975 0.1026 0.0667 0.1200 0.1230 0.0861 0.1003 0.0830 0.0980 0.1339 0.1395 0.1825 0.2344 0.0274 0.0574 0.2265 0.2202 -0.1541 Conserved_LindbladToh.bed NaN 0.2079 0.1174 1.0000 0.2448 0.0051 0.0021 0.0850 0.0625 0.1349 0.1397 0.0924 0.0152 0.0113 0.0378 0.0338 0.1497 0.1113 0.0482 0.0464 0.0540 0.0500 0.0774 0.0962 0.0794 0.0549 0.0686 0.0547 0.0434 0.0671 0.0606 -0.0060 0.0263 0.0128 0.0210 0.0443 0.0433 -0.0329 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed NaN 0.1204 0.2804 0.2448 1.0000 0.0310 0.0320 0.1034 0.1801 0.1631 0.1927 0.2619 0.0232 0.0413 0.0890 0.1020 0.1873 0.2761 0.1758 0.1756 0.1746 0.1764 0.1668 0.2495 0.2525 0.0854 0.1240 0.1328 0.0970 0.1623 0.1772 0.1379 0.1531 0.0349 0.0588 0.0984 0.1013 -0.0963 CTCF_Hoffman.bed NaN 0.0069 0.0112 0.0051 0.0310 1.0000 0.5636 0.1149 0.1126 0.1160 0.1199 0.0995 0.0090 0.0081 0.0260 0.0483 0.1137 0.1064 0.0440 0.0463 0.0440 0.0455 0.0662 0.0723 0.0642 0.0420 0.0533 0.0582 0.0494 0.0760 0.0845 0.0119 0.0135 -0.0002 0.0214 0.0155 0.0181 -0.1481 CTCF_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0095 0.0171 0.0021 0.0320 0.5636 1.0000 0.0873 0.1619 0.0851 0.0918 0.1453 0.0111 0.0186 0.0418 0.0730 0.0837 0.1408 0.0730 0.0785 0.0739 0.0780 0.0773 0.0972 0.1060 0.0482 0.0682 0.0891 0.0645 0.1073 0.1338 0.0195 0.0210 0.0106 0.0395 0.0259 0.0286 -0.1241 DGF_ENCODE.bed NaN 0.0422 0.0621 0.0850 0.1034 0.1149 0.0873 1.0000 0.3750 0.5136 0.4930 0.2615 0.0794 0.0715 0.1770 0.1739 0.3320 0.2146 0.1986 0.1930 0.2215 0.2100 0.2778 0.2834 0.2187 0.1777 0.2350 0.2062 0.1534 0.2255 0.2210 0.0605 0.0694 0.0680 0.1007 0.0991 0.0991 -0.1820 DGF_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0419 0.0767 0.0625 0.1801 0.1126 0.1619 0.3750 1.0000 0.2716 0.3360 0.5625 0.0452 0.0869 0.1633 0.2224 0.2191 0.3660 0.3231 0.3274 0.3371 0.3381 0.3032 0.4530 0.4529 0.1482 0.2549 0.3129 0.1472 0.2665 0.3200 0.1160 0.1219 0.0721 0.1335 0.1009 0.1063 -0.2372 DHS_peaks_Trynka.bed NaN 0.0387 0.0622 0.1349 0.1631 0.1160 0.0851 0.5136 0.2716 1.0000 0.7726 0.3603 0.0881 0.0777 0.1980 0.1837 0.6314 0.3620 0.1945 0.1869 0.2240 0.2044 0.3009 0.3063 0.2311 0.2054 0.2481 0.2107 0.1857 0.2490 0.2292 0.0538 0.0632 0.0515 0.0909 0.0975 0.0905 -0.1564 DHS_Trynka.bed NaN 0.0404 0.0648 0.1397 0.1927 0.1199 0.0918 0.4930 0.3360 0.7726 1.0000 0.4565 0.0853 0.0918 0.2245 0.2107 0.6597 0.4208 0.2296 0.2214 0.2647 0.2413 0.3423 0.3675 0.2812 0.2179 0.2790 0.2439 0.2010 0.2798 0.2607 0.0611 0.0705 0.0537 0.0945 0.0988 0.0924 -0.1819 DHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0355 0.0713 0.0924 0.2619 0.0995 0.1453 0.2615 0.5625 0.3603 0.4565 1.0000 0.0446 0.0863 0.1645 0.2223 0.3011 0.6194 0.3034 0.3107 0.3230 0.3158 0.3060 0.4703 0.4790 0.1346 0.2220 0.2814 0.1407 0.2528 0.3062 0.1043 0.1097 0.0525 0.1045 0.0900 0.0892 -0.1916 Enhancer_Andersson.bed NaN -0.0051 -0.0086 0.0152 0.0232 0.0090 0.0111 0.0794 0.0452 0.0881 0.0853 0.0446 1.0000 0.4798 0.0881 0.0811 0.1012 0.0624 0.0590 0.0557 0.0716 0.0637 0.0605 0.0558 0.0410 0.0633 0.0742 0.0618 0.0398 0.0713 0.0633 0.0135 0.0128 0.0194 0.0340 0.0175 0.0174 -0.0384 Enhancer_Andersson.extend.500.bed NaN -0.0099 -0.0116 0.0113 0.0413 0.0081 0.0186 0.0715 0.0869 0.0777 0.0918 0.0863 0.4798 1.0000 0.1388 0.1472 0.0954 0.1173 0.1133 0.1085 0.1356 0.1216 0.1022 0.1048 0.0808 0.0950 0.1275 0.1180 0.0848 0.1324 0.1208 0.0253 0.0242 0.0326 0.0555 0.0275 0.0300 -0.0690 Enhancer_Hoffman.bed NaN 0.0343 0.0613 0.0378 0.0890 0.0260 0.0418 0.1770 0.1633 0.1980 0.2245 0.1645 0.0881 0.1388 1.0000 0.6600 0.2043 0.1957 0.2156 0.2043 0.2885 0.2530 0.2409 0.2070 0.1491 0.2275 0.2694 0.2264 0.2258 0.2963 0.2522 0.0600 0.0676 0.0500 0.1305 0.1302 0.1244 -0.1783 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0358 0.0719 0.0338 0.1020 0.0483 0.0730 0.1739 0.2224 0.1837 0.2107 0.2223 0.0811 0.1472 0.6600 1.0000 0.1924 0.2439 0.3003 0.2949 0.4029 0.3690 0.2600 0.2800 0.2207 0.2137 0.3071 0.3107 0.2181 0.3438 0.3493 0.0866 0.0948 0.0960 0.2149 0.1735 0.1701 -0.2502 FetalDHS_Trynka.bed NaN 0.0439 0.0735 0.1497 0.1873 0.1137 0.0837 0.3320 0.2191 0.6314 0.6597 0.3011 0.1012 0.0954 0.2043 0.1924 1.0000 0.4862 0.1969 0.1879 0.2229 0.2021 0.2899 0.2857 0.2139 0.2408 0.2728 0.2251 0.2193 0.2759 0.2434 0.0519 0.0630 0.0472 0.0983 0.1227 0.1125 -0.1358 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0339 0.0671 0.1113 0.2761 0.1064 0.1408 0.2146 0.3660 0.3620 0.4208 0.6194 0.0624 0.1173 0.1957 0.2439 0.4862 1.0000 0.3047 0.3058 0.3199 0.3060 0.3177 0.4279 0.3879 0.1734 0.2614 0.3030 0.1818 0.3020 0.3343 0.0947 0.1010 0.0575 0.1179 0.1175 0.1124 -0.1694 H3K27ac_Hnisz.bed NaN 0.0505 0.1013 0.0482 0.1758 0.0440 0.0730 0.1986 0.3231 0.1945 0.2296 0.3034 0.0590 0.1133 0.2156 0.3003 0.1969 0.3047 1.0000 0.9342 0.5502 0.5803 0.3170 0.4700 0.4368 0.1648 0.2829 0.3475 0.1878 0.3489 0.4279 0.2372 0.2432 0.0795 0.1403 0.1220 0.1326 -0.2754 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0486 0.1004 0.0464 0.1756 0.0463 0.0785 0.1930 0.3274 0.1869 0.2214 0.3107 0.0557 0.1085 0.2043 0.2949 0.1879 0.3058 0.9342 1.0000 0.5602 0.6006 0.3072 0.4710 0.4601 0.1566 0.2723 0.3479 0.1789 0.3357 0.4278 0.2325 0.2381 0.0788 0.1422 0.1209 0.1315 -0.2732 H3K27ac_PGC2.bed NaN 0.0512 0.0975 0.0540 0.1746 0.0440 0.0739 0.2215 0.3371 0.2240 0.2647 0.3230 0.0716 0.1356 0.2885 0.4029 0.2229 0.3199 0.5502 0.5602 1.0000 0.8582 0.3530 0.4879 0.4182 0.2226 0.3834 0.4439 0.2421 0.4479 0.5202 0.1885 0.1960 0.1113 0.1974 0.1755 0.1824 -0.2807 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed NaN 0.0526 0.1026 0.0500 0.1764 0.0455 0.0780 0.2100 0.3381 0.2044 0.2413 0.3158 0.0637 0.1216 0.2530 0.3690 0.2021 0.3060 0.5803 0.6006 0.8582 1.0000 0.3367 0.4920 0.4495 0.1978 0.3492 0.4228 0.2166 0.4088 0.5031 0.2053 0.2123 0.1045 0.1880 0.1684 0.1792 -0.2861 H3K4me1_peaks_Trynka.bed NaN 0.0405 0.0667 0.0774 0.1668 0.0662 0.0773 0.2778 0.3032 0.3009 0.3423 0.3060 0.0605 0.1022 0.2409 0.2600 0.2899 0.3177 0.3170 0.3072 0.3530 0.3367 1.0000 0.5356 0.3746 0.2581 0.3482 0.3167 0.2713 0.3770 0.3604 0.1381 0.1437 0.1262 0.1707 0.1264 0.1311 -0.2309 H3K4me1_Trynka.bed NaN 0.0630 0.1200 0.0962 0.2495 0.0723 0.0972 0.2834 0.4530 0.3063 0.3675 0.4703 0.0558 0.1048 0.2070 0.2800 0.2857 0.4279 0.4700 0.4710 0.4879 0.4920 0.5356 1.0000 0.6928 0.1928 0.3292 0.4050 0.2055 0.3795 0.4668 0.2110 0.2188 0.0990 0.1670 0.1365 0.1454 -0.2958 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0568 0.1230 0.0794 0.2525 0.0642 0.1060 0.2187 0.4529 0.2311 0.2812 0.4790 0.0410 0.0808 0.1491 0.2207 0.2139 0.3879 0.4368 0.4601 0.4182 0.4495 0.3746 0.6928 1.0000 0.1353 0.2403 0.3329 0.1471 0.2787 0.3884 0.2183 0.2249 0.0729 0.1350 0.1151 0.1245 -0.2649 H3K4me3_peaks_Trynka.bed NaN 0.0612 0.0861 0.0549 0.0854 0.0420 0.0482 0.1777 0.1482 0.2054 0.2179 0.1346 0.0633 0.0950 0.2275 0.2137 0.2408 0.1734 0.1648 0.1566 0.2226 0.1978 0.2581 0.1928 0.1353 1.0000 0.5301 0.3582 0.3732 0.3554 0.2748 0.0565 0.0680 0.1240 0.1701 0.1622 0.1587 -0.1353 H3K4me3_Trynka.bed NaN 0.0606 0.1003 0.0686 0.1240 0.0533 0.0682 0.2350 0.2549 0.2481 0.2790 0.2220 0.0742 0.1275 0.2694 0.3071 0.2728 0.2614 0.2829 0.2723 0.3834 0.3492 0.3482 0.3292 0.2403 0.5301 1.0000 0.6680 0.3323 0.5337 0.4649 0.1008 0.1130 0.1833 0.2712 0.2293 0.2342 -0.2121 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0480 0.0830 0.0547 0.1328 0.0582 0.0891 0.2062 0.3129 0.2107 0.2439 0.2814 0.0618 0.1180 0.2264 0.3107 0.2251 0.3030 0.3475 0.3479 0.4439 0.4228 0.3167 0.4050 0.3329 0.3582 0.6680 1.0000 0.2484 0.4598 0.5308 0.1159 0.1243 0.1360 0.2463 0.1837 0.1913 -0.2241 H3K9ac_peaks_Trynka.bed NaN 0.0580 0.0980 0.0434 0.0970 0.0494 0.0645 0.1534 0.1472 0.1857 0.2010 0.1407 0.0398 0.0848 0.2258 0.2181 0.2193 0.1818 0.1878 0.1789 0.2421 0.2166 0.2713 0.2055 0.1471 0.3732 0.3323 0.2484 1.0000 0.5206 0.3668 0.0786 0.0890 0.1080 0.1609 0.1692 0.1652 -0.1381 H3K9ac_Trynka.bed NaN 0.0718 0.1339 0.0671 0.1623 0.0760 0.1073 0.2255 0.2665 0.2490 0.2798 0.2528 0.0713 0.1324 0.2963 0.3438 0.2759 0.3020 0.3489 0.3357 0.4479 0.4088 0.3770 0.3795 0.2787 0.3554 0.5337 0.4598 0.5206 1.0000 0.6985 0.1412 0.1539 0.1671 0.2512 0.2377 0.2401 -0.2293 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0684 0.1395 0.0606 0.1772 0.0845 0.1338 0.2210 0.3200 0.2292 0.2607 0.3062 0.0633 0.1208 0.2522 0.3493 0.2434 0.3343 0.4279 0.4278 0.5202 0.5031 0.3604 0.4668 0.3884 0.2748 0.4649 0.5308 0.3668 0.6985 1.0000 0.1825 0.1930 0.1386 0.2484 0.2113 0.2188 -0.2694 Intron_UCSC.bed NaN -0.0407 0.1825 -0.0060 0.1379 0.0119 0.0195 0.0605 0.1160 0.0538 0.0611 0.1043 0.0135 0.0253 0.0600 0.0866 0.0519 0.0947 0.2372 0.2325 0.1885 0.2053 0.1381 0.2110 0.2183 0.0565 0.1008 0.1159 0.0786 0.1412 0.1825 1.0000 0.9870 0.0447 0.0568 0.0874 0.0999 -0.2481 Intron_UCSC.extend.500.bed NaN 0.0523 0.2344 0.0263 0.1531 0.0135 0.0210 0.0694 0.1219 0.0632 0.0705 0.1097 0.0128 0.0242 0.0676 0.0948 0.0630 0.1010 0.2432 0.2381 0.1960 0.2123 0.1437 0.2188 0.2249 0.0680 0.1130 0.1243 0.0890 0.1539 0.1930 0.9870 1.0000 0.0464 0.0622 0.1126 0.1231 -0.2562 PromoterFlanking_Hoffman.bed NaN 0.0084 0.0274 0.0128 0.0349 -0.0002 0.0106 0.0680 0.0721 0.0515 0.0537 0.0525 0.0194 0.0326 0.0500 0.0960 0.0472 0.0575 0.0795 0.0788 0.1113 0.1045 0.1262 0.0990 0.0729 0.1240 0.1833 0.1360 0.1080 0.1671 0.1386 0.0447 0.0464 1.0000 0.5084 0.1235 0.1351 -0.0890 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0208 0.0574 0.0210 0.0588 0.0214 0.0395 0.1007 0.1335 0.0909 0.0945 0.1045 0.0340 0.0555 0.1305 0.2149 0.0983 0.1179 0.1403 0.1422 0.1974 0.1880 0.1707 0.1670 0.1350 0.1701 0.2712 0.2463 0.1609 0.2512 0.2484 0.0568 0.0622 0.5084 1.0000 0.2132 0.2191 -0.1453 Promoter_UCSC.bed NaN 0.1111 0.2265 0.0443 0.0984 0.0155 0.0259 0.0991 0.1009 0.0975 0.0988 0.0900 0.0175 0.0275 0.1302 0.1735 0.1227 0.1175 0.1220 0.1209 0.1755 0.1684 0.1264 0.1365 0.1151 0.1622 0.2293 0.1837 0.1692 0.2377 0.2113 0.0874 0.1126 0.1235 0.2132 1.0000 0.8972 -0.1101 Promoter_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1100 0.2202 0.0433 0.1013 0.0181 0.0286 0.0991 0.1063 0.0905 0.0924 0.0892 0.0174 0.0300 0.1244 0.1701 0.1125 0.1124 0.1326 0.1315 0.1824 0.1792 0.1311 0.1454 0.1245 0.1587 0.2342 0.1913 0.1652 0.2401 0.2188 0.0999 0.1231 0.1351 0.2191 0.8972 1.0000 -0.1166 Repressed_Hoffman.bed NaN -0.0738 -0.1541 -0.0329 -0.0963 -0.1481 -0.1241 -0.1820 -0.2372 -0.1564 -0.1819 -0.1916 -0.0384 -0.0690 -0.1783 -0.2502 -0.1358 -0.1694 -0.2754 -0.2732 -0.2807 -0.2861 -0.2309 -0.2958 -0.2649 -0.1353 -0.2121 -0.2241 -0.1381 -0.2293 -0.2694 -0.2481 -0.2562 -0.0890 -0.1453 -0.1101 -0.1166 1.0000 Repressed_Hoffman.extend.500.bed NaN -0.1218 -0.2610 -0.0400 -0.1358 -0.0542 -0.0772 -0.1817 -0.2483 -0.1501 -0.1716 -0.1967 -0.0576 -0.0981 -0.2946 -0.3738 -0.1486 -0.1949 -0.3710 -0.3648 -0.3808 -0.3834 -0.2602 -0.3412 -0.3141 -0.1791 -0.2780 -0.2893 -0.1985 -0.3232 -0.3696 -0.3615 -0.3753 -0.1197 -0.1891 -0.1767 -0.1866 0.5383 SuperEnhancer_Hnisz.bed NaN 0.0409 0.0740 0.0267 0.1128 0.0260 0.0435 0.1378 0.2026 0.1174 0.1340 0.1767 0.0590 0.1107 0.1826 0.2477 0.1225 0.1829 0.5405 0.5050 0.4013 0.4037 0.2313 0.3100 0.2708 0.1310 0.2203 0.2448 0.1598 0.2885 0.3233 0.2243 0.2284 0.0560 0.0959 0.1041 0.1139 -0.2066 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0412 0.0742 0.0265 0.1125 0.0268 0.0444 0.1373 0.2038 0.1164 0.1328 0.1768 0.0585 0.1099 0.1817 0.2488 0.1209 0.1819 0.5391 0.5106 0.4033 0.4077 0.2310 0.3112 0.2739 0.1304 0.2201 0.2461 0.1590 0.2881 0.3257 0.2235 0.2276 0.0574 0.0982 0.1055 0.1162 -0.2073 TFBS_ENCODE.bed NaN 0.0570 0.0872 0.0733 0.1149 0.2424 0.1718 0.3562 0.2716 0.3552 0.4013 0.2560 0.0935 0.1115 0.2947 0.2919 0.3127 0.2481 0.2225 0.2154 0.2658 0.2436 0.2633 0.2658 0.2040 0.2273 0.2868 0.2526 0.1985 0.2757 0.2572 0.0600 0.0712 0.0703 0.1352 0.1466 0.1426 -0.2219 TFBS_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0439 0.0768 0.0542 0.1522 0.1817 0.2814 0.2334 0.4100 0.2377 0.2898 0.4064 0.0578 0.1108 0.2388 0.3180 0.2152 0.3360 0.3073 0.3084 0.3445 0.3310 0.2744 0.3599 0.3261 0.1713 0.2723 0.3117 0.1713 0.2910 0.3209 0.0922 0.0990 0.0793 0.1551 0.1250 0.1265 -0.2461 Transcribed_Hoffman.bed NaN 0.0684 0.1498 0.0067 0.0387 -0.0236 -0.0087 0.0236 0.0489 -0.0038 -0.0043 0.0189 -0.0018 -0.0028 -0.0084 0.0039 -0.0123 0.0027 0.1106 0.1091 0.0767 0.0937 0.0596 0.1037 0.1100 0.0080 0.0310 0.0458 0.0193 0.0434 0.0791 0.2668 0.2708 0.0022 -0.0007 0.0093 0.0161 -0.6921 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0120 0.0309 -0.0121 -0.0198 -0.0271 -0.0308 -0.0385 -0.0355 -0.0547 -0.0604 -0.0440 -0.0151 -0.0237 -0.0745 -0.0780 -0.0610 -0.0622 -0.0269 -0.0274 -0.0407 -0.0319 -0.0361 -0.0325 -0.0143 -0.0492 -0.0542 -0.0446 -0.0447 -0.0603 -0.0489 0.1126 0.1102 -0.0167 -0.0371 -0.0598 -0.0573 -0.2003 TSS_Hoffman.bed NaN 0.0849 0.1498 0.0401 0.0752 0.0177 0.0286 0.1563 0.1044 0.1628 0.1614 0.0984 0.0681 0.0911 0.1567 0.2179 0.2023 0.1392 0.1360 0.1278 0.1919 0.1666 0.1443 0.1207 0.0915 0.2744 0.2676 0.1870 0.2660 0.2808 0.2080 0.0435 0.0688 0.1055 0.2291 0.3412 0.3190 -0.1120 TSS_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0701 0.1382 0.0361 0.0790 0.0320 0.0555 0.1475 0.1398 0.1491 0.1529 0.1261 0.0604 0.1066 0.2366 0.3269 0.1834 0.1681 0.1785 0.1712 0.2536 0.2244 0.1832 0.1643 0.1259 0.2649 0.3305 0.2541 0.2589 0.3356 0.2783 0.0580 0.0780 0.2055 0.3492 0.3647 0.3507 -0.1534 UTR_3_UCSC.bed NaN 0.6043 0.3075 0.0640 0.0770 0.0073 0.0100 0.0234 0.0351 0.0187 0.0203 0.0258 -0.0046 -0.0092 0.0104 0.0160 0.0185 0.0233 0.0429 0.0416 0.0390 0.0427 0.0291 0.0505 0.0482 0.0202 0.0320 0.0291 0.0268 0.0479 0.0529 -0.0102 0.0219 0.0066 0.0138 0.0701 0.0722 -0.0587 UTR_3_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4519 0.4398 0.0637 0.1164 0.0097 0.0150 0.0350 0.0478 0.0277 0.0307 0.0365 -0.0055 -0.0109 0.0191 0.0266 0.0303 0.0338 0.0587 0.0578 0.0543 0.0588 0.0400 0.0696 0.0677 0.0346 0.0519 0.0468 0.0411 0.0680 0.0752 0.0406 0.0717 0.0118 0.0257 0.1376 0.1389 -0.0831 UTR_5_UCSC.bed NaN 0.3093 0.1627 0.0668 0.0508 0.0073 0.0100 0.0496 0.0378 0.0526 0.0544 0.0344 -0.0030 -0.0044 0.0476 0.0511 0.0665 0.0427 0.0388 0.0385 0.0557 0.0528 0.0389 0.0478 0.0401 0.0817 0.0723 0.0546 0.0748 0.0787 0.0663 -0.0015 0.0465 0.0112 0.0322 0.1814 0.1713 -0.0440 UTR_5_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1746 0.4392 0.0634 0.1357 0.0105 0.0168 0.0774 0.0720 0.0856 0.0866 0.0672 -0.0050 -0.0033 0.0909 0.1048 0.1096 0.0801 0.0805 0.0781 0.1103 0.1051 0.0731 0.0926 0.0828 0.1321 0.1373 0.1041 0.1364 0.1521 0.1324 0.0903 0.1312 0.0392 0.0948 0.3921 0.3649 -0.0933 WeakEnhancer_Hoffman.bed NaN 0.0048 0.0063 0.0253 0.0425 0.0280 0.0480 0.1497 0.1089 0.1494 0.1638 0.1058 0.0453 0.0501 0.0787 0.1366 0.1344 0.1109 0.1016 0.0971 0.1298 0.1196 0.1862 0.1363 0.0977 0.1190 0.1540 0.1323 0.1145 0.1483 0.1413 0.0299 0.0306 0.0250 0.0659 0.0264 0.0295 -0.1202 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0075 0.0171 0.0247 0.0762 0.0620 0.0960 0.1458 0.2148 0.1524 0.1781 0.2091 0.0449 0.0820 0.1752 0.2780 0.1484 0.2085 0.1990 0.1968 0.2450 0.2369 0.2352 0.2537 0.2040 0.1285 0.2111 0.2421 0.1355 0.2263 0.2587 0.0626 0.0635 0.0645 0.1375 0.0515 0.0587 -0.2020 Repressed_Hoffman.extend.500.bed SuperEnhancer_Hnisz.bed SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed TFBS_ENCODE.bed TFBS_ENCODE.extend.500.bed Transcribed_Hoffman.bed Transcribed_Hoffman.extend.500.bed TSS_Hoffman.bed TSS_Hoffman.extend.500.bed UTR_3_UCSC.bed UTR_3_UCSC.extend.500.bed UTR_5_UCSC.bed UTR_5_UCSC.extend.500.bed WeakEnhancer_Hoffman.bed WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed -0.1218 0.0409 0.0412 0.0570 0.0439 0.0684 0.0120 0.0849 0.0701 0.6043 0.4519 0.3093 0.1746 0.0048 0.0075 Coding_UCSC.extend.500.bed -0.2610 0.0740 0.0742 0.0872 0.0768 0.1498 0.0309 0.1498 0.1382 0.3075 0.4398 0.1627 0.4392 0.0063 0.0171 Conserved_LindbladToh.bed -0.0400 0.0267 0.0265 0.0733 0.0542 0.0067 -0.0121 0.0401 0.0361 0.0640 0.0637 0.0668 0.0634 0.0253 0.0247 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed -0.1358 0.1128 0.1125 0.1149 0.1522 0.0387 -0.0198 0.0752 0.0790 0.0770 0.1164 0.0508 0.1357 0.0425 0.0762 CTCF_Hoffman.bed -0.0542 0.0260 0.0268 0.2424 0.1817 -0.0236 -0.0271 0.0177 0.0320 0.0073 0.0097 0.0073 0.0105 0.0280 0.0620 CTCF_Hoffman.extend.500.bed -0.0772 0.0435 0.0444 0.1718 0.2814 -0.0087 -0.0308 0.0286 0.0555 0.0100 0.0150 0.0100 0.0168 0.0480 0.0960 DGF_ENCODE.bed -0.1817 0.1378 0.1373 0.3562 0.2334 0.0236 -0.0385 0.1563 0.1475 0.0234 0.0350 0.0496 0.0774 0.1497 0.1458 DGF_ENCODE.extend.500.bed -0.2483 0.2026 0.2038 0.2716 0.4100 0.0489 -0.0355 0.1044 0.1398 0.0351 0.0478 0.0378 0.0720 0.1089 0.2148 DHS_peaks_Trynka.bed -0.1501 0.1174 0.1164 0.3552 0.2377 -0.0038 -0.0547 0.1628 0.1491 0.0187 0.0277 0.0526 0.0856 0.1494 0.1524 DHS_Trynka.bed -0.1716 0.1340 0.1328 0.4013 0.2898 -0.0043 -0.0604 0.1614 0.1529 0.0203 0.0307 0.0544 0.0866 0.1638 0.1781 DHS_Trynka.extend.500.bed -0.1967 0.1767 0.1768 0.2560 0.4064 0.0189 -0.0440 0.0984 0.1261 0.0258 0.0365 0.0344 0.0672 0.1058 0.2091 Enhancer_Andersson.bed -0.0576 0.0590 0.0585 0.0935 0.0578 -0.0018 -0.0151 0.0681 0.0604 -0.0046 -0.0055 -0.0030 -0.0050 0.0453 0.0449 Enhancer_Andersson.extend.500.bed -0.0981 0.1107 0.1099 0.1115 0.1108 -0.0028 -0.0237 0.0911 0.1066 -0.0092 -0.0109 -0.0044 -0.0033 0.0501 0.0820 Enhancer_Hoffman.bed -0.2946 0.1826 0.1817 0.2947 0.2388 -0.0084 -0.0745 0.1567 0.2366 0.0104 0.0191 0.0476 0.0909 0.0787 0.1752 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.3738 0.2477 0.2488 0.2919 0.3180 0.0039 -0.0780 0.2179 0.3269 0.0160 0.0266 0.0511 0.1048 0.1366 0.2780 FetalDHS_Trynka.bed -0.1486 0.1225 0.1209 0.3127 0.2152 -0.0123 -0.0610 0.2023 0.1834 0.0185 0.0303 0.0665 0.1096 0.1344 0.1484 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed -0.1949 0.1829 0.1819 0.2481 0.3360 0.0027 -0.0622 0.1392 0.1681 0.0233 0.0338 0.0427 0.0801 0.1109 0.2085 H3K27ac_Hnisz.bed -0.3710 0.5405 0.5391 0.2225 0.3073 0.1106 -0.0269 0.1360 0.1785 0.0429 0.0587 0.0388 0.0805 0.1016 0.1990 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed -0.3648 0.5050 0.5106 0.2154 0.3084 0.1091 -0.0274 0.1278 0.1712 0.0416 0.0578 0.0385 0.0781 0.0971 0.1968 H3K27ac_PGC2.bed -0.3808 0.4013 0.4033 0.2658 0.3445 0.0767 -0.0407 0.1919 0.2536 0.0390 0.0543 0.0557 0.1103 0.1298 0.2450 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed -0.3834 0.4037 0.4077 0.2436 0.3310 0.0937 -0.0319 0.1666 0.2244 0.0427 0.0588 0.0528 0.1051 0.1196 0.2369 H3K4me1_peaks_Trynka.bed -0.2602 0.2313 0.2310 0.2633 0.2744 0.0596 -0.0361 0.1443 0.1832 0.0291 0.0400 0.0389 0.0731 0.1862 0.2352 H3K4me1_Trynka.bed -0.3412 0.3100 0.3112 0.2658 0.3599 0.1037 -0.0325 0.1207 0.1643 0.0505 0.0696 0.0478 0.0926 0.1363 0.2537 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed -0.3141 0.2708 0.2739 0.2040 0.3261 0.1100 -0.0143 0.0915 0.1259 0.0482 0.0677 0.0401 0.0828 0.0977 0.2040 H3K4me3_peaks_Trynka.bed -0.1791 0.1310 0.1304 0.2273 0.1713 0.0080 -0.0492 0.2744 0.2649 0.0202 0.0346 0.0817 0.1321 0.1190 0.1285 H3K4me3_Trynka.bed -0.2780 0.2203 0.2201 0.2868 0.2723 0.0310 -0.0542 0.2676 0.3305 0.0320 0.0519 0.0723 0.1373 0.1540 0.2111 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed -0.2893 0.2448 0.2461 0.2526 0.3117 0.0458 -0.0446 0.1870 0.2541 0.0291 0.0468 0.0546 0.1041 0.1323 0.2421 H3K9ac_peaks_Trynka.bed -0.1985 0.1598 0.1590 0.1985 0.1713 0.0193 -0.0447 0.2660 0.2589 0.0268 0.0411 0.0748 0.1364 0.1145 0.1355 H3K9ac_Trynka.bed -0.3232 0.2885 0.2881 0.2757 0.2910 0.0434 -0.0603 0.2808 0.3356 0.0479 0.0680 0.0787 0.1521 0.1483 0.2263 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed -0.3696 0.3233 0.3257 0.2572 0.3209 0.0791 -0.0489 0.2080 0.2783 0.0529 0.0752 0.0663 0.1324 0.1413 0.2587 Intron_UCSC.bed -0.3615 0.2243 0.2235 0.0600 0.0922 0.2668 0.1126 0.0435 0.0580 -0.0102 0.0406 -0.0015 0.0903 0.0299 0.0626 Intron_UCSC.extend.500.bed -0.3753 0.2284 0.2276 0.0712 0.0990 0.2708 0.1102 0.0688 0.0780 0.0219 0.0717 0.0465 0.1312 0.0306 0.0635 PromoterFlanking_Hoffman.bed -0.1197 0.0560 0.0574 0.0703 0.0793 0.0022 -0.0167 0.1055 0.2055 0.0066 0.0118 0.0112 0.0392 0.0250 0.0645 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed -0.1891 0.0959 0.0982 0.1352 0.1551 -0.0007 -0.0371 0.2291 0.3492 0.0138 0.0257 0.0322 0.0948 0.0659 0.1375 Promoter_UCSC.bed -0.1767 0.1041 0.1055 0.1466 0.1250 0.0093 -0.0598 0.3412 0.3647 0.0701 0.1376 0.1814 0.3921 0.0264 0.0515 Promoter_UCSC.extend.500.bed -0.1866 0.1139 0.1162 0.1426 0.1265 0.0161 -0.0573 0.3190 0.3507 0.0722 0.1389 0.1713 0.3649 0.0295 0.0587 Repressed_Hoffman.bed 0.5383 -0.2066 -0.2073 -0.2219 -0.2461 -0.6921 -0.2003 -0.1120 -0.1534 -0.0587 -0.0831 -0.0440 -0.0933 -0.1202 -0.2020 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 1.0000 -0.3072 -0.3078 -0.2433 -0.2689 -0.4060 -0.0909 -0.2033 -0.2624 -0.0968 -0.1369 -0.0717 -0.1528 -0.1336 -0.2287 SuperEnhancer_Hnisz.bed -0.3072 1.0000 0.9890 0.1622 0.2031 0.1104 0.0049 0.1326 0.1647 0.0387 0.0469 0.0319 0.0668 0.0770 0.1508 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed -0.3078 0.9890 1.0000 0.1616 0.2036 0.1107 0.0050 0.1318 0.1652 0.0391 0.0474 0.0315 0.0664 0.0767 0.1513 TFBS_ENCODE.bed -0.2433 0.1622 0.1616 1.0000 0.5347 0.0027 -0.0606 0.2547 0.2603 0.0313 0.0446 0.0701 0.1168 0.1687 0.1961 TFBS_ENCODE.extend.500.bed -0.2689 0.2031 0.2036 0.5347 1.0000 0.0224 -0.0527 0.1589 0.2116 0.0327 0.0448 0.0473 0.0865 0.1299 0.2501 Transcribed_Hoffman.bed -0.4060 0.1104 0.1107 0.0027 0.0224 1.0000 0.3915 -0.0275 -0.0195 0.0654 0.0868 0.0150 0.0384 0.0045 0.0145 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed -0.0909 0.0049 0.0050 -0.0606 -0.0527 0.3915 1.0000 -0.0814 -0.0783 0.0199 0.0246 -0.0160 -0.0245 -0.0246 -0.0334 TSS_Hoffman.bed -0.2033 0.1326 0.1318 0.2547 0.1589 -0.0275 -0.0814 1.0000 0.7174 0.0274 0.0507 0.1503 0.2633 0.0382 0.0589 TSS_Hoffman.extend.500.bed -0.2624 0.1647 0.1652 0.2603 0.2116 -0.0195 -0.0783 0.7174 1.0000 0.0265 0.0509 0.1232 0.2390 0.0563 0.1071 UTR_3_UCSC.bed -0.0968 0.0387 0.0391 0.0313 0.0327 0.0654 0.0199 0.0274 0.0265 1.0000 0.6654 0.0958 0.0620 0.0025 0.0045 UTR_3_UCSC.extend.500.bed -0.1369 0.0469 0.0474 0.0446 0.0448 0.0868 0.0246 0.0507 0.0509 0.6654 1.0000 0.0817 0.1196 0.0057 0.0111 UTR_5_UCSC.bed -0.0717 0.0319 0.0315 0.0701 0.0473 0.0150 -0.0160 0.1503 0.1232 0.0958 0.0817 1.0000 0.4442 0.0070 0.0112 UTR_5_UCSC.extend.500.bed -0.1528 0.0668 0.0664 0.1168 0.0865 0.0384 -0.0245 0.2633 0.2390 0.0620 0.1196 0.4442 1.0000 0.0091 0.0230 WeakEnhancer_Hoffman.bed -0.1336 0.0770 0.0767 0.1687 0.1299 0.0045 -0.0246 0.0382 0.0563 0.0025 0.0057 0.0070 0.0091 1.0000 0.4644 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.2287 0.1508 0.1513 0.1961 0.2501 0.0145 -0.0334 0.0589 0.1071 0.0045 0.0111 0.0112 0.0230 0.4644 1.0000 Annotation Matrix Column Sums base 729645.0 Coding_UCSC.bed 7008.0 Coding_UCSC.extend.500.bed 30284.0 Conserved_LindbladToh.bed 18912.0 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed 224403.0 CTCF_Hoffman.bed 12270.0 CTCF_Hoffman.extend.500.bed 37282.0 DGF_ENCODE.bed 78397.0 DGF_ENCODE.extend.500.bed 336539.0 DHS_peaks_Trynka.bed 67703.0 DHS_Trynka.bed 102883.0 DHS_Trynka.extend.500.bed 321531.0 Enhancer_Andersson.bed 1965.0 Enhancer_Andersson.extend.500.bed 8461.0 Enhancer_Hoffman.bed 17526.0 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed 39022.0 FetalDHS_Trynka.bed 48648.0 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed 169353.0 H3K27ac_Hnisz.bed 209286.0 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed 230171.0 H3K27ac_PGC2.bed 143480.0 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed 182006.0 H3K4me1_peaks_Trynka.bed 91912.0 H3K4me1_Trynka.bed 240866.0 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed 369647.0 H3K4me3_peaks_Trynka.bed 22563.0 H3K4me3_Trynka.bed 72869.0 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed 145299.0 H3K9ac_peaks_Trynka.bed 17755.0 H3K9ac_Trynka.bed 60512.0 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed 114097.0 Intron_UCSC.bed 230785.0 Intron_UCSC.extend.500.bed 234948.0 PromoterFlanking_Hoffman.bed 4445.0 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed 16904.0 Promoter_UCSC.bed 20258.0 Promoter_UCSC.extend.500.bed 24996.0 Repressed_Hoffman.bed 411186.0 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 595902.0 SuperEnhancer_Hnisz.bed 76720.0 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed 78256.0 TFBS_ENCODE.bed 67729.0 TFBS_ENCODE.extend.500.bed 192308.0 Transcribed_Hoffman.bed 199692.0 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed 518707.0 TSS_Hoffman.bed 7015.0 TSS_Hoffman.extend.500.bed 13508.0 UTR_3_UCSC.bed 5730.0 UTR_3_UCSC.extend.500.bed 12816.0 UTR_5_UCSC.bed 2387.0 UTR_5_UCSC.extend.500.bed 11941.0 WeakEnhancer_Hoffman.bed 8077.0 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed 35996.0 Summary of Annotation Matrix Row Sums count 729645.0000 mean 9.4876 std 6.0865 min 1.0000 25% 5.0000 50% 8.0000 75% 12.0000 max 40.0000 Analysis finished at Tue Oct 17 18:38:54 2017 Total time elapsed: 1.0h:57.0m:38.89s