********************************************************************* * LD Score Regression (LDSC) * Version 1.0.0 * (C) 2014-2015 Brendan Bulik-Sullivan and Hilary Finucane * Broad Institute of MIT and Harvard / MIT Department of Mathematics * GNU General Public License v3 ********************************************************************* Call: ./ldsc.py \ --print-snps hapmap3_snps/hm.7.snp \ --ld-wind-cm 1.0 \ --out 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.7 \ --bfile 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.7 \ --annot 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.7.annot.gz \ --l2 Beginning analysis at Tue Oct 17 16:41:15 2017 Read list of 589569 SNPs from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.7.bim Read 53 annotations for 589569 SNPs from 1000G_Phase3_baseline_v1.1/baseline.7.annot.gz Read list of 489 individuals from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.7.fam Reading genotypes from 1000G_EUR_Phase3_plink/1000G.EUR.QC.7.bed Estimating LD Score. Reading list of 75316 SNPs for which to print LD Scores from hapmap3_snps/hm.7.snp After merging with --print-snps, LD Scores for 65848 SNPs will be printed. Writing LD Scores for 65848 SNPs to 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.7.l2.ldscore.gz Summary of LD Scores in 1000G_Phase3_baseline_v1.1_rerun/baseline.7.l2.ldscore.gz MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 Promoter_UCSC.bedL2 \ mean 0.2376 125.6065 1.5955 7.1301 2.9797 38.8771 2.5392 7.7095 15.7990 64.2318 12.3689 18.5755 57.2113 0.3885 1.7486 4.0667 9.1776 9.0401 31.1217 42.7332 46.8363 29.5303 37.3707 18.7147 47.7727 70.7758 4.9385 15.8267 30.6818 3.8081 12.8918 24.1457 55.0542 56.0797 1.0650 4.0824 5.5271 std 0.1437 116.3625 3.0077 10.9896 3.3197 33.6415 2.9980 8.5043 16.1935 57.8769 10.7878 15.2843 46.2265 0.8159 2.9749 6.1279 13.4799 8.0201 25.4372 52.2791 55.3072 36.6832 45.5436 20.1461 47.6061 66.9275 8.6376 26.5969 43.2110 5.8134 18.6588 32.8986 69.0766 69.9517 2.0458 7.0238 9.3768 min 0.0051 -1.4543 -0.1516 -0.4253 -0.2218 -1.0221 -0.1781 -0.2418 -0.5265 -0.5175 -0.4094 -0.4511 -0.7458 -0.0951 -0.1934 -0.3185 -0.5308 -0.4913 -0.6229 -0.7677 -0.6792 -1.1047 -0.9941 -0.5509 -1.1626 -0.5922 -0.1949 -0.4391 -0.6443 -0.2074 -0.5988 -0.6587 -2.3713 -2.4373 -0.1156 -0.2168 -0.4518 25% 0.1104 57.0032 0.0732 0.5382 0.8522 16.8297 0.7098 2.6046 6.6564 30.8064 5.6876 8.8000 28.4809 0.0182 0.2055 0.5857 1.6559 3.8889 14.7366 13.0515 15.9893 9.5022 12.6985 7.0422 20.4424 33.0267 1.3077 4.6878 10.9674 0.7318 2.9011 6.7241 7.4127 7.6978 0.0719 0.5326 0.3930 50% 0.2290 94.5222 0.3985 2.6093 1.9607 29.8089 1.6372 5.2894 11.4072 49.8522 9.6698 14.7480 45.6017 0.0906 0.7618 1.9046 4.6795 6.8955 24.6594 28.1533 31.8245 19.1347 24.8306 12.8384 34.8259 53.2626 2.7273 9.1299 19.8664 1.9076 6.8999 14.0880 32.7157 33.7478 0.3316 1.8253 1.8939 75% 0.3609 158.0069 1.7416 9.0935 3.9425 49.4861 3.2733 9.8303 19.1538 79.4472 15.2562 23.1357 71.6019 0.3871 2.1351 5.0033 11.5476 11.6032 39.2956 54.2342 59.0256 36.4570 46.1006 22.6879 58.0477 85.8961 5.5081 17.5995 34.9062 4.4320 15.3906 29.3089 75.3199 76.8378 1.1962 4.9428 6.1727 max 0.5000 1236.5470 40.4136 108.0661 41.7683 291.0913 34.6196 104.5639 189.9671 706.8710 113.4936 151.5216 468.1491 14.5019 74.8875 66.4646 148.6728 97.8209 273.7814 628.8626 668.0107 425.2882 533.0598 226.1272 547.5567 804.8995 188.1654 608.8108 862.9484 68.9321 220.4025 399.1664 852.8496 861.6978 25.8152 91.4397 85.7794 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 mean 6.7857 55.2005 87.8306 13.8747 14.2099 14.6800 39.1126 45.5513 93.8890 1.8862 3.5174 1.4551 3.2845 0.7586 3.4455 1.8295 8.4019 std 11.3933 53.2920 80.8514 25.7638 26.2325 15.2616 36.8792 64.2386 94.1508 3.9364 6.6698 3.1639 6.6681 1.9136 6.8279 2.6068 11.0790 min -0.4293 -1.5888 -1.6433 -0.9736 -0.9895 -0.5940 -0.6228 -1.1294 -1.2328 -0.3073 -0.4412 -0.2029 -0.3016 -0.1184 -0.2958 -0.1356 -0.4063 25% 0.4912 18.6427 33.2675 0.4772 0.4979 5.7270 17.3298 12.8656 38.0980 0.0782 0.2120 0.0444 0.1309 0.0140 0.1764 0.2969 2.0441 50% 2.4102 39.3838 64.6184 3.1053 3.2287 10.2484 29.4442 25.7087 67.8246 0.4520 1.0970 0.2717 0.7885 0.1104 0.9270 0.9562 4.9316 75% 7.6084 74.1912 115.5038 15.4248 15.9029 18.0525 48.5252 53.1693 118.5525 1.8839 4.0087 1.3761 3.3638 0.5919 3.5199 2.2965 10.5609 max 100.9174 460.0347 678.6126 224.9955 226.1234 163.3523 417.8390 849.2467 1067.9264 46.0030 76.7658 42.9946 78.0787 34.9547 106.1881 38.7164 147.8432 MAF/LD Score Correlation Matrix MAF baseL2 Coding_UCSC.bedL2 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 Conserved_LindbladToh.bedL2 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 CTCF_Hoffman.bedL2 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 DGF_ENCODE.bedL2 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 DHS_peaks_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.bedL2 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 Enhancer_Andersson.bedL2 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 Enhancer_Hoffman.bedL2 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 FetalDHS_Trynka.bedL2 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 H3K27ac_Hnisz.bedL2 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 H3K27ac_PGC2.bedL2 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.bedL2 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.bedL2 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.bedL2 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 Intron_UCSC.bedL2 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 \ MAF 1.0000 0.1695 0.0750 0.0776 0.1212 0.1634 0.1393 0.1391 0.1363 0.1585 0.1667 0.1726 0.1839 0.0692 0.0833 0.0858 0.0895 0.1571 0.1783 0.1221 0.1262 0.1222 0.1237 0.1349 0.1440 0.1540 0.0989 0.1061 0.1204 0.0925 0.1010 0.1037 0.1070 0.1075 0.0898 0.0953 baseL2 0.1695 1.0000 0.4415 0.4578 0.4152 0.6968 0.6479 0.7169 0.7482 0.8544 0.7390 0.7476 0.8429 0.2488 0.3569 0.5367 0.5951 0.6529 0.7179 0.6594 0.6904 0.7201 0.7372 0.6571 0.7229 0.8028 0.7025 0.7231 0.7920 0.5269 0.5650 0.6179 0.6103 0.6164 0.5921 0.6563 Coding_UCSC.bedL2 0.0750 0.4415 1.0000 0.8510 0.2453 0.3945 0.5583 0.5705 0.5738 0.5497 0.4895 0.4780 0.4912 0.2651 0.3170 0.5390 0.5722 0.4697 0.4492 0.5390 0.5472 0.5688 0.5665 0.5493 0.5601 0.5486 0.4828 0.4788 0.4850 0.6449 0.6438 0.6339 0.3686 0.3871 0.5881 0.6224 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.0776 0.4578 0.8510 1.0000 0.2882 0.4954 0.5818 0.6019 0.6225 0.6083 0.5441 0.5392 0.5512 0.2928 0.3422 0.5772 0.6197 0.5256 0.5170 0.5951 0.6032 0.6031 0.6046 0.6194 0.6454 0.6266 0.4618 0.4643 0.4845 0.6789 0.6837 0.6880 0.5228 0.5401 0.6023 0.6385 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.1212 0.4152 0.2453 0.2882 1.0000 0.8216 0.2818 0.3136 0.4142 0.4723 0.5311 0.5485 0.5470 0.0423 0.0839 0.3012 0.2909 0.5292 0.5593 0.3103 0.3290 0.3192 0.3365 0.4419 0.4658 0.4899 0.1691 0.1756 0.2208 0.2216 0.2545 0.2754 0.4890 0.4894 0.2337 0.2602 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.1634 0.6968 0.3945 0.4954 0.8216 1.0000 0.5269 0.5788 0.6868 0.7684 0.7649 0.7877 0.8199 0.1895 0.2701 0.5232 0.5424 0.7336 0.7933 0.5818 0.6065 0.5867 0.6105 0.6947 0.7395 0.7831 0.3224 0.3420 0.4190 0.4535 0.4951 0.5355 0.7320 0.7341 0.4882 0.5177 CTCF_Hoffman.bedL2 0.1393 0.6479 0.5583 0.5818 0.2818 0.5269 1.0000 0.9391 0.7952 0.7903 0.7293 0.7128 0.7299 0.3546 0.4503 0.6639 0.7192 0.6776 0.6760 0.7317 0.7438 0.7413 0.7477 0.7268 0.7591 0.7687 0.5062 0.5192 0.5771 0.7092 0.7294 0.7566 0.5202 0.5318 0.6340 0.7069 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1391 0.7169 0.5705 0.6019 0.3136 0.5788 0.9391 1.0000 0.8652 0.8646 0.7972 0.7820 0.8043 0.3930 0.5046 0.7218 0.7800 0.7397 0.7499 0.8031 0.8164 0.8073 0.8177 0.7996 0.8329 0.8433 0.5602 0.5737 0.6410 0.7577 0.7835 0.8154 0.5941 0.6053 0.6736 0.7573 DGF_ENCODE.bedL2 0.1363 0.7482 0.5738 0.6225 0.4142 0.6868 0.7952 0.8652 1.0000 0.9633 0.9342 0.9188 0.9151 0.4661 0.6028 0.8415 0.8928 0.8726 0.8757 0.9235 0.9335 0.9175 0.9276 0.9377 0.9547 0.9465 0.5931 0.6028 0.6800 0.8506 0.8834 0.9149 0.6971 0.7065 0.7223 0.8021 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1585 0.8544 0.5497 0.6083 0.4723 0.7684 0.7903 0.8646 0.9633 1.0000 0.9309 0.9291 0.9657 0.3934 0.5245 0.7766 0.8350 0.8589 0.8953 0.8875 0.9069 0.8905 0.9082 0.9075 0.9503 0.9769 0.5832 0.6005 0.6906 0.7688 0.8086 0.8555 0.7301 0.7383 0.7205 0.7970 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.1667 0.7390 0.4895 0.5441 0.5311 0.7649 0.7293 0.7972 0.9342 0.9309 1.0000 0.9866 0.9563 0.4311 0.5491 0.7607 0.7978 0.9578 0.9522 0.8529 0.8657 0.8427 0.8551 0.9159 0.9338 0.9302 0.5239 0.5351 0.6189 0.7564 0.7932 0.8250 0.7056 0.7117 0.6302 0.7014 DHS_Trynka.bedL2 0.1726 0.7476 0.4780 0.5392 0.5485 0.7877 0.7128 0.7820 0.9188 0.9291 0.9866 1.0000 0.9683 0.4244 0.5395 0.7371 0.7704 0.9551 0.9624 0.8316 0.8455 0.8216 0.8353 0.9037 0.9251 0.9262 0.5086 0.5195 0.6045 0.7258 0.7649 0.7976 0.7051 0.7104 0.6130 0.6750 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1839 0.8429 0.4912 0.5512 0.5470 0.8199 0.7299 0.8043 0.9151 0.9657 0.9563 0.9683 1.0000 0.3787 0.4976 0.7088 0.7557 0.9031 0.9528 0.8280 0.8485 0.8309 0.8494 0.8850 0.9289 0.9570 0.5366 0.5550 0.6462 0.6994 0.7425 0.7889 0.7275 0.7331 0.6470 0.7090 Enhancer_Andersson.bedL2 0.0692 0.2488 0.2651 0.2928 0.0423 0.1895 0.3546 0.3930 0.4661 0.3934 0.4311 0.4244 0.3787 1.0000 0.8737 0.4717 0.4676 0.4409 0.4160 0.4765 0.4646 0.4642 0.4483 0.4548 0.4368 0.3822 0.3401 0.3308 0.3493 0.4692 0.4866 0.4802 0.2852 0.2891 0.2944 0.3202 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.0833 0.3569 0.3170 0.3422 0.0839 0.2701 0.4503 0.5046 0.6028 0.5245 0.5491 0.5395 0.4976 0.8737 1.0000 0.5836 0.5916 0.5500 0.5275 0.6095 0.5993 0.5989 0.5833 0.5896 0.5724 0.5167 0.4347 0.4325 0.4628 0.6051 0.6244 0.6213 0.3891 0.3938 0.3774 0.4192 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.0858 0.5367 0.5390 0.5772 0.3012 0.5232 0.6639 0.7218 0.8415 0.7766 0.7607 0.7371 0.7088 0.4717 0.5836 1.0000 0.9722 0.7226 0.6960 0.8460 0.8427 0.8423 0.8376 0.8362 0.8145 0.7761 0.5215 0.5211 0.5657 0.8081 0.8246 0.8320 0.5751 0.5852 0.6662 0.7429 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0895 0.5951 0.5722 0.6197 0.2909 0.5424 0.7192 0.7800 0.8928 0.8350 0.7978 0.7704 0.7557 0.4676 0.5916 0.9722 1.0000 0.7520 0.7309 0.8981 0.8983 0.8931 0.8930 0.8787 0.8687 0.8370 0.5548 0.5600 0.6130 0.8558 0.8745 0.8908 0.6194 0.6305 0.7215 0.8084 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.1571 0.6529 0.4697 0.5256 0.5292 0.7336 0.6776 0.7397 0.8726 0.8589 0.9578 0.9551 0.9031 0.4409 0.5500 0.7226 0.7520 1.0000 0.9588 0.8092 0.8183 0.7858 0.7954 0.8872 0.8945 0.8750 0.4894 0.4940 0.5703 0.7402 0.7708 0.7945 0.6784 0.6840 0.5731 0.6400 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.1783 0.7179 0.4492 0.5170 0.5593 0.7933 0.6760 0.7499 0.8757 0.8953 0.9522 0.9624 0.9528 0.4160 0.5275 0.6960 0.7309 0.9588 1.0000 0.8105 0.8235 0.7914 0.8063 0.8930 0.9108 0.9075 0.4865 0.5004 0.5854 0.6999 0.7404 0.7734 0.7177 0.7219 0.5740 0.6311 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.1221 0.6594 0.5390 0.5951 0.3103 0.5818 0.7317 0.8031 0.9235 0.8875 0.8529 0.8316 0.8280 0.4765 0.6095 0.8460 0.8981 0.8092 0.8105 1.0000 0.9979 0.9457 0.9504 0.9298 0.9353 0.9044 0.5950 0.6056 0.6734 0.8532 0.8871 0.9176 0.6676 0.6772 0.7199 0.7931 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.1262 0.6904 0.5472 0.6032 0.3290 0.6065 0.7438 0.8164 0.9335 0.9069 0.8657 0.8455 0.8485 0.4646 0.5993 0.8427 0.8983 0.8183 0.8235 0.9979 1.0000 0.9495 0.9563 0.9340 0.9456 0.9228 0.6028 0.6139 0.6848 0.8488 0.8834 0.9175 0.6824 0.6921 0.7305 0.8061 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.1222 0.7201 0.5688 0.6031 0.3192 0.5867 0.7413 0.8073 0.9175 0.8905 0.8427 0.8216 0.8309 0.4642 0.5989 0.8423 0.8931 0.7858 0.7914 0.9457 0.9495 1.0000 0.9963 0.9170 0.9223 0.8978 0.7071 0.7209 0.7708 0.8474 0.8782 0.9111 0.6419 0.6521 0.7509 0.8193 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.1237 0.7372 0.5665 0.6046 0.3365 0.6105 0.7477 0.8177 0.9276 0.9082 0.8551 0.8353 0.8494 0.4483 0.5833 0.8376 0.8930 0.7954 0.8063 0.9504 0.9563 0.9963 1.0000 0.9235 0.9337 0.9158 0.6962 0.7107 0.7666 0.8417 0.8739 0.9115 0.6621 0.6721 0.7564 0.8275 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.1349 0.6571 0.5493 0.6194 0.4419 0.6947 0.7268 0.7996 0.9377 0.9075 0.9159 0.9037 0.8850 0.4548 0.5896 0.8362 0.8787 0.8872 0.8930 0.9298 0.9340 0.9170 0.9235 1.0000 0.9751 0.9368 0.5597 0.5703 0.6411 0.8631 0.8861 0.9091 0.7149 0.7232 0.7143 0.7723 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.1440 0.7229 0.5601 0.6454 0.4658 0.7395 0.7591 0.8329 0.9547 0.9503 0.9338 0.9251 0.9289 0.4368 0.5724 0.8145 0.8687 0.8945 0.9108 0.9353 0.9456 0.9223 0.9337 0.9751 1.0000 0.9818 0.5588 0.5732 0.6547 0.8376 0.8724 0.9105 0.7436 0.7523 0.7282 0.7989 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.1540 0.8028 0.5486 0.6266 0.4899 0.7831 0.7687 0.8433 0.9465 0.9769 0.9302 0.9262 0.9570 0.3822 0.5167 0.7761 0.8370 0.8750 0.9075 0.9044 0.9228 0.8978 0.9158 0.9368 0.9818 1.0000 0.5498 0.5667 0.6569 0.7808 0.8200 0.8684 0.7642 0.7722 0.7327 0.8047 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.0989 0.7025 0.4828 0.4618 0.1691 0.3224 0.5062 0.5602 0.5931 0.5832 0.5239 0.5086 0.5366 0.3401 0.4347 0.5215 0.5548 0.4894 0.4865 0.5950 0.6028 0.7071 0.6962 0.5597 0.5588 0.5498 1.0000 0.9848 0.9686 0.5923 0.6045 0.6174 0.3843 0.3944 0.5148 0.5795 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.1061 0.7231 0.4788 0.4643 0.1756 0.3420 0.5192 0.5737 0.6028 0.6005 0.5351 0.5195 0.5550 0.3308 0.4325 0.5211 0.5600 0.4940 0.5004 0.6056 0.6139 0.7209 0.7107 0.5703 0.5732 0.5667 0.9848 1.0000 0.9842 0.5896 0.6129 0.6278 0.3979 0.4078 0.5178 0.5810 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.1204 0.7920 0.4850 0.4845 0.2208 0.4190 0.5771 0.6410 0.6800 0.6906 0.6189 0.6045 0.6462 0.3493 0.4628 0.5657 0.6130 0.5703 0.5854 0.6734 0.6848 0.7708 0.7666 0.6411 0.6547 0.6569 0.9686 0.9842 1.0000 0.6283 0.6560 0.6829 0.4700 0.4795 0.5572 0.6283 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.0925 0.5269 0.6449 0.6789 0.2216 0.4535 0.7092 0.7577 0.8506 0.7688 0.7564 0.7258 0.6994 0.4692 0.6051 0.8081 0.8558 0.7402 0.6999 0.8532 0.8488 0.8474 0.8417 0.8631 0.8376 0.7808 0.5923 0.5896 0.6283 1.0000 0.9703 0.9565 0.5495 0.5629 0.7087 0.7791 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.1010 0.5650 0.6438 0.6837 0.2545 0.4951 0.7294 0.7835 0.8834 0.8086 0.7932 0.7649 0.7425 0.4866 0.6244 0.8246 0.8745 0.7708 0.7404 0.8871 0.8834 0.8782 0.8739 0.8861 0.8724 0.8200 0.6045 0.6129 0.6560 0.9703 1.0000 0.9855 0.5741 0.5872 0.7155 0.7898 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.1037 0.6179 0.6339 0.6880 0.2754 0.5355 0.7566 0.8154 0.9149 0.8555 0.8250 0.7976 0.7889 0.4802 0.6213 0.8320 0.8908 0.7945 0.7734 0.9176 0.9175 0.9111 0.9115 0.9091 0.9105 0.8684 0.6174 0.6278 0.6829 0.9565 0.9855 1.0000 0.6183 0.6309 0.7368 0.8152 Intron_UCSC.bedL2 0.1070 0.6103 0.3686 0.5228 0.4890 0.7320 0.5202 0.5941 0.6971 0.7301 0.7056 0.7051 0.7275 0.2852 0.3891 0.5751 0.6194 0.6784 0.7177 0.6676 0.6824 0.6419 0.6621 0.7149 0.7436 0.7642 0.3843 0.3979 0.4700 0.5495 0.5741 0.6183 1.0000 0.9996 0.5105 0.5503 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.1075 0.6164 0.3871 0.5401 0.4894 0.7341 0.5318 0.6053 0.7065 0.7383 0.7117 0.7104 0.7331 0.2891 0.3938 0.5852 0.6305 0.6840 0.7219 0.6772 0.6921 0.6521 0.6721 0.7232 0.7523 0.7722 0.3944 0.4078 0.4795 0.5629 0.5872 0.6309 0.9996 1.0000 0.5224 0.5640 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.0898 0.5921 0.5881 0.6023 0.2337 0.4882 0.6340 0.6736 0.7223 0.7205 0.6302 0.6130 0.6470 0.2944 0.3774 0.6662 0.7215 0.5731 0.5740 0.7199 0.7305 0.7509 0.7564 0.7143 0.7282 0.7327 0.5148 0.5178 0.5572 0.7087 0.7155 0.7368 0.5105 0.5224 1.0000 0.9287 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0953 0.6563 0.6224 0.6385 0.2602 0.5177 0.7069 0.7573 0.8021 0.7970 0.7014 0.6750 0.7090 0.3202 0.4192 0.7429 0.8084 0.6400 0.6311 0.7931 0.8061 0.8193 0.8275 0.7723 0.7989 0.8047 0.5795 0.5810 0.6283 0.7791 0.7898 0.8152 0.5503 0.5640 0.9287 1.0000 Promoter_UCSC.bedL2 0.0867 0.5316 0.6918 0.7432 0.2226 0.4122 0.6716 0.6887 0.6643 0.6418 0.5694 0.5471 0.5594 0.3046 0.3781 0.6185 0.6668 0.5388 0.5167 0.6611 0.6669 0.6707 0.6664 0.6407 0.6586 0.6405 0.5758 0.5729 0.5949 0.7228 0.7234 0.7205 0.4560 0.4738 0.6720 0.7258 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.0876 0.5432 0.6936 0.7458 0.2214 0.4191 0.6812 0.6994 0.6778 0.6558 0.5810 0.5582 0.5724 0.3129 0.3876 0.6265 0.6781 0.5482 0.5276 0.6765 0.6825 0.6850 0.6810 0.6523 0.6728 0.6554 0.5807 0.5784 0.6027 0.7319 0.7351 0.7343 0.4669 0.4847 0.6846 0.7398 Repressed_Hoffman.bedL2 0.1634 0.7479 0.1083 0.0684 0.3066 0.4627 0.2774 0.3102 0.2704 0.4360 0.3517 0.3852 0.4947 0.0041 0.0365 0.0364 0.0623 0.2786 0.3706 0.1503 0.1839 0.1853 0.2017 0.1624 0.2441 0.3614 0.3121 0.3278 0.3931 0.0241 0.0590 0.0915 0.2340 0.2341 0.1786 0.2010 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1718 0.8186 0.1589 0.1273 0.3808 0.5630 0.3593 0.4014 0.3782 0.5437 0.4618 0.4926 0.5983 0.0393 0.0859 0.1371 0.1699 0.3887 0.4799 0.2586 0.2943 0.2903 0.3104 0.2788 0.3610 0.4777 0.3643 0.3827 0.4575 0.1087 0.1493 0.1875 0.3448 0.3453 0.2601 0.2950 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.0910 0.2690 0.3781 0.4257 0.0849 0.2557 0.4322 0.4701 0.5777 0.4916 0.5179 0.5028 0.4517 0.4758 0.5505 0.6437 0.6469 0.5078 0.4994 0.7005 0.6743 0.6712 0.6435 0.6560 0.5969 0.5102 0.3955 0.4029 0.4108 0.6584 0.6664 0.6408 0.3634 0.3702 0.4358 0.4477 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.0914 0.2759 0.3833 0.4299 0.0871 0.2598 0.4382 0.4769 0.5841 0.4986 0.5230 0.5075 0.4575 0.4768 0.5530 0.6496 0.6536 0.5119 0.5036 0.7069 0.6811 0.6776 0.6502 0.6610 0.6030 0.5173 0.4000 0.4076 0.4160 0.6626 0.6712 0.6463 0.3676 0.3745 0.4428 0.4557 TFBS_ENCODE.bedL2 0.1307 0.7037 0.6313 0.6731 0.4069 0.6634 0.7915 0.8518 0.9554 0.9237 0.9044 0.8938 0.8824 0.4690 0.5861 0.8642 0.9041 0.8581 0.8544 0.9016 0.9092 0.8945 0.9028 0.9245 0.9294 0.9126 0.5974 0.6019 0.6679 0.8677 0.8919 0.9106 0.6683 0.6794 0.7465 0.8206 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.1506 0.7941 0.5904 0.6451 0.4540 0.7365 0.7973 0.8706 0.9657 0.9743 0.9318 0.9262 0.9417 0.4236 0.5508 0.8252 0.8775 0.8712 0.8903 0.9075 0.9221 0.9013 0.9160 0.9276 0.9553 0.9627 0.5900 0.6016 0.6841 0.8173 0.8523 0.8888 0.7149 0.7246 0.7474 0.8236 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.1002 0.8068 0.5331 0.6143 0.3859 0.6865 0.7052 0.7816 0.8817 0.9115 0.8056 0.7941 0.8435 0.3451 0.4743 0.7383 0.8083 0.7370 0.7592 0.8345 0.8533 0.8394 0.8571 0.8403 0.8754 0.9031 0.5643 0.5759 0.6574 0.7438 0.7658 0.8159 0.7533 0.7611 0.7199 0.7846 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1476 0.9535 0.4479 0.4884 0.4359 0.7357 0.6621 0.7377 0.8041 0.8996 0.7857 0.7905 0.8751 0.2775 0.3914 0.6022 0.6662 0.7030 0.7597 0.7185 0.7477 0.7372 0.7581 0.7269 0.7885 0.8613 0.5740 0.5916 0.6847 0.5864 0.6205 0.6732 0.6950 0.7008 0.6311 0.6948 TSS_Hoffman.bedL2 0.0685 0.4974 0.6733 0.6685 0.2085 0.3957 0.6647 0.6881 0.7524 0.6852 0.6465 0.6154 0.6039 0.4118 0.5068 0.7570 0.8008 0.6262 0.5715 0.7318 0.7320 0.7490 0.7412 0.7302 0.7185 0.6807 0.5647 0.5563 0.5748 0.8637 0.8488 0.8329 0.4475 0.4637 0.7261 0.8026 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.0747 0.5161 0.6722 0.6673 0.2099 0.4044 0.6821 0.7151 0.7701 0.7040 0.6659 0.6350 0.6221 0.4100 0.5184 0.7820 0.8261 0.6442 0.5922 0.7539 0.7542 0.7727 0.7654 0.7522 0.7377 0.7002 0.5866 0.5821 0.6035 0.8771 0.8664 0.8515 0.4660 0.4819 0.7503 0.8294 UTR_3_UCSC.bedL2 0.0787 0.5451 0.8194 0.6875 0.1842 0.3926 0.6233 0.6445 0.6619 0.6428 0.5582 0.5373 0.5654 0.2638 0.3631 0.5967 0.6463 0.5158 0.5022 0.6342 0.6444 0.6549 0.6568 0.6158 0.6339 0.6385 0.5291 0.5318 0.5609 0.6915 0.7060 0.7092 0.4056 0.4210 0.6522 0.6954 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.0694 0.5843 0.7808 0.7298 0.2085 0.4259 0.6728 0.7008 0.7094 0.6940 0.5923 0.5643 0.5981 0.2515 0.3693 0.6505 0.7115 0.5421 0.5273 0.6997 0.7107 0.7148 0.7169 0.6613 0.6880 0.6938 0.5553 0.5592 0.5925 0.7402 0.7531 0.7615 0.4712 0.4880 0.6871 0.7489 UTR_5_UCSC.bedL2 0.0461 0.3276 0.5891 0.6190 0.1228 0.2720 0.4617 0.4841 0.4909 0.4461 0.3978 0.3912 0.3875 0.2923 0.3207 0.4911 0.5126 0.3800 0.3616 0.4800 0.4805 0.4942 0.4867 0.4743 0.4754 0.4446 0.3985 0.3900 0.3901 0.5630 0.5529 0.5459 0.3168 0.3339 0.4910 0.5202 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.0626 0.5041 0.6644 0.7627 0.2119 0.4321 0.6232 0.6512 0.6527 0.6310 0.5573 0.5413 0.5553 0.3434 0.3945 0.6257 0.6682 0.5170 0.4988 0.6333 0.6407 0.6477 0.6447 0.6216 0.6467 0.6341 0.4860 0.4850 0.5070 0.6859 0.6874 0.6951 0.4690 0.4862 0.6429 0.6968 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.0866 0.4479 0.4461 0.4879 0.2751 0.4740 0.6004 0.6733 0.7760 0.7041 0.7305 0.7155 0.6674 0.4426 0.5704 0.7257 0.7653 0.7296 0.7086 0.7512 0.7485 0.7294 0.7346 0.8096 0.7656 0.7120 0.4559 0.4576 0.5080 0.7641 0.7676 0.7733 0.5765 0.5838 0.5154 0.6024 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.1001 0.5587 0.5010 0.5465 0.3192 0.5551 0.6894 0.7696 0.8671 0.8111 0.8114 0.7937 0.7666 0.4678 0.6038 0.8147 0.8605 0.7973 0.7889 0.8493 0.8508 0.8305 0.8388 0.8881 0.8614 0.8198 0.5227 0.5272 0.5894 0.8322 0.8442 0.8622 0.6452 0.6538 0.6382 0.7246 Promoter_UCSC.bedL2 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 Repressed_Hoffman.bedL2 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 TFBS_ENCODE.bedL2 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 Transcribed_Hoffman.bedL2 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 TSS_Hoffman.bedL2 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 UTR_3_UCSC.bedL2 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 UTR_5_UCSC.bedL2 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 MAF 0.0867 0.0876 0.1634 0.1718 0.0910 0.0914 0.1307 0.1506 0.1002 0.1476 0.0685 0.0747 0.0787 0.0694 0.0461 0.0626 0.0866 0.1001 baseL2 0.5316 0.5432 0.7479 0.8186 0.2690 0.2759 0.7037 0.7941 0.8068 0.9535 0.4974 0.5161 0.5451 0.5843 0.3276 0.5041 0.4479 0.5587 Coding_UCSC.bedL2 0.6918 0.6936 0.1083 0.1589 0.3781 0.3833 0.6313 0.5904 0.5331 0.4479 0.6733 0.6722 0.8194 0.7808 0.5891 0.6644 0.4461 0.5010 Coding_UCSC.extend.500.bedL2 0.7432 0.7458 0.0684 0.1273 0.4257 0.4299 0.6731 0.6451 0.6143 0.4884 0.6685 0.6673 0.6875 0.7298 0.6190 0.7627 0.4879 0.5465 Conserved_LindbladToh.bedL2 0.2226 0.2214 0.3066 0.3808 0.0849 0.0871 0.4069 0.4540 0.3859 0.4359 0.2085 0.2099 0.1842 0.2085 0.1228 0.2119 0.2751 0.3192 Conserved_LindbladToh.extend.500.bedL2 0.4122 0.4191 0.4627 0.5630 0.2557 0.2598 0.6634 0.7365 0.6865 0.7357 0.3957 0.4044 0.3926 0.4259 0.2720 0.4321 0.4740 0.5551 CTCF_Hoffman.bedL2 0.6716 0.6812 0.2774 0.3593 0.4322 0.4382 0.7915 0.7973 0.7052 0.6621 0.6647 0.6821 0.6233 0.6728 0.4617 0.6232 0.6004 0.6894 CTCF_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6887 0.6994 0.3102 0.4014 0.4701 0.4769 0.8518 0.8706 0.7816 0.7377 0.6881 0.7151 0.6445 0.7008 0.4841 0.6512 0.6733 0.7696 DGF_ENCODE.bedL2 0.6643 0.6778 0.2704 0.3782 0.5777 0.5841 0.9554 0.9657 0.8817 0.8041 0.7524 0.7701 0.6619 0.7094 0.4909 0.6527 0.7760 0.8671 DGF_ENCODE.extend.500.bedL2 0.6418 0.6558 0.4360 0.5437 0.4916 0.4986 0.9237 0.9743 0.9115 0.8996 0.6852 0.7040 0.6428 0.6940 0.4461 0.6310 0.7041 0.8111 DHS_peaks_Trynka.bedL2 0.5694 0.5810 0.3517 0.4618 0.5179 0.5230 0.9044 0.9318 0.8056 0.7857 0.6465 0.6659 0.5582 0.5923 0.3978 0.5573 0.7305 0.8114 DHS_Trynka.bedL2 0.5471 0.5582 0.3852 0.4926 0.5028 0.5075 0.8938 0.9262 0.7941 0.7905 0.6154 0.6350 0.5373 0.5643 0.3912 0.5413 0.7155 0.7937 DHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.5594 0.5724 0.4947 0.5983 0.4517 0.4575 0.8824 0.9417 0.8435 0.8751 0.6039 0.6221 0.5654 0.5981 0.3875 0.5553 0.6674 0.7666 Enhancer_Andersson.bedL2 0.3046 0.3129 0.0041 0.0393 0.4758 0.4768 0.4690 0.4236 0.3451 0.2775 0.4118 0.4100 0.2638 0.2515 0.2923 0.3434 0.4426 0.4678 Enhancer_Andersson.extend.500.bedL2 0.3781 0.3876 0.0365 0.0859 0.5505 0.5530 0.5861 0.5508 0.4743 0.3914 0.5068 0.5184 0.3631 0.3693 0.3207 0.3945 0.5704 0.6038 Enhancer_Hoffman.bedL2 0.6185 0.6265 0.0364 0.1371 0.6437 0.6496 0.8642 0.8252 0.7383 0.6022 0.7570 0.7820 0.5967 0.6505 0.4911 0.6257 0.7257 0.8147 Enhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.6668 0.6781 0.0623 0.1699 0.6469 0.6536 0.9041 0.8775 0.8083 0.6662 0.8008 0.8261 0.6463 0.7115 0.5126 0.6682 0.7653 0.8605 FetalDHS_Trynka.bedL2 0.5388 0.5482 0.2786 0.3887 0.5078 0.5119 0.8581 0.8712 0.7370 0.7030 0.6262 0.6442 0.5158 0.5421 0.3800 0.5170 0.7296 0.7973 FetalDHS_Trynka.extend.500.bedL2 0.5167 0.5276 0.3706 0.4799 0.4994 0.5036 0.8544 0.8903 0.7592 0.7597 0.5715 0.5922 0.5022 0.5273 0.3616 0.4988 0.7086 0.7889 H3K27ac_Hnisz.bedL2 0.6611 0.6765 0.1503 0.2586 0.7005 0.7069 0.9016 0.9075 0.8345 0.7185 0.7318 0.7539 0.6342 0.6997 0.4800 0.6333 0.7512 0.8493 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bedL2 0.6669 0.6825 0.1839 0.2943 0.6743 0.6811 0.9092 0.9221 0.8533 0.7477 0.7320 0.7542 0.6444 0.7107 0.4805 0.6407 0.7485 0.8508 H3K27ac_PGC2.bedL2 0.6707 0.6850 0.1853 0.2903 0.6712 0.6776 0.8945 0.9013 0.8394 0.7372 0.7490 0.7727 0.6549 0.7148 0.4942 0.6477 0.7294 0.8305 H3K27ac_PGC2.extend.500.bedL2 0.6664 0.6810 0.2017 0.3104 0.6435 0.6502 0.9028 0.9160 0.8571 0.7581 0.7412 0.7654 0.6568 0.7169 0.4867 0.6447 0.7346 0.8388 H3K4me1_peaks_Trynka.bedL2 0.6407 0.6523 0.1624 0.2788 0.6560 0.6610 0.9245 0.9276 0.8403 0.7269 0.7302 0.7522 0.6158 0.6613 0.4743 0.6216 0.8096 0.8881 H3K4me1_Trynka.bedL2 0.6586 0.6728 0.2441 0.3610 0.5969 0.6030 0.9294 0.9553 0.8754 0.7885 0.7185 0.7377 0.6339 0.6880 0.4754 0.6467 0.7656 0.8614 H3K4me1_Trynka.extend.500.bedL2 0.6405 0.6554 0.3614 0.4777 0.5102 0.5173 0.9126 0.9627 0.9031 0.8613 0.6807 0.7002 0.6385 0.6938 0.4446 0.6341 0.7120 0.8198 H3K4me3_peaks_Trynka.bedL2 0.5758 0.5807 0.3121 0.3643 0.3955 0.4000 0.5974 0.5900 0.5643 0.5740 0.5647 0.5866 0.5291 0.5553 0.3985 0.4860 0.4559 0.5227 H3K4me3_Trynka.bedL2 0.5729 0.5784 0.3278 0.3827 0.4029 0.4076 0.6019 0.6016 0.5759 0.5916 0.5563 0.5821 0.5318 0.5592 0.3900 0.4850 0.4576 0.5272 H3K4me3_Trynka.extend.500.bedL2 0.5949 0.6027 0.3931 0.4575 0.4108 0.4160 0.6679 0.6841 0.6574 0.6847 0.5748 0.6035 0.5609 0.5925 0.3901 0.5070 0.5080 0.5894 H3K9ac_peaks_Trynka.bedL2 0.7228 0.7319 0.0241 0.1087 0.6584 0.6626 0.8677 0.8173 0.7438 0.5864 0.8637 0.8771 0.6915 0.7402 0.5630 0.6859 0.7641 0.8322 H3K9ac_Trynka.bedL2 0.7234 0.7351 0.0590 0.1493 0.6664 0.6712 0.8919 0.8523 0.7658 0.6205 0.8488 0.8664 0.7060 0.7531 0.5529 0.6874 0.7676 0.8442 H3K9ac_Trynka.extend.500.bedL2 0.7205 0.7343 0.0915 0.1875 0.6408 0.6463 0.9106 0.8888 0.8159 0.6732 0.8329 0.8515 0.7092 0.7615 0.5459 0.6951 0.7733 0.8622 Intron_UCSC.bedL2 0.4560 0.4669 0.2340 0.3448 0.3634 0.3676 0.6683 0.7149 0.7533 0.6950 0.4475 0.4660 0.4056 0.4712 0.3168 0.4690 0.5765 0.6452 Intron_UCSC.extend.500.bedL2 0.4738 0.4847 0.2341 0.3453 0.3702 0.3745 0.6794 0.7246 0.7611 0.7008 0.4637 0.4819 0.4210 0.4880 0.3339 0.4862 0.5838 0.6538 PromoterFlanking_Hoffman.bedL2 0.6720 0.6846 0.1786 0.2601 0.4358 0.4428 0.7465 0.7474 0.7199 0.6311 0.7261 0.7503 0.6522 0.6871 0.4910 0.6429 0.5154 0.6382 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bedL2 0.7258 0.7398 0.2010 0.2950 0.4477 0.4557 0.8206 0.8236 0.7846 0.6948 0.8026 0.8294 0.6954 0.7489 0.5202 0.6968 0.6024 0.7246 Promoter_UCSC.bedL2 1.0000 0.9967 0.1701 0.2294 0.4827 0.4871 0.7037 0.6747 0.6207 0.5447 0.7466 0.7503 0.6662 0.7773 0.7024 0.8276 0.5184 0.5917 Promoter_UCSC.extend.500.bedL2 0.9967 1.0000 0.1745 0.2358 0.4897 0.4942 0.7144 0.6879 0.6354 0.5582 0.7507 0.7565 0.6751 0.7844 0.7022 0.8319 0.5262 0.6014 Repressed_Hoffman.bedL2 0.1701 0.1745 1.0000 0.9810 -0.0932 -0.0897 0.2272 0.3465 0.2919 0.6609 0.0532 0.0607 0.1680 0.1743 0.0464 0.1393 -0.0101 0.0561 Repressed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.2294 0.2358 0.9810 1.0000 -0.0361 -0.0315 0.3324 0.4562 0.4096 0.7549 0.1259 0.1386 0.2334 0.2483 0.0877 0.2005 0.0933 0.1724 SuperEnhancer_Hnisz.bedL2 0.4827 0.4897 -0.0932 -0.0361 1.0000 0.9997 0.5960 0.5376 0.4483 0.3116 0.5392 0.5538 0.3758 0.4288 0.4113 0.4568 0.5632 0.5839 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bedL2 0.4871 0.4942 -0.0897 -0.0315 0.9997 1.0000 0.6021 0.5443 0.4550 0.3186 0.5450 0.5598 0.3821 0.4359 0.4135 0.4607 0.5668 0.5889 TFBS_ENCODE.bedL2 0.7037 0.7144 0.2272 0.3324 0.5960 0.6021 1.0000 0.9718 0.8439 0.7571 0.8153 0.8324 0.6769 0.7259 0.5396 0.6884 0.7797 0.8681 TFBS_ENCODE.extend.500.bedL2 0.6747 0.6879 0.3465 0.4562 0.5376 0.5443 0.9718 1.0000 0.8904 0.8449 0.7435 0.7659 0.6628 0.7128 0.4899 0.6658 0.7435 0.8478 Transcribed_Hoffman.bedL2 0.6207 0.6354 0.2919 0.4096 0.4483 0.4550 0.8439 0.8904 1.0000 0.9005 0.6703 0.6835 0.6455 0.7006 0.4329 0.6255 0.6595 0.7651 Transcribed_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5447 0.5582 0.6609 0.7549 0.3116 0.3186 0.7571 0.8449 0.9005 1.0000 0.5456 0.5615 0.5693 0.6168 0.3510 0.5368 0.5194 0.6318 TSS_Hoffman.bedL2 0.7466 0.7507 0.0532 0.1259 0.5392 0.5450 0.8153 0.7435 0.6703 0.5456 1.0000 0.9784 0.6933 0.7443 0.5926 0.7005 0.6318 0.7118 TSS_Hoffman.extend.500.bedL2 0.7503 0.7565 0.0607 0.1386 0.5538 0.5598 0.8324 0.7659 0.6835 0.5615 0.9784 1.0000 0.7021 0.7612 0.5839 0.6979 0.6650 0.7503 UTR_3_UCSC.bedL2 0.6662 0.6751 0.1680 0.2334 0.3758 0.3821 0.6769 0.6628 0.6455 0.5693 0.6933 0.7021 1.0000 0.9149 0.5039 0.6199 0.5040 0.5821 UTR_3_UCSC.extend.500.bedL2 0.7773 0.7844 0.1743 0.2483 0.4288 0.4359 0.7259 0.7128 0.7006 0.6168 0.7443 0.7612 0.9149 1.0000 0.5623 0.7024 0.5414 0.6285 UTR_5_UCSC.bedL2 0.7024 0.7022 0.0464 0.0877 0.4113 0.4135 0.5396 0.4899 0.4329 0.3510 0.5926 0.5839 0.5039 0.5623 1.0000 0.8664 0.4184 0.4570 UTR_5_UCSC.extend.500.bedL2 0.8276 0.8319 0.1393 0.2005 0.4568 0.4607 0.6884 0.6658 0.6255 0.5368 0.7005 0.6979 0.6199 0.7024 0.8664 1.0000 0.4997 0.5720 WeakEnhancer_Hoffman.bedL2 0.5184 0.5262 -0.0101 0.0933 0.5632 0.5668 0.7797 0.7435 0.6595 0.5194 0.6318 0.6650 0.5040 0.5414 0.4184 0.4997 1.0000 0.9292 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bedL2 0.5917 0.6014 0.0561 0.1724 0.5839 0.5889 0.8681 0.8478 0.7651 0.6318 0.7118 0.7503 0.5821 0.6285 0.4570 0.5720 0.9292 1.0000 LD Score Matrix Condition Number 1051.4017 Annotation Correlation Matrix base Coding_UCSC.bed Coding_UCSC.extend.500.bed Conserved_LindbladToh.bed Conserved_LindbladToh.extend.500.bed CTCF_Hoffman.bed CTCF_Hoffman.extend.500.bed DGF_ENCODE.bed DGF_ENCODE.extend.500.bed DHS_peaks_Trynka.bed DHS_Trynka.bed DHS_Trynka.extend.500.bed Enhancer_Andersson.bed Enhancer_Andersson.extend.500.bed Enhancer_Hoffman.bed Enhancer_Hoffman.extend.500.bed FetalDHS_Trynka.bed FetalDHS_Trynka.extend.500.bed H3K27ac_Hnisz.bed H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed H3K27ac_PGC2.bed H3K27ac_PGC2.extend.500.bed H3K4me1_peaks_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.bed H3K4me1_Trynka.extend.500.bed H3K4me3_peaks_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.bed H3K4me3_Trynka.extend.500.bed H3K9ac_peaks_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.bed H3K9ac_Trynka.extend.500.bed Intron_UCSC.bed Intron_UCSC.extend.500.bed PromoterFlanking_Hoffman.bed PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed Promoter_UCSC.bed Promoter_UCSC.extend.500.bed Repressed_Hoffman.bed \ base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed NaN 1.0000 0.4710 0.2276 0.1301 0.0147 0.0258 0.0576 0.0549 0.0486 0.0492 0.0451 -0.0073 -0.0134 0.0338 0.0396 0.0491 0.0395 0.0545 0.0529 0.0538 0.0515 0.0505 0.0733 0.0630 0.0634 0.0799 0.0658 0.0615 0.0903 0.0851 -0.0730 0.0351 0.0053 0.0160 0.1155 0.1116 -0.0714 Coding_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4710 1.0000 0.1294 0.3188 0.0178 0.0355 0.0809 0.0997 0.0679 0.0716 0.0791 -0.0131 -0.0163 0.0548 0.0734 0.0749 0.0695 0.1061 0.1042 0.0968 0.0979 0.0741 0.1370 0.1327 0.0932 0.1227 0.1082 0.1032 0.1583 0.1663 0.1490 0.2103 0.0225 0.0522 0.2309 0.2240 -0.1414 Conserved_LindbladToh.bed NaN 0.2276 0.1294 1.0000 0.2413 0.0092 0.0073 0.0858 0.0665 0.1333 0.1386 0.0907 0.0124 0.0091 0.0413 0.0380 0.1455 0.1046 0.0423 0.0411 0.0548 0.0489 0.0730 0.0968 0.0777 0.0530 0.0719 0.0560 0.0422 0.0736 0.0635 0.0058 0.0471 0.0134 0.0207 0.0514 0.0486 -0.0282 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed NaN 0.1301 0.3188 0.2413 1.0000 0.0388 0.0385 0.1034 0.1741 0.1575 0.1904 0.2459 0.0191 0.0358 0.0895 0.1015 0.1810 0.2554 0.1352 0.1372 0.1471 0.1435 0.1576 0.2400 0.2366 0.0812 0.1171 0.1126 0.0976 0.1626 0.1673 0.1596 0.1803 0.0312 0.0547 0.1011 0.0986 -0.0790 CTCF_Hoffman.bed NaN 0.0147 0.0178 0.0092 0.0388 1.0000 0.5644 0.1124 0.1101 0.1134 0.1218 0.1020 0.0044 0.0059 0.0343 0.0581 0.1139 0.1112 0.0444 0.0463 0.0498 0.0499 0.0700 0.0749 0.0665 0.0390 0.0605 0.0635 0.0554 0.0841 0.0956 0.0022 0.0051 -0.0039 0.0235 0.0184 0.0189 -0.1359 CTCF_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0258 0.0355 0.0073 0.0385 0.5644 1.0000 0.0861 0.1527 0.0845 0.0932 0.1427 0.0100 0.0147 0.0531 0.0874 0.0869 0.1406 0.0713 0.0772 0.0781 0.0820 0.0811 0.0999 0.1039 0.0434 0.0675 0.0891 0.0713 0.1118 0.1385 0.0080 0.0116 0.0074 0.0384 0.0322 0.0341 -0.1184 DGF_ENCODE.bed NaN 0.0576 0.0809 0.0858 0.1034 0.1124 0.0861 1.0000 0.3681 0.5060 0.4869 0.2626 0.0881 0.0792 0.1908 0.1850 0.3392 0.2208 0.2053 0.1984 0.2255 0.2114 0.2867 0.2925 0.2205 0.1783 0.2362 0.2040 0.1660 0.2491 0.2379 0.0503 0.0631 0.0636 0.0981 0.1042 0.1038 -0.1790 DGF_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0549 0.0997 0.0665 0.1741 0.1101 0.1527 0.3681 1.0000 0.2603 0.3231 0.5509 0.0468 0.0903 0.1727 0.2387 0.2166 0.3654 0.3314 0.3356 0.3332 0.3352 0.3039 0.4571 0.4546 0.1367 0.2340 0.2894 0.1523 0.2755 0.3387 0.1014 0.1103 0.0701 0.1315 0.1070 0.1111 -0.2435 DHS_peaks_Trynka.bed NaN 0.0486 0.0679 0.1333 0.1575 0.1134 0.0845 0.5060 0.2603 1.0000 0.7750 0.3600 0.1009 0.0904 0.2079 0.1900 0.6464 0.3672 0.1904 0.1824 0.2226 0.1985 0.3029 0.2994 0.2228 0.2123 0.2525 0.2109 0.1967 0.2661 0.2370 0.0481 0.0600 0.0431 0.0829 0.0921 0.0854 -0.1428 DHS_Trynka.bed NaN 0.0492 0.0716 0.1386 0.1904 0.1218 0.0932 0.4869 0.3231 0.7750 1.0000 0.4546 0.0995 0.1074 0.2373 0.2184 0.6753 0.4318 0.2274 0.2190 0.2632 0.2353 0.3483 0.3625 0.2738 0.2262 0.2803 0.2409 0.2159 0.2990 0.2693 0.0568 0.0684 0.0466 0.0883 0.0927 0.0871 -0.1670 DHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0451 0.0791 0.0907 0.2459 0.1020 0.1427 0.2626 0.5509 0.3600 0.4546 1.0000 0.0527 0.1035 0.1822 0.2435 0.3070 0.6332 0.3015 0.3082 0.3243 0.3131 0.3152 0.4744 0.4725 0.1375 0.2202 0.2741 0.1534 0.2722 0.3248 0.1030 0.1102 0.0502 0.1065 0.0869 0.0840 -0.1882 Enhancer_Andersson.bed NaN -0.0073 -0.0131 0.0124 0.0191 0.0044 0.0100 0.0881 0.0468 0.1009 0.0995 0.0527 1.0000 0.4800 0.0943 0.0836 0.1199 0.0713 0.0619 0.0585 0.0785 0.0680 0.0677 0.0592 0.0435 0.0683 0.0844 0.0691 0.0545 0.0809 0.0715 0.0131 0.0120 0.0110 0.0230 0.0117 0.0162 -0.0389 Enhancer_Andersson.extend.500.bed NaN -0.0134 -0.0163 0.0091 0.0358 0.0059 0.0147 0.0792 0.0903 0.0904 0.1074 0.1035 0.4800 1.0000 0.1459 0.1542 0.1089 0.1354 0.1215 0.1157 0.1505 0.1324 0.1134 0.1133 0.0862 0.0981 0.1456 0.1299 0.0954 0.1440 0.1323 0.0260 0.0242 0.0257 0.0504 0.0267 0.0309 -0.0704 Enhancer_Hoffman.bed NaN 0.0338 0.0548 0.0413 0.0895 0.0343 0.0531 0.1908 0.1727 0.2079 0.2373 0.1822 0.0943 0.1459 1.0000 0.6561 0.2125 0.2181 0.2201 0.2085 0.2975 0.2597 0.2539 0.2162 0.1550 0.2299 0.2822 0.2346 0.2351 0.3092 0.2604 0.0450 0.0525 0.0508 0.1427 0.1129 0.1100 -0.1741 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0396 0.0734 0.0380 0.1015 0.0581 0.0874 0.1850 0.2387 0.1900 0.2184 0.2435 0.0836 0.1542 0.6561 1.0000 0.1988 0.2682 0.3040 0.3003 0.4086 0.3754 0.2650 0.2867 0.2299 0.2107 0.3129 0.3200 0.2233 0.3525 0.3631 0.0650 0.0750 0.0977 0.2345 0.1661 0.1643 -0.2469 FetalDHS_Trynka.bed NaN 0.0491 0.0749 0.1455 0.1810 0.1139 0.0869 0.3392 0.2166 0.6464 0.6753 0.3070 0.1199 0.1089 0.2125 0.1988 1.0000 0.4848 0.1933 0.1844 0.2256 0.1999 0.2920 0.2820 0.2093 0.2433 0.2791 0.2281 0.2239 0.2888 0.2488 0.0477 0.0611 0.0352 0.0913 0.1115 0.1029 -0.1265 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0395 0.0695 0.1046 0.2554 0.1112 0.1406 0.2208 0.3654 0.3672 0.4318 0.6332 0.0713 0.1354 0.2181 0.2682 0.4848 1.0000 0.2947 0.2964 0.3242 0.3043 0.3290 0.4323 0.3846 0.1782 0.2695 0.3056 0.1948 0.3187 0.3475 0.0947 0.1027 0.0517 0.1177 0.1091 0.1017 -0.1659 H3K27ac_Hnisz.bed NaN 0.0545 0.1061 0.0423 0.1352 0.0444 0.0713 0.2053 0.3314 0.1904 0.2274 0.3015 0.0619 0.1215 0.2201 0.3040 0.1933 0.2947 1.0000 0.9320 0.5298 0.5588 0.3124 0.4622 0.4326 0.1532 0.2689 0.3261 0.1866 0.3485 0.4239 0.1864 0.1952 0.0719 0.1362 0.1315 0.1422 -0.2733 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0529 0.1042 0.0411 0.1372 0.0463 0.0772 0.1984 0.3356 0.1824 0.2190 0.3082 0.0585 0.1157 0.2085 0.3003 0.1844 0.2964 0.9320 1.0000 0.5369 0.5788 0.3032 0.4642 0.4553 0.1446 0.2570 0.3246 0.1773 0.3345 0.4238 0.1850 0.1935 0.0716 0.1392 0.1291 0.1398 -0.2720 H3K27ac_PGC2.bed NaN 0.0538 0.0968 0.0548 0.1471 0.0498 0.0781 0.2255 0.3332 0.2226 0.2632 0.3243 0.0785 0.1505 0.2975 0.4086 0.2256 0.3242 0.5298 0.5369 1.0000 0.8514 0.3557 0.4836 0.4101 0.2188 0.3773 0.4310 0.2416 0.4393 0.5056 0.1496 0.1598 0.1073 0.1949 0.1799 0.1856 -0.2808 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed NaN 0.0515 0.0979 0.0489 0.1435 0.0499 0.0820 0.2114 0.3352 0.1985 0.2353 0.3131 0.0680 0.1324 0.2597 0.3754 0.1999 0.3043 0.5588 0.5788 0.8514 1.0000 0.3359 0.4903 0.4435 0.1908 0.3373 0.4074 0.2151 0.3992 0.4897 0.1626 0.1722 0.1019 0.1859 0.1736 0.1827 -0.2879 H3K4me1_peaks_Trynka.bed NaN 0.0505 0.0741 0.0730 0.1576 0.0700 0.0811 0.2867 0.3039 0.3029 0.3483 0.3152 0.0677 0.1134 0.2539 0.2650 0.2920 0.3290 0.3124 0.3032 0.3557 0.3359 1.0000 0.5289 0.3675 0.2586 0.3516 0.3134 0.2877 0.3979 0.3653 0.1289 0.1368 0.1205 0.1648 0.1200 0.1221 -0.2222 H3K4me1_Trynka.bed NaN 0.0733 0.1370 0.0968 0.2400 0.0749 0.0999 0.2925 0.4571 0.2994 0.3625 0.4744 0.0592 0.1133 0.2162 0.2867 0.2820 0.4323 0.4622 0.4642 0.4836 0.4903 0.5289 1.0000 0.6882 0.1846 0.3199 0.3897 0.2122 0.3928 0.4745 0.2043 0.2154 0.0958 0.1657 0.1351 0.1423 -0.2894 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0630 0.1327 0.0777 0.2366 0.0665 0.1039 0.2205 0.4546 0.2228 0.2738 0.4725 0.0435 0.0862 0.1550 0.2299 0.2093 0.3846 0.4326 0.4553 0.4101 0.4435 0.3675 0.6882 1.0000 0.1221 0.2188 0.3027 0.1501 0.2839 0.3951 0.2228 0.2323 0.0691 0.1348 0.1145 0.1219 -0.2625 H3K4me3_peaks_Trynka.bed NaN 0.0634 0.0932 0.0530 0.0812 0.0390 0.0434 0.1783 0.1367 0.2123 0.2262 0.1375 0.0683 0.0981 0.2299 0.2107 0.2433 0.1782 0.1532 0.1446 0.2188 0.1908 0.2586 0.1846 0.1221 1.0000 0.5292 0.3563 0.3658 0.3439 0.2604 0.0365 0.0500 0.1000 0.1554 0.1606 0.1558 -0.1298 H3K4me3_Trynka.bed NaN 0.0799 0.1227 0.0719 0.1171 0.0605 0.0675 0.2362 0.2340 0.2525 0.2803 0.2202 0.0844 0.1456 0.2822 0.3129 0.2791 0.2695 0.2689 0.2570 0.3773 0.3373 0.3516 0.3199 0.2188 0.5292 1.0000 0.6650 0.3309 0.5240 0.4472 0.0712 0.0881 0.1719 0.2622 0.2369 0.2391 -0.2131 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0658 0.1082 0.0560 0.1126 0.0635 0.0891 0.2040 0.2894 0.2109 0.2409 0.2741 0.0691 0.1299 0.2346 0.3200 0.2281 0.3056 0.3261 0.3246 0.4310 0.4074 0.3134 0.3897 0.3027 0.3563 0.6650 1.0000 0.2495 0.4553 0.5198 0.0844 0.0972 0.1290 0.2413 0.1988 0.2044 -0.2297 H3K9ac_peaks_Trynka.bed NaN 0.0615 0.1032 0.0422 0.0976 0.0554 0.0713 0.1660 0.1523 0.1967 0.2159 0.1534 0.0545 0.0954 0.2351 0.2233 0.2239 0.1948 0.1866 0.1773 0.2416 0.2151 0.2877 0.2122 0.1501 0.3658 0.3309 0.2495 1.0000 0.5214 0.3642 0.0620 0.0744 0.0918 0.1463 0.1577 0.1535 -0.1377 H3K9ac_Trynka.bed NaN 0.0903 0.1583 0.0736 0.1626 0.0841 0.1118 0.2491 0.2755 0.2661 0.2990 0.2722 0.0809 0.1440 0.3092 0.3525 0.2888 0.3187 0.3485 0.3345 0.4393 0.3992 0.3979 0.3928 0.2839 0.3439 0.5240 0.4553 0.5214 1.0000 0.6924 0.1128 0.1315 0.1532 0.2416 0.2378 0.2399 -0.2376 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed NaN 0.0851 0.1663 0.0635 0.1673 0.0956 0.1385 0.2379 0.3387 0.2370 0.2693 0.3248 0.0715 0.1323 0.2604 0.3631 0.2488 0.3475 0.4239 0.4238 0.5056 0.4897 0.3653 0.4745 0.3951 0.2604 0.4472 0.5198 0.3642 0.6924 1.0000 0.1440 0.1601 0.1311 0.2434 0.2166 0.2234 -0.2837 Intron_UCSC.bed NaN -0.0730 0.1490 0.0058 0.1596 0.0022 0.0080 0.0503 0.1014 0.0481 0.0568 0.1030 0.0131 0.0260 0.0450 0.0650 0.0477 0.0947 0.1864 0.1850 0.1496 0.1626 0.1289 0.2043 0.2228 0.0365 0.0712 0.0844 0.0620 0.1128 0.1440 1.0000 0.9822 0.0327 0.0304 0.0570 0.0655 -0.2213 Intron_UCSC.extend.500.bed NaN 0.0351 0.2103 0.0471 0.1803 0.0051 0.0116 0.0631 0.1103 0.0600 0.0684 0.1102 0.0120 0.0242 0.0525 0.0750 0.0611 0.1027 0.1952 0.1935 0.1598 0.1722 0.1368 0.2154 0.2323 0.0500 0.0881 0.0972 0.0744 0.1315 0.1601 0.9822 1.0000 0.0336 0.0370 0.0893 0.0959 -0.2316 PromoterFlanking_Hoffman.bed NaN 0.0053 0.0225 0.0134 0.0312 -0.0039 0.0074 0.0636 0.0701 0.0431 0.0466 0.0502 0.0110 0.0257 0.0508 0.0977 0.0352 0.0517 0.0719 0.0716 0.1073 0.1019 0.1205 0.0958 0.0691 0.1000 0.1719 0.1290 0.0918 0.1532 0.1311 0.0327 0.0336 1.0000 0.4953 0.1190 0.1321 -0.0808 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0160 0.0522 0.0207 0.0547 0.0235 0.0384 0.0981 0.1315 0.0829 0.0883 0.1065 0.0230 0.0504 0.1427 0.2345 0.0913 0.1177 0.1362 0.1392 0.1949 0.1859 0.1648 0.1657 0.1348 0.1554 0.2622 0.2413 0.1463 0.2416 0.2434 0.0304 0.0370 0.4953 1.0000 0.2184 0.2270 -0.1381 Promoter_UCSC.bed NaN 0.1155 0.2309 0.0514 0.1011 0.0184 0.0322 0.1042 0.1070 0.0921 0.0927 0.0869 0.0117 0.0267 0.1129 0.1661 0.1115 0.1091 0.1315 0.1291 0.1799 0.1736 0.1200 0.1351 0.1145 0.1606 0.2369 0.1988 0.1577 0.2378 0.2166 0.0570 0.0893 0.1190 0.2184 1.0000 0.8996 -0.1064 Promoter_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1116 0.2240 0.0486 0.0986 0.0189 0.0341 0.1038 0.1111 0.0854 0.0871 0.0840 0.0162 0.0309 0.1100 0.1643 0.1029 0.1017 0.1422 0.1398 0.1856 0.1827 0.1221 0.1423 0.1219 0.1558 0.2391 0.2044 0.1535 0.2399 0.2234 0.0655 0.0959 0.1321 0.2270 0.8996 1.0000 -0.1124 Repressed_Hoffman.bed NaN -0.0714 -0.1414 -0.0282 -0.0790 -0.1359 -0.1184 -0.1790 -0.2435 -0.1428 -0.1670 -0.1882 -0.0389 -0.0704 -0.1741 -0.2469 -0.1265 -0.1659 -0.2733 -0.2720 -0.2808 -0.2879 -0.2222 -0.2894 -0.2625 -0.1298 -0.2131 -0.2297 -0.1377 -0.2376 -0.2837 -0.2213 -0.2316 -0.0808 -0.1381 -0.1064 -0.1124 1.0000 Repressed_Hoffman.extend.500.bed NaN -0.1154 -0.2323 -0.0353 -0.1114 -0.0649 -0.0879 -0.1906 -0.2635 -0.1495 -0.1703 -0.2035 -0.0565 -0.1028 -0.2726 -0.3562 -0.1438 -0.1932 -0.3686 -0.3628 -0.3830 -0.3884 -0.2636 -0.3506 -0.3182 -0.1732 -0.2862 -0.3025 -0.1958 -0.3322 -0.3853 -0.3020 -0.3187 -0.1021 -0.1732 -0.1665 -0.1761 0.5742 SuperEnhancer_Hnisz.bed NaN 0.0533 0.0872 0.0208 0.0722 0.0224 0.0392 0.1420 0.2007 0.1110 0.1270 0.1663 0.0708 0.1322 0.1861 0.2391 0.1098 0.1711 0.5048 0.4705 0.3935 0.3889 0.2254 0.2957 0.2532 0.1291 0.2293 0.2454 0.1615 0.2978 0.3285 0.1486 0.1555 0.0510 0.0925 0.1203 0.1295 -0.2009 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed NaN 0.0532 0.0873 0.0203 0.0716 0.0230 0.0407 0.1415 0.2016 0.1099 0.1260 0.1664 0.0699 0.1313 0.1855 0.2405 0.1089 0.1710 0.5040 0.4764 0.3968 0.3938 0.2244 0.2963 0.2560 0.1279 0.2285 0.2467 0.1604 0.2969 0.3302 0.1480 0.1548 0.0525 0.0950 0.1221 0.1313 -0.2019 TFBS_ENCODE.bed NaN 0.0686 0.1037 0.0773 0.1259 0.2329 0.1754 0.3706 0.2883 0.3660 0.4191 0.2798 0.1000 0.1209 0.3087 0.3101 0.3259 0.2749 0.2323 0.2241 0.2783 0.2519 0.2858 0.2819 0.2152 0.2380 0.3100 0.2698 0.2161 0.3085 0.2842 0.0465 0.0618 0.0688 0.1424 0.1523 0.1470 -0.2167 TFBS_ENCODE.extend.500.bed NaN 0.0582 0.0943 0.0592 0.1504 0.1764 0.2679 0.2488 0.4282 0.2451 0.2996 0.4251 0.0633 0.1206 0.2496 0.3402 0.2215 0.3526 0.3108 0.3121 0.3486 0.3359 0.2855 0.3716 0.3389 0.1694 0.2763 0.3181 0.1794 0.3083 0.3467 0.0753 0.0855 0.0822 0.1633 0.1327 0.1326 -0.2478 Transcribed_Hoffman.bed NaN 0.0661 0.1376 0.0007 0.0345 -0.0296 -0.0068 0.0351 0.0774 -0.0064 -0.0058 0.0263 -0.0002 0.0038 0.0042 0.0193 -0.0181 0.0036 0.1403 0.1381 0.0964 0.1150 0.0750 0.1314 0.1393 0.0012 0.0274 0.0505 0.0301 0.0652 0.1103 0.2973 0.3014 0.0017 -0.0062 0.0057 0.0142 -0.6315 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0115 0.0274 -0.0187 -0.0170 -0.0246 -0.0232 -0.0316 -0.0158 -0.0565 -0.0620 -0.0419 -0.0122 -0.0221 -0.0612 -0.0593 -0.0651 -0.0592 0.0054 0.0066 -0.0225 -0.0103 -0.0217 -0.0079 0.0130 -0.0625 -0.0674 -0.0444 -0.0373 -0.0476 -0.0258 0.1800 0.1759 -0.0156 -0.0407 -0.0639 -0.0595 -0.2056 TSS_Hoffman.bed NaN 0.0893 0.1633 0.0494 0.0869 0.0226 0.0343 0.1710 0.1145 0.1854 0.1856 0.1176 0.0747 0.1017 0.1679 0.2337 0.2262 0.1634 0.1444 0.1357 0.2107 0.1808 0.1623 0.1359 0.1009 0.2834 0.2917 0.2037 0.2704 0.3057 0.2246 0.0302 0.0594 0.0930 0.2298 0.3313 0.3128 -0.1132 TSS_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0781 0.1454 0.0430 0.0866 0.0442 0.0617 0.1619 0.1527 0.1636 0.1700 0.1490 0.0688 0.1225 0.2633 0.3574 0.2005 0.1948 0.1902 0.1842 0.2737 0.2433 0.1991 0.1824 0.1387 0.2627 0.3485 0.2727 0.2612 0.3577 0.2988 0.0362 0.0600 0.1933 0.3677 0.3509 0.3380 -0.1563 UTR_3_UCSC.bed NaN 0.5771 0.2873 0.0631 0.0736 0.0102 0.0215 0.0316 0.0423 0.0222 0.0225 0.0306 -0.0062 -0.0128 0.0167 0.0224 0.0216 0.0262 0.0418 0.0409 0.0417 0.0409 0.0331 0.0536 0.0488 0.0282 0.0473 0.0441 0.0329 0.0621 0.0656 -0.0411 -0.0035 0.0074 0.0122 0.0736 0.0759 -0.0615 UTR_3_UCSC.extend.500.bed NaN 0.4300 0.4251 0.0638 0.1278 0.0137 0.0272 0.0487 0.0616 0.0297 0.0309 0.0394 -0.0094 -0.0145 0.0280 0.0372 0.0285 0.0315 0.0606 0.0602 0.0609 0.0619 0.0424 0.0768 0.0726 0.0420 0.0727 0.0689 0.0485 0.0900 0.0980 0.0094 0.0477 0.0114 0.0209 0.1613 0.1597 -0.0867 UTR_5_UCSC.bed NaN 0.2849 0.1603 0.0725 0.0588 0.0070 0.0128 0.0505 0.0421 0.0501 0.0505 0.0343 -0.0041 -0.0073 0.0374 0.0487 0.0611 0.0426 0.0468 0.0457 0.0615 0.0558 0.0414 0.0517 0.0409 0.0732 0.0774 0.0591 0.0739 0.0889 0.0758 -0.0098 0.0449 0.0102 0.0278 0.2174 0.2064 -0.0461 UTR_5_UCSC.extend.500.bed NaN 0.1750 0.4229 0.0703 0.1532 0.0131 0.0212 0.0882 0.0815 0.0890 0.0907 0.0701 -0.0075 -0.0039 0.0805 0.1037 0.1116 0.0864 0.0942 0.0914 0.1158 0.1084 0.0813 0.1029 0.0882 0.1361 0.1560 0.1200 0.1359 0.1696 0.1493 0.0740 0.1219 0.0364 0.0922 0.4198 0.3956 -0.0938 WeakEnhancer_Hoffman.bed NaN 0.0078 0.0107 0.0199 0.0411 0.0283 0.0488 0.1529 0.1161 0.1565 0.1746 0.1208 0.0602 0.0662 0.0890 0.1419 0.1369 0.1233 0.1037 0.1021 0.1336 0.1224 0.1974 0.1462 0.1044 0.1176 0.1531 0.1355 0.1209 0.1607 0.1507 0.0287 0.0296 0.0214 0.0633 0.0307 0.0326 -0.1200 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed NaN 0.0148 0.0228 0.0252 0.0714 0.0735 0.1068 0.1538 0.2307 0.1573 0.1854 0.2337 0.0590 0.0975 0.1898 0.2880 0.1507 0.2229 0.2051 0.2066 0.2516 0.2432 0.2473 0.2659 0.2173 0.1276 0.2123 0.2462 0.1438 0.2403 0.2815 0.0556 0.0571 0.0597 0.1373 0.0608 0.0648 -0.2060 Repressed_Hoffman.extend.500.bed SuperEnhancer_Hnisz.bed SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed TFBS_ENCODE.bed TFBS_ENCODE.extend.500.bed Transcribed_Hoffman.bed Transcribed_Hoffman.extend.500.bed TSS_Hoffman.bed TSS_Hoffman.extend.500.bed UTR_3_UCSC.bed UTR_3_UCSC.extend.500.bed UTR_5_UCSC.bed UTR_5_UCSC.extend.500.bed WeakEnhancer_Hoffman.bed WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed base NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN Coding_UCSC.bed -0.1154 0.0533 0.0532 0.0686 0.0582 0.0661 0.0115 0.0893 0.0781 0.5771 0.4300 0.2849 0.1750 0.0078 0.0148 Coding_UCSC.extend.500.bed -0.2323 0.0872 0.0873 0.1037 0.0943 0.1376 0.0274 0.1633 0.1454 0.2873 0.4251 0.1603 0.4229 0.0107 0.0228 Conserved_LindbladToh.bed -0.0353 0.0208 0.0203 0.0773 0.0592 0.0007 -0.0187 0.0494 0.0430 0.0631 0.0638 0.0725 0.0703 0.0199 0.0252 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed -0.1114 0.0722 0.0716 0.1259 0.1504 0.0345 -0.0170 0.0869 0.0866 0.0736 0.1278 0.0588 0.1532 0.0411 0.0714 CTCF_Hoffman.bed -0.0649 0.0224 0.0230 0.2329 0.1764 -0.0296 -0.0246 0.0226 0.0442 0.0102 0.0137 0.0070 0.0131 0.0283 0.0735 CTCF_Hoffman.extend.500.bed -0.0879 0.0392 0.0407 0.1754 0.2679 -0.0068 -0.0232 0.0343 0.0617 0.0215 0.0272 0.0128 0.0212 0.0488 0.1068 DGF_ENCODE.bed -0.1906 0.1420 0.1415 0.3706 0.2488 0.0351 -0.0316 0.1710 0.1619 0.0316 0.0487 0.0505 0.0882 0.1529 0.1538 DGF_ENCODE.extend.500.bed -0.2635 0.2007 0.2016 0.2883 0.4282 0.0774 -0.0158 0.1145 0.1527 0.0423 0.0616 0.0421 0.0815 0.1161 0.2307 DHS_peaks_Trynka.bed -0.1495 0.1110 0.1099 0.3660 0.2451 -0.0064 -0.0565 0.1854 0.1636 0.0222 0.0297 0.0501 0.0890 0.1565 0.1573 DHS_Trynka.bed -0.1703 0.1270 0.1260 0.4191 0.2996 -0.0058 -0.0620 0.1856 0.1700 0.0225 0.0309 0.0505 0.0907 0.1746 0.1854 DHS_Trynka.extend.500.bed -0.2035 0.1663 0.1664 0.2798 0.4251 0.0263 -0.0419 0.1176 0.1490 0.0306 0.0394 0.0343 0.0701 0.1208 0.2337 Enhancer_Andersson.bed -0.0565 0.0708 0.0699 0.1000 0.0633 -0.0002 -0.0122 0.0747 0.0688 -0.0062 -0.0094 -0.0041 -0.0075 0.0602 0.0590 Enhancer_Andersson.extend.500.bed -0.1028 0.1322 0.1313 0.1209 0.1206 0.0038 -0.0221 0.1017 0.1225 -0.0128 -0.0145 -0.0073 -0.0039 0.0662 0.0975 Enhancer_Hoffman.bed -0.2726 0.1861 0.1855 0.3087 0.2496 0.0042 -0.0612 0.1679 0.2633 0.0167 0.0280 0.0374 0.0805 0.0890 0.1898 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.3562 0.2391 0.2405 0.3101 0.3402 0.0193 -0.0593 0.2337 0.3574 0.0224 0.0372 0.0487 0.1037 0.1419 0.2880 FetalDHS_Trynka.bed -0.1438 0.1098 0.1089 0.3259 0.2215 -0.0181 -0.0651 0.2262 0.2005 0.0216 0.0285 0.0611 0.1116 0.1369 0.1507 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed -0.1932 0.1711 0.1710 0.2749 0.3526 0.0036 -0.0592 0.1634 0.1948 0.0262 0.0315 0.0426 0.0864 0.1233 0.2229 H3K27ac_Hnisz.bed -0.3686 0.5048 0.5040 0.2323 0.3108 0.1403 0.0054 0.1444 0.1902 0.0418 0.0606 0.0468 0.0942 0.1037 0.2051 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed -0.3628 0.4705 0.4764 0.2241 0.3121 0.1381 0.0066 0.1357 0.1842 0.0409 0.0602 0.0457 0.0914 0.1021 0.2066 H3K27ac_PGC2.bed -0.3830 0.3935 0.3968 0.2783 0.3486 0.0964 -0.0225 0.2107 0.2737 0.0417 0.0609 0.0615 0.1158 0.1336 0.2516 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed -0.3884 0.3889 0.3938 0.2519 0.3359 0.1150 -0.0103 0.1808 0.2433 0.0409 0.0619 0.0558 0.1084 0.1224 0.2432 H3K4me1_peaks_Trynka.bed -0.2636 0.2254 0.2244 0.2858 0.2855 0.0750 -0.0217 0.1623 0.1991 0.0331 0.0424 0.0414 0.0813 0.1974 0.2473 H3K4me1_Trynka.bed -0.3506 0.2957 0.2963 0.2819 0.3716 0.1314 -0.0079 0.1359 0.1824 0.0536 0.0768 0.0517 0.1029 0.1462 0.2659 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed -0.3182 0.2532 0.2560 0.2152 0.3389 0.1393 0.0130 0.1009 0.1387 0.0488 0.0726 0.0409 0.0882 0.1044 0.2173 H3K4me3_peaks_Trynka.bed -0.1732 0.1291 0.1279 0.2380 0.1694 0.0012 -0.0625 0.2834 0.2627 0.0282 0.0420 0.0732 0.1361 0.1176 0.1276 H3K4me3_Trynka.bed -0.2862 0.2293 0.2285 0.3100 0.2763 0.0274 -0.0674 0.2917 0.3485 0.0473 0.0727 0.0774 0.1560 0.1531 0.2123 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed -0.3025 0.2454 0.2467 0.2698 0.3181 0.0505 -0.0444 0.2037 0.2727 0.0441 0.0689 0.0591 0.1200 0.1355 0.2462 H3K9ac_peaks_Trynka.bed -0.1958 0.1615 0.1604 0.2161 0.1794 0.0301 -0.0373 0.2704 0.2612 0.0329 0.0485 0.0739 0.1359 0.1209 0.1438 H3K9ac_Trynka.bed -0.3322 0.2978 0.2969 0.3085 0.3083 0.0652 -0.0476 0.3057 0.3577 0.0621 0.0900 0.0889 0.1696 0.1607 0.2403 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed -0.3853 0.3285 0.3302 0.2842 0.3467 0.1103 -0.0258 0.2246 0.2988 0.0656 0.0980 0.0758 0.1493 0.1507 0.2815 Intron_UCSC.bed -0.3020 0.1486 0.1480 0.0465 0.0753 0.2973 0.1800 0.0302 0.0362 -0.0411 0.0094 -0.0098 0.0740 0.0287 0.0556 Intron_UCSC.extend.500.bed -0.3187 0.1555 0.1548 0.0618 0.0855 0.3014 0.1759 0.0594 0.0600 -0.0035 0.0477 0.0449 0.1219 0.0296 0.0571 PromoterFlanking_Hoffman.bed -0.1021 0.0510 0.0525 0.0688 0.0822 0.0017 -0.0156 0.0930 0.1933 0.0074 0.0114 0.0102 0.0364 0.0214 0.0597 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed -0.1732 0.0925 0.0950 0.1424 0.1633 -0.0062 -0.0407 0.2298 0.3677 0.0122 0.0209 0.0278 0.0922 0.0633 0.1373 Promoter_UCSC.bed -0.1665 0.1203 0.1221 0.1523 0.1327 0.0057 -0.0639 0.3313 0.3509 0.0736 0.1613 0.2174 0.4198 0.0307 0.0608 Promoter_UCSC.extend.500.bed -0.1761 0.1295 0.1313 0.1470 0.1326 0.0142 -0.0595 0.3128 0.3380 0.0759 0.1597 0.2064 0.3956 0.0326 0.0648 Repressed_Hoffman.bed 0.5742 -0.2009 -0.2019 -0.2167 -0.2478 -0.6315 -0.2056 -0.1132 -0.1563 -0.0615 -0.0867 -0.0461 -0.0938 -0.1200 -0.2060 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 1.0000 -0.3027 -0.3042 -0.2518 -0.2850 -0.4487 -0.1189 -0.1931 -0.2485 -0.0975 -0.1361 -0.0739 -0.1525 -0.1347 -0.2353 SuperEnhancer_Hnisz.bed -0.3027 1.0000 0.9876 0.1718 0.2028 0.1262 0.0186 0.1388 0.1729 0.0369 0.0606 0.0414 0.0823 0.0784 0.1427 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed -0.3042 0.9876 1.0000 0.1716 0.2042 0.1265 0.0188 0.1378 0.1742 0.0374 0.0612 0.0413 0.0823 0.0779 0.1436 TFBS_ENCODE.bed -0.2518 0.1718 0.1716 1.0000 0.5430 0.0113 -0.0563 0.2799 0.2849 0.0373 0.0553 0.0674 0.1253 0.1776 0.2152 TFBS_ENCODE.extend.500.bed -0.2850 0.2028 0.2042 0.5430 1.0000 0.0415 -0.0376 0.1739 0.2322 0.0399 0.0564 0.0494 0.0953 0.1416 0.2704 Transcribed_Hoffman.bed -0.4487 0.1262 0.1265 0.0113 0.0415 1.0000 0.4366 -0.0397 -0.0226 0.0702 0.0913 0.0166 0.0423 0.0050 0.0177 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed -0.1189 0.0186 0.0188 -0.0563 -0.0376 0.4366 1.0000 -0.0948 -0.0824 0.0251 0.0287 -0.0170 -0.0293 -0.0205 -0.0266 TSS_Hoffman.bed -0.1931 0.1388 0.1378 0.2799 0.1739 -0.0397 -0.0948 1.0000 0.7147 0.0302 0.0606 0.1377 0.2659 0.0438 0.0678 TSS_Hoffman.extend.500.bed -0.2485 0.1729 0.1742 0.2849 0.2322 -0.0226 -0.0824 0.7147 1.0000 0.0327 0.0637 0.1146 0.2304 0.0707 0.1266 UTR_3_UCSC.bed -0.0975 0.0369 0.0374 0.0373 0.0399 0.0702 0.0251 0.0302 0.0327 1.0000 0.6592 0.1030 0.0589 0.0089 0.0144 UTR_3_UCSC.extend.500.bed -0.1361 0.0606 0.0612 0.0553 0.0564 0.0913 0.0287 0.0606 0.0637 0.6592 1.0000 0.0921 0.1318 0.0101 0.0224 UTR_5_UCSC.bed -0.0739 0.0414 0.0413 0.0674 0.0494 0.0166 -0.0170 0.1377 0.1146 0.1030 0.0921 1.0000 0.4728 0.0091 0.0119 UTR_5_UCSC.extend.500.bed -0.1525 0.0823 0.0823 0.1253 0.0953 0.0423 -0.0293 0.2659 0.2304 0.0589 0.1318 0.4728 1.0000 0.0158 0.0273 WeakEnhancer_Hoffman.bed -0.1347 0.0784 0.0779 0.1776 0.1416 0.0050 -0.0205 0.0438 0.0707 0.0089 0.0101 0.0091 0.0158 1.0000 0.4625 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed -0.2353 0.1427 0.1436 0.2152 0.2704 0.0177 -0.0266 0.0678 0.1266 0.0144 0.0224 0.0119 0.0273 0.4625 1.0000 Annotation Matrix Column Sums base 589569.0 Coding_UCSC.bed 7926.0 Coding_UCSC.extend.500.bed 34114.0 Conserved_LindbladToh.bed 15313.0 Conserved_LindbladToh.extend.500.bed 185213.0 CTCF_Hoffman.bed 13136.0 CTCF_Hoffman.extend.500.bed 39357.0 DGF_ENCODE.bed 79889.0 DGF_ENCODE.extend.500.bed 316249.0 DHS_peaks_Trynka.bed 61994.0 DHS_Trynka.bed 93011.0 DHS_Trynka.extend.500.bed 280328.0 Enhancer_Andersson.bed 2292.0 Enhancer_Andersson.extend.500.bed 9819.0 Enhancer_Hoffman.bed 21132.0 Enhancer_Hoffman.extend.500.bed 46868.0 FetalDHS_Trynka.bed 46395.0 FetalDHS_Trynka.extend.500.bed 157159.0 H3K27ac_Hnisz.bed 215175.0 H3K27ac_Hnisz.extend.500.bed 234766.0 H3K27ac_PGC2.bed 146721.0 H3K27ac_PGC2.extend.500.bed 184936.0 H3K4me1_peaks_Trynka.bed 94110.0 H3K4me1_Trynka.bed 235726.0 H3K4me1_Trynka.extend.500.bed 344578.0 H3K4me3_peaks_Trynka.bed 24483.0 H3K4me3_Trynka.bed 77315.0 H3K4me3_Trynka.extend.500.bed 150012.0 H3K9ac_peaks_Trynka.bed 20255.0 H3K9ac_Trynka.bed 67177.0 H3K9ac_Trynka.extend.500.bed 124687.0 Intron_UCSC.bed 248316.0 Intron_UCSC.extend.500.bed 253496.0 PromoterFlanking_Hoffman.bed 4689.0 PromoterFlanking_Hoffman.extend.500.bed 18659.0 Promoter_UCSC.bed 26357.0 Promoter_UCSC.extend.500.bed 32228.0 Repressed_Hoffman.bed 264756.0 Repressed_Hoffman.extend.500.bed 419779.0 SuperEnhancer_Hnisz.bed 75317.0 SuperEnhancer_Hnisz.extend.500.bed 76967.0 TFBS_ENCODE.bed 74690.0 TFBS_ENCODE.extend.500.bed 194434.0 Transcribed_Hoffman.bed 195297.0 Transcribed_Hoffman.extend.500.bed 425715.0 TSS_Hoffman.bed 9128.0 TSS_Hoffman.extend.500.bed 17608.0 UTR_3_UCSC.bed 6667.0 UTR_3_UCSC.extend.500.bed 15120.0 UTR_5_UCSC.bed 3517.0 UTR_5_UCSC.extend.500.bed 15414.0 WeakEnhancer_Hoffman.bed 10231.0 WeakEnhancer_Hoffman.extend.500.bed 44960.0 Summary of Annotation Matrix Row Sums count 589569.0000 mean 10.7758 std 6.6065 min 1.0000 25% 6.0000 50% 9.0000 75% 14.0000 max 42.0000 Analysis finished at Tue Oct 17 17:57:11 2017 Total time elapsed: 1.0h:15.0m:56.19s