********************************************************************* * LD Score Regression (LDSC) * Version 1.0.0 * (C) 2014-2015 Brendan Bulik-Sullivan and Hilary Finucane * Broad Institute of MIT and Harvard / MIT Department of Mathematics * GNU General Public License v3 ********************************************************************* Call: ./ldsc.py \ --print-snps hapmap3_snps/hm.5.snp \ --ld-wind-cm 1.0 \ --out 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.5 \ --bfile 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.5 \ --annot 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.5.annot.gz \ --l2 Beginning analysis at Tue Oct 17 16:41:15 2017 Read list of 633015 SNPs from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.5.bim Read 53 annotations for 633015 SNPs from 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.5.annot.gz Read list of 489 individuals from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.5.fam Reading genotypes from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.5.bed Estimating LD Score. Reading list of 88059 SNPs for which to print LD Scores from hapmap3_snps/hm.5.snp After merging with --print-snps, LD Scores for 74950 SNPs will be printed. Writing LD Scores for 74950 SNPs to 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.5.l2.ldscore.gz Summary of LD Scores in 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.5.l2.ldscore.gz MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 Promoter_UCSC.bedL2 \ mean 0.2353 129.7403 1.5172 6.7585 3.5029 44.3039 2.2647 6.7298 14.4712 60.9355 12.3498 18.7799 57.7564 0.3901 1.7686 3.4779 7.6677 9.0198 31.1505 39.8068 43.7056 28.2110 35.6812 18.0639 46.7292 69.1198 4.6065 14.7195 28.5817 3.4135 11.5822 21.7900 45.3288 46.1872 0.9516 3.4857 4.0449 std 0.1428 124.7007 3.1887 11.9539 3.6850 38.9509 2.4792 6.5846 12.9674 50.1507 10.0615 14.9029 44.9929 0.8226 2.8451 4.9592 10.4459 7.6499 24.8140 42.5896 44.7500 32.5243 39.8029 17.9692 43.0293 59.6534 9.0732 28.2885 45.0086 4.4461 14.2158 24.6386 62.2590 63.1567 1.7645 5.3583 7.4963 min 0.0051 -5.0207 -0.1606 -0.6602 -0.2306 -1.1503 -0.1620 -0.2789 -0.3484 -2.2357 -0.2220 -0.4259 -1.8484 -0.0691 -0.1618 -0.2248 -0.4589 -0.2040 -0.7366 -1.8051 -2.0082 -0.7048 -1.1770 -0.5041 -1.8660 -3.3348 -0.2564 -0.4803 -0.5748 -0.3090 -0.5399 -0.8476 -3.0083 -3.0018 -0.1425 -0.3634 -0.3424 25% 0.1104 52.8049 0.0369 0.2350 1.0159 18.4974 0.6321 2.4011 6.1221 28.0039 5.6663 8.8962 27.6411 0.0147 0.1671 0.4336 1.2284 3.9120 14.7432 12.5096 14.8962 8.8618 11.9019 6.8477 19.1901 30.8443 1.1671 4.1474 10.0277 0.6466 2.6267 6.1244 4.0228 4.2196 0.0681 0.4464 0.2668 50% 0.2260 95.1340 0.3027 1.8294 2.3915 33.6394 1.4830 4.7374 10.8972 46.9850 9.7100 14.8759 45.7314 0.0886 0.7312 1.7401 4.0996 6.9937 24.6711 27.3845 30.8836 19.1448 24.7057 12.9707 34.5410 52.3798 2.6282 8.7744 18.8491 1.8721 6.8295 13.9565 21.6724 22.4393 0.2787 1.5180 1.3566 75% 0.3558 164.7610 1.5931 7.8432 4.6745 57.1400 2.9802 8.6254 18.5824 78.0365 15.9140 24.2643 74.1290 0.3974 2.2170 4.5226 9.9695 11.6873 40.2806 53.2425 57.9741 35.9586 45.5491 22.9077 59.2832 86.8609 5.3043 17.1002 34.1278 4.4003 15.3151 28.6638 62.2204 63.3872 1.0322 4.1732 4.7020 max 0.5000 1898.3441 48.9055 116.7869 34.3878 388.6130 23.1488 58.5654 125.8732 413.7853 109.0570 144.2905 385.1172 13.6540 38.8890 57.6229 127.3895 86.7551 245.3063 427.9394 437.4896 431.2631 528.5657 164.7516 383.6790 502.7731 217.3612 695.5394 1080.1855 44.4279 122.7539 222.3104 495.4759 503.9604 24.8700 64.4896 116.9564 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 mean 4.9538 59.4706 94.5504 14.6803 14.9831 13.6371 37.6683 40.3850 92.7337 1.5127 2.8392 1.0771 2.5879 0.5210 2.5150 1.5346 6.8393 std 9.0113 61.7501 92.3795 25.8843 26.1674 12.1447 30.6875 48.4272 85.5250 3.0511 5.2711 2.0460 4.9172 1.2965 5.2581 2.1152 8.1267 min -0.4279 -2.2382 -3.5037 -1.7161 -1.6996 -0.5311 -1.0581 -1.6057 -3.8261 -0.2185 -0.4295 -0.1298 -0.2879 -0.0908 -0.3948 -0.1987 -0.4274 25% 0.3349 18.0881 32.1639 0.5913 0.6245 5.7187 17.3785 11.3353 34.4786 0.0594 0.1690 0.0301 0.1028 0.0050 0.0867 0.2581 1.7713 50% 1.6915 38.9979 64.8947 4.0117 4.1760 10.2458 29.5478 24.7602 67.2628 0.3230 0.7776 0.2293 0.6941 0.0655 0.5833 0.8564 4.3671 75% 5.7807 80.1390 126.5540 17.7654 18.3167 17.3359 47.9997 49.4904 121.3506 1.5310 3.1031 1.1515 2.9397 0.3968 2.5118 1.9921 8.9646 max 137.8037 496.9188 750.6158 247.0047 247.4164 104.2475 251.6265 443.5851 626.5104 42.5146 52.8168 22.5005 63.1694 20.2148 69.1406 27.6622 100.1432 MAF/LD Score Correlation Matrix MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 \ MAF 1.0000 0.1687 0.0627 0.0827 0.1491 0.1680 0.1469 0.1656 0.1533 0.1758 0.1773 0.1820 0.1886 0.0572 0.0806 0.0966 0.1015 0.1632 0.1756 0.1259 0.1335 0.1221 0.1274 0.1365 0.1471 0.1641 0.0836 0.0876 0.1039 0.1009 0.1094 0.1171 0.0957 0.0965 0.0814 0.1107 baseL2 0.1687 1.0000 0.3144 0.3983 0.5622 0.7766 0.5664 0.6282 0.6846 0.8145 0.7045 0.7523 0.8493 0.2625 0.3450 0.3399 0.4055 0.6611 0.7305 0.5172 0.5609 0.6759 0.7007 0.5987 0.6792 0.7722 0.7099 0.7343 0.7917 0.4099 0.4464 0.4970 0.5273 0.5287 0.4717 0.5266 Coding_UCSC.bedL2 0.0627 0.3144 1.0000 0.8131 0.4777 0.4917 0.5928 0.5541 0.5307 0.4837 0.4629 0.4424 0.4234 0.2280 0.3242 0.4701 0.5387 0.4565 0.4376 0.4807 0.4878 0.5006 0.5097 0.5480 0.5440 0.5198 0.4055 0.3946 0.3998 0.5851 0.5958 0.6027 0.4715 0.4812 0.5434 0.6241 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.0827 0.3983 0.8131 1.0000 0.4564 0.6343 0.6353 0.6286 0.6902 0.6436 0.5984 0.5827 0.5718 0.2885 0.4114 0.5566 0.6476 0.5774 0.5794 0.6572 0.6692 0.6470 0.6581 0.7123 0.7241 0.6952 0.3990 0.3986 0.4230 0.7194 0.7427 0.7718 0.6909 0.7009 0.6652 0.7228 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.1491 0.5622 0.4777 0.4564 1.0000 0.8206 0.5429 0.5653 0.6038 0.6542 0.6559 0.6580 0.6670 0.1968 0.2876 0.3927 0.4576 0.6474 0.6522 0.5024 0.5247 0.5045 0.5254 0.5860 0.6299 0.6643 0.3762 0.3817 0.4338 0.4450 0.4658 0.5032 0.5199 0.5221 0.4684 0.5271 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.1680 0.7766 0.4917 0.6343 0.8206 1.0000 0.6970 0.7440 0.8541 0.9150 0.8839 0.8952 0.9192 0.3031 0.4296 0.5547 0.6357 0.8599 0.8934 0.7450 0.7741 0.7418 0.7668 0.8310 0.8856 0.9227 0.4981 0.5096 0.5820 0.6318 0.6706 0.7240 0.7419 0.7445 0.6231 0.6844 CTCF_Hoffman.bedL2 0.1469 0.5664 0.5928 0.6353 0.5429 0.6970 1.0000 0.9222 0.7407 0.7418 0.7131 0.7185 0.7125 0.3138 0.4267 0.5598 0.6282 0.6910 0.6975 0.6555 0.6736 0.6320 0.6475 0.7116 0.7326 0.7412 0.4225 0.4248 0.4748 0.6611 0.6843 0.7105 0.5933 0.5979 0.5559 0.6449 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1656 0.6282 0.5541 0.6286 0.5653 0.7440 0.9222 1.0000 0.7839 0.8016 0.7689 0.7771 0.7798 0.3402 0.4496 0.5631 0.6393 0.7396 0.7593 0.6867 0.7086 0.6599 0.6771 0.7505 0.7781 0.7953 0.4364 0.4410 0.5028 0.6721 0.6988 0.7345 0.6306 0.6349 0.5614 0.6493 DGF_ENCODE.bedL2 0.1533 0.6846 0.5307 0.6902 0.6038 0.8541 0.7407 0.7839 1.0000 0.9556 0.9479 0.9438 0.9148 0.4648 0.5874 0.7495 0.8172 0.9129 0.9185 0.8900 0.9074 0.8606 0.8724 0.9434 0.9562 0.9443 0.5341 0.5352 0.5966 0.8201 0.8612 0.8904 0.7180 0.7226 0.6809 0.7573 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1758 0.8145 0.4837 0.6436 0.6542 0.9150 0.7418 0.8016 0.9556 1.0000 0.9447 0.9594 0.9784 0.3938 0.5146 0.6440 0.7216 0.9035 0.9424 0.8353 0.8639 0.8281 0.8501 0.9015 0.9488 0.9771 0.5465 0.5574 0.6324 0.7231 0.7728 0.8210 0.7282 0.7318 0.6640 0.7311 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.1773 0.7045 0.4629 0.5984 0.6559 0.8839 0.7131 0.7689 0.9479 0.9447 1.0000 0.9857 0.9462 0.4111 0.5244 0.6838 0.7489 0.9644 0.9623 0.8468 0.8676 0.8017 0.8178 0.9139 0.9354 0.9385 0.4903 0.4916 0.5631 0.7384 0.7803 0.8180 0.6962 0.6995 0.6260 0.7004 DHS_Trynka.bedL2 0.1820 0.7523 0.4424 0.5827 0.6580 0.8952 0.7185 0.7771 0.9438 0.9594 0.9857 1.0000 0.9688 0.3986 0.5156 0.6587 0.7240 0.9567 0.9669 0.8372 0.8612 0.8051 0.8228 0.9010 0.9325 0.9468 0.5091 0.5144 0.5882 0.7165 0.7612 0.8022 0.6951 0.6980 0.6124 0.6833 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1886 0.8493 0.4234 0.5718 0.6670 0.9192 0.7125 0.7798 0.9148 0.9784 0.9462 0.9688 1.0000 0.3681 0.4844 0.5880 0.6629 0.9056 0.9577 0.7914 0.8229 0.7923 0.8151 0.8631 0.9166 0.9586 0.5395 0.5525 0.6312 0.6571 0.7065 0.7580 0.7028 0.7052 0.5992 0.6660 Enhancer_Andersson.bedL2 0.0572 0.2625 0.2280 0.2885 0.1968 0.3031 0.3138 0.3402 0.4648 0.3938 0.4111 0.3986 0.3681 1.0000 0.8667 0.4964 0.4967 0.4172 0.3927 0.4558 0.4545 0.4879 0.4770 0.4617 0.4297 0.3898 0.3466 0.3380 0.3493 0.4653 0.4794 0.4689 0.3008 0.3032 0.2907 0.3409 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.0806 0.3450 0.3242 0.4114 0.2876 0.4296 0.4267 0.4496 0.5874 0.5146 0.5244 0.5156 0.4844 0.8667 1.0000 0.5876 0.5979 0.5311 0.5140 0.5771 0.5794 0.6118 0.6026 0.5903 0.5669 0.5222 0.4249 0.4166 0.4347 0.5787 0.5998 0.5928 0.4159 0.4186 0.3907 0.4512 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.0966 0.3399 0.4701 0.5566 0.3927 0.5547 0.5598 0.5631 0.7495 0.6440 0.6838 0.6587 0.5880 0.4964 0.5876 1.0000 0.9643 0.6715 0.6467 0.7767 0.7677 0.7413 0.7270 0.7830 0.7215 0.6513 0.4202 0.4003 0.4198 0.8021 0.8086 0.7895 0.5258 0.5302 0.5462 0.6297 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1015 0.4055 0.5387 0.6476 0.4576 0.6357 0.6282 0.6393 0.8172 0.7216 0.7489 0.7240 0.6629 0.4967 0.5979 0.9643 1.0000 0.7309 0.7169 0.8390 0.8344 0.8003 0.7921 0.8546 0.7997 0.7339 0.4560 0.4396 0.4668 0.8519 0.8636 0.8554 0.6000 0.6052 0.6286 0.7183 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.1632 0.6611 0.4565 0.5774 0.6474 0.8599 0.6910 0.7396 0.9129 0.9035 0.9644 0.9567 0.9056 0.4172 0.5311 0.6715 0.7309 1.0000 0.9626 0.8349 0.8530 0.7869 0.8006 0.8971 0.9132 0.9078 0.4909 0.4883 0.5545 0.7329 0.7697 0.8037 0.6627 0.6660 0.6057 0.6755 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1756 0.7305 0.4376 0.5794 0.6522 0.8934 0.6975 0.7593 0.9185 0.9424 0.9623 0.9669 0.9577 0.3927 0.5140 0.6467 0.7169 0.9626 1.0000 0.8379 0.8608 0.7962 0.8128 0.9012 0.9309 0.9414 0.4887 0.4944 0.5687 0.7082 0.7522 0.7963 0.6954 0.6980 0.5892 0.6598 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.1259 0.5172 0.4807 0.6572 0.5024 0.7450 0.6555 0.6867 0.8900 0.8353 0.8468 0.8372 0.7914 0.4558 0.5771 0.7767 0.8390 0.8349 0.8379 1.0000 0.9970 0.8996 0.9014 0.9275 0.9123 0.8583 0.4915 0.4922 0.5409 0.8246 0.8702 0.8949 0.6614 0.6656 0.6251 0.6911 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.1335 0.5609 0.4878 0.6692 0.5247 0.7741 0.6736 0.7086 0.9074 0.8639 0.8676 0.8612 0.8229 0.4545 0.5794 0.7677 0.8344 0.8530 0.8608 0.9970 1.0000 0.9101 0.9153 0.9374 0.9306 0.8859 0.5153 0.5179 0.5702 0.8243 0.8705 0.9004 0.6800 0.6843 0.6391 0.7068 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.1221 0.6759 0.5006 0.6470 0.5045 0.7418 0.6320 0.6599 0.8606 0.8281 0.8017 0.8051 0.7923 0.4879 0.6118 0.7413 0.8003 0.7869 0.7962 0.8996 0.9101 1.0000 0.9957 0.8876 0.8835 0.8465 0.7506 0.7572 0.7893 0.8022 0.8425 0.8621 0.6508 0.6548 0.6210 0.6965 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.1274 0.7007 0.5097 0.6581 0.5254 0.7668 0.6475 0.6771 0.8724 0.8501 0.8178 0.8228 0.8151 0.4770 0.6026 0.7270 0.7921 0.8006 0.8128 0.9014 0.9153 0.9957 1.0000 0.8958 0.8994 0.8695 0.7526 0.7612 0.7976 0.7961 0.8378 0.8644 0.6700 0.6740 0.6354 0.7116 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.1365 0.5987 0.5480 0.7123 0.5860 0.8310 0.7116 0.7505 0.9434 0.9015 0.9139 0.9010 0.8631 0.4617 0.5903 0.7830 0.8546 0.8971 0.9012 0.9275 0.9374 0.8876 0.8958 1.0000 0.9734 0.9316 0.5370 0.5349 0.5871 0.8682 0.8969 0.9223 0.7513 0.7556 0.7027 0.7754 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.1471 0.6792 0.5440 0.7241 0.6299 0.8856 0.7326 0.7781 0.9562 0.9488 0.9354 0.9325 0.9166 0.4297 0.5669 0.7215 0.7997 0.9132 0.9309 0.9123 0.9306 0.8835 0.8994 0.9734 1.0000 0.9810 0.5416 0.5478 0.6112 0.8198 0.8656 0.9080 0.7776 0.7818 0.7051 0.7744 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.1641 0.7722 0.5198 0.6952 0.6643 0.9227 0.7412 0.7953 0.9443 0.9771 0.9385 0.9468 0.9586 0.3898 0.5222 0.6513 0.7339 0.9078 0.9414 0.8583 0.8859 0.8465 0.8695 0.9316 0.9810 1.0000 0.5502 0.5611 0.6329 0.7499 0.7984 0.8519 0.7774 0.7812 0.6928 0.7606 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.0836 0.7099 0.4055 0.3990 0.3762 0.4981 0.4225 0.4364 0.5341 0.5465 0.4903 0.5091 0.5395 0.3466 0.4249 0.4202 0.4560 0.4909 0.4887 0.4915 0.5153 0.7506 0.7526 0.5370 0.5416 0.5502 1.0000 0.9885 0.9762 0.4926 0.4940 0.4992 0.3997 0.4029 0.4350 0.4954 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.0876 0.7343 0.3946 0.3986 0.3817 0.5096 0.4248 0.4410 0.5352 0.5574 0.4916 0.5144 0.5525 0.3380 0.4166 0.4003 0.4396 0.4883 0.4944 0.4922 0.5179 0.7572 0.7612 0.5349 0.5478 0.5611 0.9885 1.0000 0.9901 0.4789 0.4915 0.5011 0.4053 0.4083 0.4274 0.4876 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.1039 0.7917 0.3998 0.4230 0.4338 0.5820 0.4748 0.5028 0.5966 0.6324 0.5631 0.5882 0.6312 0.3493 0.4347 0.4198 0.4668 0.5545 0.5687 0.5409 0.5702 0.7893 0.7976 0.5871 0.6112 0.6329 0.9762 0.9901 1.0000 0.5016 0.5222 0.5431 0.4546 0.4574 0.4508 0.5157 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.1009 0.4099 0.5851 0.7194 0.4450 0.6318 0.6611 0.6721 0.8201 0.7231 0.7384 0.7165 0.6571 0.4653 0.5787 0.8021 0.8519 0.7329 0.7082 0.8246 0.8243 0.8022 0.7961 0.8682 0.8198 0.7499 0.4926 0.4789 0.5016 1.0000 0.9592 0.9402 0.6151 0.6217 0.6622 0.7552 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.1094 0.4464 0.5958 0.7427 0.4658 0.6706 0.6843 0.6988 0.8612 0.7728 0.7803 0.7612 0.7065 0.4794 0.5998 0.8086 0.8636 0.7697 0.7522 0.8702 0.8705 0.8425 0.8378 0.8969 0.8656 0.7984 0.4940 0.4915 0.5222 0.9592 1.0000 0.9828 0.6452 0.6518 0.6778 0.7673 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.1171 0.4970 0.6027 0.7718 0.5032 0.7240 0.7105 0.7345 0.8904 0.8210 0.8180 0.8022 0.7580 0.4689 0.5928 0.7895 0.8554 0.8037 0.7963 0.8949 0.9004 0.8621 0.8644 0.9223 0.9080 0.8519 0.4992 0.5011 0.5431 0.9402 0.9828 1.0000 0.6857 0.6921 0.6961 0.7818 Intron_UCSC.bedL2 0.0957 0.5273 0.4715 0.6909 0.5199 0.7419 0.5933 0.6306 0.7180 0.7282 0.6962 0.6951 0.7028 0.3008 0.4159 0.5258 0.6000 0.6627 0.6954 0.6614 0.6800 0.6508 0.6700 0.7513 0.7776 0.7774 0.3997 0.4053 0.4546 0.6151 0.6452 0.6857 1.0000 0.9998 0.5680 0.6138 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.0965 0.5287 0.4812 0.7009 0.5221 0.7445 0.5979 0.6349 0.7226 0.7318 0.6995 0.6980 0.7052 0.3032 0.4186 0.5302 0.6052 0.6660 0.6980 0.6656 0.6843 0.6548 0.6740 0.7556 0.7818 0.7812 0.4029 0.4083 0.4574 0.6217 0.6518 0.6921 0.9998 1.0000 0.5751 0.6212 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.0814 0.4717 0.5434 0.6652 0.4684 0.6231 0.5559 0.5614 0.6809 0.6640 0.6260 0.6124 0.5992 0.2907 0.3907 0.5462 0.6286 0.6057 0.5892 0.6251 0.6391 0.6210 0.6354 0.7027 0.7051 0.6928 0.4350 0.4274 0.4508 0.6622 0.6778 0.6961 0.5680 0.5751 1.0000 0.9226 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1107 0.5266 0.6241 0.7228 0.5271 0.6844 0.6449 0.6493 0.7573 0.7311 0.7004 0.6833 0.6660 0.3409 0.4512 0.6297 0.7183 0.6755 0.6598 0.6911 0.7068 0.6965 0.7116 0.7754 0.7744 0.7606 0.4954 0.4876 0.5157 0.7552 0.7673 0.7818 0.6138 0.6212 0.9226 1.0000 Promoter_UCSC.bedL2 0.0979 0.3890 0.8044 0.7801 0.4483 0.5221 0.6378 0.5882 0.6020 0.5499 0.5113 0.4960 0.4807 0.2917 0.4056 0.5513 0.6194 0.5059 0.4848 0.5403 0.5512 0.5790 0.5895 0.6119 0.6110 0.5867 0.4777 0.4705 0.4708 0.6805 0.6835 0.6821 0.5379 0.5470 0.6203 0.7232 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.1002 0.3975 0.8074 0.7894 0.4543 0.5332 0.6469 0.6001 0.6098 0.5607 0.5193 0.5052 0.4912 0.2948 0.4068 0.5527 0.6222 0.5138 0.4948 0.5480 0.5594 0.5842 0.5957 0.6200 0.6213 0.5979 0.4797 0.4736 0.4758 0.6855 0.6883 0.6896 0.5505 0.5595 0.6287 0.7289 Repressed_Hoffman.bedL2 0.1628 0.8410 0.0990 0.0809 0.4359 0.5724 0.3695 0.4290 0.4138 0.5860 0.4850 0.5395 0.6492 0.0705 0.0976 0.0561 0.0968 0.4542 0.5351 0.2019 0.2440 0.2960 0.3208 0.2820 0.3817 0.5090 0.3716 0.3959 0.4567 0.0826 0.1152 0.1601 0.2200 0.2194 0.2051 0.2410 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1692 0.8817 0.1299 0.1279 0.4872 0.6352 0.4243 0.4875 0.4747 0.6491 0.5503 0.6046 0.7133 0.1017 0.1416 0.0976 0.1464 0.5129 0.5937 0.2605 0.3045 0.3512 0.3785 0.3479 0.4483 0.5757 0.4045 0.4290 0.4962 0.1338 0.1701 0.2187 0.3049 0.3042 0.2562 0.2960 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.0645 0.2643 0.3695 0.4900 0.3060 0.4713 0.4501 0.4553 0.6536 0.5453 0.5819 0.5608 0.4968 0.4681 0.5585 0.7485 0.7705 0.5869 0.5718 0.8042 0.7793 0.7428 0.7147 0.7185 0.6486 0.5568 0.3823 0.3762 0.3882 0.7255 0.7491 0.7272 0.4387 0.4425 0.4158 0.4750 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.0655 0.2670 0.3706 0.4914 0.3096 0.4744 0.4527 0.4584 0.6566 0.5484 0.5851 0.5640 0.4999 0.4705 0.5612 0.7496 0.7720 0.5901 0.5748 0.8070 0.7823 0.7455 0.7177 0.7211 0.6516 0.5599 0.3850 0.3788 0.3913 0.7281 0.7514 0.7299 0.4403 0.4440 0.4180 0.4777 TFBS_ENCODE.bedL2 0.1650 0.6433 0.5754 0.7000 0.5728 0.7939 0.7639 0.7907 0.9335 0.8948 0.8870 0.8845 0.8553 0.4597 0.5907 0.7813 0.8394 0.8462 0.8467 0.8518 0.8666 0.8323 0.8415 0.9039 0.9023 0.8836 0.5353 0.5345 0.5856 0.8430 0.8713 0.8856 0.6779 0.6836 0.7045 0.7900 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1804 0.7578 0.5216 0.6679 0.6227 0.8663 0.7608 0.8133 0.9369 0.9554 0.9158 0.9275 0.9365 0.4164 0.5453 0.7009 0.7722 0.8688 0.9013 0.8405 0.8635 0.8250 0.8413 0.8948 0.9245 0.9367 0.5246 0.5339 0.6012 0.7690 0.8103 0.8466 0.7025 0.7069 0.6837 0.7567 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.1195 0.7185 0.5002 0.7344 0.5748 0.8229 0.6542 0.7094 0.8258 0.8574 0.7838 0.7919 0.8302 0.3489 0.4693 0.5945 0.6834 0.7284 0.7754 0.7399 0.7648 0.7643 0.7844 0.8287 0.8616 0.8804 0.4955 0.5086 0.5675 0.7040 0.7394 0.7844 0.8091 0.8127 0.6921 0.7418 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1670 0.9389 0.3525 0.4839 0.5981 0.8229 0.6043 0.6712 0.7363 0.8591 0.7543 0.7942 0.8860 0.2672 0.3619 0.3948 0.4712 0.6984 0.7746 0.5623 0.6025 0.6398 0.6656 0.6583 0.7358 0.8241 0.5246 0.5471 0.6192 0.4713 0.5122 0.5640 0.6254 0.6269 0.5363 0.5878 TSS_Hoffman.bedL2 0.0632 0.3512 0.5876 0.6840 0.3493 0.4981 0.5644 0.5396 0.6784 0.5791 0.5712 0.5477 0.5033 0.3853 0.4922 0.6762 0.7359 0.5594 0.5184 0.6303 0.6317 0.6360 0.6314 0.6897 0.6463 0.5992 0.4396 0.4186 0.4163 0.7814 0.7668 0.7392 0.5084 0.5167 0.6998 0.7841 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0722 0.3682 0.6245 0.7023 0.3728 0.5192 0.5996 0.5839 0.7067 0.6095 0.5961 0.5730 0.5321 0.4034 0.5127 0.7248 0.7905 0.5817 0.5503 0.6696 0.6697 0.6732 0.6679 0.7257 0.6799 0.6288 0.4537 0.4340 0.4355 0.8117 0.8053 0.7799 0.5255 0.5338 0.7234 0.8147 UTR_3_UCSC.bedL2 0.0581 0.3360 0.8187 0.7247 0.3869 0.4960 0.5334 0.5237 0.5583 0.5158 0.4961 0.4799 0.4610 0.2197 0.3118 0.4677 0.5260 0.4786 0.4665 0.5049 0.5129 0.5168 0.5229 0.5659 0.5609 0.5381 0.3685 0.3613 0.3790 0.5681 0.5800 0.5892 0.4803 0.4883 0.5305 0.5811 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.0802 0.3155 0.7285 0.7593 0.3872 0.4886 0.5140 0.4952 0.5324 0.4935 0.4697 0.4569 0.4372 0.2129 0.2922 0.4652 0.5322 0.4459 0.4371 0.4899 0.4973 0.4863 0.4924 0.5398 0.5330 0.5142 0.3262 0.3181 0.3331 0.5459 0.5534 0.5635 0.5114 0.5203 0.5495 0.5802 UTR_5_UCSC.bedL2 0.0478 0.2953 0.6014 0.6306 0.3291 0.4416 0.5272 0.5076 0.5315 0.4837 0.4611 0.4479 0.4284 0.2390 0.3197 0.4699 0.5235 0.4612 0.4432 0.4986 0.5071 0.4982 0.4999 0.5426 0.5433 0.5164 0.3401 0.3302 0.3428 0.6025 0.6186 0.6177 0.4566 0.4645 0.4892 0.5685 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.0572 0.4083 0.6276 0.7859 0.3757 0.5886 0.6284 0.6068 0.6984 0.6482 0.6058 0.5949 0.5807 0.3136 0.4211 0.5951 0.6686 0.5949 0.5917 0.6922 0.6991 0.6637 0.6690 0.7204 0.7173 0.6850 0.4082 0.4008 0.4196 0.7348 0.7607 0.7700 0.6315 0.6393 0.6246 0.6883 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.1035 0.3598 0.4185 0.5259 0.4156 0.5819 0.5398 0.5808 0.7191 0.6418 0.6931 0.6642 0.6062 0.4057 0.5038 0.6969 0.7414 0.6734 0.6579 0.7077 0.7083 0.6724 0.6714 0.7663 0.7175 0.6620 0.3931 0.3850 0.4172 0.7339 0.7384 0.7417 0.5389 0.5429 0.5217 0.5994 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1276 0.4507 0.4890 0.6132 0.4898 0.6847 0.6298 0.6754 0.8149 0.7489 0.7791 0.7554 0.7074 0.4246 0.5388 0.7741 0.8310 0.7566 0.7508 0.7981 0.8017 0.7580 0.7609 0.8591 0.8187 0.7690 0.4376 0.4335 0.4752 0.8026 0.8163 0.8276 0.6247 0.6293 0.6159 0.7029 Promoter_UCSC.bedL2 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 MAF 0.0979 0.1002 0.1628 0.1692 0.0645 0.0655 0.1650 0.1804 0.1195 0.1670 0.0632 0.0722 0.0581 0.0802 0.0478 0.0572 0.1035 0.1276 baseL2 0.3890 0.3975 0.8410 0.8817 0.2643 0.2670 0.6433 0.7578 0.7185 0.9389 0.3512 0.3682 0.3360 0.3155 0.2953 0.4083 0.3598 0.4507 Coding_UCSC.bedL2 0.8044 0.8074 0.0990 0.1299 0.3695 0.3706 0.5754 0.5216 0.5002 0.3525 0.5876 0.6245 0.8187 0.7285 0.6014 0.6276 0.4185 0.4890 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.7801 0.7894 0.0809 0.1279 0.4900 0.4914 0.7000 0.6679 0.7344 0.4839 0.6840 0.7023 0.7247 0.7593 0.6306 0.7859 0.5259 0.6132 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.4483 0.4543 0.4359 0.4872 0.3060 0.3096 0.5728 0.6227 0.5748 0.5981 0.3493 0.3728 0.3869 0.3872 0.3291 0.3757 0.4156 0.4898 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.5221 0.5332 0.5724 0.6352 0.4713 0.4744 0.7939 0.8663 0.8229 0.8229 0.4981 0.5192 0.4960 0.4886 0.4416 0.5886 0.5819 0.6847 CTCF_Hoffman.bedL2 0.6378 0.6469 0.3695 0.4243 0.4501 0.4527 0.7639 0.7608 0.6542 0.6043 0.5644 0.5996 0.5334 0.5140 0.5272 0.6284 0.5398 0.6298 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5882 0.6001 0.4290 0.4875 0.4553 0.4584 0.7907 0.8133 0.7094 0.6712 0.5396 0.5839 0.5237 0.4952 0.5076 0.6068 0.5808 0.6754 DGF_ENCODE.bedL2 0.6020 0.6098 0.4138 0.4747 0.6536 0.6566 0.9335 0.9369 0.8258 0.7363 0.6784 0.7067 0.5583 0.5324 0.5315 0.6984 0.7191 0.8149 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.5499 0.5607 0.5860 0.6491 0.5453 0.5484 0.8948 0.9554 0.8574 0.8591 0.5791 0.6095 0.5158 0.4935 0.4837 0.6482 0.6418 0.7489 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.5113 0.5193 0.4850 0.5503 0.5819 0.5851 0.8870 0.9158 0.7838 0.7543 0.5712 0.5961 0.4961 0.4697 0.4611 0.6058 0.6931 0.7791 DHS_Trynka.bedL2 0.4960 0.5052 0.5395 0.6046 0.5608 0.5640 0.8845 0.9275 0.7919 0.7942 0.5477 0.5730 0.4799 0.4569 0.4479 0.5949 0.6642 0.7554 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.4807 0.4912 0.6492 0.7133 0.4968 0.4999 0.8553 0.9365 0.8302 0.8860 0.5033 0.5321 0.4610 0.4372 0.4284 0.5807 0.6062 0.7074 Enhancer_Andersson.bedL2 0.2917 0.2948 0.0705 0.1017 0.4681 0.4705 0.4597 0.4164 0.3489 0.2672 0.3853 0.4034 0.2197 0.2129 0.2390 0.3136 0.4057 0.4246 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.4056 0.4068 0.0976 0.1416 0.5585 0.5612 0.5907 0.5453 0.4693 0.3619 0.4922 0.5127 0.3118 0.2922 0.3197 0.4211 0.5038 0.5388 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.5513 0.5527 0.0561 0.0976 0.7485 0.7496 0.7813 0.7009 0.5945 0.3948 0.6762 0.7248 0.4677 0.4652 0.4699 0.5951 0.6969 0.7741 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6194 0.6222 0.0968 0.1464 0.7705 0.7720 0.8394 0.7722 0.6834 0.4712 0.7359 0.7905 0.5260 0.5322 0.5235 0.6686 0.7414 0.8310 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.5059 0.5138 0.4542 0.5129 0.5869 0.5901 0.8462 0.8688 0.7284 0.6984 0.5594 0.5817 0.4786 0.4459 0.4612 0.5949 0.6734 0.7566 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.4848 0.4948 0.5351 0.5937 0.5718 0.5748 0.8467 0.9013 0.7754 0.7746 0.5184 0.5503 0.4665 0.4371 0.4432 0.5917 0.6579 0.7508 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.5403 0.5480 0.2019 0.2605 0.8042 0.8070 0.8518 0.8405 0.7399 0.5623 0.6303 0.6696 0.5049 0.4899 0.4986 0.6922 0.7077 0.7981 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.5512 0.5594 0.2440 0.3045 0.7793 0.7823 0.8666 0.8635 0.7648 0.6025 0.6317 0.6697 0.5129 0.4973 0.5071 0.6991 0.7083 0.8017 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.5790 0.5842 0.2960 0.3512 0.7428 0.7455 0.8323 0.8250 0.7643 0.6398 0.6360 0.6732 0.5168 0.4863 0.4982 0.6637 0.6724 0.7580 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.5895 0.5957 0.3208 0.3785 0.7147 0.7177 0.8415 0.8413 0.7844 0.6656 0.6314 0.6679 0.5229 0.4924 0.4999 0.6690 0.6714 0.7609 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.6119 0.6200 0.2820 0.3479 0.7185 0.7211 0.9039 0.8948 0.8287 0.6583 0.6897 0.7257 0.5659 0.5398 0.5426 0.7204 0.7663 0.8591 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.6110 0.6213 0.3817 0.4483 0.6486 0.6516 0.9023 0.9245 0.8616 0.7358 0.6463 0.6799 0.5609 0.5330 0.5433 0.7173 0.7175 0.8187 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.5867 0.5979 0.5090 0.5757 0.5568 0.5599 0.8836 0.9367 0.8804 0.8241 0.5992 0.6288 0.5381 0.5142 0.5164 0.6850 0.6620 0.7690 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.4777 0.4797 0.3716 0.4045 0.3823 0.3850 0.5353 0.5246 0.4955 0.5246 0.4396 0.4537 0.3685 0.3262 0.3401 0.4082 0.3931 0.4376 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.4705 0.4736 0.3959 0.4290 0.3762 0.3788 0.5345 0.5339 0.5086 0.5471 0.4186 0.4340 0.3613 0.3181 0.3302 0.4008 0.3850 0.4335 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.4708 0.4758 0.4567 0.4962 0.3882 0.3913 0.5856 0.6012 0.5675 0.6192 0.4163 0.4355 0.3790 0.3331 0.3428 0.4196 0.4172 0.4752 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.6805 0.6855 0.0826 0.1338 0.7255 0.7281 0.8430 0.7690 0.7040 0.4713 0.7814 0.8117 0.5681 0.5459 0.6025 0.7348 0.7339 0.8026 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.6835 0.6883 0.1152 0.1701 0.7491 0.7514 0.8713 0.8103 0.7394 0.5122 0.7668 0.8053 0.5800 0.5534 0.6186 0.7607 0.7384 0.8163 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.6821 0.6896 0.1601 0.2187 0.7272 0.7299 0.8856 0.8466 0.7844 0.5640 0.7392 0.7799 0.5892 0.5635 0.6177 0.7700 0.7417 0.8276 Intron_UCSC.bedL2 0.5379 0.5505 0.2200 0.3049 0.4387 0.4403 0.6779 0.7025 0.8091 0.6254 0.5084 0.5255 0.4803 0.5114 0.4566 0.6315 0.5389 0.6247 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.5470 0.5595 0.2194 0.3042 0.4425 0.4440 0.6836 0.7069 0.8127 0.6269 0.5167 0.5338 0.4883 0.5203 0.4645 0.6393 0.5429 0.6293 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.6203 0.6287 0.2051 0.2562 0.4158 0.4180 0.7045 0.6837 0.6921 0.5363 0.6998 0.7234 0.5305 0.5495 0.4892 0.6246 0.5217 0.6159 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.7232 0.7289 0.2410 0.2960 0.4750 0.4777 0.7900 0.7567 0.7418 0.5878 0.7841 0.8147 0.5811 0.5802 0.5685 0.6883 0.5994 0.7029 Promoter_UCSC.bedL2 1.0000 0.9964 0.1437 0.1759 0.4144 0.4159 0.6601 0.5942 0.5699 0.4220 0.7272 0.7530 0.6202 0.6363 0.6703 0.7617 0.4548 0.5373 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.9964 1.0000 0.1496 0.1834 0.4116 0.4132 0.6659 0.6039 0.5808 0.4320 0.7217 0.7484 0.6278 0.6447 0.6720 0.7652 0.4578 0.5417 Repressed_Hoffman.bedL2 0.1437 0.1496 1.0000 0.9853 -0.0025 -0.0013 0.3427 0.4927 0.3709 0.7885 0.0707 0.0843 0.1080 0.0825 0.0833 0.1356 0.0846 0.1512 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1759 0.1834 0.9853 1.0000 0.0324 0.0341 0.4101 0.5626 0.4507 0.8481 0.1085 0.1204 0.1471 0.1238 0.1174 0.1784 0.1397 0.2114 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.4144 0.4116 -0.0025 0.0324 1.0000 0.9998 0.6470 0.5865 0.4984 0.3047 0.5674 0.6054 0.3970 0.3954 0.3894 0.5506 0.5901 0.6589 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.4159 0.4132 -0.0013 0.0341 0.9998 1.0000 0.6499 0.5895 0.5006 0.3070 0.5681 0.6062 0.3980 0.3968 0.3907 0.5513 0.5926 0.6615 TFBS_ENCODE.bedL2 0.6601 0.6659 0.3427 0.4101 0.6470 0.6499 1.0000 0.9567 0.8003 0.6994 0.7459 0.7722 0.5795 0.5633 0.5583 0.6975 0.7307 0.8247 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.5942 0.6039 0.4927 0.5626 0.5865 0.5895 0.9567 1.0000 0.8451 0.8175 0.6378 0.6739 0.5397 0.5216 0.5111 0.6670 0.6808 0.7846 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.5699 0.5808 0.3709 0.4507 0.4984 0.5006 0.8003 0.8451 1.0000 0.8368 0.6193 0.6431 0.5233 0.5481 0.4897 0.6788 0.5899 0.6999 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.4220 0.4320 0.7885 0.8481 0.3047 0.3070 0.6994 0.8175 0.8368 1.0000 0.4186 0.4379 0.3767 0.3820 0.3435 0.4802 0.4060 0.5100 TSS_Hoffman.bedL2 0.7272 0.7217 0.0707 0.1085 0.5674 0.5681 0.7459 0.6378 0.6193 0.4186 1.0000 0.9636 0.5297 0.5697 0.5642 0.7017 0.5523 0.6353 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.7530 0.7484 0.0843 0.1204 0.6054 0.6062 0.7722 0.6739 0.6431 0.4379 0.9636 1.0000 0.5549 0.5930 0.5768 0.7150 0.5910 0.6831 UTR_3_UCSC.bedL2 0.6202 0.6278 0.1080 0.1471 0.3970 0.3980 0.5795 0.5397 0.5233 0.3767 0.5297 0.5549 1.0000 0.8412 0.5421 0.5655 0.4275 0.4953 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.6363 0.6447 0.0825 0.1238 0.3954 0.3968 0.5633 0.5216 0.5481 0.3820 0.5697 0.5930 0.8412 1.0000 0.4561 0.5306 0.3928 0.4722 UTR_5_UCSC.bedL2 0.6703 0.6720 0.0833 0.1174 0.3894 0.3907 0.5583 0.5111 0.4897 0.3435 0.5642 0.5768 0.5421 0.4561 1.0000 0.8026 0.4302 0.4790 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.7617 0.7652 0.1356 0.1784 0.5506 0.5513 0.6975 0.6670 0.6788 0.4802 0.7017 0.7150 0.5655 0.5306 0.8026 1.0000 0.5410 0.6205 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.4548 0.4578 0.0846 0.1397 0.5901 0.5926 0.7307 0.6808 0.5899 0.4060 0.5523 0.5910 0.4275 0.3928 0.4302 0.5410 1.0000 0.9246 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5373 0.5417 0.1512 0.2114 0.6589 0.6615 0.8247 0.7846 0.6999 0.5100 0.6353 0.6831 0.4953 0.4722 0.4790 0.6205 0.9246 1.0000 LD Score Matrix Condition Number 978.2846 Annotation Correlation Matrix base Coding_UCSC.bed Coding_UCSC.extend.500.bed Conserved_LindbladToh.bed Conserved_LindbladToh.extend.500.bed CTCF_Hoffman.bed CTCF_Hoffman.extend.500.bed DGF_ENCODE.bed DGF_ENCODE.extend.500.bed DHS_peaks_Trynka.bed DHS_Trynka.bed DHS_Trynka.extend.500.bed Enhancer_Andersson.bed Enhancer_Andersson.extend.500.bed Enhancer_Hoffman.bed Enhancer_Hoffman.extend.500.bed FetalDHS_Trynka.bed FetalDHS_Trynka.extend.500.bed H3K27ac_Hnisz.bed H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed H3K27ac_PGC2.bed H3K27ac_PGC2.extend.500.bed H3K4me1_peaks_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.extend.500.bed H3K4me3_peaks_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.extend.500.bed H3K9ac_peaks_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.extend.500.bed Intron_UCSC.bed Intron_UCSC.extend.500.bed PromoterFlanking_Hoffman.bed PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed Promoter_UCSC.bed Promoter_UCSC.extend.500.bed Repressed_Hoffman.bed \ base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed NaN 1.0000 0.4801 0.2428 0.1254 2.0993e-02 0.0269 0.0482 0.0446 0.0385 0.0395 0.0337 -0.0067 -0.0127 0.0385 0.0451 0.0418 0.0313 0.0516 0.0497 0.0541 0.0574 0.0443 0.0677 0.0654 0.0706 0.0802 0.0634 0.0597 0.0811 0.0786 -0.0490 0.0497 8.5074e-03 0.0239 0.1430 0.1466 -0.0679 Coding_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4801 1.0000 0.1333 0.2856 2.3850e-02 0.0354 0.0672 0.0815 0.0599 0.0624 0.0650 -0.0116 -0.0140 0.0615 0.0760 0.0684 0.0588 0.1003 0.0997 0.1046 0.1095 0.0694 0.1268 0.1309 0.0967 0.1155 0.0977 0.1037 0.1449 0.1527 0.1850 0.2406 2.0952e-02 0.0568 0.2527 0.2485 -0.1453 Conserved_LindbladToh.bed NaN 0.2428 0.1333 1.0000 0.2405 1.1759e-02 0.0147 0.1005 0.0753 0.1466 0.1508 0.0992 0.0229 0.0165 0.0570 0.0511 0.1635 0.1206 0.0596 0.0569 0.0715 0.0667 0.0884 0.1085 0.0913 0.0685 0.0902 0.0747 0.0619 0.0892 0.0819 0.0016 0.0395 1.7791e-02 0.0296 0.0613 0.0597 -0.0323 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed NaN 0.1254 0.2856 0.2405 1.0000 4.4396e-02 0.0495 0.1277 0.2153 0.1827 0.2168 0.2856 0.0289 0.0484 0.1112 0.1301 0.2037 0.2948 0.2048 0.2063 0.2027 0.2039 0.1947 0.2865 0.2842 0.1021 0.1473 0.1517 0.1195 0.1927 0.2096 0.1537 0.1703 3.5756e-02 0.0690 0.1080 0.1111 -0.0882 CTCF_Hoffman.bed NaN 0.0210 0.0238 0.0118 0.0444 1.0000e+00 0.5661 0.1131 0.1097 0.1196 0.1293 0.1030 0.0086 0.0099 0.0362 0.0554 0.1194 0.1119 0.0487 0.0504 0.0455 0.0465 0.0708 0.0749 0.0667 0.0408 0.0574 0.0625 0.0589 0.0859 0.0938 0.0124 0.0145 9.8670e-05 0.0222 0.0211 0.0218 -0.1287 CTCF_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0269 0.0354 0.0147 0.0495 5.6613e-01 1.0000 0.0851 0.1559 0.0873 0.0970 0.1449 0.0108 0.0186 0.0539 0.0840 0.0866 0.1418 0.0769 0.0811 0.0753 0.0775 0.0802 0.0982 0.1058 0.0488 0.0710 0.0921 0.0721 0.1153 0.1367 0.0253 0.0280 1.4159e-02 0.0410 0.0396 0.0420 -0.1091 DGF_ENCODE.bed NaN 0.0482 0.0672 0.1005 0.1277 1.1311e-01 0.0851 1.0000 0.3726 0.5225 0.5005 0.2665 0.0885 0.0841 0.1882 0.1859 0.3479 0.2294 0.2134 0.2074 0.2329 0.2191 0.2891 0.2931 0.2236 0.1751 0.2356 0.2079 0.1635 0.2452 0.2328 0.0689 0.0792 6.3681e-02 0.1024 0.1018 0.1015 -0.1605 DGF_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0446 0.0815 0.0753 0.2153 1.0966e-01 0.1559 0.3726 1.0000 0.2737 0.3393 0.5708 0.0496 0.0967 0.1732 0.2340 0.2256 0.3814 0.3537 0.3589 0.3486 0.3527 0.3159 0.4701 0.4649 0.1440 0.2452 0.2990 0.1557 0.2796 0.3365 0.1307 0.1379 7.1493e-02 0.1331 0.1016 0.1055 -0.2081 DHS_peaks_Trynka.bed NaN 0.0385 0.0599 0.1466 0.1827 1.1961e-01 0.0873 0.5225 0.2737 1.0000 0.7714 0.3589 0.0929 0.0900 0.2094 0.1941 0.6423 0.3689 0.2027 0.1950 0.2284 0.2072 0.3056 0.3057 0.2299 0.2045 0.2488 0.2127 0.1897 0.2611 0.2357 0.0541 0.0643 3.9237e-02 0.0851 0.0903 0.0838 -0.1365 DHS_Trynka.bed NaN 0.0395 0.0624 0.1508 0.2168 1.2928e-01 0.0970 0.5005 0.3393 0.7714 1.0000 0.4556 0.0932 0.1061 0.2361 0.2207 0.6708 0.4319 0.2411 0.2335 0.2715 0.2462 0.3509 0.3689 0.2807 0.2198 0.2789 0.2454 0.2106 0.2950 0.2707 0.0613 0.0715 4.1910e-02 0.0895 0.0903 0.0842 -0.1589 DHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0337 0.0650 0.0992 0.2856 1.0297e-01 0.1449 0.2665 0.5708 0.3589 0.4556 1.0000 0.0495 0.0975 0.1755 0.2326 0.3056 0.6299 0.3279 0.3357 0.3356 0.3297 0.3168 0.4835 0.4836 0.1340 0.2186 0.2772 0.1495 0.2678 0.3223 0.1082 0.1143 4.5731e-02 0.1019 0.0794 0.0762 -0.1642 Enhancer_Andersson.bed NaN -0.0067 -0.0116 0.0229 0.0289 8.6013e-03 0.0108 0.0885 0.0496 0.0929 0.0932 0.0495 1.0000 0.4776 0.1108 0.1048 0.1099 0.0688 0.0648 0.0616 0.0818 0.0715 0.0709 0.0596 0.0446 0.0715 0.0904 0.0728 0.0580 0.0884 0.0783 0.0199 0.0192 1.6043e-02 0.0367 0.0138 0.0163 -0.0419 Enhancer_Andersson.extend.500.bed NaN -0.0127 -0.0140 0.0165 0.0484 9.9465e-03 0.0186 0.0841 0.0967 0.0900 0.1061 0.0975 0.4776 1.0000 0.1679 0.1747 0.1104 0.1317 0.1255 0.1199 0.1531 0.1354 0.1168 0.1161 0.0887 0.1071 0.1485 0.1334 0.1051 0.1619 0.1469 0.0375 0.0361 2.6748e-02 0.0586 0.0226 0.0243 -0.0723 Enhancer_Hoffman.bed NaN 0.0385 0.0615 0.0570 0.1112 3.6230e-02 0.0539 0.1882 0.1732 0.2094 0.2361 0.1755 0.1108 0.1679 1.0000 0.6725 0.2172 0.2177 0.2179 0.2072 0.2941 0.2564 0.2488 0.2103 0.1522 0.2375 0.2891 0.2438 0.2354 0.3153 0.2699 0.0542 0.0618 4.4210e-02 0.1358 0.1287 0.1227 -0.1661 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0451 0.0760 0.0511 0.1301 5.5371e-02 0.0840 0.1859 0.2340 0.1941 0.2207 0.2326 0.1048 0.1747 0.6725 1.0000 0.2033 0.2662 0.3012 0.2957 0.4004 0.3656 0.2621 0.2798 0.2215 0.2188 0.3220 0.3257 0.2262 0.3620 0.3663 0.0757 0.0853 9.3591e-02 0.2178 0.1756 0.1719 -0.2295 FetalDHS_Trynka.bed NaN 0.0418 0.0684 0.1635 0.2037 1.1938e-01 0.0866 0.3479 0.2256 0.6423 0.6708 0.3056 0.1099 0.1104 0.2172 0.2033 1.0000 0.4852 0.2015 0.1937 0.2285 0.2048 0.2925 0.2866 0.2142 0.2384 0.2732 0.2287 0.2211 0.2841 0.2505 0.0469 0.0594 3.3082e-02 0.0906 0.1109 0.1010 -0.1177 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0313 0.0588 0.1206 0.2948 1.1190e-01 0.1418 0.2294 0.3814 0.3689 0.4319 0.6299 0.0688 0.1317 0.2177 0.2662 0.4852 1.0000 0.3158 0.3173 0.3346 0.3171 0.3285 0.4385 0.3928 0.1769 0.2660 0.3066 0.1915 0.3152 0.3491 0.0924 0.0996 4.4823e-02 0.1103 0.1028 0.0961 -0.1423 H3K27ac_Hnisz.bed NaN 0.0516 0.1003 0.0596 0.2048 4.8710e-02 0.0769 0.2134 0.3537 0.2027 0.2411 0.3279 0.0648 0.1255 0.2179 0.3012 0.2015 0.3158 1.0000 0.9351 0.5590 0.5883 0.3226 0.4804 0.4509 0.1573 0.2723 0.3318 0.1922 0.3559 0.4397 0.2124 0.2193 7.3774e-02 0.1360 0.1200 0.1294 -0.2383 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0497 0.0997 0.0569 0.2063 5.0400e-02 0.0811 0.2074 0.3589 0.1950 0.2335 0.3357 0.0616 0.1199 0.2072 0.2957 0.1937 0.3173 0.9351 1.0000 0.5684 0.6098 0.3135 0.4830 0.4738 0.1488 0.2605 0.3300 0.1832 0.3427 0.4388 0.2117 0.2184 7.3347e-02 0.1377 0.1190 0.1291 -0.2364 H3K27ac_PGC2.bed NaN 0.0541 0.1046 0.0715 0.2027 4.5475e-02 0.0753 0.2329 0.3486 0.2284 0.2715 0.3356 0.0818 0.1531 0.2941 0.4004 0.2285 0.3346 0.5590 0.5684 1.0000 0.8555 0.3591 0.4928 0.4219 0.2196 0.3764 0.4381 0.2506 0.4540 0.5296 0.1814 0.1907 1.0414e-01 0.1909 0.1691 0.1765 -0.2542 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed NaN 0.0574 0.1095 0.0667 0.2039 4.6500e-02 0.0775 0.2191 0.3527 0.2072 0.2462 0.3297 0.0715 0.1354 0.2564 0.3656 0.2048 0.3171 0.5883 0.6098 0.8555 1.0000 0.3406 0.5007 0.4570 0.1933 0.3376 0.4127 0.2237 0.4124 0.5092 0.1965 0.2053 9.7872e-02 0.1828 0.1671 0.1768 -0.2581 H3K4me1_peaks_Trynka.bed NaN 0.0443 0.0694 0.0884 0.1947 7.0777e-02 0.0802 0.2891 0.3159 0.3056 0.3509 0.3168 0.0709 0.1168 0.2488 0.2621 0.2925 0.3285 0.3226 0.3135 0.3591 0.3406 1.0000 0.5297 0.3733 0.2590 0.3527 0.3206 0.2802 0.3888 0.3654 0.1469 0.1530 1.2020e-01 0.1673 0.1185 0.1226 -0.2079 H3K4me1_Trynka.bed NaN 0.0677 0.1268 0.1085 0.2865 7.4890e-02 0.0982 0.2931 0.4701 0.3057 0.3689 0.4835 0.0596 0.1161 0.2103 0.2798 0.2866 0.4385 0.4804 0.4830 0.4928 0.5007 0.5297 1.0000 0.6981 0.1880 0.3209 0.3926 0.2069 0.3823 0.4708 0.2328 0.2416 9.1897e-02 0.1615 0.1289 0.1380 -0.2602 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0654 0.1309 0.0913 0.2842 6.6674e-02 0.1058 0.2236 0.4649 0.2299 0.2807 0.4836 0.0446 0.0887 0.1522 0.2215 0.2142 0.3928 0.4509 0.4738 0.4219 0.4570 0.3733 0.6981 1.0000 0.1304 0.2290 0.3147 0.1487 0.2802 0.3918 0.2472 0.2550 6.7745e-02 0.1329 0.1182 0.1268 -0.2274 H3K4me3_peaks_Trynka.bed NaN 0.0706 0.0967 0.0685 0.1021 4.0762e-02 0.0488 0.1751 0.1440 0.2045 0.2198 0.1340 0.0715 0.1071 0.2375 0.2188 0.2384 0.1769 0.1573 0.1488 0.2196 0.1933 0.2590 0.1880 0.1304 1.0000 0.5356 0.3621 0.3674 0.3522 0.2694 0.0558 0.0694 1.1733e-01 0.1741 0.1771 0.1736 -0.1227 H3K4me3_Trynka.bed NaN 0.0802 0.1155 0.0902 0.1473 5.7359e-02 0.0710 0.2356 0.2452 0.2488 0.2789 0.2186 0.0904 0.1485 0.2891 0.3220 0.2732 0.2660 0.2723 0.2605 0.3764 0.3376 0.3527 0.3209 0.2290 0.5356 1.0000 0.6698 0.3351 0.5265 0.4525 0.1027 0.1172 1.7775e-01 0.2752 0.2400 0.2470 -0.1940 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0634 0.0977 0.0747 0.1517 6.2494e-02 0.0921 0.2079 0.2990 0.2127 0.2454 0.2772 0.0728 0.1334 0.2438 0.3257 0.2287 0.3066 0.3318 0.3300 0.4381 0.4127 0.3206 0.3926 0.3147 0.3621 0.6698 1.0000 0.2542 0.4619 0.5246 0.1157 0.1263 1.3303e-01 0.2471 0.1955 0.2049 -0.2068 H3K9ac_peaks_Trynka.bed NaN 0.0597 0.1037 0.0619 0.1195 5.8948e-02 0.0721 0.1635 0.1557 0.1897 0.2106 0.1495 0.0580 0.1051 0.2354 0.2262 0.2211 0.1915 0.1922 0.1832 0.2506 0.2237 0.2802 0.2069 0.1487 0.3674 0.3351 0.2542 1.0000 0.5257 0.3687 0.0778 0.0901 9.6325e-02 0.1565 0.1681 0.1640 -0.1292 H3K9ac_Trynka.bed NaN 0.0811 0.1449 0.0892 0.1927 8.5862e-02 0.1153 0.2452 0.2796 0.2611 0.2950 0.2678 0.0884 0.1619 0.3153 0.3620 0.2841 0.3152 0.3559 0.3427 0.4540 0.4124 0.3888 0.3823 0.2802 0.3522 0.5265 0.4619 0.5257 1.0000 0.6954 0.1368 0.1531 1.6116e-01 0.2544 0.2350 0.2386 -0.2167 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0786 0.1527 0.0819 0.2096 9.3845e-02 0.1367 0.2328 0.3365 0.2357 0.2707 0.3223 0.0783 0.1469 0.2699 0.3663 0.2505 0.3491 0.4397 0.4388 0.5296 0.5092 0.3654 0.4708 0.3918 0.2694 0.4525 0.5246 0.3687 0.6954 1.0000 0.1789 0.1923 1.3452e-01 0.2476 0.2117 0.2198 -0.2517 Intron_UCSC.bed NaN -0.0490 0.1850 0.0016 0.1537 1.2389e-02 0.0253 0.0689 0.1307 0.0541 0.0613 0.1082 0.0199 0.0375 0.0542 0.0757 0.0469 0.0924 0.2124 0.2117 0.1814 0.1965 0.1469 0.2328 0.2472 0.0558 0.1027 0.1157 0.0778 0.1368 0.1789 1.0000 0.9840 4.2884e-02 0.0536 0.0915 0.1030 -0.2350 Intron_UCSC.extend.500.bed NaN 0.0497 0.2406 0.0395 0.1703 1.4466e-02 0.0280 0.0792 0.1379 0.0643 0.0715 0.1143 0.0192 0.0361 0.0618 0.0853 0.0594 0.0996 0.2193 0.2184 0.1907 0.2053 0.1530 0.2416 0.2550 0.0694 0.1172 0.1263 0.0901 0.1531 0.1923 0.9840 1.0000 4.4718e-02 0.0609 0.1206 0.1304 -0.2432 PromoterFlanking_Hoffman.bed NaN 0.0085 0.0210 0.0178 0.0358 9.8670e-05 0.0142 0.0637 0.0715 0.0392 0.0419 0.0457 0.0160 0.0267 0.0442 0.0936 0.0331 0.0448 0.0738 0.0733 0.1041 0.0979 0.1202 0.0919 0.0677 0.1173 0.1778 0.1330 0.0963 0.1612 0.1345 0.0429 0.0447 1.0000e+00 0.5053 0.1232 0.1347 -0.0778 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0239 0.0568 0.0296 0.0690 2.2235e-02 0.0410 0.1024 0.1331 0.0851 0.0895 0.1019 0.0367 0.0586 0.1358 0.2178 0.0906 0.1103 0.1360 0.1377 0.1909 0.1828 0.1673 0.1615 0.1329 0.1741 0.2752 0.2471 0.1565 0.2544 0.2476 0.0536 0.0609 5.0528e-01 1.0000 0.2321 0.2399 -0.1283 Promoter_UCSC.bed NaN 0.1430 0.2527 0.0613 0.1080 2.1105e-02 0.0396 0.1018 0.1016 0.0903 0.0903 0.0794 0.0138 0.0226 0.1287 0.1756 0.1109 0.1028 0.1200 0.1190 0.1691 0.1671 0.1185 0.1289 0.1182 0.1771 0.2400 0.1955 0.1681 0.2350 0.2117 0.0915 0.1206 1.2320e-01 0.2321 1.0000 0.9001 -0.1044 Promoter_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1466 0.2485 0.0597 0.1111 2.1788e-02 0.0420 0.1015 0.1055 0.0838 0.0842 0.0762 0.0163 0.0243 0.1227 0.1719 0.1010 0.0961 0.1294 0.1291 0.1765 0.1768 0.1226 0.1380 0.1268 0.1736 0.2470 0.2049 0.1640 0.2386 0.2198 0.1030 0.1304 1.3473e-01 0.2399 0.9001 1.0000 -0.1105 Repressed_Hoffman.bed NaN -0.0679 -0.1453 -0.0323 -0.0882 -1.2868e-01 -0.1091 -0.1605 -0.2081 -0.1365 -0.1589 -0.1642 -0.0419 -0.0723 -0.1661 -0.2295 -0.1177 -0.1423 -0.2383 -0.2364 -0.2542 -0.2581 -0.2079 -0.2602 -0.2274 -0.1227 -0.1940 -0.2068 -0.1292 -0.2167 -0.2517 -0.2350 -0.2432 -7.7808e-02 -0.1283 -0.1044 -0.1105 1.0000 Repressed_Hoffman.extend.500.bed NaN -0.1108 -0.2459 -0.0421 -0.1308 -5.5782e-02 -0.0733 -0.1697 -0.2259 -0.1388 -0.1582 -0.1740 -0.0609 -0.1075 -0.2701 -0.3438 -0.1319 -0.1698 -0.3263 -0.3215 -0.3572 -0.3576 -0.2414 -0.3136 -0.2801 -0.1676 -0.2646 -0.2750 -0.1866 -0.3093 -0.3511 -0.3429 -0.3565 -1.0211e-01 -0.1722 -0.1653 -0.1735 0.5534 SuperEnhancer_Hnisz.bed NaN 0.0486 0.0896 0.0437 0.1449 3.0384e-02 0.0508 0.1596 0.2300 0.1260 0.1454 0.1916 0.0785 0.1414 0.2120 0.2746 0.1296 0.1968 0.5461 0.5106 0.4191 0.4200 0.2417 0.3198 0.2772 0.1425 0.2421 0.2625 0.1780 0.3134 0.3489 0.1815 0.1868 5.0088e-02 0.0974 0.1061 0.1151 -0.1971 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0489 0.0894 0.0431 0.1454 3.1018e-02 0.0525 0.1588 0.2306 0.1250 0.1444 0.1921 0.0776 0.1406 0.2106 0.2747 0.1283 0.1968 0.5450 0.5164 0.4223 0.4243 0.2411 0.3207 0.2799 0.1414 0.2408 0.2629 0.1772 0.3127 0.3506 0.1809 0.1863 5.0881e-02 0.0986 0.1077 0.1172 -0.1979 TFBS_ENCODE.bed NaN 0.0585 0.0920 0.0853 0.1425 2.3534e-01 0.1732 0.3681 0.2861 0.3672 0.4166 0.2740 0.1029 0.1311 0.3046 0.3031 0.3244 0.2690 0.2301 0.2228 0.2704 0.2476 0.2761 0.2768 0.2127 0.2281 0.2953 0.2584 0.2142 0.3000 0.2763 0.0523 0.0656 6.6975e-02 0.1373 0.1502 0.1453 -0.2036 TFBS_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0461 0.0794 0.0662 0.1780 1.7197e-01 0.2653 0.2391 0.4216 0.2425 0.2959 0.4182 0.0620 0.1196 0.2416 0.3194 0.2190 0.3447 0.3090 0.3097 0.3402 0.3288 0.2791 0.3639 0.3319 0.1676 0.2659 0.3029 0.1781 0.3008 0.3325 0.0796 0.0878 7.7042e-02 0.1532 0.1252 0.1272 -0.2211 Transcribed_Hoffman.bed NaN 0.0671 0.1591 0.0063 0.0475 -2.5489e-02 -0.0109 0.0239 0.0538 -0.0080 -0.0104 0.0153 -0.0025 -0.0025 -0.0077 0.0038 -0.0211 -0.0067 0.1044 0.1052 0.0837 0.0989 0.0639 0.1124 0.1225 -0.0006 0.0236 0.0405 0.0231 0.0520 0.0907 0.3150 0.3180 8.1050e-03 0.0024 0.0108 0.0201 -0.5898 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0128 0.0386 -0.0181 -0.0284 -2.9232e-02 -0.0351 -0.0416 -0.0373 -0.0592 -0.0674 -0.0534 -0.0229 -0.0327 -0.0770 -0.0807 -0.0694 -0.0732 -0.0248 -0.0227 -0.0348 -0.0274 -0.0379 -0.0303 -0.0094 -0.0608 -0.0655 -0.0534 -0.0471 -0.0563 -0.0412 0.1531 0.1496 -1.3535e-02 -0.0390 -0.0555 -0.0495 -0.1927 TSS_Hoffman.bed NaN 0.0950 0.1702 0.0504 0.0865 1.8164e-02 0.0297 0.1677 0.1111 0.1740 0.1729 0.1065 0.0848 0.1134 0.1600 0.2259 0.2109 0.1488 0.1380 0.1292 0.1987 0.1709 0.1553 0.1272 0.0967 0.2839 0.2893 0.2012 0.2747 0.3014 0.2218 0.0484 0.0775 9.2157e-02 0.2371 0.3426 0.3227 -0.1050 TSS_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0850 0.1576 0.0468 0.0941 3.6048e-02 0.0569 0.1591 0.1468 0.1547 0.1600 0.1339 0.0770 0.1297 0.2462 0.3415 0.1876 0.1765 0.1807 0.1738 0.2606 0.2297 0.1881 0.1696 0.1307 0.2707 0.3492 0.2679 0.2645 0.3549 0.2945 0.0596 0.0835 1.9318e-01 0.3678 0.3667 0.3541 -0.1434 UTR_3_UCSC.bed NaN 0.6199 0.3147 0.0777 0.0780 1.1108e-02 0.0121 0.0247 0.0335 0.0153 0.0159 0.0228 -0.0057 -0.0117 0.0181 0.0226 0.0128 0.0176 0.0465 0.0453 0.0396 0.0431 0.0292 0.0485 0.0494 0.0187 0.0325 0.0323 0.0295 0.0444 0.0503 -0.0233 0.0090 2.8629e-03 0.0076 0.0661 0.0720 -0.0529 UTR_3_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4500 0.4690 0.0727 0.1264 1.4616e-02 0.0163 0.0364 0.0449 0.0236 0.0256 0.0314 -0.0073 -0.0134 0.0281 0.0374 0.0232 0.0264 0.0632 0.0627 0.0596 0.0632 0.0375 0.0657 0.0699 0.0360 0.0522 0.0494 0.0440 0.0662 0.0739 0.0400 0.0710 9.3887e-03 0.0220 0.1358 0.1409 -0.0789 UTR_5_UCSC.bed NaN 0.3111 0.1756 0.0719 0.0515 1.1196e-02 0.0193 0.0525 0.0406 0.0553 0.0551 0.0346 -0.0040 -0.0073 0.0439 0.0533 0.0674 0.0448 0.0461 0.0447 0.0592 0.0558 0.0359 0.0471 0.0434 0.0818 0.0828 0.0602 0.0723 0.0873 0.0732 0.0003 0.0541 1.9587e-02 0.0443 0.2085 0.1938 -0.0404 UTR_5_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1835 0.4261 0.0686 0.1282 1.7941e-02 0.0316 0.0795 0.0752 0.0869 0.0884 0.0665 -0.0070 -0.0032 0.0866 0.1049 0.1095 0.0810 0.0863 0.0844 0.1124 0.1079 0.0756 0.0975 0.0907 0.1436 0.1510 0.1163 0.1397 0.1651 0.1415 0.0917 0.1369 4.4620e-02 0.1034 0.4252 0.3945 -0.0855 WeakEnhancer_Hoffman.bed NaN 0.0074 0.0058 0.0330 0.0599 2.8507e-02 0.0419 0.1555 0.1162 0.1638 0.1746 0.1153 0.0555 0.0608 0.0840 0.1452 0.1439 0.1208 0.1078 0.1047 0.1328 0.1228 0.1908 0.1412 0.1009 0.1167 0.1550 0.1362 0.1213 0.1602 0.1468 0.0297 0.0312 1.9316e-02 0.0633 0.0238 0.0267 -0.1126 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0103 0.0149 0.0376 0.1036 6.4429e-02 0.0904 0.1560 0.2255 0.1655 0.1933 0.2242 0.0566 0.1002 0.1921 0.2882 0.1593 0.2228 0.2076 0.2067 0.2501 0.2417 0.2438 0.2603 0.2106 0.1327 0.2151 0.2480 0.1477 0.2367 0.2747 0.0622 0.0636 6.0928e-02 0.1359 0.0479 0.0545 -0.1849 Repressed_Hoffman.extend.500.bed SuperEnhancer_Hnisz.bed SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed TFBS_ENCODE.bed TFBS_ENCODE.extend.500.bed Transcribed_Hoffman.bed Transcribed_Hoffman.extend.500.bed TSS_Hoffman.bed TSS_Hoffman.extend.500.bed UTR_3_UCSC.bed UTR_3_UCSC.extend.500.bed UTR_5_UCSC.bed UTR_5_UCSC.extend.500.bed WeakEnhancer_Hoffman.bed WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed -0.1108 0.0486 0.0489 0.0585 0.0461 0.0671 0.0128 0.0950 0.0850 0.6199 0.4500 0.3111 0.1835 0.0074 0.0103 Coding_UCSC.extend.500.bed -0.2459 0.0896 0.0894 0.0920 0.0794 0.1591 0.0386 0.1702 0.1576 0.3147 0.4690 0.1756 0.4261 0.0058 0.0149 Conserved_LindbladToh.bed -0.0421 0.0437 0.0431 0.0853 0.0662 0.0063 -0.0181 0.0504 0.0468 0.0777 0.0727 0.0719 0.0686 0.0330 0.0376 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed -0.1308 0.1449 0.1454 0.1425 0.1780 0.0475 -0.0284 0.0865 0.0941 0.0780 0.1264 0.0515 0.1282 0.0599 0.1036 CTCF_Hoffman.bed -0.0558 0.0304 0.0310 0.2353 0.1720 -0.0255 -0.0292 0.0182 0.0360 0.0111 0.0146 0.0112 0.0179 0.0285 0.0644 CTCF_Hoffman.extend.500.bed -0.0733 0.0508 0.0525 0.1732 0.2653 -0.0109 -0.0351 0.0297 0.0569 0.0121 0.0163 0.0193 0.0316 0.0419 0.0904 DGF_ENCODE.bed -0.1697 0.1596 0.1588 0.3681 0.2391 0.0239 -0.0416 0.1677 0.1591 0.0247 0.0364 0.0525 0.0795 0.1555 0.1560 DGF_ENCODE.extend.500.bed -0.2259 0.2300 0.2306 0.2861 0.4216 0.0538 -0.0373 0.1111 0.1468 0.0335 0.0449 0.0406 0.0752 0.1162 0.2255 DHS_peaks_Trynka.bed -0.1388 0.1260 0.1250 0.3672 0.2425 -0.0080 -0.0592 0.1740 0.1547 0.0153 0.0236 0.0553 0.0869 0.1638 0.1655 DHS_Trynka.bed -0.1582 0.1454 0.1444 0.4166 0.2959 -0.0104 -0.0674 0.1729 0.1600 0.0159 0.0256 0.0551 0.0884 0.1746 0.1933 DHS_Trynka.extend.500.bed -0.1740 0.1916 0.1921 0.2740 0.4182 0.0153 -0.0534 0.1065 0.1339 0.0228 0.0314 0.0346 0.0665 0.1153 0.2242 Enhancer_Andersson.bed -0.0609 0.0785 0.0776 0.1029 0.0620 -0.0025 -0.0229 0.0848 0.0770 -0.0057 -0.0073 -0.0040 -0.0070 0.0555 0.0566 Enhancer_Andersson.extend.500.bed -0.1075 0.1414 0.1406 0.1311 0.1196 -0.0025 -0.0327 0.1134 0.1297 -0.0117 -0.0134 -0.0073 -0.0032 0.0608 0.1002 Enhancer_Hoffman.bed -0.2701 0.2120 0.2106 0.3046 0.2416 -0.0077 -0.0770 0.1600 0.2462 0.0181 0.0281 0.0439 0.0866 0.0840 0.1921 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.3438 0.2746 0.2747 0.3031 0.3194 0.0038 -0.0807 0.2259 0.3415 0.0226 0.0374 0.0533 0.1049 0.1452 0.2882 FetalDHS_Trynka.bed -0.1319 0.1296 0.1283 0.3244 0.2190 -0.0211 -0.0694 0.2109 0.1876 0.0128 0.0232 0.0674 0.1095 0.1439 0.1593 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed -0.1698 0.1968 0.1968 0.2690 0.3447 -0.0067 -0.0732 0.1488 0.1765 0.0176 0.0264 0.0448 0.0810 0.1208 0.2228 H3K27ac_Hnisz.bed -0.3263 0.5461 0.5450 0.2301 0.3090 0.1044 -0.0248 0.1380 0.1807 0.0465 0.0632 0.0461 0.0863 0.1078 0.2076 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed -0.3215 0.5106 0.5164 0.2228 0.3097 0.1052 -0.0227 0.1292 0.1738 0.0453 0.0627 0.0447 0.0844 0.1047 0.2067 H3K27ac_PGC2.bed -0.3572 0.4191 0.4223 0.2704 0.3402 0.0837 -0.0348 0.1987 0.2606 0.0396 0.0596 0.0592 0.1124 0.1328 0.2501 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed -0.3576 0.4200 0.4243 0.2476 0.3288 0.0989 -0.0274 0.1709 0.2297 0.0431 0.0632 0.0558 0.1079 0.1228 0.2417 H3K4me1_peaks_Trynka.bed -0.2414 0.2417 0.2411 0.2761 0.2791 0.0639 -0.0379 0.1553 0.1881 0.0292 0.0375 0.0359 0.0756 0.1908 0.2438 H3K4me1_Trynka.bed -0.3136 0.3198 0.3207 0.2768 0.3639 0.1124 -0.0303 0.1272 0.1696 0.0485 0.0657 0.0471 0.0975 0.1412 0.2603 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed -0.2801 0.2772 0.2799 0.2127 0.3319 0.1225 -0.0094 0.0967 0.1307 0.0494 0.0699 0.0434 0.0907 0.1009 0.2106 H3K4me3_peaks_Trynka.bed -0.1676 0.1425 0.1414 0.2281 0.1676 -0.0006 -0.0608 0.2839 0.2707 0.0187 0.0360 0.0818 0.1436 0.1167 0.1327 H3K4me3_Trynka.bed -0.2646 0.2421 0.2408 0.2953 0.2659 0.0236 -0.0655 0.2893 0.3492 0.0325 0.0522 0.0828 0.1510 0.1550 0.2151 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed -0.2750 0.2625 0.2629 0.2584 0.3029 0.0405 -0.0534 0.2012 0.2679 0.0323 0.0494 0.0602 0.1163 0.1362 0.2480 H3K9ac_peaks_Trynka.bed -0.1866 0.1780 0.1772 0.2142 0.1781 0.0231 -0.0471 0.2747 0.2645 0.0295 0.0440 0.0723 0.1397 0.1213 0.1477 H3K9ac_Trynka.bed -0.3093 0.3134 0.3127 0.3000 0.3008 0.0520 -0.0563 0.3014 0.3549 0.0444 0.0662 0.0873 0.1651 0.1602 0.2367 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed -0.3511 0.3489 0.3506 0.2763 0.3325 0.0907 -0.0412 0.2218 0.2945 0.0503 0.0739 0.0732 0.1415 0.1468 0.2747 Intron_UCSC.bed -0.3429 0.1815 0.1809 0.0523 0.0796 0.3150 0.1531 0.0484 0.0596 -0.0233 0.0400 0.0003 0.0917 0.0297 0.0622 Intron_UCSC.extend.500.bed -0.3565 0.1868 0.1863 0.0656 0.0878 0.3180 0.1496 0.0775 0.0835 0.0090 0.0710 0.0541 0.1369 0.0312 0.0636 PromoterFlanking_Hoffman.bed -0.1021 0.0501 0.0509 0.0670 0.0770 0.0081 -0.0135 0.0922 0.1932 0.0029 0.0094 0.0196 0.0446 0.0193 0.0609 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed -0.1722 0.0974 0.0986 0.1373 0.1532 0.0024 -0.0390 0.2371 0.3678 0.0076 0.0220 0.0443 0.1034 0.0633 0.1359 Promoter_UCSC.bed -0.1653 0.1061 0.1077 0.1502 0.1252 0.0108 -0.0555 0.3426 0.3667 0.0661 0.1358 0.2085 0.4252 0.0238 0.0479 Promoter_UCSC.extend.500.bed -0.1735 0.1151 0.1172 0.1453 0.1272 0.0201 -0.0495 0.3227 0.3541 0.0720 0.1409 0.1938 0.3945 0.0267 0.0545 Repressed_Hoffman.bed 0.5534 -0.1971 -0.1979 -0.2036 -0.2211 -0.5898 -0.1927 -0.1050 -0.1434 -0.0529 -0.0789 -0.0404 -0.0855 -0.1126 -0.1849 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 1.0000 -0.2970 -0.2974 -0.2324 -0.2535 -0.3834 -0.1005 -0.1865 -0.2387 -0.0883 -0.1325 -0.0656 -0.1404 -0.1246 -0.2105 SuperEnhancer_Hnisz.bed -0.2970 1.0000 0.9888 0.1802 0.2161 0.1097 -0.0013 0.1458 0.1811 0.0437 0.0569 0.0426 0.0763 0.0895 0.1668 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed -0.2974 0.9888 1.0000 0.1793 0.2165 0.1100 -0.0012 0.1444 0.1807 0.0437 0.0570 0.0424 0.0763 0.0893 0.1670 TFBS_ENCODE.bed -0.2324 0.1802 0.1793 1.0000 0.5362 -0.0001 -0.0646 0.2628 0.2641 0.0300 0.0456 0.0712 0.1183 0.1762 0.2116 TFBS_ENCODE.extend.500.bed -0.2535 0.2161 0.2165 0.5362 1.0000 0.0203 -0.0511 0.1625 0.2127 0.0297 0.0439 0.0484 0.0870 0.1372 0.2585 Transcribed_Hoffman.bed -0.3834 0.1097 0.1100 -0.0001 0.0203 1.0000 0.4174 -0.0272 -0.0177 0.0702 0.1009 0.0094 0.0365 -0.0027 -0.0019 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed -0.1005 -0.0013 -0.0012 -0.0646 -0.0511 0.4174 1.0000 -0.0846 -0.0775 0.0276 0.0365 -0.0215 -0.0291 -0.0292 -0.0490 TSS_Hoffman.bed -0.1865 0.1458 0.1444 0.2628 0.1625 -0.0272 -0.0846 1.0000 0.7246 0.0218 0.0571 0.1619 0.2784 0.0386 0.0642 TSS_Hoffman.extend.500.bed -0.2387 0.1811 0.1807 0.2641 0.2127 -0.0177 -0.0775 0.7246 1.0000 0.0236 0.0564 0.1360 0.2472 0.0610 0.1157 UTR_3_UCSC.bed -0.0883 0.0437 0.0437 0.0300 0.0297 0.0702 0.0276 0.0218 0.0236 1.0000 0.6462 0.1010 0.0571 0.0079 0.0119 UTR_3_UCSC.extend.500.bed -0.1325 0.0569 0.0570 0.0456 0.0439 0.1009 0.0365 0.0571 0.0564 0.6462 1.0000 0.0880 0.1099 0.0082 0.0138 UTR_5_UCSC.bed -0.0656 0.0426 0.0424 0.0712 0.0484 0.0094 -0.0215 0.1619 0.1360 0.1010 0.0880 1.0000 0.4659 0.0071 0.0073 UTR_5_UCSC.extend.500.bed -0.1404 0.0763 0.0763 0.1183 0.0870 0.0365 -0.0291 0.2784 0.2472 0.0571 0.1099 0.4659 1.0000 0.0120 0.0243 WeakEnhancer_Hoffman.bed -0.1246 0.0895 0.0893 0.1762 0.1372 -0.0027 -0.0292 0.0386 0.0610 0.0079 0.0082 0.0071 0.0120 1.0000 0.4709 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.2105 0.1668 0.1670 0.2116 0.2585 -0.0019 -0.0490 0.0642 0.1157 0.0119 0.0138 0.0073 0.0243 0.4709 1.0000 Annotation Matrix Column Sums base 633015.0 Coding_UCSC.bed 7642.0 Coding_UCSC.extend.500.bed 31874.0 Conserved_LindbladToh.bed 19405.0 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed 223805.0 CTCF_Hoffman.bed 12110.0 CTCF_Hoffman.extend.500.bed 36311.0 DGF_ENCODE.bed 77597.0 DGF_ENCODE.extend.500.bed 317470.0 DHS_peaks_Trynka.bed 66662.0 DHS_Trynka.bed 100933.0 DHS_Trynka.extend.500.bed 302285.0 Enhancer_Andersson.bed 2339.0 Enhancer_Andersson.extend.500.bed 10129.0 Enhancer_Hoffman.bed 19811.0 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed 42201.0 FetalDHS_Trynka.bed 49784.0 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed 168465.0 H3K27ac_Hnisz.bed 219338.0 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed 238959.0 H3K27ac_PGC2.bed 150289.0 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed 188912.0 H3K4me1_peaks_Trynka.bed 97900.0 H3K4me1_Trynka.bed 246955.0 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed 359309.0 H3K4me3_peaks_Trynka.bed 23444.0 H3K4me3_Trynka.bed 73623.0 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed 143575.0 H3K9ac_peaks_Trynka.bed 19591.0 H3K9ac_Trynka.bed 64581.0 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed 120434.0 Intron_UCSC.bed 213282.0 Intron_UCSC.extend.500.bed 217873.0 PromoterFlanking_Hoffman.bed 4458.0 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed 17110.0 Promoter_UCSC.bed 21094.0 Promoter_UCSC.extend.500.bed 25833.0 Repressed_Hoffman.bed 291508.0 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 465865.0 SuperEnhancer_Hnisz.bed 86425.0 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed 88126.0 TFBS_ENCODE.bed 74931.0 TFBS_ENCODE.extend.500.bed 201522.0 Transcribed_Hoffman.bed 185002.0 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed 445197.0 TSS_Hoffman.bed 8067.0 TSS_Hoffman.extend.500.bed 15191.0 UTR_3_UCSC.bed 5404.0 UTR_3_UCSC.extend.500.bed 12790.0 UTR_5_UCSC.bed 2670.0 UTR_5_UCSC.extend.500.bed 12118.0 WeakEnhancer_Hoffman.bed 9262.0 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed 39728.0 Summary of Annotation Matrix Row Sums count 633015.0000 mean 10.2876 std 6.5734 min 1.0000 25% 5.0000 50% 8.0000 75% 14.0000 max 41.0000 Analysis finished at Tue Oct 17 18:20:33 2017 Total time elapsed: 1.0h:39.0m:17.43s